Specific primers for functional gen

Specific primers for functional genes and 16S rRNA of the methanotrophic bacteria synthesized at GENOMED, Warsaw (Poland), were used. Polymerase chain reactions (PCR) were run in a programmable thermal cycler (MJmini, Bio-Rad). The reaction mixture (50μl) consisted of 1xPCR MIX: PCR amplification buffer, 0.05 U/μl Taq DNA polymerase, 0.4mM of each dNTP, 4mM MgCl2 (FERMENTAS), forward and reverse primers at 0.1mM and 3.5 μl of template DNA. The reaction conditions consisted of initial denaturation at 96°C for 4 minutes, 30 cycles of 94°C for 2 min, primer annealing at 56°C for type I and 55°C for type II each for 1 min, and elongation at 72°C for 1 min. Final elongation was performed at 72°C for 3 minutes. The amplification products were analyzed by electrophoresis in 1% agarose gel and stained with ethidium bromide.

The sequencing processes were performed on the purified product immediately after the PCR reaction in the Laboratory of DNA Sequencing and Oligonucleotide Synthesis (GENOMED, Warsaw, Poland). The sequences obtained were compared to the closest relatives in the GenBank database using the BLAST program.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มีใช้ไพรเมอร์เฉพาะการทำงานของยีน 16S rRNA ของแบคทีเรีย methanotrophic สังเคราะห์ที่ GENOMED วอร์ซอว์ (โปแลนด์), ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (PCR) ถูกเรียกใช้ในโปรแกรมความร้อน cycler (MJmini ไบโอ-Rad) ส่วนผสมของปฏิกิริยา (50μl) ประกอบด้วยส่วนผสม 1xPCR: PCR ขยายบัฟเฟอร์ 0.05 U/μl Taq DNA พอลิเมอเรส 0.4mM ของแต่ละ dNTP, 4 มม. MgCl2 (FERMENTAS), ไปข้างหน้า และย้อนกลับไพรเมอร์ที่ 0.1mM และ μl 3.5 ของแม่แบบดีเอ็นเอ เงื่อนไขปฏิกิริยาประกอบด้วย denaturation เริ่มต้นที่ 96° C 4 นาที รอบ 30 ของ 94° C สำหรับ 2 นาที การอบเหนียวที่ 56° C สำหรับชนิดฉันและ 55° C สำหรับชนิด II ทุก 1 นาที สีรองพื้น และ elongation ที่ 72 องศาเซลเซียสใน 1 นาทีสุดท้าย elongation ทำที่ 72° C 3 นาที ผลิตภัณฑ์ขยายถูกวิเคราะห์ โดย electrophoresis ในเจ 1% agarose และสีกับโบรไมด์ ethidiumกระบวนการจัดลำดับถูกดำเนินการบนผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์ทันทีหลังจากปฏิกิริยา PCR ในห้องปฏิบัติการของลำดับดีเอ็นเอสังเคราะห์ Oligonucleotide (GENOMED วอร์ซอ โปแลนด์) ลำดับที่รับได้เมื่อเทียบกับญาติใกล้ชิดใน GenBank ฐานข้อมูลโดยใช้โปรแกรมระเบิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับการทำงานและยีน 16S rRNA ของเชื้อแบคทีเรียที่สังเคราะห์ methanotrophic GENOMED วอร์ซอ (โปแลนด์) ถูกนำมาใช้ โพลีเมอปฏิกิริยาลูกโซ่ (PCR) ได้รับการทำงานในโปรแกรม Cycler ความร้อน (MJmini, Bio-Rad) ผสมปฏิกิริยา (50μl) ประกอบด้วย 1xPCR MIX: บัฟเฟอร์ขยาย PCR, 0.05 U / ไมโครลิตรดีเอ็นเอโพลิเมอร์ Taq, 0.4mm ของแต่ละ dNTP, 4mm MgCl2 (FERMENTAS) ไปข้างหน้าและย้อนกลับไพรเมอร์ที่ 0.1mm และ 3.5 ไมโครลิตรดีเอ็นเอแม่แบบ เงื่อนไขปฏิกิริยาประกอบด้วย denaturation เริ่มต้นที่ 96 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 4 นาที 30 รอบจาก 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที, หลอมไพรเมอร์ที่ 56 ° C เป็นเวลาที่ผมชนิดและ 55 ° C เป็นชนิดที่สองในแต่ละเวลา 1 นาทีและการยืดตัวที่ 72 ° C เป็นเวลา 1 นาที การยืดตัวสุดท้ายที่ได้ดำเนินการที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 นาที ผลิตภัณฑ์เครื่องขยายเสียงมาวิเคราะห์โดยอิเล็กใน 1% agarose เจลและย้อมด้วย ethidium bromide. กระบวนการจัดลำดับได้ดำเนินการเกี่ยวกับผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์ทันทีหลังจากปฏิกิริยา PCR ในห้องปฏิบัติการดีเอ็นเอลำดับและ Oligonucleotide สังเคราะห์ (GENOMED, ​​วอร์ซอ, โปแลนด์) ลำดับที่ได้มาเปรียบเทียบกับญาติสนิทในฐานข้อมูล GenBank ใช้โปรแกรมการระเบิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับยีน 16S rRNA และการทํางานของ methanotrophic แบคทีเรียสังเคราะห์ที่ genomed วอร์ซอ ( โปแลนด์ ) , การใช้ วิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส ( พีซีอาร์ ) ถูกใช้ในโปรแกรม Thermal cycler ( mjmini ชีวภาพราด ) ปฏิกิริยาผสม ( 50 μ L ) ประกอบด้วย 1xpcr ผสม : PCR ( บัฟเฟอร์ ) U / L ได้ดีμ DNA polymerase 0.4mm ของแต่ละ dntp , 4mm ไอโซโทป ( fermentas )ไปข้างหน้าและย้อนกลับจากที่ตรวจสอบและ 3.5 ลิตรμดีเอ็นเอแม่แบบ เงื่อนไขคือ ปฏิกิริยาเริ่มต้นที่ 96 ° C ( 4 นาที 30 รอบ 94 ° C เป็นเวลา 2 นาทีที่ 56 ° C รองพื้นอ่อน ชนิดที่ผมและ 55 องศา C II ชนิดละ 1 นาที และยืดที่ 72 ° C เป็นเวลา 1 นาที สุดท้ายการกระทำที่ 72 ° C สำหรับ 3 นาทีผลิตภัณฑ์แบบวิเคราะห์โดยวิธีอิเล็กโทรโฟรีซีสใน 1% เจลและเปื้อนกับทิเดียมโบรไมด์ .

ลำดับกระบวนการปฏิบัติในบริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ทันทีหลังจากการตรวจปฏิกิริยาในห้องปฏิบัติการและการจัดลำดับดีเอ็นเอ ซึ่งการสังเคราะห์ ( genomed , วอร์ซอ , โปแลนด์ )ลำดับเปรียบเทียบที่ใกล้เคียงในขนาดฐานข้อมูลโดยใช้โปรแกรมระเบิด