Analyzing the X-ray structures avai

Analyzing the X-ray structures available on the protein databank (www.pdb.org/pdb) for CYP2A6 complexed with the natural substrate (coumarin, PDB entry 1Z10) and with a linear psoralen inhibitor (xanthotoxin, PDB entry 1Z11), it was found that both compounds bind in a similar manner, and that the carbonyl group of the coumarin moiety interacts very closely with Asn297 [34]. The only observed difference was in the type of interactions nearby the iron atom from the heme cofactor. In the natural substrate, the position 7 of the coumarin ring is very close to this centre (3.09 Å), thus favoring the hydroxylation reaction in this position. In the psoralen, it is the oxygen from the furan group that comes closer to this centre (3.25 Å). This result indicates that the inhibitory power of the psoralen may be related to the chelation of the oxygen from the furan ring with the iron from the heme, possibly resulting in the inactivation of the enzyme.
The molecular docking studies performed with compounds 1, 3e6 show that the binding poses of some of the compounds are very similar to those that are represented on Fig. 1, while others differ significantly (Fig. 2).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์โครงสร้างเอ็กซ์เรย์บน databank โปรตีน (www.pdb.org/ pdb) สำหรับ CYP2A6 complexed กับพื้นผิวธรรมชาติ (coumarin, 1Z10 รายการ PDB) และ มีผลเชิง psoralen (xanthotoxin, 1Z11 รายการ PDB), พบว่า สารประกอบทั้งสองผูกเดียวกัน และว่า กลุ่ม carbonyl coumarin moiety โต้ตอบอย่างใกล้ชิดกับ Asn297 [34] แตกต่างที่สังเกตได้ในชนิดของการโต้ตอบที่ใกล้เคียงกับอะตอมเหล็กจาก heme cofactor ในพื้นผิวธรรมชาติ ตำแหน่ง 7 แหวน coumarin ถูกมากใกล้กับศูนย์นี้ (3.09 Å), ดังนความปฏิกิริยา hydroxylation ในตำแหน่งนี้ ใน psoralen ได้ออกซิเจนจากกลุ่ม furan ที่มาใกล้ชิดกับศูนย์นี้ (3.25 Å) ผลลัพธ์นี้บ่งชี้ว่า พลังลิปกลอสไข psoralen อาจเกี่ยวข้องกับ chelation ของออกซิเจนที่จากแหวน furan ด้วยเหล็กจาก heme อาจส่งผลในการยกเลิกการเรียกเอนไซม์ โมเลกุลต่อศึกษาทำ ด้วยสาร 1 ดู 3e6 ที่โพสท่ารวมของสารมีลักษณะคล้ายกับที่แสดงบน Fig. 1 ในขณะที่ผู้อื่นแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (Fig. 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์โครงสร้าง X-ray ที่มีอยู่บน Databank โปรตีน (www.pdb.org/pdb) สำหรับ CYP2A6 complexed กับพื้นผิวธรรมชาติ (coumarin รายการ PDB 1Z10) และมีสารยับยั้ง Psoralen เชิงเส้น (xanthotoxin รายการ PDB 1Z11) มันเป็น พบว่าสารทั้งสองผูกพันในลักษณะที่คล้ายกันและว่ากลุ่มคาร์บอนิลของครึ่ง coumarin มีปฏิสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับ Asn297 [34] ความแตกต่างเพียงข้อสังเกตอยู่ในประเภทของการมีปฏิสัมพันธ์ที่ใกล้เคียงอะตอมเหล็กจาก heme ปัจจัย ในพื้นผิวธรรมชาติ 7 ตำแหน่งของแหวน coumarin อยู่ใกล้กับศูนย์นี้ (3.09 A) จึงนิยมปฏิกิริยา hydroxylation ในตำแหน่งนี้ ใน Psoralen มันเป็นออกซิเจนจากกลุ่ม furan ที่มาใกล้ชิดกับศูนย์นี้ (3.25) ผลที่ได้นี้แสดงให้เห็นว่าอำนาจยับยั้งของ Psoralen อาจจะเกี่ยวข้องกับยาขับของออกซิเจนจากแหวน furan ด้วยเหล็กจาก heme อาจจะมีผลในการยับยั้งเอนไซม์.
การศึกษาเชื่อมต่อโมเลกุลดำเนินการด้วยสาร 1, แสดง 3E6 ที่มีผลผูกพันการโพสท่าของบางส่วนของสารที่มีลักษณะคล้ายกันมากกับผู้ที่จะเป็นตัวแทนในรูป 1 ขณะที่คนอื่นมีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (รูปที่ 2).

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ X-ray โครงสร้างที่มีอยู่ในโปรตีน databank ( www.pdb . org / PDB ) 1.14% complexed กับพื้นผิวธรรมชาติ ( coumarin , PDB รายการ 1z10 ) และยับยั้ง psoralen เชิงเส้น ( xanthotoxin PDB , รายการ 1z11 ) พบว่าสารทั้งสองได้ผูกในลักษณะคล้ายกัน และคาร์บอนิลกลุ่มของคูมารินแน่นอนความร่วมมืออย่างใกล้ชิดกับ asn297 [ 34 ]เพียงสังเกตความแตกต่างในชนิดของปฏิกิริยาที่อะตอมของเหล็กจากท่านโคแฟกเตอร์ . ในพื้นผิวธรรมชาติ , 7 ตำแหน่งของแหวนคูมารินอยู่ใกล้กับศูนย์นี้ ( 3.09 เป็น̊ ) จึงเป็นใจการเตรียมแบบปฏิกิริยาในตำแหน่งนี้ ใน psoralen เป็นออกซิเจนจาก furan กลุ่มที่มาใกล้ชิดกับศูนย์นี้ ( ส่วนที่เป็น̊ )ผลที่ได้นี้แสดงว่าพลังยับยั้งของ psoralen อาจเกี่ยวข้องกับการแจ้งเตือนที่สำคัญของออกซิเจนจากแหวน furan ที่มีธาตุเหล็ก จากเมื่อก่อน อาจจะส่งผลให้มีการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ การศึกษาดำเนินการกับ Docking
โมเลกุลสารประกอบ 1 , 3e6 แสดงอากัปกิริยาผูกพันของบางอย่างของสารประกอบจะคล้ายกันมากกับที่แสดงในรูปที่ 1ในขณะที่คนอื่น ๆ แตกต่างอย่างมีนัยสําคัญ ( รูปที่ 2 )