เครื่องหมายดีเอ็นเอ (DNA marker) คือ เครื่องหมายที่ใช้บ่งชี้ความจำเพาะของสิ่งมีชีวิตตัวหนึ่ง สายพันธุ์หนึ่ง สปีซีส์หนึ่ง หรือในระดับต่างสปีซีส์ เป็นดีเอ็นเอที่อยู่ที่อยู่ตำแหน่งหนึ่งๆบนโครโมโซม (nuclear DNA) หรือดีเอ็นเอในออร์แกนเนลล์ (mitochondrial DNA) การที่ดีเอ็นเอเป็นเครื่องหมายที่ดีนั้นเนื่องจากดีเอ็นเอเกิดจากความแปนปรวน (variation) ของนิวคลิโอไทด์ในโมเลกุลของดีเอ็นเอ หรือ เกิดพอลิมอร์ฟิซึม (polymorphism) ของลำดับเบสในโมเลกุล (สุรินทร์, 2552)