RESULTSCell CultureCell culture was

RESULTS
Cell Culture
Cell culture was attempted from the fresh tissue. However, no growth occurred after 4 weeks of incubation.
Molecular Identification and Confirmation
We performed Myxogastria and panfungal PCR assays in an attempt to target an unknown eukaryote, but these assays unexpectedly identified H. nana with 99% sequence identity. The presence of H. nana DNA in the specimen was confirmed by cestode- and hymenolepidid-species–specific PCR testing and sequencing. The molecular findings were surprising, since there was no recognizable tapeworm tissue architecture; thus, to confirm that the cells originated from a tapeworm, we performed immunohistochemical studies and in situ hybridization, which localized cestode antigen and nucleic acid markers (Figure 2A, 2B, and 2CFIGURE 2
Confirmation of H. nana Infection.
).
Phylogenetic and Mitochondrial DNA Analysis
The CO1 sequence obtained from the patient was grouped within the clade of known H. nana sequences (Figure 2D). An unexpected feature of the patient-derived sequence was the presence of three single-nucleotide insertions within a span of 12 bp in a highly conserved domain (NCBI Conserved Domain Database, cd01663) (Fig. S4 in the Supplementary Appendix), which was compatible with a deleterious mutation.
Comparative Genomic Analysis
Deep sequencing of the specimen from the patient generated 10.2 million 150-bp, paired-end reads. Removal of contaminating human sequences resulted in 1.7 million remaining reads, of which 1.4 million mapped onto the H. nana reference genome, with 53% coverage, at an average coverage of 2.4 times per base (excluding zero-coverage regions). From the H. nana control specimen, 7.1 million reads were mapped, with 93% coverage, at an average coverage of 7.0 times per base.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์เพาะเลี้ยงเซลล์พยายามเพาะเลี้ยงเซลล์จากเนื้อเยื่อสด อย่างไรก็ตาม ไม่เจริญเติบโตเกิดขึ้นหลังจากสัปดาห์ที่ 4 ของคณะทันตแพทยศาสตร์รหัสโมเลกุลและยืนยันเราทำ assays PCR Myxogastria และ panfungal ในความพยายามในการเป้าหมายยูแคริโอตไม่รู้จัก ได้ assays เหล่านี้ระบุ H. nana มีลำดับ 99% โดยไม่คาดคิด ของ H. nana ดีเอ็นเอในสิ่งส่งตรวจได้รับการยืนยัน โดย cestode และ hymenolepidid-พันธุ์ – เฉพาะ PCR ทดสอบ และลำดับเบส ค้นพบโมเลกุลน่าแปลกใจ เนื่องจากมีสถาปัตยกรรมเนื้อเยื่อไม่รู้จัก tapeworm ดังนั้น เราทำ immunohistochemical ศึกษาและใน situ hybridization ซึ่งเป็นภาษาท้องถิ่น cestode กรดนิวคลีอิกและตรวจหาเครื่องหมายยืนยันว่า เซลล์ต้นกำเนิดจาก tapeworm (รูปที่ 2A, 2B และ 2CFIGURE 2ยืนยันนานา H. ติดเชื้อ).วิเคราะห์ phylogenetic และ Mitochondrial DNAลำดับ CO1 ที่ได้รับจากผู้ป่วยถูกจัดกลุ่มใน clade รู้จัก H. nana ลำดับ (รูปที่ 2D) คุณลักษณะไม่คาดคิดของลำดับผู้ป่วยที่ได้รับเป็นของ 3 นิวคลีโอไทด์เดี่ยวแทรกภายในระยะ 12 bp ในโดเมนสูงนำ (NCBI อาศัยโดเมนฐานข้อมูล cd01663) (ฟิก S4 ในภาคผนวกเสริม), ซึ่งเป็นการเข้ากันได้กับการกลายพันธุ์ที่ร้ายวิเคราะห์เปรียบเทียบ GenomicDeep sequencing of the specimen from the patient generated 10.2 million 150-bp, paired-end reads. Removal of contaminating human sequences resulted in 1.7 million remaining reads, of which 1.4 million mapped onto the H. nana reference genome, with 53% coverage, at an average coverage of 2.4 times per base (excluding zero-coverage regions). From the H. nana control specimen, 7.1 million reads were mapped, with 93% coverage, at an average coverage of 7.0 times per base.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผลการเพาะเลี้ยงเซลล์เซลล์พยายามจากเนื้อเยื่อสด อย่างไรก็ตามการเจริญเติบโตไม่เกิดขึ้นหลังจาก 4 สัปดาห์ของการบ่ม. โมเลกุลประจำตัวประชาชนและยืนยันเราดำเนินการ Myxogastria และตรวจ PCR panfungal ในความพยายามที่จะกำหนดเป้าหมาย eukaryote ไม่รู้จัก แต่การตรวจเหล่านี้ระบุไม่คาดคิดกับเอชนานาลำดับบัตร 99% การปรากฏตัวของเอชดีเอ็นเอ nana ในชิ้นงานได้รับการยืนยันโดย cestode- และ hymenolepidid สายพันธุ์เฉพาะการทดสอบ PCR และการเรียงลำดับ การค้นพบโมเลกุลเป็นที่น่าแปลกใจเนื่องจากไม่มีสถาปัตยกรรมเนื้อเยื่อพยาธิตัวตืดที่รู้จัก; ดังนั้นเพื่อยืนยันว่าเซลล์ต้นกำเนิดมาจากพยาธิตัวตืดที่เราดำเนินการเรียนการและแหล่งกำเนิดพันธุ์ซึ่งเป็นภาษาท้องถิ่นแอนติเจนตัวตืดและเครื่องหมายกรดนิวคลี (รูปที่ 2A, 2B และ 2CFIGURE 2 ยืนยันการติดเชื้อเอช nana.). วิวัฒนาการและยล การวิเคราะห์ดีเอ็นเอลำดับCO1 ที่ได้รับจากผู้ป่วยที่ได้รับการจัดกลุ่มภายใน clade ลำดับที่รู้จักกันเอช nana (รูปแบบ 2 มิติ) คุณลักษณะที่ไม่คาดคิดของลำดับผู้ป่วยที่ได้รับคือการปรากฏตัวของสามแทรกเดียวเบื่อหน่ายในช่วง 12 bp ในโดเมนอนุรักษ์สูง (NCBI อนุรักษ์ฐานข้อมูลโดเมน cd01663) (รูป. S4 ในเสริมภาคผนวก) ซึ่งเป็นที่รองรับ กับการกลายพันธุ์อันตราย. เปรียบเทียบการวิเคราะห์จีโนมลำดับลึกของตัวอย่างจากผู้ป่วยที่สร้าง 10,200,000 150 bp คู่สิ้นอ่าน การกำจัดการปนเปื้อนของมนุษย์ลำดับผลในการอ่าน 1.7 ล้านเหลือที่ 1.4 ล้านแมปบนจีโนมเอชนานาอ้างอิงที่มีความคุ้มครอง 53% ที่คุ้มครองเฉลี่ย 2.4 ครั้งต่อฐาน (ไม่รวมพื้นที่ที่ศูนย์คุ้มครอง) จากตัวอย่างการควบคุมเอชนานา 7100000 อ่านถูกแมปที่มีความคุ้มครอง 93% ที่คุ้มครองเฉลี่ย 7.0 ครั้งต่อฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เซลล์เพาะเลี้ยงเซลล์ผล

คือ พยายาม จากเนื้อเยื่อสด อย่างไรก็ตาม ยังไม่มีการเติบโตที่เกิดขึ้นหลังจาก 4 สัปดาห์ของการบ่ม การระบุและยืนยัน

( เรา ) และ myxogastria panfungal PCR ) ในความพยายามที่จะกำหนดเป้าหมายเป็นยูแคริโอตที่ไม่รู้จัก แต่เหล่านี้สามารถระบุชั่วโมงโดยไม่คาดคิด นานากับ 99% ดับตัวตน การปรากฏตัวของ hนานะดีเอ็นเอในตัวอย่างที่ได้รับการยืนยันโดยการดื้อยาและสายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจง hymenolepidid – PCR และการทดสอบของ ค้นพบโมเลกุลมีที่น่าประหลาดใจ เพราะไม่มีทางรู้จักพยาธิตัวตืดสถาปัตยกรรมเนื้อเยื่อ ดังนั้น เพื่อยืนยันว่า เซลล์ต้นกำเนิดจากพยาธิตัวตืด เราดำเนินการสำหรับการศึกษาใน situ hybridization และ ,ซึ่งเป็นแอนติเจนตัวตืดกรดนิวคลีอิก และเครื่องหมาย ( รูปที่ 2A 2B และ 2cfigure 2
, H . นานายืนยันการติดเชื้อ .
)
วิวัฒนาการและการวิเคราะห์ดีเอ็นเอยล
ซีโอ 1 ลำดับที่ได้จากผู้ป่วยที่ถูกจัดกลุ่มใน clade รู้จักซ. นานาดังนี้ ( รูปที่ 2 )คุณลักษณะที่ไม่คาดคิดของผู้ป่วยที่ได้ลำดับคือการปรากฏตัวของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว 3 ครั้งภายในช่วง 12 BP ในที่มีการอนุรักษ์โดเมน ( ncbi รักษาฐานข้อมูลโดเมน ( รูป cd01663 ) S4 ในภาคผนวกเสริม ) ซึ่งเข้ากันได้กับการเปรียบเทียบจีโนมเป็นอันตราย .

ลำดับการวิเคราะห์ลึกของตัวอย่างจาก ผู้ป่วยที่สร้างขึ้น 102 ล้าน 150 BP คู่สุดท้ายคนอ่าน การกำจัดการปนเปื้อนของลำดับ ( 1.7 ล้าน ที่เหลืออ่าน ที่ 1.4 ล้านแมปบน H . นานาอ้างอิง ( ร้อยละ 53 ที่มีความคุ้มครองที่ครอบคลุมโดยเฉลี่ย 2.4 ครั้งต่อฐาน ( ไม่รวมศูนย์ภูมิภาคครอบคลุม ) จาก H นานะควบคุมตัวอย่าง , 7.1 ล้านอ่านถูกแมปกับความคุ้มครองที่ครอบคลุม 93% , เฉลี่ย 70 ครั้งต่อฐาน