SCAR (sequence characterized amplif

SCAR (sequence characterized amplified region) markers allow the reliable identification of unique
somaclonal variations. Six SCAR markers were developed previously and were thought to be exclusively
characteristic of eight maize somaclones. However, we detected two of these markers in maize lines and
a cultivar unrelated to the progenitor line of the somaclones. Therefore, we sequenced these markers and
performed bioinformatic searches to understand the molecular events that may underlie the variability
observed in the somaclones. All changes were found in noncoding sequences and were induced by different
molecular events, such as the insertion of long terminal repeat (LTR) transposon(s), precise miniature
inverted repeat transposable element (MITE) excision, microdeletion, recombination, and a change in the
pool of mitochondrial DNA. For example, the SCAR marker QR is represented by the two variants QR-A
and QR-2. The sequences of the two variants were similar, except for a 457-bp fragment found only in
QR-A; this region was denoted as Q. Region Q was flanked by the direct 3-bp repeat 5-TAA-3 (target site
duplication; TSD) and the inverted 14-bp repeat 5-GGGCCTGTTTGGAA-3 (terminal inverted repeats;
TIRs). These features confer the Q region with similarity to the nonautonomic Tourist-like MITE. In two
groups of independently produced somaclones, the same features (morphological, molecular) were variable,
which confirms the theory of ‘hot spots’ occurring in the genome. The distribution of one of the
SCAR markers was confirmed using Southern blot hybridization. The presence of the same molecular
markers in the somaclones and in different non-somaclonal maize variants suggests that in some cases,
the same mechanisms determine both in vitro and in vivo variability and that cell culture enhances the
rate of heritable genomic changes that naturally occur in living organisms

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เครื่องหมาย (ลำดับลักษณะภูมิภาคขยาย) แผลเป็นทำให้น่าเชื่อถือระบุไม่ซ้ำกันการเปลี่ยนแปลง somaclonal เครื่องหมายแผลหกขึ้นก่อนหน้านี้ และกำลังคิดว่า จะขอนำลักษณะของ somaclones ข้าวโพดแปด อย่างไรก็ตาม เราตรวจพบเครื่องหมายเหล่านี้สองในบรรทัดข้าวโพด และพันธุ์ไม่เกี่ยวข้องกับบรรทัดทอดของ somaclones ดังนั้น เราเรียงลำดับเครื่องหมายเหล่านี้ และดำเนินการค้นหาเชิงวิวัฒนาการจะเข้าใจเหตุการณ์โมเลกุลที่อาจอยู่ภายใต้ความแปรปรวนสังเกตใน somaclones เปลี่ยนแปลงทั้งหมดที่อยู่ในลำดับ noncoding และนำ โดยแตกต่างกันเหตุการณ์โมเลกุล เช่นแทรกของขั้วยาวซ้ำ (LTR) transposon(s) ขนาดเล็กได้อย่างแม่นยำคว่ำจี้ซ้ำ transposable องค์ประกอบ (ไร) microdeletion การรวมตัวกัน และการเปลี่ยนแปลงในการสระว่ายน้ำของจื่อ เช่น หมายแผล QR จะแทน ด้วยตัวแปรสอง QR-Aและ QR-2 ลำดับของตัวแปรทั้งสองถูกคล้าย ยกเว้นส่วน 457 bp พบเฉพาะในQR-A ภูมิภาคนี้ได้เขียนแทนเป็น Q Q. ภูมิภาคถูกขนาบข้าง โดยตรง 3 bp ซ้ำ 5 - ท่า-3 (เว็บไซต์เป้าหมายทำสำเนา TSD) และคว่ำ 14 bp ทำซ้ำ 5 - GGGCCTGTTTGGAA-3 (อาคารผู้โดยสารคว่ำทำซ้ำTIRs) คุณลักษณะเหล่านี้มอบให้ภูมิภาค Q มีความคล้ายคลึงกับการท่องเที่ยวเช่นไร nonautonomic ในสองกลุ่มผลิตอิสระ somaclones คุณลักษณะเดียวกัน (สัณฐาน โมเลกุล) ถูกแปรซึ่งยืนยันทฤษฎีของ 'เท่ๆ' เกิดขึ้นในจีโน การกระจายของหนึ่งแผลเป็นเครื่องหมายยืนยันใช้ hybridization ใต้น้า การปรากฏตัวของโมเลกุลเดียวกันเครื่องหมาย ใน somaclones และแตกต่าง somaclonal ไม่ย่อยข้าวโพดแสดงให้เห็นว่า ในบางกรณีกลไกเดียวกันตรวจสอบความแปรปรวนทั้งในหลอดทดลอง และในสัตว์ทดลอง และวัฒนธรรมเซลล์ที่ช่วยเพิ่มการอัตรา heritable ออกการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติในสิ่งมีชีวิต

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

SCAR (ลำดับที่โดดเด่นในภูมิภาคขยาย) เครื่องหมายอนุญาตให้ประชาชนที่เชื่อถือได้ของที่ไม่ซ้ำ
รูปแบบเซลล์ร่างกาย หกเครื่องหมาย SCAR ได้รับการพัฒนาก่อนหน้านี้และกำลังคิดว่าจะเฉพาะ
ลักษณะของแปด somaclones ข้าวโพด แต่เราตรวจพบสองของเครื่องหมายเหล่านี้ในสายข้าวโพดและ
พันธุ์ที่ไม่เกี่ยวข้องกับเส้นรากเหง้าของ somaclones ดังนั้นเราจึงติดใจเครื่องหมายเหล่านี้และ
ดำเนินการค้นหาชีววิทยาที่จะเข้าใจเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในระดับโมเลกุลที่อาจรองรับความแปรปรวน
ที่สังเกตใน somaclones การเปลี่ยนแปลงทั้งหมดถูกพบใน noncoding ลำดับและที่เกิดจากการที่แตกต่างกัน
เหตุการณ์โมเลกุลเช่นแทรกยาวซ้ำขั้ว (LTR) transposon (s), แม่นยำขนาดเล็ก
คว่ำซ้ำองค์ประกอบ transposable (MITE) ตัดตอน, microdeletion, การรวมตัวกันและมีการเปลี่ยนแปลงใน
สระว่ายน้ำของยลดีเอ็นเอ ยกตัวอย่างเช่น QR เครื่องหมาย SCAR เป็นตัวแทนจากสองสายพันธุ์ QR-A
และ QR-2 ลำดับของทั้งสองสายพันธุ์ที่มีความคล้ายคลึงกันยกเว้นส่วน 457-BP พบเฉพาะใน
QR-A; ภูมิภาคนี้ได้รับการแสดงเป็นคิวภาค Q ถูกขนาบข้างด้วยซ้ำโดยตรง 3 BP 5? -TAA-3? (เป้าหมายเว็บไซต์
ซ้ำซ้อน; TSD)? และคว่ำซ้ำ 14 bp 5 -GGGCCTGTTTGGAA-3? (สถานีคว่ำซ้ำ;
TIRs) คุณสมบัติเหล่านี้หารือภูมิภาค Q ที่มีความคล้ายคลึงกันกับ nonautonomic MITE ท่องเที่ยวเหมือน ในสอง
กลุ่ม somaclones ผลิตอิสระคุณสมบัติเดียวกัน (ก้านโมเลกุล) เป็นตัวแปร
ซึ่งยืนยันทฤษฎีของ 'จุดร้อน' ที่เกิดขึ้นในจีโนม การกระจายตัวของหนึ่งใน
เครื่องหมาย SCAR ได้รับการยืนยันโดยใช้การผสมพันธุ์ blot ภาคใต้ การปรากฏตัวของโมเลกุลเดียวกัน
เครื่องหมายใน somaclones และในสายพันธุ์ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ที่ไม่ใช่เซลล์ร่างกายที่แตกต่างกันแสดงให้เห็นว่าในบางกรณี
กลไกเดียวกันตรวจสอบทั้งในหลอดทดลองและในความแปรปรวนของร่างกายและการเพาะเลี้ยงเซลล์ที่ช่วยเพิ่ม
อัตราการเปลี่ยนแปลงจีโนมทางพันธุกรรมที่เป็นธรรมชาติที่เกิดขึ้นใน สิ่งมีชีวิต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แผลเป็น ( ลำดับลักษณะภูมิภาคเพิ่มเครื่องหมายอนุญาตให้ประชาชนเชื่อถือได้ของกันการเปลี่ยนแปลง : . 6 เครื่องหมายแผลเป็นขึ้นก่อนหน้านี้ และคิดเป็น โดยเฉพาะลักษณะของแปดกลุ่มข้าวโพด อย่างไรก็ตาม เราพบว่าทั้งสองเครื่องหมายเหล่านี้ในบรรทัด และข้าวโพดเลี้ยงสัตว์พันธุ์กับบรรพบุรุษสายของกลุ่ม . ดังนั้นเราจึงทำการเครื่องหมายเหล่านี้และการค้นหาไบโอ นฟ ์เมติกเข้าใจเหตุการณ์ที่อาจรองรับการเปลี่ยนแปลงระดับโมเลกุลพบว่าในกลุ่ม . การเปลี่ยนแปลงทั้งหมดที่พบใน noncoding ลำดับและถูกชักนำโดยต่างเหตุการณ์โมเลกุล เช่นการแทรกของย้ำปลายยาว ( LTR ) ? ? ? ? ? ( s ) ชัดเจน ขนาดเล็กไทยย้ำตรวจธาตุ ( ไร ) ที่ microdeletion recombination , , และการเปลี่ยนแปลงในสระว่ายน้ำของไมโตคอนเดรียลดีเอ็นเอ ตัวอย่างเช่น แผลเป็นเครื่องหมาย QR แสดงโดยสองตัวแปร qr-aและ qr-2 . ลำดับของทั้งสองสายพันธุ์มีลักษณะคล้ายคลึงกันยกเว้นขนาด 457 BP พบเฉพาะในqr-a ; ภูมิภาคนี้เป็นภูมิภาคกล่าวคือ เป็นคิว Q ถูกขนาบข้างโดยตรง 3-bp ย้ำ 5-taa-3 ( เว็บไซต์เป้าหมายการทำซ้ำ ; TSD ) และรถ 14 BP ย้ำ 5-gggcctgtttggaa-3 ( Terminal คว่ำซ้ำ ;tirs ) คุณสมบัติเหล่านี้ซึ่งมีความคล้ายคลึงกับ nonautonomic Q ภาคการท่องเที่ยวอย่างไร ใน สองกลุ่มผลิตกลุ่มอิสระ คุณลักษณะเดียวกัน ( ลักษณะโมเลกุล ) ตัวแปรซึ่งเป็นการยืนยันทฤษฎีของ ' ฮอต ' ที่เกิดขึ้นในจีโนม . การกระจายของหนึ่งในแผลเป็นเครื่องหมายยืนยัน Southern blot hybridization โดยใช้ . การปรากฏตัวของโมเลกุลเดียวกันเครื่องหมายในกลุ่มที่แตกต่างกันและไม่ผันแปรในข้าวโพด ชี้ให้เห็นว่า ในบางกรณีกลไกเดียวกันศึกษาทั้งในหลอดทดลองและฤทธิ์ในการเพาะเลี้ยงเซลล์และช่วยเพิ่มอัตราของการเปลี่ยนแปลงที่สามารถเกิดขึ้นตามธรรมชาติในจีโนมของสิ่งมีชีวิต