The set of sequences used in this a

The set of sequences used in this analysis was combined from the dataset of Lévesque & de Cock (2004) and the sequences
of the species Aphanomyces euteiches ATCC 201684 (AY683887.1, AF235939.1), Phytophthora infestans (genome,
WGS-AATU-cont1-5907, WGS-AATU-cont1-5932) and P. sojae (genome, AAQY01000172-1, AAQY01000172) with the addition
of LT6440, LT6456, LT6460, LT6465, LT6466, and LT6471, which were isolated from Sapelo Island and LT6430 isolated
from Saint Simon’s Island (Table 1). Also included in the analysis were H. vesicula (CBS 152.96) and H. tartarea (CBS 208.95).
Sequences were aligned using MAFFT (Katoh et al. 2005), v6 (Katoh & Toh 2008a) using the Q-INS-i option (Katoh & Toh
2008b). Afterwards sequences were concatenated for phylogenetic inference. To ensure reproducibility and to avoid subjective
biases, no manual editing except for the removal of leading and trailing gaps was done. Minimum evolution trees were computed using MEGA v4.0 phylogenetic analysis software (Tamura et al.2007), with factory settings, except for using the Tamura-Nei model of nucleotide substitution. For inferring the robustness of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชุดลำดับที่ใช้ในการวิเคราะห์นี้ถูกรวมจากชุดข้อมูลของ Lévesque & ไก่เดอ (2004) และลำดับที่ชนิด Aphanomyces euteiches ATCC 201684 (AY683887.1, AF235939.1), ไฟทอฟธอรา (กลุ่มWGS-AATU-cont1-5907, WGS-AATU-cont1-5932) และ P. sojae (จีโนม AAQY01000172 1, AAQY01000172) ด้วยการเพิ่มLT6440, LT6456, LT6460, LT6465, LT6466 และ LT6471 ซึ่งถูกแยกจากเกาะ Sapelo และ LT6430 ที่แยกต่างหากเกาะเซนต์ Simon (ตาราง 1) นอกจากนี้ยัง รวมในการวิเคราะห์ได้ H. vesicula (CBS 152.96) และ H. tartarea (CBS 208.95)มีจัดลำดับโดยใช้ MAFFT (Katoh et al. 2005), v6 (Katoh และโต 2008a) ใช้ตัว Q-INS i (Katoh และโต2008b) . Afterwards ลำดับได้รับการรวมในข้อ phylogenetic ให้ reproducibility และ เพื่อหลีกเลี่ยงตามอัตวิสัยยอม ไม่แก้ไขด้วยตนเองยกเว้นการเอาช่องว่างนำ และพจน์ตามเสร็จ ต้นไม้วิวัฒนาการต่ำถูกคำนวณโดยใช้ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ phylogenetic v4.0 ร็อค (Tamura et al.2007), การตั้งค่าโรงงาน ยกเว้นโดยใช้แบบจำลอง Tamura Nei ของแทนนิวคลีโอไทด์ สำหรับ inferring เสถียรภาพของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชุดของลำดับใช้ในการวิเคราะห์นี้ถูกรวมจากชุดข้อมูลของLévesque & เดไก่ (2004) และลำดับ
ของสายพันธุ์ Aphanomyces euteiches ATCC 201684 (AY683887.1, AF235939.1) Phytophthora infestans (จีโนม
WGS-AATU- cont1-5907, WGS-Aatu-cont1-5932) และพี Sojae (จีโนม AAQY01000172-1, AAQY01000172) ด้วยนอกเหนือ
จาก LT6440, LT6456, LT6460, LT6465, LT6466 และ LT6471 ซึ่งถูกแยกออกจากเกาะ Sapelo และ LT6430 แยก
ออกจากเกาะเซนต์ไซมอน (ตารางที่ 1) ก็รวมอยู่ในการวิเคราะห์เป็นเอช vesicula (ซีบีเอส 152.96) และเอช tartarea (ซีบีเอส 208.95).
ลำดับถูกจัดชิดโดยใช้ MAFFT (Katoh et al. 2005), v6 (Katoh & โต๊ะ 2008a) โดยใช้ตัวเลือก Q-INS-I (Katoh & โต๊ะ
2008b) หลังจากนั้นได้รับการตัดแบ่งลำดับสำหรับการอนุมานสายวิวัฒนาการ เพื่อให้แน่ใจว่าการทำสำเนาและเพื่อหลีกเลี่ยงอัตนัย
อคติไม่มีการแก้ไขด้วยตนเองยกเว้นสำหรับการกำจัดของช่องว่างชั้นนำและต่อท้ายก็ทำ ต้นไม้วิวัฒนาการขั้นต่ำได้รับการคำนวณโดยใช้ MEGA v4.0 ซอฟต์แวร์การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ (ทามูระและ al.2007) ด้วยการตั้งค่าจากโรงงานยกเว้นสำหรับการใช้รูปแบบการทามูระ-Nei ของการทดแทนเบื่อหน่าย สำหรับการอนุมานความทนทานของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชุดของยีนที่ใช้ในการวิเคราะห์นี้ถูกรวมจากข้อมูล l é of & de ไก่ ( 2004 ) และลำดับของสายพันธุ์เชื้อรา Aphanomyces
euteiches ATCC 201684 ( ay683887.1 af235939.1 Phytophthora อินเฟสทันส ( , , ) (
wgs-aatu-cont1-5907 wgs-aatu-cont1-5932 sojae ( , ) และ P ( aaqy01000172-1 aaqy01000172 เพิ่ม
, ) ของ lt6440 lt6456 lt6460 lt6465 , , , , lt6471 lt6466 , และ ,ซึ่งแยกได้จากเกาะ Sapelo lt6430
และแยกจากเกาะเซนต์ ไซมอน ( ตารางที่ 1 ) นอกจากนี้ในการวิเคราะห์คือ . vesicula ( CBS 152.96 ) และ H . tartarea ( CBS 208.95 ) .
ลำดับชิดใช้ mafft ( katoh et al . 2005 ) , V6 ( katoh &โต๊ะ 2008a ) โดยใช้ตัวเลือก q-ins-i ( katoh &โต
2008b ) หลังจากนั้นมีการวิวัฒนาการมาเพื่อดับ .เพื่อให้ตรวจสอบและหลีกเลี่ยงอัตนัย
อคติ ไม่มีคู่มือการแก้ไขยกเว้นสำหรับการชั้นนำและต่อท้ายช่องว่างนั้น ต้นไม้วิวัฒนาการขั้นถูกคำนวณโดยใช้ซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ phylogenetic Mega v4.0 ( ทามูระ et al . , 2007 ) ด้วยการตั้งค่าโรงงาน ยกเว้นการใช้รูปแบบการแทนที่นิวคลีโอไทด์ ทามูระ เนย . สำหรับระดับความแกร่งของ