นอกจากนี้ แนวทางการนำนโยบายไปปฎิบัติลักษณะแบบ Top-down ยังต้องคำนึงถึงด้านความซับซ้อนในการประสานการปฎิบัติของหน่วยงานต่างๆ โดยเฉพาะปัจจัยความขัดแย้งและความไม่สอดคล้องกันของเป้าหมายหลักที่มีมากกว่า 1 เป้าเหมาย ที่ อาภัสรา เฟื่องฟู (2555) เห็นว่า ในกระบวนการพูดคุยเพื่อสันติภาพ มีปัญหาคู่เจรจา เนื่องจากกลุ่มก่อความไม่สงบชายแดนภาคใต้ มีหลายกลุ่ม ไม่เปิดเผยตัวโครงสร้างและผู้นำ ทั้งมีกลุ่มย่อย เซลล์อิสระในการปฎิบัติการ ทำให้เกิดปัจจัยความซับซ้อนของกระบวนการตัดสินใจ โดยที่แต่ละกลุ่มไม่สามารถตัดสินใจไปในทิศทางเดียวกันได้ เลยทำให้เกิดความซับซ้อนในการตัดสินใจของแต่ละกลุ่ม นอกจากนี้ ความไม่เป็นเอกภาพระหว่างรัฐบาลกับกองทัพ กล่าวคือรัฐบาลจัดให้มีการพูดคุยสันติภาพ ขณะที่กองทัพยังแสดงท่าทีแข็งกร้าว ปฎิเสธแนวทางดังกล่าว ทำให้เกิดความซับซ้อนของกระบวนการตัดสินใจขึ้น (อาภัสรา เฟื่องฟู ,2555) ตามตารางที่ 2.1 ตารางเปรียบเทียบปัจจัยที่มีผลต่อการนำนโยบายไปปฎิบัติของนักวิชาการที่เกี่ยวข้องกับบทเรียนประเทศไทย