Traditionally, metabolic models onl

Traditionally, metabolic models only predict metabolic fluxes. Although this is directly applicable to the metabolites that we want to produce, such as DMDS, this does not suffice to answer our questions regarding the impact of the whole system. Therefore, we added the production of all the proteins of interest as if they are metabolites. For this we used the protein sequences to determine the correct stoichiometric ratio of amino acids [18]. The other side-substrates/products are in the same ratio as described for production of proteins for the biomass reaction in the GSMM. In the model Promoter Design the protein production rate is estimated.

As our metabolites of interest (DAPG, DMDS, DMTS) were not yet included in the GSMM, we had to deduce their production pathways based on databases and literature information [19,20,21,22](pathways and metabolites). Furthermore, we took special care that all added pathways are stoichiometrically balanced, which is essential for proper and reliable integration in a GSMM. To get the most realistic results we need to set a biologically relevant production rate. This can be done by estimating a production range with in vivo data from literature.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ประเพณี เผาผลาญรุ่นทำนายตัวช่วยหลอมเผาผลาญเท่านั้น แม้ว่าจะเกี่ยวข้องโดยตรงกับสารที่เราต้องการผลิต เช่น DMDS นี้ไม่พอจะตอบคำถามของเราเกี่ยวกับผลกระทบทั้งระบบ ดังนั้น เรายังเพิ่มการผลิตโปรตีนทั้งหมดที่น่าสนใจว่าพวกเขาเป็นสาร สำหรับนี้ เราใช้ลำดับโปรตีนที่กำหนดถูกต้อง stoichiometric สัดส่วนกรดอะมิโน [18] ด้านข้างพื้นผิว/ผลิตภัณฑ์อื่น ๆ ได้ในอัตราส่วนเดียวกันตามที่อธิบายไว้สำหรับการผลิตโปรตีนสำหรับปฏิกิริยาชีวมวลในการ GSMM ในรูปแบบดีไซน์ของโปรโมเตอร์ อัตราการผลิตโปรตีนประมาณเป็นสารที่เราสนใจ (DAPG, DMDS, DMTS) ไม่ได้รวมอยู่ใน GSMM เรามีวิถีการผลิตของพวกเขาตามฐานข้อมูลและข้อมูลเอกสารประกอบการคาดเดา [19,20,21,22](pathways and metabolites) นอกจากนี้ เราเอาทั้งหมดเพิ่มทางเดินที่มี stoichiometrically ความสมดุล ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการรวมที่เหมาะสม และน่าเชื่อถือใน GSMM การดูแลเป็นพิเศษ การได้รับผลลัพธ์สมจริงที่สุด เราต้องกำหนดอัตราการผลิตทางชีวภาพที่เกี่ยวข้อง นี้สามารถทำได้ โดยการประเมินช่วงการผลิตที่ มีข้อมูลในสัตว์ทดลองจากวรรณคดี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตามเนื้อผ้ารุ่นเผาผลาญเพียงทำนายฟลักซ์การเผาผลาญอาหาร แม้ว่านี่จะเป็นตรงที่ใช้บังคับกับสารที่เราต้องการในการผลิตเช่น DMDS นี้ไม่พอเพียงที่จะตอบคำถามของเราเกี่ยวกับผลกระทบของระบบทั้งหมด ดังนั้นเราจึงเพิ่มการผลิตโปรตีนทั้งหมดที่น่าสนใจว่าพวกเขาจะสาร สำหรับวันนี้เราใช้โปรตีนในการกำหนดอัตราส่วนทางทฤษฎีที่ถูกต้องของกรดอะมิโน [18] ด้านพื้นผิว / ผลิตภัณฑ์อื่น ๆ อยู่ในอัตราส่วนเดียวกันตามที่อธิบายไว้สำหรับการผลิตโปรตีนสำหรับปฏิกิริยาชีวมวลใน GSMM ในรูปแบบการออกแบบโปรโมเตอร์โปรตีนอัตราการผลิตอยู่ที่ประมาณ.

ในฐานะที่เป็นสารของเราที่น่าสนใจ (DAPG, DMDS, DMTS) ยังไม่รวมอยู่ใน GSMM เรามีทางเดินที่จะอนุมานผลิตของพวกเขาขึ้นอยู่กับฐานข้อมูลและข้อมูลวรรณกรรม [19,20, 21,22] (ทุลักทุเลและสาร) นอกจากนี้เราเอาดูแลพิเศษที่เพิ่มเข้ามาตลอดทางเดินมีความสมดุล stoichiometrically ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการรวมที่เหมาะสมและเชื่อถือได้ใน GSMM เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่สมจริงที่สุดเราจำเป็นต้องกำหนดอัตราการผลิตที่เกี่ยวข้องทางชีวภาพ ซึ่งสามารถทำได้โดยการประมาณช่วงการผลิตที่มีข้อมูลในร่างกายจากวรรณกรรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผ้า รุ่นการเผาผลาญสลายแค่เดา 2 . แม้ว่าจะโดยตรงใช้ได้กับ สายพันธุ์ที่เราต้องการผลิต เช่น dmds นี้ไม่เพียงพอที่จะตอบคำถามเกี่ยวกับผลกระทบของทั้งระบบ ดังนั้นเราจึงเพิ่มการผลิตของโปรตีนที่น่าสนใจ เช่นถ้าพวกเขามีหลายชนิด . นี้เราใช้โปรตีน ลำดับเพื่อหาอัตราส่วนอัตราส่วนที่ถูกต้องของกรดอะมิโน [ 18 ] พื้นผิวด้านผลิตภัณฑ์อื่น ๆในอัตราส่วนเดียวกันตามที่อธิบายไว้ในการผลิตโปรตีนสำหรับมวลปฏิกิริยาใน gsmm . ในรูปแบบการออกแบบการผลิตโปรตีนเท่ากันคือประมาณเป็นสายพันธุ์ที่เราสนใจ ( dapg dmds dmts , , ) ที่ยังไม่ได้รวมอยู่ใน gsmm เราได้มีการสรุปแนวทางการผลิตของพวกเขาบนพื้นฐานของฐานข้อมูลและข้อมูล [ วรรณกรรม 19,20,21,22 ] ( เซลล์และสาร ) นอกจากนี้ เราได้ดูแลพิเศษที่เพิ่มทุกเส้นทางจะ stoichiometrically สมดุล ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการรวมที่เหมาะสมและเชื่อถือได้ใน gsmm . เพื่อให้ได้ผลที่สมจริงมากที่สุดเราต้องกำหนดอัตราการผลิตทางชีววิทยาที่เกี่ยวข้อง นี้สามารถทำได้โดยการประมาณช่วงการผลิตกับข้อมูลในร่างกายจากวรรณคดี