2.6. Data analysisAfter 16S rRNA se

2.6. Data analysis
After 16S rRNA sequencing, the reads were sorted to the samples
according to barcodes, and the barcode and primers were removed.
The low-quality reads (i.e., quality score b 25) were discarded
using Trimmomatic (v0.30, http://www.usadellab.org/cms/?page=
trimmomatic). The clean reads were joined using ‘make.contigs’ in
the Mothur software package (v 1.34.0 (http://www.mothur.org).
Quality filtering on the sequences was performed, and sequences
that did not fulfill the necessary criteria (i.e., length between 400
and 480 bp and no ambiguous bases) were discarded.
The clean sequences were clustered into operational taxonomic
units (OTUs) with the UCLUST method at 97% similarity using Qiime
(http://qiime.org/tutorials/otu_picking.html). The most frequent OTUs
were plotted on a heatmap. One representative sequence for each OTU
was selected and assigned to taxonomic category using the Ribosomal
Database Program (RDP) classifier at a confidence threshold of 0.97.
The RDP classifier uses the Greengenes 16S rRNA gene database (13_8
release http://greengenes.secondgenome.com/), which has taxonomic
categories predicted down to the genus level.
Statistical analysis was conducted using SPSS Statistics 19 (IBM
Corp., Armonk, NY, USA). One-way ANOVA was used to detect the differences
in antioxidant enzyme activities and chlorophyll fluorescence
characteristics among different treatment systems, and two-way
ANOVA was used to evaluate the effects of TAP loading, sampling site
and season on plant photosynthetic parameters and enzyme activities
in the substrate.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.6. ข้อมูลวิเคราะห์หลังจากจัดลำดับ 16S rRNA อ่านในถูกเรียงลำดับไปตัวอย่างตามบาร์โค้ด บาร์โค้ดและไพรเมอร์ออกอ่านคุณภาพต่ำ (เช่น คุณภาพคะแนน b 25) ถูกละทิ้งใช้ Trimmomatic (v0.30, http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic) อ่านสะอาดเข้าร่วมกับการใช้ 'make.contigs' ในแพคเกจซอฟต์แวร์ Mothur (v 1.34.0 (http://www.mothur.org)คุณภาพกรองลำดับการดำเนินการ และลำดับที่ไม่ปฏิบัติตามเงื่อนไขที่จำเป็น (เช่น ความยาวระหว่าง 400และ 480 bp และฐานไม่ชัดเจน) ถูกละทิ้งลำดับที่สะอาดมีคลัสเตอร์ในงานอนุกรมวิธานหน่วย (OTUs) ด้วยวิธี UCLUST ที่คล้าย 97% ใช้ Qiime(http://qiime.org/tutorials/otu_picking.html) OTUs บ่อย ๆถูกพล็อตใน heatmap หนึ่งตัวแทนลำดับสำหรับแต่ละ OTUกำหนดให้ และเลือกประเภทอนุกรมวิธานใช้ Ribosomalฐานข้อมูลโปรแกรม (RDP) ลักษณนามที่ขีดจำกัดความเชื่อมั่นของ 0.97ใช้ลักษณนาม RDP Greengenes 16S rRNA ยีนฐาน (13_8ปล่อย http://greengenes.secondgenome.com/), ซึ่งมีอนุกรมวิธานประเภททำนายลงไปถึงระดับสกุลดำเนินการวิเคราะห์ทางสถิติโดยใช้สถิติ SPSS 19 (IBMคอร์ป Armonk, NY สหรัฐอเมริกา) ใช้การตรวจสอบความแตกต่างทางเดียว ANOVAในกิจกรรมของเอนไซม์ต้านอนุมูลอิสระและสารเรืองแสงคลอโรฟิลล์ลักษณะ ระบบบำบัดแตกต่างกัน และสองทางใช้ ANOVA ในการประเมินผลกระทบของแตะโหลด สุ่มตัวอย่างเว็บไซต์และพารามิเตอร์การสังเคราะห์แสงของพืชและเอนไซม์ในพื้นผิว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.6 การวิเคราะห์ข้อมูล
หลังจาก 16S rRNA ลำดับอ่านจะถูกจัดเรียงตัวอย่าง
. ตามบาร์โค้ดและบาร์โค้ดและไพรเมอร์ที่ถูกถอดออก
คุณภาพต่ำอ่าน (เช่นคะแนนคุณภาพของ B 25) ถูกยกเลิก
ใช้ Trimmomatic (v0.30 http: //www.usadellab.org/cms/?page=
trimmomatic) ทำความสะอาดอ่านได้เข้าร่วมโดยใช้ 'make.contigs ใน
แพคเกจซอฟต์แวร์ Mothur (V 1.34.0 (http://www.mothur.org).
กรองคุณภาพในลำดับที่ได้ดำเนินการและลำดับ
ที่ไม่ได้ปฏิบัติตามเกณฑ์ที่จำเป็น (เช่นความยาวระหว่าง 400
และ 480 bp และไม่มีฐานคลุมเครือ) ถูกยกเลิก.
ลำดับที่สะอาดถูกคลัสเตอร์เข้าไปในการจัดหมวดหมู่การดำเนินงาน
หน่วย (Otus) ด้วยวิธีการ UCLUST ที่ 97% โดยใช้ความคล้ายคลึงกัน Qiime
(http://qiime.org/tutorials/ otu_picking.html). บ่อยที่สุด Otus
ถูกจุดบนแผนที่ความร้อนได้. หนึ่งลำดับตัวแทนสำหรับแต่ละ OTU
ได้รับการแต่งตั้งและมอบหมายให้หมวดหมู่การจัดหมวดหมู่โดยใช้ยีน ribosomal
โปรแกรมฐานข้อมูล (RDP) ลักษณนามในเกณฑ์ความเชื่อมั่นของ 0.97.
คัดแยก RDP ใช้ Greengenes 16S rRNA ฐานข้อมูลของยีน (13_8
ปล่อย http://greengenes.secondgenome.com/) ซึ่งมีการจัดหมวดหมู่
ประเภทที่คาดการณ์ลงไปถึงระดับสกุล.
การวิเคราะห์ทางสถิติได้ดำเนินการโดยใช้โปรแกรม SPSS สถิติ 19 (ไอบีเอ็ม
คอร์ปอาร์มองก์, นิวยอร์ก, สหรัฐอเมริกา) One-way ANOVA ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบความแตกต่าง
ในการทำงานของเอนไซม์ต้านอนุมูลอิสระและคลอโรฟิลเรืองแสง
ลักษณะในระบบการรักษาที่แตกต่างกันและสองทาง
ANOVA ถูกนำมาใช้ในการประเมินผลกระทบของการโหลด TAP, เว็บไซต์การสุ่มตัวอย่าง
และฤดูพารามิเตอร์พืชสังเคราะห์แสงและกิจกรรมของเอนไซม์
ใน สารตั้งต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.6 การวิเคราะห์ข้อมูลหลังจากได้ลำดับเบส 16S rRNA , อ่านถูกแยกอย่างตามบาร์โค้ดและบาร์โค้ด และไพรเมอร์ที่ถูกถอดออกอ่านทั้งคุณภาพต่ำ ( เช่น คะแนนคุณภาพ B 25 ) ถูกยกเลิกการใช้ trimmomatic ( v0.30 http://www.usadellab.org/cms/ , ? หน้า =trimmomatic ) ความสะอาดอ่านได้เข้าร่วม " สูง " ในการทำแพคเกจซอฟต์แวร์ที่ mothur ( V 1.34.0 ( http : / / www.mothur . org )คุณภาพการกรองในขั้นตอนการปฏิบัติ และลำดับที่ไม่ได้ตอบสนองเกณฑ์ที่จำเป็น ( เช่น ความยาวระหว่าง 400และ 480 BP และไม่มีฐานไม่ชัดเจน ) ถูกยกเลิกความสะอาดอยู่ในลำดับอนุกรมวิธานแบบปฏิบัติการหน่วย ( ใน ) ด้วยวิธีที่คล้ายคลึงกัน uclust 97% ใช้ qiime( http : / / qiime . org / แบบฝึกหัด / otu_picking . html ) ที่พบบ่อยที่สุดในกำลังวางแผนกับ Heatmap . ตัวแทนหนึ่งลำดับสำหรับแต่ละ otuถูกเลือกและมอบหมายให้หมวดอนุกรมวิธานโดยใช้ไรโบโซมอลโปรแกรมการจัดการฐานข้อมูล ( RDP ) ลักษณนามที่ธรณีประตูของความเชื่อมั่น 0.97 .เพลงที่ใช้ greengenes 16S rRNA ยีนแบบฐานข้อมูล ( 13_8ปล่อย http : / / greengenes . secondgenome . com / ) ซึ่งมีการจัดหมวดหมู่ประเภททำนายลงไปถึงระดับสกุลการวิเคราะห์ทางสถิติจำนวนสถิติ SPSS 19 ( ไอบีเอ็มคอร์ป , คานส์ , NY , USA ) ทางเดียวคือใช้ตรวจสอบความแตกต่างในกิจกรรมของเอนไซม์สารต้านอนุมูลอิสระและคลอโรฟิลล์ฟลูออเรสเซนซ์ลักษณะของระบบการรักษาที่แตกต่างกันและสองทางการวิเคราะห์ความแปรปรวน ( ANOVA ) เพื่อศึกษาผลของการใช้เคาะโหลดเว็บไซต์ตัวอย่างและฤดูกาลต่อการสังเคราะห์แสงพืช และกิจกรรมของเอนไซม์ในพื้นผิว