3.3. Development of SSR markers Bas

3.3. Development of SSR markers
Based on the identified SSRs, we designed primer pairs using the Primer3 program (Koressaar and Remm, 2007). We
selected primer pairs for the di-nucleotide and tri-nucleotide repeat types, which were frequently used for SSR markers
according to previous studies. A total of 46 primer pairs were tested for their amplicon size and quality using 50 different
chrysanthemum cultivars by PCR. In the case of primer pairs that did not amplify any fragments, gradient PCR was performed
to identify an optimal annealing temperature. Primer pairs amplifying at least one fragment were further selected. A total of
16 out of 46 primer pairs showed several polymorphisms with reliable PCR amplicons using genomic DNA from 50 tested
chrysanthemum cultivars (Table 4). The number of alleles per locus varied from 1 to 15, with an average of 6.25 alleles. In
particular, the CM04 and CM05 markers showed 15 alleles, whereas CM16 exhibited only one allele. The expected hetero-
zygosity (He) ranged from 0 to 0.8958, and the polymorphism information content (PIC) ranged from 0 to 0.8872.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.3 การพัฒนาเครื่องหมาย SSR ตาม identified SSRs เรามาคู่รองพื้นโดยใช้โปรแกรม Primer3 (Koressaar และ Remm, 2007) เรารองพื้นเลือกคู่ดินิวคลีโอไทด์และนิวคลีโอไทด์ tri ซ้ำชนิด ซึ่งมักใช้สำหรับเครื่องหมาย SSRตามการศึกษาก่อนหน้านี้ ทดสอบทั้งหมด 46 คู่รองพื้น amplicon ขนาดและคุณภาพที่ใช้แตกต่างกัน 50พันธุ์เบญจมาศ โดย PCR ในกรณีของคู่รองพื้นที่ไม่ขยายชิ้นส่วนใด ๆ ทำ PCR ไล่ระดับระบุอุณหภูมิหลอมตัวสูงสุด เพิ่มเติมก็เลือกคู่พื้นมือส่วนน้อย ผลรวมของ16 จากทั้งหมด 46 คู่พื้นพบหลาย polymorphisms กับ PCR amplicons เชื่อถือได้ที่ใช้ genomic DNA จาก 50 ทดสอบพันธุ์เบญจมาศ (ตาราง 4) จำนวน alleles ต่อโลกัสโพลแตกต่างกันจาก 1 ถึง 15 โดยเฉลี่ย 6.25 alleles ในเฉพาะ เครื่องหมาย CM04 และ CM05 พบ 15 alleles ในขณะที่ CM16 จัดแสดง allele หนึ่งเท่านั้น คาดว่า hetero-ไซโกซิตี (เขา) อยู่ในช่วงจาก 0 ถึง 0.8958 และเนื้อหาข้อมูลโพลิมอร์ฟิซึม (PIC) อยู่ในช่วงจาก 0 ถึง 0.8872

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.3 การพัฒนาเครื่องหมาย SSR
จาก SSRs เอ็ดสายการระบุเราได้ออกแบบคู่ไพรเมอร์โดยใช้โปรแกรม Primer3 (Koressaar และ Remm 2007) เรา
เลือกคู่ไพรเมอร์สำหรับ di-เบื่อหน่ายและประเภทซ้ำไตรเบื่อหน่ายซึ่งถูกนำมาใช้บ่อยสำหรับเครื่องหมาย SSR
ตามการศึกษาก่อนหน้านี้ รวม 46 คู่ไพรเมอร์ได้รับการทดสอบสำหรับขนาดของพวกเขา amplicon และคุณภาพที่แตกต่างกันโดยใช้ 50
ดอกเบญจมาศพันธุ์โดยวิธี PCR ในกรณีที่คู่ไพรเมอร์ที่ไม่ได้ขยายชิ้นส่วนใด ๆ ลาด PCR ได้ดำเนินการ
เพื่อระบุอุณหภูมิการหลอมที่ดีที่สุด คู่ประถมศึกษาปรากฏการณ์อย่างน้อยหนึ่งชิ้นส่วนได้รับการคัดเลือกต่อไป รวมของ
16 จาก 46 คู่ไพรเมอร์แสดงให้เห็นหลายความหลากหลายกับ amplicons PCR ที่เชื่อถือได้โดยใช้ดีเอ็นเอจาก 50 การทดสอบ
พันธุ์ดอกเบญจมาศ (ตารางที่ 4) จำนวนของอัลลีลต่อทางเดินที่แตกต่างกัน 1-15 โดยมีค่าเฉลี่ย 6.25 อัลลีล ใน
โดยเฉพาะอย่างยิ่ง CM04 และเครื่องหมาย CM05 แสดงให้เห็นว่า 15 อัลลีลในขณะที่ CM16 แสดงเพียงคนเดียวที่อัลลีล hetero- คาดว่า
ไซโกซิตี (เขา) อยู่ระหว่าง 0-.8958 และเนื้อหาข้อมูล polymorphism (PIC) อยู่ระหว่าง 0-.8872

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.3 . การพัฒนาเครื่องหมาย SSR
ตาม identi จึงเอ็ด ssrs เราออกแบบไพรเมอร์คู่โดยใช้โปรแกรม primer3 ( koressaar และ เรมม์ , 2007 ) เราเลือกรองพื้นคู่กับ ดิ
ลำดับเบสนิวคลีโอไทด์สามประเภทซ้ำ ซึ่งมักใช้เครื่องหมาย SSR
ตามการศึกษาก่อนหน้านี้ . ทั้งหมด 46 คู่ไพรเมอร์และการทดสอบขนาดและคุณภาพของพวกเขาโดยใช้ที่แตกต่างกัน 50
เบญจมาศพันธุ์โดย PCR ในกรณีของไพรเมอร์คู่ที่ไม่ได้ขยายใด ๆชิ้นส่วน , ลาด PCR ทำการ
ระบุอุณหภูมิการอบอ่อนที่เหมาะสม . ไพรเมอร์คู่ขยายอย่างน้อยหนึ่งชิ้นได้เลือก จำนวน 16 จาก 46
คู่ไพรเมอร์ พบหลายพันธุ์ด้วยวิธี PCR amplicons ที่เชื่อถือได้โดยใช้ดีเอ็นเอจาก 50 ทดสอบ
พันธุ์เบญจมาศ ( ตารางที่ 4 )จำนวนอัลลีลต่อความเชื่อที่แตกต่างกันจาก 1 ถึง 15 เฉลี่ย 6.25 อัลลีล ใน
โดยเฉพาะ , และเครื่องหมายแสดง cm04 cm05 15 อัลลีล ( allele ) cm16 คนเดียว . ความคาดหวังอื่น
ไซโกซิตี ( เขา ) มีค่าระหว่าง 0 ถึง 0.8958 และข้อมูล polymorphism content ( PIC ) มีค่าระหว่าง 0 ถึง 0.8872 .