Total (viable and dead) bacteria were quantified with the
LightCycler 1.1 system (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim,
Germany). The uidA beta-D-glucuronidase gene from E. coli and the
slo streptolysin O gene from S. pyogenes were amplified with the
primers listed in Table 1. The uidA-F (forward) and uidA-R (reverse)
primers were designed previously.9 The other primers weredesigned using Primer-BLAST software.10 SYBR Premix Ex Taq
(Takara Bio Inc., Otsu, Japan) was used for real-time PCR. In each
glass capillary tube, 2 mL extracted DNA were added to 23 mL PCR
mixture containing 12.5 mL SYBR Premix Ex Taq (2 concentration;
containing Takara Ex Taq HS, dNTP mixture, Mg2þ, and
SYBR Green I), 1 mL primer mixture (5 mM each primer), and 9.5 mL
H2O (PCR grade). The following PCR conditions were used: an initial
denaturation step of 2 min at 95 C, followed by 36 cycles of 95 C
denaturation for 10 s and 65 C annealing and extension for 45 s.
The amplification reactions and data acquisition were performed
using a LightCycler 1.1 (Roche Diagnostics). To avoid crosscontamination,
pre-PCR sample processing was performed in a
separate room. To check for the amplification of human DNA, K562
DNA (Promega Corporation, Madison, WI) was used as a template
for real-time PCR.
Total (viable and dead) bacteria were quantified with theLightCycler 1.1 system (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim,Germany). The uidA beta-D-glucuronidase gene from E. coli and theslo streptolysin O gene from S. pyogenes were amplified with theprimers listed in Table 1. The uidA-F (forward) and uidA-R (reverse)primers were designed previously.9 The other primers weredesigned using Primer-BLAST software.10 SYBR Premix Ex Taq(Takara Bio Inc., Otsu, Japan) was used for real-time PCR. In eachglass capillary tube, 2 mL extracted DNA were added to 23 mL PCRmixture containing 12.5 mL SYBR Premix Ex Taq (2 concentration;containing Takara Ex Taq HS, dNTP mixture, Mg2þ, andSYBR Green I), 1 mL primer mixture (5 mM each primer), and 9.5 mLH2O (PCR grade). The following PCR conditions were used: an initialdenaturation step of 2 min at 95 C, followed by 36 cycles of 95 Cdenaturation for 10 s and 65 C annealing and extension for 45 s.The amplification reactions and data acquisition were performedusing a LightCycler 1.1 (Roche Diagnostics). To avoid crosscontamination,pre-PCR sample processing was performed in aseparate room. To check for the amplification of human DNA, K562DNA (Promega Corporation, Madison, WI) was used as a templatefor real-time PCR.
การแปล กรุณารอสักครู่..
รวม (ทำงานได้และตาย) ปริมาณแบคทีเรียที่มี
LightCycler? 1.1 ระบบ (Roche Diagnostics GmbH, ไฮม์,
เยอรมนี) ยีนเบต้า-D-glucuronidase uidA จากเชื้อ E. coli
และยีนSLO Streptolysin O จาก pyogenes
เอสถูกขยายด้วยไพรเมอร์ที่ระบุไว้ในตารางที่1 uidA-F (ไปข้างหน้า) และ uidA-R (ย้อนกลับ)
ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบมาก่อนหน้านี้ 0.9 ไพรเมอร์อื่น ๆ weredesigned ใช้รองพื้น-ระเบิด software.10 SYBR? พรีมิกซ์ Ex Taq?
(Takara Bio อิงค์ Otsu, ญี่ปุ่น) ที่ใช้สำหรับ PCR แบบ real-time ในแต่ละหลอดเส้นเลือดฝอยแก้ว 2 มิลลิลิตรสกัดดีเอ็นเอถูกเพิ่มเข้าไปใน 23 มิลลิลิตร PCR ส่วนผสมที่มี 12.5 มิลลิลิตร SYBR? พรีมิกซ์ Ex Taq? (2 ความเข้มข้น?? มี Takara Ex Taq HS ผสม dNTP, Mg2þและ? SYBR สีเขียว I) ส่วนผสมไพรเมอร์ 1 มิลลิลิตร (5 มิลลิแต่ละไพรเมอร์) และ 9.5 มิลลิลิตร H2O (เกรด PCR) ต่อไปนี้เงื่อนไข PCR ถูกนำมาใช้: เริ่มต้นขั้นตอนdenaturation 2 นาทีที่ 95 C ตามด้วย 36 รอบ 95 C? denaturation 10 และ 65 หลอมซีและส่วนขยายสำหรับ 45 หรือไม่?. ปฏิกิริยาการขยายและการเก็บข้อมูลได้ดำเนินการใช้ LightCycler หรือไม่? 1.1 (Roche Diagnostics) เพื่อหลีกเลี่ยงการ crosscontamination, การประมวลผลตัวอย่างก่อน-PCR ได้ดำเนินการในห้องแยกต่างหาก เพื่อตรวจสอบการขยายของดีเอ็นเอมนุษย์ K562 ดีเอ็นเอ (Promega คอร์ปอเรชั่น Madison, WI) ถูกนำมาใช้เป็นแม่แบบสำหรับPCR แบบ real-time
การแปล กรุณารอสักครู่..