These primers bind at various ‘best

These primers bind at various ‘best-fit’ sequences on the denatured DNA under low stringency conditions and extend efficiently to give short amplicons. In subsequent cycling, conditions are made more stringent so that primers continue to bind to best-fit sequences and generate products of fixed lengths. Their (products) electrophoresis and staining produces the fingerprint. RAPD has the main advantage that no prior sequence information is required. Moreover, the entire genomic sequence is explored for comparison. Since the primers are not directed against any particular genetic locus, several priming events can result from variations in experimental conditions, making rigorous standardization of the method essential. The major disadvantage of this method is lack of inter-laboratory reproducibility. A little change in protocol, primers, polymerase or DNA extraction may give different results.
RAPD has been used for typing of a number of bacteria using 10-mer primers (oligonucleotides consisting of 10 nucleotides). It was carried out for Campylobacter coli and C. jejuni (Madden et al., 1996), Listeria monocytogenes (Czajka et al., 1993), Staphylococcus haemolyticus (Young et al., 1994), Vibrio vulnificus (Warner and Oliver, 1999). In V. vulnificus typing, discriminatory power of RAPD was highlighted; a difference in band patterns was obtained between encapsulated and non-encapsulated isogenic morphotypes.
Another version of RAPD is AP-PCR i.e. arbitrarily primed PCR in which PCR is carried out with arbitrary primers. Here, PCR is carried out using >20-mer primers instead of 10-mer (RAPD). Other details of the methodology remain similar (Welsh and McClelland, 1990; Williams et al., 1990, Welsh and McClelland, 1993). Recently, to promote reliability and reproducibility of arbitrarily primed PCR, various procedures have been recommended by Tyler et al. (1997).
Direct amplification fingerprinting (DAF) is another method based upon amplification of DNA using arbitrary primers. Here the arbitrary primers used are very short (5-8 bases in length). This is not frequently used because this method gives complicated fingerprints consisting of a large number of bands, which could only be distinguished by silver staining technique (not by ethidium bromide/fluorescence). Moreover, separation of these small fragments requires the use of polyacrylamide (instead of agarose) gel.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไพรเมอร์เหล่านี้ผูกที่ลำดับต่าง ๆ 'พอดีดีที่สุด' บน DNA denatured ภายใต้เงื่อนไข stringency ต่ำ และขยายประสิทธิภาพให้ amplicons สั้น ในจักรยานตามมา เงื่อนไขจะเข้มงวดมากขึ้นเพื่อให้ไพรเมอร์ยังผูกกับลำดับพอดีดีที่สุด และสร้างผลิตภัณฑ์ของความยาวที่คงที่ การ electrophoresis (ผลิตภัณฑ์) และย้อมสีสร้างลายนิ้วมือ อาร์เอพีดีมีประโยชน์หลักที่ว่า ไม่ทราบลำดับข้อมูลจำเป็น นอกจากนี้ ลำดับ genomic ทั้งสำรวจเปรียบเทียบ เนื่องจากไพรเมอร์ที่ไม่ตรงกับโลกัสโพลทางพันธุกรรมใด ๆ เฉพาะ หลายเหตุการณ์ด้วยอาจส่งผลจากการเปลี่ยนแปลงในเงื่อนไขการทดลอง การวิธีการมาตรฐานที่เข้มงวดจำเป็น ข้อเสียหลักของวิธีนี้คือ ขาด inter-laboratory reproducibility เปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในการโพรโทคอล ไพรเมอร์ พอลิเมอเรส หรือสกัดดีเอ็นเออาจให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างอาร์เอพีดีได้ถูกใช้สำหรับการพิมพ์จำนวนแบคทีเรียใช้ไพรเมอร์ 10-แมร์ (oligonucleotides ประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์ 10) จะถูกดำเนินการ Campylobacter coli jejuni C. (Madden et al., 1996), ออลิ monocytogenes (Czajka et al., 1993), Staphylococcus haemolyticus (หนุ่มร้อยเอ็ด al., 1994), vulnificus ต่อ (วอร์เนอร์และ Oliver, 1999) ใน V. vulnificus พิมพ์ อำนาจโจ่งแจ้งของอาร์เอพีดีได้เน้น ความแตกต่างในรูปแบบวงดนตรีได้รับระหว่างสรุป และ นึ้ไม่ morphotypes isogenicรุ่นอื่นของอาร์เอพีดีเป็น AP PCR เช่นโดยงเยีย PCR ที่ PCR จะดำเนินการ ด้วยไพรเมอร์ที่กำหนด ที่นี่ PCR ดำเนินใช้ > ไพรเมอร์ 20 แมร์แทน 10-แมร์ (อาร์เอพีดี) รายละเอียดอื่น ๆ ของวิธียัง คล้าย (ชาวเวลส์และ McClelland, 1990 วิลเลียมส์และ al., 1990 ชาวเวลส์และ McClelland, 1993) ล่าสุด เพื่อส่งเสริมความน่าเชื่อถือและ reproducibility ของ PCR โดยมีการรอง ขั้นตอนต่าง ๆ มีการแนะนำโดยไทเลอร์ et al. (1997)ขยายตรงลายพิมพ์ (เยอรมัน) เป็นวิธีการอื่นตามขยายดีเอ็นเอโดยใช้ไพรเมอร์ที่กำหนด นี่ไพรเมอร์กำหนดที่ใช้ได้สั้นมาก (5-8 ฐานยาว) นี้ไม่ใช้บ่อยเนื่องจากวิธีนี้ทำให้ลายนิ้วมือที่ซับซ้อนที่ประกอบด้วยจำนวนมากของวง ซึ่งอาจแตกต่างไป โดยเงินเทคนิคย้อมสี (ไม่ใช่ โดยโบรไมด์ ethidium/fluorescence) เท่านั้น นอกจากนี้ แยกชิ้นส่วนเล็ก ๆ เหล่านี้ต้องใช้เจล polyacrylamide (แทน agarose)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์เหล่านี้ผูกที่ต่าง ๆ ที่ดีที่สุดพอดี 'ในลำดับดีเอ็นเอแปลงสภาพภายใต้เงื่อนไขที่เข้มงวดในระดับต่ำและขยายได้อย่างมีประสิทธิภาพเพื่อให้ amplicons สั้น ในการขี่จักรยานที่ตามมาจะทำเงื่อนไขที่เข้มงวดมากขึ้นเพื่อที่ว่าไพรเมอร์ยังคงผูกกับลำดับที่ดีที่สุดพอดีและสร้างผลิตภัณฑ์ที่มีความยาวคงที่ ของพวกเขา (สินค้า) และการย้อมสีอิเล็กผลิตลายนิ้วมือ อาร์เอพีมีความได้เปรียบหลักที่ไม่มีข้อมูลที่ลำดับก่อนที่จะต้อง นอกจากนี้ลำดับจีโนมทั้งหมดจะถูกสำรวจเพื่อเปรียบเทียบ ตั้งแต่ไพรเมอร์จะไม่ได้กำกับกับสถานที่ทางพันธุกรรมใด ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเหตุการณ์รองพื้นหลายเป็นผลมาจากการเปลี่ยนแปลงในเงื่อนไขการทดลองทำให้มาตรฐานที่เข้มงวดของวิธีการที่สำคัญ ข้อเสียที่สำคัญของวิธีนี้คือการขาดการทำสำเนาระหว่างห้องปฏิบัติการ การเปลี่ยนแปลงเล็ก ๆ น้อย ๆ ในโปรโตคอลไพรเมอร์, โพลิเมอร์หรือการสกัดดีเอ็นเออาจให้ผลลัพธ์ที่แตกต่าง.
RAPD ถูกนำมาใช้สำหรับการพิมพ์ของจำนวนแบคทีเรียโดยใช้ไพรเมอร์ 10 แมร์ (oligonucleotides ประกอบด้วยนิวคลีโอ 10) มันได้รับการดำเนินการสำหรับ Campylobacter coli และ C. jejuni (Madden et al., 1996), Listeria monocytogenes (Czajka et al., 1993), Staphylococcus haemolyticus (หนุ่ม et al., 1994) เชื้อ Vibrio vulnificus (วอร์เนอร์และโอลิเวอร์ 1999 ) ในการพิมพ์ V. vulnificus พลังงานเลือกปฏิบัติของดีเอ็นเอเป็นไฮไลต์; ความแตกต่างในรูปแบบวงดนตรีที่ได้รับระหว่างการห่อหุ้มและไม่ห่อหุ้มพันธุ์ morphotypes.
รุ่นของอาร์เอพีก็คือ AP-PCR คือ primed พล PCR PCR ที่จะดำเนินการกับไพรเมอร์โดยพลการ นี่ PCR จะดำเนินการใช้> ไพรเมอร์แมร์ 20 แทน 10 แมร์ (อาร์เอพี) รายละเอียดอื่น ๆ ของวิธีการที่ยังคงคล้ายกัน (เวลส์และแมคคลีแลนด์ 1990; วิลเลียมส์, et al, 1990, เวลส์และแมคคลีแลนด์ 1993). เมื่อเร็ว ๆ นี้เพื่อส่งเสริมความน่าเชื่อถือและการทำสำเนาของ primed พล PCR ขั้นตอนต่างๆได้รับการแนะนำโดยไทเลอร์และอัล (1997).
พิมพ์ลายนิ้วมือขยายโดยตรง (DAF) เป็นอีกวิธีหนึ่งที่ขึ้นอยู่กับการขยายของดีเอ็นเอโดยใช้ไพรเมอร์โดยพลการ นี่คือไพรเมอร์ที่ใช้โดยพลการจะสั้นมาก (5-8 ฐานยาว) นี้ไม่ได้ใช้บ่อยเพราะวิธีนี้จะช่วยให้รอยนิ้วมือที่มีความซับซ้อนซึ่งประกอบด้วยจำนวนมากของวงดนตรีซึ่งอาจจะโดดเด่นด้วยเทคนิคการย้อมสีเงิน (ไม่ได้โดย ethidium bromide / เรืองแสง) นอกจากนี้ยังมีการแยกชิ้นส่วนเล็ก ๆ เหล่านี้ต้องใช้อะคริเลต (แทน agarose) เจล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ไพรเมอร์เหล่านี้ผูกที่ต่างๆ ' พอดี ' ลำดับบนดีเอ็นเอเกิดภายใต้เงื่อนไข stringency ต่ำและขยายได้อย่างมีประสิทธิภาพเพื่อให้สั้น amplicons . ด้วยจักรยาน เงื่อนไขให้เข้มงวดมากขึ้นเพื่อให้ไพรเมอร์ยังคงผูกกับพอดี ลำดับและสร้างผลิตภัณฑ์หรือความยาว ( ผลิตภัณฑ์ ) และวิธีการสร้างลายนิ้วมือโดยได้ประโยชน์หลักที่ไม่ก่อนลำดับข้อมูลเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ลำดับจีโนมทั้งหมดเป็นข้อมูลเปรียบเทียบ เพราะด้วยไม่ตรงกับความเชื่อทางพันธุกรรมโดยเฉพาะใด ๆ หลาย ๆเหตุการณ์ที่เป็นผลมาจากการไล่ลมในเงื่อนไขการทดลอง สร้างมาตรฐานที่เข้มงวดของวิธีการที่จำเป็นข้อเสียที่สำคัญของวิธีนี้คือการตรวจสอบระหว่างห้องปฏิบัติการ การเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในขั้นตอนการสกัดดีเอ็นเอไพรเมอร์ใช้ หรืออาจจะให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างกัน โดยมีการใช้
พิมพ์จำนวนของแบคทีเรียโดยใช้ 10 เมอร์ ไพรเมอร์ ( โอลิโกนิวคลีโอไทด์ประกอบด้วย 10 นิวคลีโอไทด์ ) มันทำจากเชื้อที่ใช้ประกวดและ C ( Madden et al . , 1996 )วงแหวนแวนอัลเลน ( czajka et al . , 1993 ) , Staphylococcus haemolyticus ( หนุ่ม et al . , 1994 ) คะยั้นคะยอ ( วอร์เนอร์และโอลิเวอร์ , 1999 ) ใน V . vulnificus พิมพ์ดีดไฟฟ้า เลือกปฏิบัติ เน้นที่สุดคือ ความแตกต่าง ในรูปแบบวงดนตรีได้ระหว่างขึ้นและไม่ขึ้น isogenic morphotypes .
รุ่นอื่นด้วย ap-pcr ได้แก่โดยพลการ primed ใน PCR PCR ซึ่งดำเนินการด้วยไพรเมอร์โดยพลการ ที่นี่ , PCR โดยใช้ไพรเมอร์แทน 10 > 20 แมร์แมร์ ( RAPD ) รายละเอียดอื่น ๆของวิธีการยังคงคล้ายกัน ( และเวลส์ McClelland , 2533 ; วิลเลี่ยม et al . , 1990 , และเวลส์ McClelland , 1993 ) เมื่อเร็วๆ นี้ เพื่อส่งเสริมความน่าเชื่อถือและกระชับโดยพลการ primed PCR ,ขั้นตอนต่าง ๆได้รับการแนะนำโดยไทเลอร์ et al . ( 1997 )
( ( DAF ) ตรงลายเป็นอีกวิธีตามแบบของดีเอ็นเอโดยใช้ไพรเมอร์โดยพลการ ที่นี่โดยพลการใช้ไพรเมอร์ที่สั้นมาก ( 5-8 ฐานในความยาว ) นี้จะไม่ใช้บ่อย เพราะวิธีนี้จะช่วยให้ซับซ้อนลายนิ้วมือประกอบด้วยจำนวนมากของวงซึ่งจะแตกต่างจากการใช้เงิน ( ไม่ใช่ทิเดียมโบรไมด์ / เรืองแสง ) นอกจากนี้ การแยกเศษเล็ก ๆ เหล่านี้ต้องใช้ polyacrylamide ( แทน (
) เจล