Genomic DNA extraction and primer s

Genomic DNA extraction and primer selection
Total genomic DNA was also extracted from dried seeds according to the method described by Kang et al. (1998). After isolation of DNA, its quantity was determined spectrophotometrically at a wavelength of 260 and 280 nm using NanoDrop ND-1000 Spectrophotometer. The ratio between absorbance at 260 and 280 nm (260/280) was used to estimate DNA purity. DNA of each cultivar was diluted to a working concentration of 20 ng/μl for PCR/RAPD analysis.
Initially, three cultivars, one each from aromatic, non-aromatic and japonica type was used to optimize the RAPD protocols and select the suitable primers which exhibit polymorphisms between the three cultivars. Overall, 40 arbitrary decamer oligonucleotides, belonging to kit OPA and OPB from Operon Technologies Inc. (Alameda, California, USA), were tested as single primers to identify the most promising ones for detecting polymorphism. After an initial screen, 14 primers were ultimately chosen for further use on the basis of their ability to detect the polymorphism and produce the reliable and easily scorable banding patterns in rice cultivars. Among them, three primers could not amplify the DNA from some of the cultivars used. Therefore, finally the data of 11 primers were used and compiled to look at the genetic diversity and relationship among 35 commercial varieties and primitive cultivars of Pakistani rice.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Genomic DNA สกัดและสีรองพื้นการเลือกรวม genomic DNA ถูกสกัดจากเมล็ดแห้งตามวิธีที่อธิบายโดย Kang et al. (1998) หลังจากการแยกดีเอ็นเอ ปริมาณถูกกำหนด spectrophotometrically ที่ความยาวคลื่น 260 และ 280 nm โดยใช้เครื่องทดสอบกรดด่าง NanoDrop ND-1000 ของ อัตราส่วนระหว่าง absorbance ที่ 260 และ 280 nm (260/280) ถูกใช้เพื่อประเมินค่าความบริสุทธิ์ของดีเอ็นเอ ดีเอ็นเอของ cultivar ละถูกผสมให้เข้มข้นการทำงานของ ng 20 μl สำหรับการวิเคราะห์ PCR/อาร์ เอพีดีเริ่มต้น พันธุ์สาม หนึ่งละจากชนิดหอม ไม่หอม และ japonica ถูกใช้เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของโพรโทคอลที่การอาร์เอพีดี และเลือกไพรเมอร์ที่เหมาะสมที่แสดง polymorphisms ระหว่าง 3 พันธุ์ โดยรวม 40 กำหนด decamer oligonucleotides เป็นสมาชิกของ kit OPA และ OPB จาก Operon เทคโนโลยี อิงค์ (อเมริกัน แคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา), ทดสอบเป็นไพรเมอร์หนึ่งระบุว่าคนสำหรับการตรวจสอบโพลีมอร์ฟิซึม หลังจากหน้าจอการเริ่มต้น ไพรเมอร์ 14 ถูกที่สุดเลือกใช้เพิ่มเติมตามความสามารถในการตรวจสอบการโพลิมอร์ฟิซึม และผลิตรูปแบบ banding scorable ง่าย และเชื่อถือได้ในพันธุ์ข้าว ในหมู่พวกเขา ไพรเมอร์สามไม่สามารถขยายดีเอ็นเอจากพันธุ์ที่ใช้ ดังนั้น ในที่สุดข้อมูลของไพรเมอร์ที่ 11 ใช้ และคอมไพล์ดูความหลากหลายทางพันธุกรรมและความสัมพันธ์ระหว่างพันธุ์พาณิชย์ 35 และพันธุ์ดั้งเดิมของข้าวปากีสถาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สกัดดีเอ็นเอจีโนมและการเลือกรองพื้น
รวมดีเอ็นเอก็ยังสกัดจากเมล็ดแห้งตามวิธีการอธิบายโดยคังและคณะ (1998) หลังจากการแยกดีเอ็นเอปริมาณถูกกำหนด spectrophotometrically ที่ความยาวคลื่น 260 นาโนเมตรและ 280 โดยใช้ NanoDrop ND-1000 Spectrophotometer อัตราส่วนระหว่างดูดกลืนแสงที่ 260 นาโนเมตรและ 280 (260/280) ถูกนำมาใช้ในการประเมินความบริสุทธิ์ดีเอ็นเอ ดีเอ็นเอของพันธุ์แต่ละคนถูกเจือจางความเข้มข้นของการทำงานของ 20 ng / ไมโครลิตรสำหรับการวิเคราะห์ PCR / RAPD.
ในขั้นต้นสามสายพันธุ์หนึ่งจากแต่ละหอมไม่หอมและประเภท japonica ถูกใช้ในการเพิ่มประสิทธิภาพของโปรโตคอล RAPD และเลือกไพรเมอร์ที่เหมาะสมซึ่ง จัดแสดงความหลากหลายระหว่างสามสายพันธุ์ โดยรวม 40 oligonucleotides decamer พลที่อยู่ในประเภทชุด OPA และ OPB จาก Operon Technologies Inc. (Alameda, California, USA) ได้รับการทดสอบเป็นไพรเมอร์ซิงเกิ้ลที่จะระบุคนที่มีแนวโน้มมากที่สุดสำหรับการตรวจสอบความแตกต่าง หลังจากที่หน้าจอเริ่มต้น, 14 ไพรเมอร์ได้รับการแต่งตั้งในที่สุดสำหรับการใช้งานต่อไปบนพื้นฐานของความสามารถในการตรวจสอบความแตกต่างและผลิตที่เชื่อถือได้และ scorable ได้อย่างง่ายดายรูปแบบของพันธุ์ข้าว ในหมู่พวกเขาสามไพรเมอร์ไม่สามารถขยายดีเอ็นเอจากบางส่วนของสายพันธุ์ที่ใช้ ดังนั้นในที่สุดข้อมูลจาก 11 ไพรเมอร์ถูกนำมาใช้และเรียบเรียงจะมองไปที่ความหลากหลายทางพันธุกรรมและความสัมพันธ์ในหมู่ 35 พันธุ์และสายพันธุ์ดั้งเดิมของข้าวปากีสถาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสกัดดีเอ็นเอ และเลือกรองพื้น
รวมดีเอ็นเอยังสกัดจากเมล็ดแห้งตามวิธีการที่อธิบายโดยคัง et al . ( 1998 ) หลังจากการแยกดีเอ็นเอ ปริมาณของมัน พิจารณานี้ที่ความยาวคลื่น 260 และ 280 nm ใช้ nanodrop nd-1000 วัสดุ อัตราส่วนระหว่างค่าการดูดกลืนแสงที่ 260 และ 280 nm ( 260 / 280 ) คือใช้ในการประมาณค่าความบริสุทธิ์ ดีเอ็นเอดีเอ็นเอของแต่ละพันธุ์ถูกเจือจางในความเข้มข้นทำงาน 20 กรัม / ลิตร สำหรับμการวิเคราะห์ PCR / RAPD .
ตอนแรก , สามพันธุ์ หนึ่งในแต่ละ จากหอม ไม่หอม และการศึกษาชนิดใช้เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของโปรโตคอลและเลือกที่เหมาะสมด้วยไพรเมอร์ซึ่งมีความหลากหลายทั้ง 3 พันธุ์ รวม decamer โอลิโกนิวคลีโอไทด์ 40 ข้อ ,เป็นของโอภา kit และ opb จากโอเปอรอน Technologies Inc . ( เดินเล่น แคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา ) มาใช้เป็นวิธีเดียวที่จะระบุคนที่มีแนวโน้มมากที่สุดสำหรับการตรวจหา polymorphism . หลังจากหน้าจอเริ่มต้นที่ 14 โดยสุดเลือกใช้เพิ่มเติมบนพื้นฐานของความสามารถในการตรวจหา polymorphism และผลิตที่เชื่อถือได้และ scorable ได้อย่างง่ายดายแถบลวดลายในพันธุ์ข้าวในหมู่พวกเขาสามวิธีไม่สามารถขยาย DNA จากบางส่วนของพันธุ์ที่ใช้ ดังนั้นในที่สุดข้อมูลจาก 11 ชิ้นดีเอ็นเอที่ใช้และรวบรวมเพื่อดูความหลากหลายทางพันธุกรรมและความสัมพันธ์ระหว่าง 35 และพันธุ์การค้าพันธุ์ดั้งเดิมของปากีสถานข้าว .