Heatmap and hierarchical clustering

Heatmap and hierarchical clustering of log2 transformed RPKM was performed and visualized in R using the gplots package
. A gene expression pattern transition matrix was created between Hanoch and 53 expression clusters. For comparing between expression clusters, each cluster of Hanoch was compared with cluster of 53. GO enrichment tests were performed by using the GO enrichment tool of the Blast2GO .
To obtain the functional classification of DE genes in the development stages as well as between the cultivars Fisher exact tests were used for the determination of significant biological, molecular or cellular components (Qvalue < 0.05).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Heatmap และคลัสเตอร์ตามลำดับชั้นของ log2 RPKM รับการเปลี่ยนแปลงแก้ไขดำเนินการดู และใน R ที่ใช้แพคเกจ gplots . เมทริกซ์เปลี่ยนนิพจน์รูปแบบยีนที่สร้างระหว่าง Hanoch และกลุ่มนิพจน์ 53 สำหรับการเปรียบเทียบระหว่างกลุ่มนิพจน์ แต่ละคลัสเตอร์ของ Hanoch ถูกเปรียบเทียบกับคลัสเตอร์ของ 53 ไปดำเนินการทดสอบ โดยใช้เครื่องมือตกแต่งไปของ Blast2GO การตกแต่ง การขอรับการจัดประเภทการทำงานของยีนเดในขั้นการพัฒนาเป็นอย่างดีระหว่างพันธุ์ Fisher ทดสอบที่แน่นอนถูกนำมาใช้สำหรับการกำหนดส่วนสำคัญทางชีวภาพ โมเลกุล หรือเซลลูลาร์ (Qvalue < 0.05)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แผนที่ความนิยมและการจัดกลุ่มตามลำดับชั้นของ RPKM เปลี่ยน log2
ได้ดำเนินการและการมองเห็นในการวิจัยโดยใช้แพคเกจ แสดงออกของยีนที่เปลี่ยนแปลงรูปแบบเมทริกซ์ถูกสร้างขึ้นระหว่างฮาโนคและ 53 กลุ่มแสดงออก สำหรับการเปรียบเทียบระหว่างกลุ่มแสดงออกกลุ่มของฮาโนแต่ละคนถูกเมื่อเทียบกับกลุ่มของ 53 การทดสอบการเพิ่มปริมาณ GO ได้ดำเนินการโดยใช้เครื่องมือการเพิ่มปริมาณไปของ Blast2GO.
ที่จะได้รับการจัดหมวดหมู่การทำงานของยีนในขั้นตอนการพัฒนารวมทั้งระหว่างพันธุ์ ฟิชเชอร์การทดสอบที่ถูกต้องถูกนำมาใช้ในการตรวจวัดทางชีวภาพโมเลกุลหรือโทรศัพท์มือถือชิ้นส่วนอย่างมีนัยสำคัญ (Qvalue <0.05)