Internal transcribed spacer (ITS) r

Internal transcribed spacer (ITS) refers to the spacer DNA situated between the small-subunit ribosomal RNA (rRNA) and large-subunit rRNA genes in the chromosome or the corresponding transcribed region in the polycistronic rRNA precursor transcript. In bacteria and archaea, ITS is located between the 16S and 23S rRNA genes. On the other hand, there are two ITS's in eukaryotes; ITS1 is located between 18S and 5.8S rRNA genes, while ITS2 is between 5.8S and 25S (in plants, or 28S in animals) rRNA genes. ITS1 corresponds to the ITS in bacteria and archaea, while ITS2 originated as an insertion that interrupted the ancestral 23S rRNA gene.[1][2]

Genes encoding ribosomal RNA and spacers occur in tandem repeats that are thousands of copies long, each separated by regions of non-transcribed DNA termed intergenic spacer (IGS) or non-transcribed spacer (NTS). Sequence comparison of the ITS region is widely used in taxonomy and molecular phylogeny because it a) is easy to amplify even from small quantities of DNA (due to the high copy number of rRNA genes), and b) has a high degree of variation even between closely related species. This can be explained by the relatively low evolutionary pressure acting on such non-functional sequences.[citation needed]

For example, ITS has proven especially useful for elucidating relationships among congeneric species and closely related genera in Asteraceae[3] as well as clinically important yeast species.[4]

The ITS region is the most widely sequenced DNA region in molecular ecology of fungi[5] and has been recommended as the universal fungal barcode sequence.[6] It has typically been most useful for molecular systematics at the species level, and even within species (e.g., to identify geographic races). Because of its higher degree of variation than other genic regions of rDNA (for small- and large-subunit rRNA), variation among individual rDNA repeats can sometimes be observed within both the ITS and IGS regions. In addition to the standard ITS1+ITS4 primers[7] used by most labs, several taxon-specific primers have been described that allow selective amplification of fungal sequences (e.g., see Gardes & Bruns 1993 paper describing amplification of basidiomycete ITS sequences from mycorrhiza samples

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ภายในแผ่นรองทับ (ของ) อ้างถึงที่คั่นอยู่ระหว่างเล็กย่อย ribosomal RNA (rRNA) และใหญ่ย่อย rRNA ยีนในโครโมโซมหรือภูมิภาคทับตรงรายละเอียดสารตั้งต้นของ rRNA polycistronic ดีเอ็นเอ แบคทีเรียและอาร์เคีย ของอยู่ระหว่างยีน rRNA 16S และ 23S บนมืออื่น ๆ มีสองของใน eukaryotes ITS1 อยู่ระหว่าง 18 ปีและ 5.8S ยีน rRNA ขณะ ITS2 อยู่ระหว่าง 5.8S และ 25S (ในพืช หรือ 28S ในสัตว์) rRNA ยีน ITS1 สอดคล้องกับของแบคทีเรียและอาร์เคีย ขณะ ITS2 มาเป็นแทรกที่ขัดจังหวะของบรรพบุรุษ 23S rRNA ยีน [1] [2]ยีนที่เข้ารหัส ribosomal RNA และอวกาศเกิดขึ้นในแบบทำซ้ำที่มีหลายพันสำเนายาว แต่ละแยกตามภูมิภาคของดีเอ็นเอไม่ใช่ทับศัพท์เรียกว่าแผ่นรอง intergenic (IGS) หรือแผ่นรองไม่ใช่ทับศัพท์ (NTS) เปรียบเทียบลำดับของภูมิภาคถูกใช้ในระบบภาษีและมหาโมเลกุล เพราะ) เป็นการขยายจากปริมาณเล็กน้อยของดีเอ็นเอ (เนื่องจากสำเนาสูงจำนวนยีนใน rRNA), และ b) มีการผันแปรแม้ระหว่างญาติใกล้ชิดในระดับสูง นี้สามารถอธิบายความดันวิวัฒนาการที่ค่อนข้างต่ำในลำดับดังกล่าวไม่ทำงาน [อ้างจำเป็น]เช่น ของได้พิสูจน์ประโยชน์สำหรับแจ่มชัดความสัมพันธ์ congeneric ชนิดและสกุลที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดในวงศ์ทานตะวัน [3] เช่นเดียวกับสายพันธุ์ยีสต์ที่สำคัญทางการแพทย์ [4]เป็นพื้นที่ดีเอ็นเอตามลำดับอย่างแพร่หลายในระบบนิเวศระดับโมเลกุลของเชื้อรา [5] และได้รับการแนะนำเป็นลำดับเชื้อราโค้ดสากลภูมิภาคของ [6] มันจะได้ประโยชน์ที่สุดสำหรับอนุกรมวิธานระดับโมเลกุลของระดับสายพันธุ์ และแม้จะอยู่ ในสายพันธุ์ (เช่น การระบุเชื้อชาติภูมิศาสตร์) เนื่องจากระดับสูงของการเปลี่ยนแปลงมากกว่าภูมิภาคอื่น ๆ genic ของ rDNA (สำหรับเล็ก - และขนาดใหญ่ย่อย rRNA), ความผันแปรระหว่างบุคคล rDNA ทำซ้ำบางครั้งจะสังเกตได้จากภายในภูมิภาคทั้งของและ IGS นอกจากนี้มาตรฐาน ITS1 + ITS4 ไพรเมอร์ [7] ใช้ โดยห้องปฏิบัติการมากที่สุด ไพรเมอร์มันเฉพาะต่าง ๆ ไว้ให้เลือกขยายลำดับเชื้อรา (เช่น ดู Gardes และ 1993 บรันซ์อธิบายขยายลำดับของ basidiomycete ตัวอย่างไมคอไรซา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภายใน spacer คัดลอก (ITS) หมายถึงดีเอ็นเอ spacer ตั้งอยู่ระหว่างเล็กโซมอล subunit RNA (rRNA) และขนาดใหญ่ subunit rRNA ยีนในโครโมโซมหรือที่สอดคล้องภูมิภาคคัดลอกใน polycistronic rRNA ปูชนียบุคคลหลักฐาน ในเชื้อแบคทีเรียและเคียตั้งอยู่ระหว่างยีน 16S และ 23S rRNA บนมืออื่น ๆ มีสองของมันในยูคาริโอ; ITS1 ตั้งอยู่ระหว่าง 18S และ 5.8S ยีน rRNA ขณะ ITS2 อยู่ระหว่าง 5.8S และ 25S (ในพืชหรือ 28S ในสัตว์) ยีน rRNA ITS1 สอดคล้องกับในแบคทีเรียและเคีขณะ ITS2 มาเป็นแทรกที่ขัดจังหวะบรรพบุรุษของยีน 23S rRNA. [1] [2] ยีน RNA ไรโบโซมและ spacers เกิดขึ้นในซ้ำตีคู่ที่มีจำนวนสำเนายาวแต่ละคั่นด้วย ภูมิภาคของที่ไม่ได้คัดลอกดีเอ็นเอเรียกว่า spacer intergenic (IGS) หรือไม่คัดลอก spacer (NTS) เปรียบเทียบลำดับของภูมิภาคมีการใช้กันอย่างแพร่หลายในอนุกรมวิธานและวิวัฒนาการในระดับโมเลกุลเพราะมัน) เป็นเรื่องง่ายที่จะขยายแม้จะมาจากปริมาณขนาดเล็กของดีเอ็นเอ (เนื่องจากจำนวนสำเนาสูงของยีน rRNA) และข) มีระดับสูงของการเปลี่ยนแปลงแม้กระทั่ง ระหว่างเผ่าพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด นี้สามารถอธิบายได้ด้วยความดันวิวัฒนาการที่ค่อนข้างต่ำทำหน้าที่ในลำดับที่ไม่ใช่หน้าที่ดังกล่าว. [อ้างจำเป็น] ตัวอย่างเช่นที่มีการพิสูจน์แล้วว่ามีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับแจ่มชัดความสัมพันธ์ระหว่างชนิด congeneric และจำพวกที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดในแอสเทอ [3] เช่นเดียวกับความสำคัญทางคลินิก ยีสต์สายพันธุ์. [4] ภูมิภาค ITS คือภูมิภาคดีเอ็นเอส่วนใหญ่ติดใจกันอย่างแพร่หลายในระบบนิเวศในระดับโมเลกุลของเชื้อรา [5] และได้รับการแนะนำให้เป็นสากลลำดับบาร์โค้ดเชื้อรา. [6] จะได้รับมักจะมีประโยชน์มากที่สุดสำหรับระบบโมเลกุลที่สายพันธุ์ ระดับและแม้จะอยู่ในสปีชีส์ (เช่นการระบุการแข่งขันทางภูมิศาสตร์) เพราะการศึกษาระดับปริญญาที่สูงขึ้นของการเปลี่ยนแปลงกว่าภูมิภาคอื่น ๆ ของ Genic rDNA (สำหรับขนาดเล็กและขนาดใหญ่ subunit rRNA) การเปลี่ยนแปลงในหมู่บุคคล rDNA ซ้ำบางครั้งสามารถสังเกตได้ทั้งภายในและภูมิภาค IGS นอกจากนี้ยังมีมาตรฐานไพรเมอร์ ITS1 + ITS4 [7] ใช้โดยห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่หลายไพรเมอร์แท็กซอนเฉพาะได้รับการอธิบายที่ช่วยให้การขยายการคัดเลือกลำดับเชื้อรา (เช่นดู Gardes & Bruns 1993 กระดาษขยายอธิบายของ basidiomycete ลำดับจากตัวอย่าง mycorrhiza

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ภายในและ spacer ( ITS ) อ้างถึง spacer ดีเอ็นเอขนาดเล็กซึ่งตั้งอยู่ระหว่างไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอ ( rRNA ) และยีนในโครโมโซมขนาดใหญ่ซึ่งสร้างขึ้นหรือที่สอดคล้องกันในภูมิภาค polycistronic rRNA และนำใบรับรองผลการศึกษา ในแบคทีเรียและอาร์เคีย , ตั้งอยู่ระหว่าง 16S 23s rRNA และยีน บนมืออื่น ๆมี สอง มันเป็นยูแคริโอต ; its1 ตั้งอยู่ระหว่าง 18S rRNA ยีน และ 5.8s ในขณะที่ its2 ระหว่าง 5.8s 25s ( และในพืช หรือสัตว์ใน 28s ) rRNA ยีน its1 สอดคล้องกับในแบคทีเรียและอาร์เคียขณะที่ its2 ที่มาเป็นแทรกขัดจังหวะ 23s rRNA ยีนที่บรรพบุรุษ [ 1 ] [ 2 ]ยีนไรโบโซมอลอาร์เอ็นเอและ spacers การเข้ารหัสเกิดขึ้นควบคู่ทำซ้ำที่มีหลายพันเล่มยาว ในแต่ละภูมิภาคที่ไม่แยกโดยถ่ายทอด DNA spacer ( เรียกว่าส่า igs ) หรือไม่และ spacer ( NTS ) การเปรียบเทียบลำดับของภูมิภาคมีการใช้กันอย่างแพร่หลายในอนุกรมวิธานและโมเลกุลระบบเชื้อชาติ เพราะมันเป็นเรื่องง่ายที่จะขยาย ) แม้ปริมาณขนาดเล็กของ DNA ( เนื่องจากการคัดลอกตัวเลขสูงของ rRNA ยีน ) , และ B ) ได้ระดับสูงของการเปลี่ยนแปลงระหว่างชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด . นี้สามารถอธิบายได้โดยการทำเช่นความดันต่ำไม่ใช่หน้าที่ดังนี้ . [ อ้างอิงที่จำเป็น ]ตัวอย่างเช่น มันได้รับการพิสูจน์ที่มีประโยชน์โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง eneric ชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสกุลใน COMPOSITAE [ 3 ] เช่นเดียวกับสปีชีส์ยีสต์ทางคลินิกที่สำคัญ [ 5 ]ภูมิภาคของกันอย่างแพร่หลายมากที่สุดในภูมิภาคนี้ ดีเอ็นเอโมเลกุลนิเวศวิทยาของเชื้อรา [ 5 ] และได้รับการแนะนำเป็นสากลลำดับบาร์โค้ดรา [ 6 ] มันมักจะได้รับประโยชน์มากที่สุดสำหรับระบบที่สายพันธุ์ระดับโมเลกุล และแม้แต่ภายในชนิด ( เช่น ระบุเชื้อชาติ ภูมิศาสตร์ ) เพราะมันสูงกว่าระดับของการเปลี่ยนแปลงมากกว่าภูมิภาคอื่น ๆทำให้เป็นของ rDNA ( ขนาดเล็กและขนาดใหญ่ซึ่งสร้างขึ้น ) , รูปแบบของแต่ละชนิดซ้ำบางครั้งสามารถพบทั้งในและ igs ภูมิภาค นอกจากการ its1 มาตรฐาน + its4 ไพรเมอร์ [ 7 ] ใช้โดย Labs ที่สุด โดยเฉพาะหลายชนิดได้ถูกอธิบายไว้ว่า อนุญาตให้ขยายการเลือกลำดับของเชื้อรา ( เช่น เห็น gardes & บรันส์ 1993 กระดาษอธิบายแบบแบสิดิโ ัยซีสของลำดับจากตัวอย่าง ไมคอร์ไรซา