The genetic characterization of hep

The genetic characterization of hepatitis A virus (HAV) strains is commonly accomplished by sequencing subgenomic
regions, such as the VP1/P2B junction. HAV genome is not extensively variable, thus presenting opportunity for sharing
sequences of subgenomic regions among genetically unrelated isolates. The degree of misrepresentation of phylogenetic
relationships by subgenomic regions is especially important for tracking transmissions. Here, we analyzed whole-genome
(WG) sequences of 101 HAV strains identified from 4 major multi-state, food-borne outbreaks of hepatitis A in the Unites
States and from 14 non-outbreak-related HAV strains that shared identical VP1/P2B sequences with the outbreak strains.
Although HAV strains with an identical VP1/P2B sequence were specific to each outbreak, WG were different, with genetic
diversity reaching 0.31% (mean 0.09%). Evaluation of different subgenomic regions did not identify any other section of the
HAV genome that could accurately represent phylogenetic relationships observed using WG sequences. The identification
of 2–3 dominant HAV strains in 3 out of 4 outbreaks indicates contamination of the implicated food items with a
heterogeneous HAV population. However, analysis of intra-host HAV variants from eight patients involved in one outbreak
showed that only a single sequence variant established infection in each patient. Four non-outbreak strains were found
closely related to strains from 2 outbreaks, whereas ten were genetically different from the outbreak strains. Thus, accurate
tracking of HAV strains can be accomplished using HAV WG sequences, while short subgenomic regions are useful for
identification of transmissions only among cases with known epidemiological association.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อไวรัสตับอักเสบไวรัส (HAV) สายพันธุ์สามารถทำได้โดยทั่วไปลำดับ subgenomic
ภูมิภาคเช่น VP1 / ทางแยก P2B จีโนม HAV
ไม่ได้เป็นตัวแปรอย่างกว้างขวางจึงนำเสนอโอกาสสำหรับการแบ่งปันลำดับของภูมิภาคsubgenomic ในหมู่สายพันธุ์ที่ไม่เกี่ยวข้องกับพันธุกรรม ระดับของการบิดเบือนความจริงของสายวิวัฒนาการความสัมพันธ์ตามภูมิภาค subgenomic เป็นสิ่งสำคัญโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการส่งติดตาม
ที่นี่เราวิเคราะห์จีโนมทั้งหมด
(WG) ลำดับที่ 101 สายพันธุ์ HAV ระบุจาก 4 หลักรัฐหลายระบาดอาหารเป็นพาหะของไวรัสตับอักเสบเอใน Unites
สหรัฐอเมริกาและตั้งแต่วันที่ 14 ที่ไม่ใช่การระบาดของโรคที่เกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ HAV ที่ใช้ร่วมกันเหมือน VP1 / P2B ลำดับสายพันธุ์ที่มีการระบาดของโรค.
แม้ว่า HAV สายพันธุ์ที่มีความเหมือนกัน VP1 / P2B เป็นลำดับที่เฉพาะเจาะจงกับแต่ละระบาด WG
ที่แตกต่างกันกับพันธุกรรมความหลากหลายถึง0.31% (ค่าเฉลี่ย 0.09%) การประเมินผลของภูมิภาค subgenomic ที่แตกต่างกันไม่ได้ระบุในส่วนอื่น ๆ
ของจีโนมHAV ที่ถูกต้องจะเป็นตัวแทนของความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการสังเกตโดยใช้ลำดับ WG บัตรประจำตัว
2-3 สายพันธุ์ที่โดดเด่นใน HAV 3 ใน 4 การระบาดบ่งชี้การปนเปื้อนของรายการอาหารที่เกี่ยวข้องกับประชากร HAV ที่แตกต่างกัน
อย่างไรก็ตามการวิเคราะห์ของภายในโฮสต์ HAV
สายพันธุ์จากแปดผู้ป่วยมีส่วนร่วมในการระบาดของโรคพบว่ามีเพียงตัวแปรเดียวที่จัดตั้งขึ้นตามลำดับการติดเชื้อในผู้ป่วยแต่ละราย สี่สายพันธุ์ที่ไม่ใช่การระบาดของโรคที่พบเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ที่ 2 จากการระบาดของโรคในขณะที่สิบพันธุกรรมที่แตกต่างจากสายพันธุ์ที่ระบาด
ดังนั้นที่ถูกต้องการติดตามของสายพันธุ์ HAV สามารถทำได้โดยใช้ลำดับ HAV WG ในขณะที่ภูมิภาค subgenomic สั้นมีประโยชน์สำหรับบัตรประจำตัวของการส่งสัญญาณเพียงแต่ในหมู่กรณีกับสมาคมที่รู้จักกันทางระบาดวิทยา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วนลักษณะทางพันธุกรรมของไวรัสตับอักเสบเอ ( HAV ) สายพันธุ์ที่เป็นที่นิยมได้ โดยภูมิภาค subgenomic
ลำดับ เช่น vp1 / p2b Junction มีจีโนมไม่ใช่ตัวแปรอย่างกว้างขวางจึงเสนอโอกาสสำหรับการแบ่งปัน
ลำดับของภูมิภาค subgenomic ไม่เกี่ยวข้องของพันธุกรรมของเชื้อ ระดับของการบิดเบือนของ phylogenetic
ความสัมพันธ์ในภูมิภาค subgenomic โดยเป็นสิ่งสำคัญโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการติดตามการส่ง ที่นี่เราวิเคราะห์ทั้งจีโนม
( WG ) ลำดับ 101 hav สายพันธุ์ระบุจาก 4 สาขาหลายรัฐ , อาหาร borne ระบาดของโรคไวรัสตับอักเสบใน unites
สหรัฐอเมริกาและจากสายพันธุ์ที่ระบาด 14 ไม่ควรจะใช้ลำดับ vp1 / p2b เหมือนกันด้วย
การระบาดของสายพันธุ์ถึงแม้ว่ามีสายพันธุ์ที่มีลำดับ vp1 / p2b เหมือนกันอยู่เฉพาะในแต่ละการระบาด , WG แตกต่างกับความหลากหลายทางพันธุกรรม
ถึง 0.31 % ( หมายถึง 0.09 % ) การประเมินผลของภูมิภาค subgenomic แตกต่างกัน ไม่ได้ระบุส่วนอื่นใดของ
hav จีโนมที่ถูกต้องเป็นตัวแทนของความสัมพันธ์และ WG ซึ่งใช้ลำดับ รหัส
2 – 3 เด่น มีสายพันธุ์ที่ 3 บ่งชี้ว่า การระบาดของสินค้าอาหารที่เกี่ยวข้องกับ
ประชากร hav เดียวกัน อย่างไรก็ตาม การวิเคราะห์ภายในโฮสต์ มีตัวแปรจากแปดผู้ป่วยมีส่วนร่วมในหนึ่งระบาด
พบว่าตัวแปรลำดับเดียวสร้างการติดเชื้อในคนไข้แต่ละราย 4 ไม่พบการระบาดของเชื้อ
ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับ 2 สายพันธุ์การระบาดส่วน สิบคน ทางพันธุกรรมที่แตกต่างกัน จากการระบาดของสายพันธุ์ ดังนั้น การติดตามของแต่ละสายพันธุ์
ถูกต้องได้โดยใช้เวลาสั้นๆ subgenomic hav WG ดับภูมิภาคจะเป็นประโยชน์สำหรับการระบุของการส่งเฉพาะในหมู่
กรณีทราบระบาดวิทยาสมาคม