CROSS-REFERENCE TO RELATED APPLICATIONS
This application claims priority to U.S. provisional application 61/738,688 filed on December 18, 2012.
FIELD OF THE การประดิษฐ์
The การประดิษฐ์นี้ relates to วิธี of differentiating and characterizing IBV, CSFV and NDV สายพันธุ์, and identifying new สายพันธุ์ using วีวี technology. The การประดิษฐ์นี้ also provides primers and kits for use with such วิธี.
BACKGRO OF THE การประดิษฐ์
The polymerase chain reaction (PCR) is a primer extension reaction that provides a
วิธี to amplify a specific DNA or polynucleotide in vitro, generating thousands to millions of copies of a particular DNA sequence. PCR is now a common and often indispensable technique used in medical and biological research labs for a variety of applications. These include DNA cloning for sequencing, DNA-based phylogeny, or functional analysis of genes; the diagnosis of hereditary diseases; the identification of genetic fingerprints; and the detection and diagnosis of infectious diseases. Some of the variations of the basic PCR include quantitative real-time PCR (qPCR or RT-PCR), allele-specific PCR, asymmetric PCR, hot start PCR, reverse transcription PCR, multiplex-PCR, nested-PCR, ligation-mediated PCR, Intersequence-specific PCR, Thermal asymmetric interlaced PCR and touchdown-PCR. These PCR variations provide wide variety of uses for different purposes. For example, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) (single-base differences in DNA) can be identified by allele-specific PCR, qPCR can provide a very high
degree of precision in determining the number of copies amplified in the PCR reactions (Bartlett et al., "A Short History of the Polymerase Chain Reaction", PCR Protocols, 2003).
Recently, วีวี (HRM) was added as a new molecular technique for high throughput mutation scanning (Zhou, L., et al., Clin. Chem. 51, 1770-1777, 2005). Mutation deteimination using HRM is based on the dissociation of DNA, when exposed to an increasing temperature in the presence of fluorescent dyes interacting with double-
stranded DNA (see, for example US7,387,887; US7,582,429). There are numerous
appropriate dyes disclosed in the art. The presence of a mutation leads to the formation of DNA heteroduplexes followed by a change in melting behavior. Thus, this "mutation
scanning" technique detects the presence of sequence variations in target-gene derived PCR amplicons. In an HRM experiment, sample DNA is first amplified via real-time PCR in the presence of a วีวีing Dye. Prominent examples of such dyes are disclosed in WO 2008/052742. After PCR, the successive melting experiment can be
perfolined on the same Real Time Instrument, and analyzed with a respective Gene
Scanning Software to identify sequence variants.
Classical swine fever (CSF), previously laiown as hog cholera is a highly contagious and multisystemic hemorrhagic disease affecting domestic and wild pigs that results in economic losses in the swine industry worldwide and is a notifiable disease to the Office International des Epizooties, according to the Terrestrial Animal Health Code (01E, 2007). The causative agent is classical swine fever virus (CSFV) which is an enveloped, positive-sense, single stranded RNA virus, classified in the genus Pestivirus within the family Flaviviridae. At the genetic level,
CSFV's can be divided into genotypes 1, 2 and 3, based on the partial sequences of the E2 and NS5B genes. Each genotype can be classified further into several sub-genotypes, referred to as
1.1, 1.2, and 1.3; 2.1, 2.2 and 2.3; and 3.1, 3.2, 3.3, and 3.4, respectively (Paton et al., Vet
Microbiol. 73:137-157, 2000). In Asia, CSF epidemics are ubiquitous and genotypes 1, 2 and 3 have been isolated in several Asian countries.
CROSS-REFERENCE TO RELATED APPLICATIONSThis application claims priority to U.S. provisional application 61/738,688 filed on December 18, 2012. FIELD OF THE การประดิษฐ์The การประดิษฐ์นี้ relates to วิธี of differentiating and characterizing IBV, CSFV and NDV สายพันธุ์, and identifying new สายพันธุ์ using วีวี technology. The การประดิษฐ์นี้ also provides primers and kits for use with such วิธี.BACKGRO OF THE การประดิษฐ์The polymerase chain reaction (PCR) is a primer extension reaction that provides aวิธี to amplify a specific DNA or polynucleotide in vitro, generating thousands to millions of copies of a particular DNA sequence. PCR is now a common and often indispensable technique used in medical and biological research labs for a variety of applications. These include DNA cloning for sequencing, DNA-based phylogeny, or functional analysis of genes; the diagnosis of hereditary diseases; the identification of genetic fingerprints; and the detection and diagnosis of infectious diseases. Some of the variations of the basic PCR include quantitative real-time PCR (qPCR or RT-PCR), allele-specific PCR, asymmetric PCR, hot start PCR, reverse transcription PCR, multiplex-PCR, nested-PCR, ligation-mediated PCR, Intersequence-specific PCR, Thermal asymmetric interlaced PCR and touchdown-PCR. These PCR variations provide wide variety of uses for different purposes. For example, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) (single-base differences in DNA) can be identified by allele-specific PCR, qPCR can provide a very high degree of precision in determining the number of copies amplified in the PCR reactions (Bartlett et al., "A Short History of the Polymerase Chain Reaction", PCR Protocols, 2003).Recently, วีวี (HRM) was added as a new molecular technique for high throughput mutation scanning (Zhou, L., et al., Clin. Chem. 51, 1770-1777, 2005). Mutation deteimination using HRM is based on the dissociation of DNA, when exposed to an increasing temperature in the presence of fluorescent dyes interacting with double-stranded DNA (see, for example US7,387,887; US7,582,429). There are numerous
appropriate dyes disclosed in the art. The presence of a mutation leads to the formation of DNA heteroduplexes followed by a change in melting behavior. Thus, this "mutation
scanning" technique detects the presence of sequence variations in target-gene derived PCR amplicons. In an HRM experiment, sample DNA is first amplified via real-time PCR in the presence of a วีวีing Dye. Prominent examples of such dyes are disclosed in WO 2008/052742. After PCR, the successive melting experiment can be
perfolined on the same Real Time Instrument, and analyzed with a respective Gene
Scanning Software to identify sequence variants.
Classical swine fever (CSF), previously laiown as hog cholera is a highly contagious and multisystemic hemorrhagic disease affecting domestic and wild pigs that results in economic losses in the swine industry worldwide and is a notifiable disease to the Office International des Epizooties, according to the Terrestrial Animal Health Code (01E, 2007). The causative agent is classical swine fever virus (CSFV) which is an enveloped, positive-sense, single stranded RNA virus, classified in the genus Pestivirus within the family Flaviviridae. At the genetic level,
CSFV's can be divided into genotypes 1, 2 and 3, based on the partial sequences of the E2 and NS5B genes. Each genotype can be classified further into several sub-genotypes, referred to as
1.1, 1.2, and 1.3; 2.1, 2.2 and 2.3; and 3.1, 3.2, 3.3, and 3.4, respectively (Paton et al., Vet
Microbiol. 73:137-157, 2000). In Asia, CSF epidemics are ubiquitous and genotypes 1, 2 and 3 have been isolated in several Asian countries.
การแปล กรุณารอสักครู่..
อ้างอิงข้ามเพื่อการใช้งานที่เกี่ยวข้อง
โปรแกรมนี้เรียกร้องความสำคัญกับสหรัฐการประยุกต์ใช้ชั่วคราว 61 / 738,688 ยื่นเมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 2012 สาขาการประดิษฐ์การประดิษฐ์นี้เกี่ยวข้องกับวิธีการที่แตกต่างและพัฒนาการหลอดลมอักเสบติดต่อ, CSFV และ NDV สายพันธุ์และการระบุ สายพันธุ์ใหม่โดยใช้วีวีเทคโนโลยี การประดิษฐ์นี้นอกจากนี้ยังมีไพรเมอร์และชุดสำหรับใช้กับวิธีดังกล่าว. backgro ของการประดิษฐ์วิธี polymerase chain reaction (PCR) เป็นปฏิกิริยาขยายไพรเมอร์ที่ให้วิธีการขยายดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงหรือ Polynucleotide ในหลอดทดลองสร้างพันล้าน สำเนาของลำดับดีเอ็นเอโดยเฉพาะอย่างยิ่ง PCR ในขณะนี้เป็นเทคนิคที่พบบ่อยและที่ขาดไม่ได้มักจะใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยทางการแพทย์และทางชีวภาพสำหรับความหลากหลายของการใช้งาน เหล่านี้รวมถึงการโคลนดีเอ็นเอลำดับเชื้อชาติดีเอ็นเอหรือการวิเคราะห์การทำงานของยีน; การวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม; บัตรประจำตัวของลายนิ้วมือทางพันธุกรรม; และการตรวจสอบและการวินิจฉัยของโรคติดเชื้อ บางส่วนของรูปแบบของขั้นพื้นฐานรวมถึงปริมาณ PCR แบบ real-time PCR (qPCR หรือ RT-PCR), อัลลีลที่เฉพาะเจาะจง PCR, PCR ไม่สมมาตร PCR เริ่มร้อนถอดความ PCR ย้อนกลับ multiplex PCR-ซ้อนกัน-PCR, ligation พึ่ง PCR , Intersequence เฉพาะ PCR ความร้อนไม่สมมาตร PCR interlaced และดาว์น-PCR เหล่านี้รูปแบบ PCR ให้หลากหลายของการใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่นความหลากหลายเดียวเบื่อหน่าย (SNPs) (ความแตกต่างเดียวฐานใน DNA) สามารถระบุได้โดยเฉพาะอัลลีล PCR, qPCR สามารถให้สูงมากระดับของความแม่นยำในการกำหนดจำนวนสำเนาที่ขยายในปฏิกิริยา PCR (บาร์ตเลตต์และ al., "ประวัติโดยย่อของปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอ" โปรโตคอล PCR, 2003). เมื่อเร็ว ๆ นี้วีวี (HRM) ถูกบันทึกเป็นเทคนิคโมเลกุลใหม่สำหรับการสแกนผ่านการกลายพันธุ์สูง (โจว, แอล, et al., Clin . Chem. 51, 1770-1777, 2005) การกลายพันธุ์ deteimination ใช้ HRM จะขึ้นอยู่กับการแยกตัวออกของดีเอ็นเอเมื่อสัมผัสกับอุณหภูมิที่เพิ่มขึ้นในการปรากฏตัวของสีย้อมเรืองแสงมีปฏิสัมพันธ์กับสองครั้งที่ควั่นดีเอ็นเอ (ดูตัวอย่างเช่น US7,387,887; US7,582,429) มีจำนวนมากสีที่เหมาะสมเปิดเผยในงานศิลปะ การปรากฏตัวของการกลายพันธุ์ที่นำไปสู่การก่อตัวของ heteroduplexes ดีเอ็นเอตามด้วยการเปลี่ยนแปลงในการละลายพฤติกรรม ดังนั้นเรื่องนี้ "การกลายพันธุ์สแกน "เทคนิคการตรวจพบการปรากฏตัวของรูปแบบลำดับในเป้าหมายที่ได้รับยีน amplicons PCR ในการทดลองการบริหารทรัพยากรมนุษย์ดีเอ็นเอตัวอย่างแรกจะขยายผ่าน PCR เรียลไทม์ในการปรากฏตัวของไอเอ็นจีวีวีย้อม ตัวอย่างที่โดดเด่นของสีย้อมดังกล่าวได้เปิดเผยไว้ใน WO 2008/052742 หลังจาก PCR ทดลองละลายเนื่องสามารถperfolined ในตราสารเวลาเดียวกันจริงและวิเคราะห์ด้วยยีนที่เกี่ยวข้องสแกนซอฟแวร์ในการระบุสายพันธุ์ลำดับ. ไข้หวัดหมูคลาสสิก (CSF) laiown ก่อนหน้านี้เป็นโรคอหิวาต์สุกรเป็นโรคเลือดโรคติดต่อสูงและ multisystemic ส่งผลกระทบต่อสุกรในประเทศและป่าที่ส่งผลในการสูญเสียทางเศรษฐกิจในอุตสาหกรรมสุกรทั่วโลกและเป็นโรคที่ต้องรายงานต่อสำนักงาน des Epizooties ระหว่างประเทศตามที่สุขภาพสัตว์บกรหัส (01E, 2007) สาเหตุเป็นไวรัสไข้หวัดหมูคลาสสิก (CSFV) ซึ่งเป็น enveloped บวกความรู้สึกไวรัส RNA ควั่นเดียวจัดให้อยู่ในประเภท Pestivirus ภายในครอบครัว Flaviviridae ในระดับพันธุกรรมCSFV สามารถแบ่งออกเป็นสายพันธุ์ที่ 1, 2 และ 3 ตามลำดับส่วนหนึ่งของ E2 และยีน NS5B จีโนไทป์แต่ละคนสามารถแยกออกเป็นหลายสายพันธุ์ย่อยที่เรียกว่า1.1, 1.2 และ 1.3; 2.1, 2.2 และ 2.3; และ 3.1, 3.2, 3.3 และ 3.4 ตามลำดับ (ปาตัน, et al, Vet. Microbiol 73:. 137-157, 2000) ในเอเชียระบาด CSF ที่แพร่หลายและยีนที่ 1, 2 และ 3 ได้รับการแยกได้ในหลายประเทศในเอเชีย
การแปล กรุณารอสักครู่..