For the digestion, genomic DNA cont

For the digestion, genomic DNA containing agarose plugs were
equilibrated in 1 mL 1  SmaI buffer for 1 h with gentle agitation
and digested with 30 units of SmaI at 30 C overnight, and equilibrated
in 1 mL of 0.5  TBE buffer for 1 h prior to electrophoresis.
The agarose plugs were inserted into the wells of 1 g/100 mL PFGE
grade agarose gel (Bio-Rad) that was immersed in 0.5  TBE buffer.
The wells were covered with low melting temperature agarose.
Electrophoresis was performed in a CHEF DRII system (Bio-Rad,
California, USA) with 5.3e34.9 pulse times at 6 V/cm at 14 C for
20 h. In the end of electrophoresis run, the gel was stained in
600 mL dH2O containing 2 mg/100 mL of ethidium bromide for
45 min, and visualized in a gel documentation system (Vilber
Lourmat, France). For cluster analysis, the similarity among profiles
was calculated on the basis of the Dice’s coefficient. The dendrogram
was constructed according to the unweighted pair group
method with arithmetic averages clustering algorithm (UPGMA).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การย่อยอาหาร genomic DNA ประกอบด้วย agarose ปลั๊กได้equilibrated ใน 1 mL 1 SmaI บัฟเฟอร์สำหรับ h 1 กับอาการกังวลต่อเบา ๆและต้อง มีหน่วย 30 SmaI ที่ 30 C ค้างคืน และ equilibratedใน 1 มล. 0.5 TBE บัฟเฟอร์สำหรับ h 1 ก่อน electrophoresisปลั๊ก agarose ถูกแทรกไว้ในบ่อของ 1 g/100 mL PFGEเกรด agarose เจล (ไบ-Rad) ที่ถูกแช่อยู่ในบัฟเฟอร์ TBE 0.5บ่อถูกปกคลุม ด้วย agarose อุณหภูมิการละลายต่ำทำ electrophoresis ในระบบเชฟ DRII (ไบโอ-Radรัฐแคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา) 5.3e34.9 เวลาชีพจรที่ V 6 ซมที่ 14 C สำหรับ20 h ในสุดของ electrophoresis รัน เจมีสีใน600 mL dH2O ประกอบด้วย 2 mg/100 mL ของโบรไมด์ ethidium สำหรับ45 นาที และ visualized ในระบบเอกสารเจล (VilberLourmat ฝรั่งเศส) สำหรับการแบ่ง ความคล้ายคลึงกันระหว่างส่วนกำหนดค่าถูกคำนวณสัมประสิทธิ์ของลูกเต๋า การ dendrogramถูกสร้างขึ้นตามกลุ่ม unweighted คู่วิธีการทางคณิตศาสตร์หาค่าเฉลี่ยระบบคลัสเตอร์อัลกอริทึม (UPGMA)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับการย่อยอาหารที่ดีเอ็นเอที่มีปลั๊ก agarose ถูก
equilibrated ใน 1 มิลลิลิตร 1 บัฟเฟอร์สมัยเป็นเวลา 1
ชั่วโมงกับการกวนอ่อนโยนและย่อยกับ30 หน่วยสมัยที่ 30 องศาเซลเซียสในชั่วข้ามคืนและ equilibrated
ใน 1 มิลลิลิตร 0.5? บัฟเฟอร์ TBE เป็นเวลา 1 ชั่วโมงก่อนที่จะมีอิ.
ปลั๊ก agarose ถูกแทรกลงในหลุมที่ 1 กรัม / 100 มล PFGE
เจล agarose เกรด (Bio-Rad) ที่ถูกแช่อยู่ใน 0.5? บัฟเฟอร์ TBE.
บ่อถูกปกคลุมไปด้วยอุณหภูมิหลอมละลายต่ำ agarose.
Electrophoresis ได้ดำเนินการในระบบ DRII CHEF (Bio-Rad,
California, USA) ที่มีการเต้นของชีพจร 5.3e34.9 ครั้งที่ 6 V / ซม. วันที่ 14? C เป็นเวลา
20 ชั่วโมง ในท้ายที่สุดของการทำงาน electrophoresis เจลที่ถูกย้อมสีใน
600 มิลลิลิตร dH2O มี 2 มิลลิกรัม / 100 มิลลิลิตร ethidium bromide สำหรับ
45 นาทีและมองเห็นอยู่ในระบบเอกสารเจล (Vilber
Lourmat ฝรั่งเศส)
สำหรับการวิเคราะห์กลุ่มคล้ายคลึงกันในหมู่โปรไฟล์ที่คำนวณบนพื้นฐานของค่าสัมประสิทธิ์ของลูกเต๋า dendrogram
ถูกสร้างขึ้นตามกลุ่มคู่ชั่งวิธีที่มีค่าเฉลี่ยเลขคณิตขั้นตอนวิธีการจัดกลุ่ม (UPGMA)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการย่อย ดีเอ็นเอที่มีปลั๊กอยู่
equilibrated ( 1 มิลลิลิตร ต่อ 1  ใช้บัฟเฟอร์สำหรับ 1 ชั่วโมง
กวนอ่อนโยนและย่อย 30 หน่วย สมัยที่ 30  C ค้างคืน และ equilibrated
1 ml 0.5  ทีบีบัฟเฟอร์เป็นเวลา 1 ชั่วโมง ก่อนที่เรส .
( ปลั๊กถูกแทรก หลุม 1 g / 100 ml PFGE
เกรดเจล ( BIO RAD ) ที่ถูกแช่อยู่ใน  ทีบี
0.5 บัฟเฟอร์บ่อที่ถูกปกคลุมด้วย ( อุณหภูมิหลอมเหลวต่ำ
electrophoresis แสดงในระบบ drii เชฟ ( ไบแรด
, California , USA ) กับ 5.3e34.9 ชีพจรครั้งที่ 6 v / cm ที่ 14  C
20 ชั่วโมง ในตอนท้ายของตัวอย่างใช้ เจลที่เปรอะเปื้อนไปด้วย
600 มล. dh2o ที่มี 2 มก. / 100 มิลลิลิตรของทิเดียมโบรไมด์สำหรับ
45 นาที และมองเห็นในระบบเอกสารเจล ( vilber
lourmat , ฝรั่งเศส )สำหรับการวิเคราะห์กลุ่ม ความเหมือนระหว่างโปรไฟล์
ถูกคำนวณบนพื้นฐานของลูกเต๋าโดย พันธุกรรม
ถูกสร้างขึ้นตามกลุ่มคู่กับค่าเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก
วิธีการขั้นตอนวิธี ( UPGMA clustering )