Sample collection and DNA extractio

Sample collection and DNA extraction
Genomic DNA from microbial mock community B (even, low concentration), v5.1 L, catalog no. HM-782D for 16 S rRNA microbiota profiling was obtained from BEI Resources, NIAID, NIH as part of the Human Microbiome Project and consists of genomic DNA from 20 bacterial strains with equimolar ribosomal RNA operon counts (100,000 copies per organism per μL). The microbial mock community contains species with different rRNA copy numbers in their genomes, ranging from two for Helicobacter pylori to 14 for Clostridium beijerinckii. Nose swabs and fecal samples were collected from healthy adult volunteers. DNA was extracted from both types of samples using the QIAsymphony instrument (Qiagen) according to the manufacturer’s instructions. DNA was extracted from three sludge samples from river bed, using the Powersoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories, Inc.). The total number of 16 S rRNA genes within each sample was quantified as described previously18. Prior to use as template for micelle and traditional PCR amplification the samples were normalized to 1E + 03 16 S rRNA genes/μL (nasal swabs) or 1E+05 16S rRNA genes/μL (feces and sludge samples).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เก็บตัวอย่างและการสกัดดีเอ็นเอGenomic DNA จากจุลินทรีย์จำลองชุมชน B (ต่ำ แม้แต่ความเข้มข้น), v5.1 L แค็ตตาล็อกไม่มี HM 782D สำหรับ 16 S rRNA microbiota สร้างโพรไฟล์ได้จาก NIH ปี่ทรัพยากร NIAID เป็นส่วนหนึ่งของโครงการ Microbiome มนุษย์ และประกอบด้วย genomic DNA จากสายพันธุ์แบคทีเรีย 20 กับอาร์เอ็นเอ ribosomal equimolar operon นับ (100000 สำเนาต่อสิ่งมีชีวิตต่อ μL) ชุมชนจำลองจุลินทรีย์ประกอบด้วยชนิด มีหมายเลขสำเนา rRNA ต่างใน genomes ของพวกเขา ตั้งแต่การ pylori กระเพาะถึง 14 สำหรับเชื้อ Clostridium beijerinckii จมูก swabs และตัวอย่าง fecal ถูกรวบรวมจากอาสาสมัครสุขภาพผู้ใหญ่ ดีเอ็นเอที่สกัดจากตัวอย่างที่ใช้เครื่องมือ QIAsymphony (Qiagen) ตามคำแนะนำของผู้ผลิตทั้งสองชนิด ดีเอ็นเอที่สกัดจากตัวอย่างตะกอนสามจากเตียงแม่น้ำ ใช้ชุดอุปกรณ์การแยกดีเอ็นเอ Powersoil (MO ชีวภาพห้องปฏิบัติการ Inc.) จำนวน 16 S rRNA ยีนภายในแต่ละตัวอย่างถูก quantified เป็น previously18 อธิบายไว้ ก่อนที่จะใช้เป็นแม่แบบสำหรับ micelle และ PCR ดั้งเดิมขยาย ตัวอย่างได้ตามปกติการ 1E + 03 16 S rRNA ยีน/μL (swabs โพรงจมูก) หรือ 1E + 05 16S rRNA ยีน/μL (อุจจาระและตะกอนตัวอย่าง)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเก็บตัวอย่างและการสกัดดีเอ็นเอดีเอ็นเอจีโนมจากชุมชนจำลองจุลินทรีย์ B (แม้จะมีความเข้มข้นต่ำ), L v5.1, แคตตาล็อกไม่มี
HM-782D 16 S โปรไฟล์ rRNA microbiota ที่ได้รับจาก BEI ทรัพยากร NIAID, NIH เป็นส่วนหนึ่งของโครงการ microbiome มนุษย์และประกอบด้วยดีเอ็นเอจาก 20 สายพันธุ์แบคทีเรียที่มีจำนวน operon โซมอลอาร์เอ็นเอ equimolar (100,000 เล่มต่อสิ่งมีชีวิตต่อไมโครลิตร) ชุมชนจำลองมีจุลินทรีย์สายพันธุ์ที่มีตัวเลขสำเนา rRNA แตกต่างกันในจีโนมของพวกเขาตั้งแต่สองเชื้อ Helicobacter pylori 14 สำหรับ Clostridium beijerinckii swabs จมูกและตัวอย่างอุจจาระที่ถูกเก็บรวบรวมจากอาสาสมัครผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพ ดีเอ็นเอที่สกัดได้จากทั้งสองประเภทของกลุ่มตัวอย่างโดยใช้เครื่องมือ QIAsymphony (Qiagen) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต ดีเอ็นเอที่สกัดจากสามตัวอย่างตะกอนจากก้นแม่น้ำโดยใช้ชุดการแยกดีเอ็นเอ Powersoil (MO BIO Laboratories, Inc) จำนวนรวมของ 16 S ยีน rRNA ภายในแต่ละตัวอย่างได้ปริมาณตามที่อธิบายไว้ previously18 ก่อนที่จะใช้เป็นแม่แบบสำหรับไมเซลล์และขยาย PCR แบบดั้งเดิมตัวอย่างได้ปกติจะ 1E 03 + 16 S ยีน rRNA / ไมโครลิตร (swabs จมูก) หรือ 1E + 05 ยีน 16S rRNA / ไมโครลิตร (อุจจาระและตัวอย่างตะกอน)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเก็บตัวอย่างและการสกัดดีเอ็นเอดีเอ็นเอจากจุลินทรีย์เยาะเย้ย
ชุมชน ( แม้ที่ความเข้มข้นต่ำ ) , v5.1   L , แคตตาล็อกไม่ hm-782d 16   s rRNA ไมโครไบโ ้าโปรไฟล์ ได้จากเป่ยทรัพยากรแห่งชาติ NIH , เป็นส่วนหนึ่งของโครงการไมโครไบโ มนุษย์ประกอบด้วยดีเอ็นเอจาก 20 สายพันธุ์แบคทีเรียๆโชเน็นจัมป์โอเปอรอนนับ ( 100000 สำเนาต่อชีวิตต่อμ L )ชุมชนจุลินทรีย์ประกอบด้วยชนิดตัวเลขคัดลอกเลียนแบบในจีโนมของแบคทีเรียที่แตกต่างกันตั้งแต่สอง Helicobacter pylori 14 สำหรับ Clostridium beijerinckii . จากจมูกและตัวอย่างจากอาสาสมัครผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดี ดีเอ็นเอจากทั้งสองประเภทของตัวอย่างที่ใช้ qiasymphony เครื่องดนตรี ( เพิ่ม ) ตามคำแนะนำของผู้ผลิตดีเอ็นเอจากสามตัวอย่างสลัดจ์จากเตียงแม่น้ำ ใช้ powersoil การสกัดดีเอ็นเอ Kit ( โมไบห้องปฏิบัติการ , Inc . ) จำนวน 16  ยีนแบคทีเรียภายในแต่ละตัวอย่างถูกวัดตามที่อธิบายไว้ previously18 .ก่อนที่จะใช้เป็นแม่แบบสำหรับไมเซลล์และขยาย PCR แบบดั้งเดิมจำนวนรูปที่จะ 1e    03 16   s rRNA ยีน / μ L ( ช่องจมูก swabs ) หรือ 1E 05 เบส 16S rRNA ยีน / μ L ( อุจจาระและตัวอย่างตะกอน )