เกิดจากคนติดเชื้อไวรัสอีโบลา (Ebola virus) ซึ่งมี 5 สายพันธุ์ย่อยที่สามารถติดต่อในคน ได้แก่
สายพันธุ์ย่อย Bundibugyo ebolavirus (BDBV)
สายพันธุ์ย่อย Zaire ebolavirus (EBOV)
สายพันธุ์ย่อย Sudan ebolavirus (SUDV)
สายพันธุ์ย่อย Reston ebolavirus (RESTV)
สายพันธุ์ย่อย Tai Forest ebolavirus (TAFV)
The strains