Random mutagenesis in a plant viral

Random mutagenesis in a plant viral genome is valuable for generating attenuated strains or for analyzing viral gene function at the molecular level. A DNA repair-deficient mutator Escherichia coli strain was used for random mutagenesis of a plant viral genome. A full-length infectious cDNA clone of Citrus tatter leaf virus (genus Capillovirus) L strain (CTLV-L) genomic RNA under the T7 promoter sequence (pITCL) was introduced into the mutator E. coli strain XL1-Red and mutagenized overnight. To fix mutations, the mixture of plasmid DNA isolated from colonies of the mutator bacteria was introduced into another E. coli strain, JM109, which has normal DNA repair function. Infectious viral genomic RNA was transcribed in vitro from each mutagenized pITCL clone and inoculated on host plants. Phenotypic mutants were selected for altered pathogenicity in the inoculated plants. Nucleotide sequence analysis of each mutant revealed that mutations were introduced randomly into the CTLV-L genome regardless of the function of the viral gene. The nucleotide substitutions were biased towards single point mutations, which consisted of more transitions than transversions or single-base frameshifts. These mutations were preserved stably in plants subject to sequential mechanical inoculation. The strategy presented below is a simple and very efficient way to generate virus mutants for analyzing the functions of viral genes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Mutagenesis สุ่มในจีโนมเป็นไวรัสพืชจะมีประโยชน์ สำหรับการสร้างสายพันธุ์ไฟฟ้าเคร... หรือวิเคราะห์ฟังก์ชันไวรัสยีนในระดับโมเลกุล Mutator การไม่ซ่อมแซมดีเอ็นเอ Escherichia coli ต้องใช้ถูกใช้สำหรับ mutagenesis สุ่มของกลุ่มไวรัสโรงงาน โคลน cDNA ปราศจากโรคติดเชื้อของส้ม tatter ใบไม้ (พืชสกุล Capillovirus) ไวรัส L ต้องใช้ (CTLV L) อาร์เอ็นเอ genomic ภายใต้ลำดับที่โปรโมเตอร์ T7 (pITCL) ถูกนำเข้าสู่ mutator E. coli สายพันธุ์สีแดง XL1 และ mutagenized ค้างคืน การแก้ไขปัญหาการกลายพันธุ์ ผสมของ plasmid DNA ที่แยกต่างหากจากอาณานิคมของแบคทีเรีย mutator ถูกนำเข้าต้องใช้อื่น E. coli, JM109 ซึ่งมีฟังก์ชันในการซ่อมแซมดีเอ็นเอปกติ ติดเชื้อไวรัส genomic อาร์เอ็นเอในหลอดจากโคลนแต่ละ mutagenized pITCL ทับศัพท์ และ inoculated บนโฮสต์พืช สายพันธุ์ไทป์ถูกเลือกสำหรับการเปลี่ยนแปลง pathogenicity ในพืช inoculated การวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ของ mutant ละเปิดเผยว่า กลายพันธุ์ได้แนะนำไปสุ่มในจีโนม CTLV L ว่าการทำงานของยีนไวรัส แทนนิวคลีโอไทด์มีความโน้มเอียงไปทางเดียวจุดกลายพันธุ์ ซึ่งประกอบด้วยช่วงการเปลี่ยนภาพที่เพิ่มมากขึ้นกว่า transversions หรือ frameshifts ฐานเดียว กลายพันธุ์เหล่านี้ถูกเก็บรักษาไว้ในพืชอาจ inoculation ลำดับกล stably กลยุทธ์การนำเสนอด้านล่างนี้เป็นวิธีง่าย และมีประสิทธิภาพมากเพื่อสร้างไวรัสสายพันธุ์สำหรับการวิเคราะห์หน้าที่ของยีนไวรัส

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ฉับสุ่มในจีโนมของไวรัสพืชที่มีคุณค่าในการสร้างสายพันธุ์เชื้อหรือฟังก์ชั่นสำหรับการวิเคราะห์ยีนของไวรัสในระดับโมเลกุล สายพันธุ์ DNA ซ่อมแซมขาด Mutator อีโคที่ใช้สำหรับการกลายพันธุ์แบบสุ่มของจีโนมของไวรัสพืช ความยาวเต็มโคลนยีนของเชื้อไวรัสใบส้มเศษผ้า (ประเภท Capillovirus) สายพันธุ์ L (CTLV-L) อาร์เอ็นเอจีโนมตามลำดับโปรโมเตอร์ T7 (pITCL) ถูกนำเข้าสู่ Mutator E. coli สายพันธุ์ XL1 สีแดงและ mutagenized ในชั่วข้ามคืน ในการแก้ไขปัญหาการกลายพันธุ์ที่มีส่วนผสมของพลาสมิดดีเอ็นเอที่แยกได้จากโคโลนีของแบคทีเรีย Mutator ถูกนำเข้าสู่อีกสายพันธุ์อีโคไล, JM109 ซึ่งมีฟังก์ชั่นการซ่อมแซมดีเอ็นเอปกติ ติดเชื้อไวรัสอาร์เอ็นเอจีโนมได้รับการคัดลอกในหลอดทดลองจากแต่ละ mutagenized pITCL โคลนและเชื้อในพืช การกลายพันธุ์ฟีโนไทป์ได้รับเลือกสำหรับการเปลี่ยนแปลงทำให้เกิดโรคในพืชเชื้อ การวิเคราะห์ลำดับเบสของแต่ละกลายพันธุ์เปิดเผยว่าการกลายพันธุ์ที่ถูกนำมาสุ่มเป็นจีโนม CTLV-L โดยไม่คำนึงถึงการทำงานของยีนของไวรัส แทนเบื่อหน่ายถูกลำเอียงต่อการกลายพันธุ์ที่จุดเดียวซึ่งประกอบไปด้วยการเปลี่ยนมากกว่า transversions หรือ frameshifts เดียวฐาน การกลายพันธุ์เหล่านี้ถูกเก็บรักษาไว้อย่างถาวรในโรงงานอาจมีการฉีดวัคซีนกลลำดับ กลยุทธ์ที่นำเสนอดังต่อไปนี้เป็นวิธีที่ง่ายและมีประสิทธิภาพมากในการสร้างสายพันธุ์ไวรัสสำหรับการวิเคราะห์การทำงานของยีนของไวรัส

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสุ่มในพืชไวรัสจีโนมมีคุณค่าสำหรับการสร้างบางสายพันธุ์หรือวิเคราะห์ฟังก์ชันยีนไวรัสในระดับโมเลกุล ซ่อมแซมดีเอ็นเอที่ขาด mutator Escherichia coli สายพันธุ์ที่ใช้สำหรับการสุ่มไวรัสจีโนมของพืช .full-length cDNA โคลนของผ้าขี้ริ้ว ( ส้มใบไวรัส ( สกุล capillovirus ) สายพันธุ์ ( ctlv-l ) ซึ่งภายใต้การลำดับจีโนม * * 3 ( pitcl ) ที่ใช้เป็น mutator Escherichia coli สายพันธุ์ xl1 สีแดงและ mutagenized ค้างคืน เพื่อแก้ไขความผิดปกติ , ส่วนผสมของพลาสมิดดีเอ็นเอที่แยกได้จากโคโลนีของแบคทีเรียที่ใช้เป็น mutator Escherichia coli สายพันธุ์ที่มีอีก , ,ซึ่งมีฟังก์ชันการซ่อมแซม DNA ปกติ โรคติดเชื้อไวรัสจีโนม rna ถูกถ่ายทอดในหลอดทดลองจากแต่ละ mutagenized pitcl โคลนและปลูกพืชเป็นเจ้าภาพ ฟีโนไทป์กลายพันธุ์ถูกเลือกสำหรับการเปลี่ยนแปลงในการปลูกพืชการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนกลายพันธุ์แต่ละเปิดเผยว่ามีการแนะนำแบบสุ่มลงใน ctlv-l จีโนมโดยไม่คำนึงถึงการทำงานของยีนไวรัส แทนยีนที่เอนเอียงไปทางจุดเดียวคือการกลายพันธุ์ ซึ่งประกอบด้วยการเปลี่ยนมากกว่า transversions หรือ frameshifts ฐานเดียวการกลายพันธุ์เหล่านี้ถูกเก็บไว้อย่างถาวรในพืชขึ้นอยู่กับลำดับขั้นกลการฉีดวัคซีน กลยุทธ์ที่แสดงด้านล่างเป็นวิธีที่ง่ายและมีประสิทธิภาพเพื่อสร้างสายพันธุ์ไวรัสในการวิเคราะห์การทำงานของไวรัส ยีน