. In total, the NS2B/NS3pro-capsid,

. In total, the NS2B/NS3pro-capsid, intNS3, 2A/2B, 4/B5, 3/4A and 2B/3 complexes contains 27,378, 27,373, 27,396, 27,395, 27,391 and 27,380 atoms, respectively. The periodic boundary condition with the NPT ensemble was applied. Energy minimizations and MDSs were performed using the SANDER module of AMBER 10 with the ff03 force field and . A Berendsen coupling time of 0.2 ps was used to maintain the temperature and standard pressure of the system . The SHAKE algorithm was applied to constrain all bonds involving hydrogen. A simulation time step of 2.0 fs was used. All MDSs were run with a 12 Å residue-based cutoff for non-bonded interactions and the particle mesh Ewald method was applied to get an adequate treatment of the long-range electrostatic interactions [37]. Every system was subjected to four stages of restrained MDSs at 298 K with force constants of 10, 7.5, 5.0 and 2.5 kcal mol−1 Å2 for 500 ps each stage to relax the systems. These subsequent steps could allow the substrate to adapt its geometry and orientation (from the initial model) to fit better into the NS2B/NS3pro cavity. Afterwards, the fully unrestrained MDS was performed for 20 ns. The convergences of energy, temperature and global root mean-square displacement (RMSD) were used to verify the stability of the systems. The MDS trajectories were collected every 0.2 ps from the production phase (12–20 ns) for analysis in terms of the structural dynamics, protein substrate interactions and binding free energies, using the Ptraj and MMPB-SA modules of AMBER 10.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

. รวม การ NS2B/NS3pro-capsid, intNS3, 2A/2B บี 4/5, 3/4A และ 2B 3 คอมเพล็กซ์ประกอบด้วยอะตอม 27,378, 27,373, 27,396, 27,395, 27,391 และ 27,380 ตามลำดับ มีใช้เงื่อนไขขอบเขตเป็นครั้งคราว ด้วยวง NPT Minimizations พลังงานและ MDSs ดำเนินการโดยใช้โมดูลซานเดอร์สีเหลือง 10 กับฟิลด์บังคับ ff03 และ Berendsen ปรับเวลาของอิเกียพีเอส 0.2 ถูกใช้เพื่อรักษาอุณหภูมิและความดันมาตรฐานของระบบ อัลกอริทึมสั่นใช้จำกัดพันธบัตรทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับไฮโดรเจน ใช้ขั้นตอนเวลาจำลองของ 2.0 fs MDSs ทั้งหมดถูกเรียกใช้กับ 12 ตัดÅกากใช้สำหรับการโต้ตอบที่ไม่ถูกผูกมัดและอนุภาคตาข่าย Ewald วิธีใช้จะได้รับการรักษาที่เพียงพอของการโต้ตอบไฟฟ้าระยะไกล [37] ระบบทุกระบบภายใต้การสี่ขั้นตอนของการยับยั้ง MDSs ที่ 298 K มีค่าคงที่แรง 10, 7.5, 5.0 และ 2.5 kcal Å2 mol−1 สำหรับ 500 ps แต่ละขั้นตอนเพื่อการผ่อนคลายระบบการ ขั้นตอนเหล่านี้ตามมาอาจทำให้พื้นผิวการปรับรูปทรงเรขาคณิตและปฐมนิเทศ (จากรูปแบบเริ่มต้น) ความพอดีดีกว่าเข้าไปในโพรง NS2B/NS3pro หลังจากนั้น ทำ MDS ในเมื่อเต็มสำหรับ 20 ns Convergences พลังงาน อุณหภูมิ และปริมาณกระบอกสูบสี่เหลี่ยมหมายถึงหลักที่ส่วนกลาง (RMSD) ถูกใช้เพื่อตรวจสอบความเสถียรของระบบ ลูกทีม MDS ถูกเก็บรวบรวม ps ทุก 0.2 จากขั้นตอนการผลิต (12 – 20 ns) สำหรับการวิเคราะห์ในแง่ของการโครงสร้าง โต้ตอบพื้นผิวโปรตีน และรวม พลังงานฟรี โม Ptraj และ MMPB-SA 10 สีใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

. โดยรวมแล้ว NS2B / NS3pro-capsid, intNS3, 2A / 2B 4 / B5, 3 / 4A และ 2B / 3 คอมเพล็กซ์มี 27378, 27373, 27396, 27395, 27391 และ 27380 อะตอมตามลำดับ เงื่อนไขขอบเขตระยะกับวงดนตรี NPT ถูกนำมาใช้ minimizations พลังงานและ MDSs ถูกดำเนินการโดยใช้โมดูล SANDER อำพัน 10 พร้อมด้วยสนามพลัง ff03 และ เวลามีเพศสัมพันธ์ของ Berendsen 0.2 PS ถูกใช้ในการรักษาอุณหภูมิและความดันมาตรฐานของระบบ เขย่าขั้นตอนวิธีการถูกนำไปใช้ จำกัด พันธบัตรทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับไฮโดรเจน ขั้นตอนเวลาจำลองของ 2.0 FS ถูกนำมาใช้ MDSs ทั้งหมดถูกเรียกด้วย 12 ตัดตกค้างที่ใช้สำหรับการปฏิสัมพันธ์ที่ไม่ผูกมัดและอนุภาคตาข่ายวาลด์ถูกนำมาใช้วิธีการที่จะได้รับการรักษาที่เพียงพอของปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตระยะยาว [37] ทุกระบบได้ภายใต้การสี่ขั้นตอนของการยับยั้ง MDSs ที่ 298 K มีค่าคงที่ 10, 7.5, 5.0 และ 2.5 กิโลแคลอรีแรง mol-1 A2 500 PS แต่ละขั้นตอนที่จะผ่อนคลายระบบ ขั้นตอนต่อมาเหล่านี้อาจทำให้สารตั้งต้นในการปรับตัวและการวางแนวเรขาคณิต (จากรูปแบบเริ่มต้น) ของตนเพื่อให้พอดีกับที่ดีขึ้นใน NS2B / การ NS3pro โพรง หลังจากนั้นดุเดือดเลือดพล่านอย่างเต็มที่ MDS ได้ดำเนินการเป็นเวลา 20 NS convergences ของพลังงานอุณหภูมิและรากทั่วโลกหมายถึงตารางการกระจัด (RMSD) ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบความมั่นคงของระบบ ไบ MDS ถูกเก็บรวบรวมทุก 0.2 PS จากขั้นตอนการผลิต (12-20 NS) สำหรับการวิเคราะห์ในแง่ของการเปลี่ยนแปลงในโครงสร้างพื้นผิวปฏิสัมพันธ์โปรตีนและพลังงานที่มีผลผูกพันฟรีโดยใช้ Ptraj และ MMPB-Sa โมดูลอำพัน 10

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

. รวม , โปรตีเอส / ns3pro ตราหน้า intns3 , 2A , 2B / 4 / 5 , 3 / 4 และ 2b / 3 เชิงซ้อนประกอบด้วย 27378 27373 27396 27395 , , , , และ 27391 27380 อะตอมตามลำดับ เงื่อนไขขอบเขตแบบกับ NPT ensemble คือใช้ minimizations พลังงานและการใช้ mdss แซนเดอร์โมดูลของแอมเบอร์ 10 กับ ff03 สนามพลังและ . เวลามีเพศสัมพันธ์ berendsen 0.2 PS ถูกใช้เพื่อรักษาอุณหภูมิและความดันมาตรฐานของระบบ สามารถใช้วิธีการทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับการบังคับพันธบัตรไฮโดรเจน เวลาจำลองขั้นตอนของ 2.0 FS ใช้ ทั้งหมด mdss ถูกวิ่ง กับกาก 12 •ตามนัมเบอร์ ไม่ใช่ผูกมัดปฏิสัมพันธ์และอนุภาคตาข่ายยูเอิลด์วิธีถูกนำมาใช้เพื่อรับการรักษาที่เพียงพอของการปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิต [ 37 ] ทุกระบบ ภายใต้สี่ขั้นตอนของยับยั้ง mdss ที่ 298 K ด้วยแรงคงที่ 10 , 7.5 , 5.0 และ 2.5 กิโล mol − 1 • 2 500 PS แต่ละขั้นตอนเพื่อผ่อนคลายระบบ ขั้นตอนเหล่านี้สามารถช่วยให้ผิวที่จะตามมา และการดัดแปลงรูปทรงของมัน ( แบบเบื้องต้น ) เพื่อให้พอดีกับที่ดีกว่าในโปรตีเอส / ns3pro โพรง ภายหลัง เมื่อครบ อยากไปไหนก็ไปได้เป็นเวลา 20 ns . การ convergences ของพลังงานและอุณหภูมิโลกรากหมายถึงการกระจัดสี่เหลี่ยม ( rmsd ) ถูกใช้ในการตรวจสอบเสถียรภาพของระบบ ที่ช่วยเก็บทุกวิถี 0.2 PS จากขั้นตอนการผลิต ( 12 – 20 ns ) สำหรับการวิเคราะห์ในแง่ของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างพื้นผิวของโปรตีนและพลังงานฟรีการใช้ ptraj mmpb-sa และโมดูลของแอมเบอร์ 10