that metals are not normally includ

that metals are not normally included in biomolecular forcefields.
Recently, Lennard-Jones (LJ) parameters for several
metals were developed,58 and the parameters are compatible
with some widely used empirical force-fields, such as Charmm,
Amber, and OPLS. Therefore, the corresponding OPLScompatible
LJ parameters for Au atoms were taken from ref
58. Partial charges of the AuNP core (144 Au and 60 S atoms)
were evaluated from the density functional (DF) calculations of
ref 51 by using electron density and the method of Bader
charges. The rigidity of the gold core was preserved by
introducing a number of virtual constant bonds and constraint
potentials between Au atoms of the core. Additional bonds and
constraint potentials were set for the Au−S interface structure
in order to maintain the correct geometry of the NP interior
(details given in the Supporting Information).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โลหะที่ไม่ได้รวมอยู่ตามปกติใน forcefields ชีวโมเลกุล.
เมื่อเร็ว ๆ นี้ Lennard โจนส์ (LJ) พารามิเตอร์หลาย
โลหะได้รับการพัฒนา 58 และพารามิเตอร์ที่เข้ากันได้
กับบางสาขาที่ใช้กันอย่างแพร่หลายแรงเชิงประจักษ์เช่น Charmm,
แอมเบอร์และ OPLS ดังนั้นการที่สอดคล้องกัน OPLScompatible
พารามิเตอร์ LJ อะตอม Au ถูกนำมาจากการอ้างอิง
58 ค่าใช้จ่ายบางส่วนของแกน AuNP (144 Au และ 60 อะตอม S)
ได้รับการประเมินจากความหนาแน่นของการทำงาน (DF) การคำนวณ
อ้างอิง 51 โดยใช้ความหนาแน่นของอิเล็กตรอนและวิธีการ Bader
ค่าใช้จ่าย ความแข็งแกร่งของแกนทองที่ได้รับการรักษาโดย
การแนะนำของพันธบัตรจำนวนคงที่เสมือนจริงและ จำกัด
ศักยภาพระหว่างอะตอม Au ของแกน พันธบัตรเพิ่มเติมและ
ศักยภาพ จำกัด ได้รับการตั้งค่าสำหรับโครงสร้างอินเตอร์เฟซ Au-S
เพื่อรักษารูปทรงเรขาคณิตที่ถูกต้องของการตกแต่งภายใน NP
(รายละเอียดในการรับข้อมูลประกอบการพิจารณา)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โลหะเป็นปกติไม่รวมอยู่ในชีวโมเลกุล forcefields .
เมื่อเร็ว ๆนี้ เลนนาร์ด โจนส์ ( แอลเจ ) พารามิเตอร์หลาย
โลหะได้รับการพัฒนา , 58 และพารามิเตอร์ที่เข้ากันได้
มีใช้กันอย่างแพร่หลายประจักษ์เขตข้อมูลบังคับ เช่น charmm
, อำพัน และ opls . ดังนั้น ที่ oplscompatible
แอลพารามิเตอร์สำหรับอะตอมถ่ายจาก Ref
58ค่าใช้จ่ายบางส่วนของ aunp แก่น ( 144 AU และ 60 อะตอม )
ประเมินจากการทำงานความหนาแน่น ( DF ) การคำนวณ
ref 51 โดยใช้ความหนาแน่นของอิเล็กตรอนและวิธีการ Bader
ค่า ความแข็งแกร่งของทองหลักถูกเก็บรักษาไว้โดย
แนะนำหมายเลขเสมือนคงที่ หุ้นกู้ และข้อจำกัด
ศักยภาพระหว่างอะตอมของแกน พันธบัตรเพิ่มเติมและ
จำกัดศักยภาพถูกตั้งค่าสำหรับ Au − s อินเตอร์เฟซโครงสร้าง
เพื่อรักษารูปทรงที่ถูกต้องของ NP ตกแต่งภายใน
( รายละเอียดที่ระบุในข้อมูลสนับสนุน )