ResultsProtein engineering of a tet

Results
Protein engineering of a tetra-arginine cluster based endotheolial NOS
We hypothesized that substituting the cysteines that formed ZnS4 cluster with arginines would still form an active eNOS homodimer, but one that was redox insensitive. Molecular dynamic (MD) experiments were initially undertaken using the available crystal structure of human eNOS (PDB ID 3NOS) to determine if mutations of the two tetrathiolate clusters generating cysteine residues to arginines (C94R/C99R) would grossly alter the eNOS structure. A phosphate ion (PO3-4) was introduced as a replacement for the Zn2+ ion. The resulting mutant protein was simulated in a water filled cube for 100 ns using the MD simulation module in Yasara. After minimization of free energy, the structure of eNOS was still predicted to be dimeric and three arginine residues were found to interact with the phosphate ion. Four arginines failed to form a compact tetrahedral structure, however, the structure of catalytic center and substrate channel did not appear to be disturbed in the C94R/C99R mutant eNOS.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์วิศวกรรมโปรตีนของ tetra-อาร์จินีนคลัสเตอร์โดยใช้หมายเลข endotheolialเราตั้งสมมติฐานว่าที่แทน cysteines ที่เป็นรูปแบบ ZnS4 คลัสเตอร์กับ arginines จะยังคงฟอร์ม homodimer eNOS งานการ แต่ที่ถูกซ้อน redox โมเลกุลแบบไดนามิก (MD) การทดลองได้เริ่มต้นดำเนินใช้ผลึกที่มีโครงสร้างของมนุษย์ eNOS (รหัส PDB 3NOS) เพื่อตรวจสอบถ้ากลายพันธุ์ของ cysteine ตกไป arginines (C94R C99R) สร้างคลัสเตอร์ tetrathiolate สองจะเปลี่ยนโครงสร้างของ eNOS grossly ไอออนฟอสเฟต (PO3-4) ถูกนำมาใช้แทนไอออน Zn2 + โปรตีนกลายพันธุ์ได้ถูกจำลองใน cube น้ำ 100 ns ใช้โมจำลอง MD ใน Yasara หลังจากการลดพลังงานฟรี โครงสร้างของ eNOS ก็ยังคาดว่า จะ dimeric และพบตกค้างสามอาร์จินีนสามารถโต้ตอบกับไอออนฟอสเฟต Arginines สี่ล้มเหลวเพื่อกระชับโครงสร้าง tetrahedral ไร โครงสร้างของศูนย์ตัวเร่งปฏิกิริยาและพื้นผิวช่องไม่ปรากฏหนวก eNOS กลายพันธุ์ C94R/C99R

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผลวิศวกรรมโปรตีนของกลุ่มเตตร้าอาร์จินีตาม endotheolial NOS เราตั้งสมมติฐานว่าแทน cysteines ที่เกิดขึ้นกับกลุ่ม ZnS4 arginines จะยังคงรูปแบบที่ใช้งาน eNOS homodimer แต่อย่างหนึ่งที่เป็นความรู้สึกอกซ์ โมเลกุลแบบไดนามิก (MD) ทดลองดำเนินการในขั้นต้นโดยใช้โครงสร้างผลึกที่มีอยู่ของมนุษย์ eNOS (PDB ID 3NOS) เพื่อตรวจสอบว่าการกลายพันธุ์ของทั้งสองกลุ่ม tetrathiolate สร้าง cysteine ​​ตกค้างที่จะ arginines (C94R / C99R) จะไม่มีการลดปรับเปลี่ยนโครงสร้าง eNOS ออฟอสเฟต (PO3-4) ถูกนำมาใช้แทนสำหรับ Zn2 + ไอออน โปรตีนกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นได้รับการจำลองในก้อนที่เต็มไปด้วยน้ำ 100 ns การใช้โมดูลจำลอง MD ใน Yasara หลังจากที่ลดการใช้พลังงานฟรีโครงสร้างของ eNOS ยังคงเป็นที่คาดการณ์ว่าจะเป็น dimeric สาม arginine ตกค้างที่พบในการโต้ตอบกับไอออนฟอสเฟต สี่ arginines ล้มเหลวที่จะสร้างโครงสร้าง tetrahedral ขนาดกะทัดรัด แต่โครงสร้างของศูนย์การเร่งปฏิกิริยาและช่องพื้นผิวไม่ปรากฏว่าถูกรบกวนใน C94R / C99R กลายพันธุ์ eNOS

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลลัพธ์
โปรตีนวิศวกรรมของ Tetra อาร์กลุ่มตาม endotheolial NOS
เราตั้งสมมติฐานว่า แทน cysteines รูปแบบที่ zns4 กลุ่มกับ arginines ยังคงเป็นโฮโมไดเมอร์ซินปราดเปรียว แต่สิ่งหนึ่งที่ถูกรีดอกซ์ตายด้านพลวัตเชิงโมเลกุล ( MD ) การทดลองครั้งแรกดำเนินการโดยใช้ของโครงสร้างผลึกของมนุษย์นอส ( PDB ID 3nos ) ระบุว่า การกลายพันธุ์ของกรดอะมิโนเพื่อสร้างสอง tetrathiolate กลุ่มตกค้าง arginines ( c94r / c99r ) จะไม่ปรับเปลี่ยนนอสโครงสร้าง มีฟอสเฟตไอออน ( po3-4 ) ใช้ทดแทนการ zn2 ไอออนผลของโปรตีนกลายพันธุ์ ) ในก้อนน้ำเต็ม 100 NS ใช้ MD จำลองโมดูลใน yasara . หลังจากลดพลังงานอิสระ โครงสร้างของนอสยังคงคาดจะท้องเฟ้อและสามอาร์จินีนตกค้างที่พบในการโต้ตอบกับฟอสเฟตไอออน 4 arginines ล้มเหลวในรูปแบบกะทัดรัด tetrahedral โครงสร้าง อย่างไรก็ตามโครงสร้างของศูนย์และช่องทางการตั้งต้นไม่ได้ดูเหมือนจะรบกวนใน c94r /
c99r กลายพันธุ์นะ