วัดชนะสงครามเป็นพระอารามหลวงชั้นโทชนิดราชวรวิหารสร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยา แต่เดิมบริเวณรอบ ๆ วัดเป็นทุ่งนาค่อนข้างกว้างใหญ่ จึงเรียกว่า “วัดกลางนา” สมเด็จกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท ทรงบูรณะปฏฺสังขรณ์ใหม่ทั้งพระอาราม พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกทรงแต่งตั้งพระราชาคณะฝ่ายรามัญสำหรับพระนครเช่นเดียวกับสมัยอยุธยา โดยโปรดให้พระสงฆ์รามัญมาอยู่วัดนี้ จึงเรียกชื่อวัดว่าวัดตองปู เลียนแบบเดียวกับวัดตองปูซึ่งเป็นวัดพระรามัญในสมัยอยุธยา แต่อีกกระแสหนึ่งกล่าวว่าชื่อวัดตองปูมาจากชาวรามัญ หมู่บ้านตองปู ซึ่งเคยอยู่ในหงสาวดีได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานในเมืองไทย จึงนำชื่อวัดที่ตนยึดถือเป็นที่พึ่งทางใจมาตั้งด้วย วัดกลางนาจึงเปลี่ยนชื่อเป็นวัดตองปูตามความเคยชินของชาวบ้านตองปู ต่อมาเมื่อทรงมีชัยชนะข้าศึกจึงพระราชทานนามว่า “วัดชนะสงคราม”