2.4. Bacterial identificationCharac

2.4. Bacterial identification
Characterization of the selected PNSB strains was conducted as
follows. Carbon utilization and vitamin requirements of PNSB
strains were tested under anaerobic-light conditions, according to
the methods described by Kantachote et al. (2005). Ability to
utilize various chemicals was tested by adding 10 mM of each of
the following substrates; formate, acetate, propionate, butyrate,
sodium bicarbonate, sodium sulfide and sodium thiosulfate to the
basal minimal medium containing 10 mM of ammonium sulfate. In
addition, 16S rRNA genes were also used for identification by the
following method. Selected strains were separately grown with GA
agar and then total genomic DNA was extracted from the bacterial
samples according to the method of Zhou et al. (1996). A nested
polymerase chain reaction (PCR) technique was used to increase
the sensitivity of the PCR. The bacterial 16S rRNA gene was
amplified by PCR with the bacterial primers EUB8F/U1492R in the
first round, and with the specific primer set 338GC-F/518R in the
second round (Orphan et al., 2000). The PCR products were
purified using the Gel/PCR DNA fragment extraction kit (Geneaid,
Taiwan) according to the manufacturer's instructions. The purified
PCR products were sequenced by 1st BASE Laboratories Sdn Bhd
(Malaysia). The sequences determined were compared to the
previously described sequences available in the GenBank database,
using BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov) to determine the most
similar cases in the database. The alignment and refinement of
sequences were carried out using the ClustalX and BioEdit
sequence alignment editor. A total of 1127 nucleotides for 16S
rDNA were selected for phylogenetic analyses using the default
parameters in the MEGA software package version 4.0. Phylogenetic
distances were calculated by the neighbor joining (NJ)
method using the Kimura 2-parameter model in MEGA. Consensus
NJ trees were evaluated by bootstrap analysis based on 1000 iterations
of each data set. Similar branching orders were found for
trees generated by the neighbor joining methods using programs
in MEGA4.
3. Results
3.1. Selection of salt resistant P

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. แบคทีเรียรหัสจำแนกลักษณะของสายพันธุ์ PNSB เลือกการดำเนินการต่อไปนี้ ความต้องการใช้ประโยชน์และวิตามินของ PNSB คาร์บอนสายพันธุ์ทดสอบภายใต้สภาพแสงไม่ใช้ออกซิเจน ตามวิธีการอธิบายไว้โดย Kantachote et al. (2005) ความสามารถในการใช้สารเคมีต่าง ๆ ได้รับการทดสอบ โดยการเพิ่ม 10 มม.ของแต่ละพื้นผิวต่อไปนี้ รูปแบบเอกสาร acetate, propionate ไบ คาร์บอเนตโซเดียมไบคาร์บอเนต โซเดียมซัลไฟด์ และโซเดียม thiosulfate เพื่อการฐานกลางน้อยที่สุดที่ประกอบด้วยแอมโมเนียซัลเฟต 10 มม. ในนอกจากนี้ 16S rRNA ยีนยังใช้สำหรับการระบุโดยการวิธีต่อไปนี้ เลือกสายพันธุ์ที่ปลูกแยก GAวุ้นและดีเอ็นเอที่ออกแล้วทั้งหมดถูกแยกจากแบคทีเรียตัวอย่างตามวิธีการของโจว et al. (1996) การซ้อนกันใช้เทคนิคพอลิเมอเรสปฏิกิริยาลูกโซ่ (PCR) เพื่อเพิ่มความไวของ PCR แก้ไขยีนแบคทีเรีย 16S rRNAขยาย โดย PCR ด้วยไพรเมอร์แบคทีเรีย EUB8F/U1492R ในการตั้งครั้งแรก รอบ และ มีเฉพาะไพรเมอร์ 338GC-F/518R ในการรอบที่สอง (Orphan et al. 2000) ผลิตภัณฑ์ PCRบริสุทธิ์ใช้ชุดสกัดส่วนของดีเอ็นเอ เจล/PCR (Geneaidไต้หวัน) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต ที่บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกเรียงลำดับตามห้องปฏิบัติการพื้นฐาน 1 Sdn Bhd(มาเลเซีย) ลำดับที่กำหนดได้เมื่อเทียบกับการก่อนหน้านี้อธิบายลำดับที่มีอยู่ในฐานข้อมูล GenBankusing BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov) to determine the mostsimilar cases in the database. The alignment and refinement ofsequences were carried out using the ClustalX and BioEditsequence alignment editor. A total of 1127 nucleotides for 16SrDNA were selected for phylogenetic analyses using the defaultparameters in the MEGA software package version 4.0. Phylogeneticdistances were calculated by the neighbor joining (NJ)method using the Kimura 2-parameter model in MEGA. ConsensusNJ trees were evaluated by bootstrap analysis based on 1000 iterationsof each data set. Similar branching orders were found fortrees generated by the neighbor joining methods using programsin MEGA4.3. Results3.1. Selection of salt resistant P

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 บัตรประจำตัวของเชื้อแบคทีเรีย
ลักษณะของสายพันธุ์ PNSB เลือกได้ดำเนินการเป็น
ดังนี้ การใช้คาร์บอนและวิตามินต้องการของ PNSB
สายพันธุ์ที่ได้รับการทดสอบภายใต้เงื่อนไขที่ไม่ใช้ออกซิเจนแสงตาม
วิธีการที่อธิบายโดย Kantachote et al, (2005) ความสามารถในการ
ใช้สารเคมีต่างๆได้รับการทดสอบโดยการเพิ่มขนาด 10 MM ของแต่ละ
พื้นผิวดังต่อไปนี้ รูปแบบอะซิเตต, propionate, butyrate,
โซเดียมไบคาร์บอเนต, ซัลไฟด์และโซเดียมไธโอซัลเฟตไป
กลางน้อยที่สุดที่มีฐาน 10 มมแอมโมเนียมซัลเฟต ใน
นอกจากนี้ยีน 16S rRNA เขายังใช้เพื่อระบุตัวตนโดย
วิธีการดังต่อไปนี้ สายพันธุ์ที่คัดแยกปลูกกับ GA
วุ้นแล้วดีเอ็นเอทั้งหมดถูกสกัดจากแบคทีเรีย
กลุ่มตัวอย่างตามวิธีการของโจว et al, (1996) ซ้อนกัน
วิธี Polymerase chain reaction (PCR) ถูกนำมาใช้เพื่อเพิ่ม
ความไวของวิธี PCR แบคทีเรียยีน 16S rRNA ถูก
ขยายโดยวิธี PCR กับไพรเมอร์ของแบคทีเรีย EUB8F / U1492R ใน
รอบแรกและมีไพรเมอร์ชุดเฉพาะ 338GC-F / 518R ใน
รอบที่สอง (เด็กกำพร้า et al., 2000) ผลิตภัณฑ์ PCR ถูก
ทำให้บริสุทธิ์โดยใช้เจล / PCR ดีเอ็นเอชุดสกัดชิ้นส่วน (Geneaid,
ไต้หวัน) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต บริสุทธิ์
ผลิตภัณฑ์ PCR โดยมีลำดับขั้นตอนที่ 1 ฐานห้องปฏิบัติการ Sdn Bhd
(มาเลเซีย) ลำดับที่กำหนดถูกเมื่อเทียบกับ
ลำดับที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ที่มีอยู่ในฐานข้อมูลของ GenBank,
ใช้ระเบิด (www.ncbi.nlm.nih.gov) เพื่อตรวจสอบมากที่สุด
กรณีที่คล้ายกันในฐานข้อมูล การจัดตำแหน่งและการปรับแต่งของ
ลำดับได้ดำเนินการโดยใช้ ClustalX และ BioEdit
แก้ไขลำดับการจัดเรียง รวมของนิวคลีโอ 1127 สำหรับ 16S
rDNA ถูกเลือกสำหรับ phylogenetic วิเคราะห์โดยใช้ค่าเริ่มต้น
พารามิเตอร์ในแพคเกจซอฟต์แวร์ MEGA รุ่น 4.0 phylogenetic
ระยะทางที่ถูกคำนวณโดยเพื่อนบ้านเข้าร่วม (NJ)
วิธีการใช้คิมูระรุ่น 2-พารามิเตอร์ใน MEGA ฉันทามติ
ต้นไม้นิวเจอร์ซีย์ได้รับการประเมินโดยการวิเคราะห์บูตตาม 1000 การทำซ้ำ
ของแต่ละชุดข้อมูล คำสั่งแขนงที่คล้ายกันพบ
ต้นไม้ที่สร้างขึ้นโดยเพื่อนบ้านมาร่วมงานกับวิธีการใช้โปรแกรม
ใน MEGA4.
3 ผลการค้นหา
3.1 การเลือกของเกลือทน P

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . การจำแนกแบคทีเรียการเลือกสายพันธุ์ pnsb ดำเนินการเป็นดังนี้ การใช้และความต้องการวิตามินของ pnsb คาร์บอนสายพันธุ์ที่ทดสอบในสภาพแสงแบบไม่ใช้ออกซิเจนตามวิธีการที่อธิบายโดย kantachote et al . ( 2005 ) ความสามารถใช้สารเคมีต่างๆ การทดสอบโดยการเพิ่มของแต่ละ 10 มม.สารอาหารดังต่อไปนี้ รูปแบบอะซิเตท , บิว , propionate ,โซเดียมไบคาร์บอเนต , โซเดียมซัลไฟด์ โซเดียมไธโอซัลเฟตไปและอาหาร minimal medium ที่มี 10 มม. ของแอมโมเนียม ซัลเฟต ในเบส 16S rRNA ยีนนอกจากนี้ยังใช้สำหรับการระบุโดยต่อไปนี้วิธีการ การคัดเลือกสายพันธุ์ แยกโต ด้วยกาวุ้นแล้วรวมจีโนมดีเอ็นเอจากแบคทีเรียตัวอย่างตามวิธีของโจว et al . ( 1996 ) เป็นแบบซ้อนกันปฏิกิริยาลูกโซ่ ( PCR ) โดยใช้เทคนิคเพิ่มความไวของ PCR ของยีน 16S rRNAโดยขยาย PCR กับแบคทีเรียชนิด eub8f / u1492r ในรอบแรก และ มีเฉพาะในชุด 338gc-f / 518r ไพรเมอร์รอบที่สอง ( เด็กกำพร้า et al . , 2000 ) ผลิตภัณฑ์ PCR คือบริสุทธิ์ใช้เจล / ชุดสกัดดีเอ็นเอชิ้นส่วนดีเอ็นเอ ( geneaid ,ไต้หวัน ) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ PCR เป็นลำดับ โดยฐาน 1 ห้องปฏิบัติการ Sdn Bhd( มาเลเซีย ) พิจารณาเปรียบเทียบกับลำดับอธิบายก่อนหน้านี้ในลำดับของขนาดฐานข้อมูลการใช้ระเบิด ( www.ncbi . nlm . NIH . gov ) ศึกษามากที่สุดกรณีคล้ายกันในฐานข้อมูล การจัดตำแหน่งและการปรับแต่งของลำดับได้ทดลองใช้และ clustalx bioeditแก้ไขการเรียงลำดับ ทั้งหมดของความรัก ( เบสสำหรับด้วยการเลือกใช้ค่าเริ่มต้นการวิเคราะห์ phylogeneticพารามิเตอร์ในเมกา แพคเกจซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 4.0 วิวัฒนาการระยะทางคำนวณด้วยเพื่อนบ้านที่เข้าร่วม ( NJ )วิธีใช้คิมูระสองแบบใหญ่ เอกฉันท์NJ ต้นไม้ ได้แก่ การวิเคราะห์ประ 1000 รอบตามของแต่ละชุดข้อมูล คล้ายกิ่งใบถูกพบต้นไม้ที่สร้างขึ้นโดยเพื่อนบ้านร่วมใช้วิธีโปรแกรมใน mega4 .3 . ผลลัพธ์3.1 . การเลือกเกลือทน p