3.3. Discrimination of the differen

3.3. Discrimination of the different RSIVs by multiplex PCR
As shown in Fig. 3, the Pst I restriction fragment of RSIV CH-1 had 92.9% nucleotide
sequence homology with RSIV Namhae (or the reference sequence of RSIV Ehime-1).
However, we found two highly variable regions with a deletion of three continuous
nucleotides in RSIV Sachun and CH-1 at position 36–38 and 432–434, respectively. Two
primers were designed using the sequences of two variable regions, 24–41 (sense primer
NF) and 425–446 (antisense primer CR) in the Pst I restriction fragment of RSIV Namhae
and CH-1, respectively. Additionally, other two primers were designed, AF (sense primer)
and AR (antisense primer), derived from the sequence of 300–319 and 836–855 in the Pst
I regions conserved in all three different RSIV isolates (Fig. 3). Although two of the
primers, NF and CR, will bind specifically only to the DNA templates of RSIV Namhae
and CH-1, respectively, the other two primers, AF and AR, will bind to the DNA templates
of all three different types of RSIVs during PCR. The binding sites of the primers in PCR
is illustrated in Fig. 4.
In a PCR assay with the AF/AR primer set, amplicons of the expected sizes (556, 832,
and 144 bp, respectively) were obtained from the DNA of all three types RSIVs, while
with the NF/AR set only RSIV Namhae showed an amplicon, and with the AF./CR primer

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.3 การเลือกปฏิบัติของ RSIVs แตกต่างกันโดย multiplex PCRดังแสดงในรูป 3, Pst ฉันส่วนข้อจำกัดของ RSIV CH 1 มีนิวคลีโอไทด์ 92.9%ลำดับการ homology กับนัม RSIV (หรือการอ้างอิงลำดับของฮิเมะ RSIV-1)อย่างไรก็ตาม เราพบสองตัวแปรสูงภูมิภาคกับการลบของสามอย่างต่อเนื่องนิวคลีโอไทด์ใน RSIV Sachun และ CH-1 ที่ตำแหน่ง 36 – 38 และ 432-434 ตามลำดับ สองไพรเมอร์ที่ถูกออกแบบโดยใช้ลำดับที่ของสองตัวแปรภูมิภาค 24 – 41 (รองพื้นรู้สึกNF) 425-446 (antisense ไพร CR) ในแฟ้ม Pst และผมส่วนข้อจำกัดของนัม RSIVและ CH-1 ตามลำดับ นอกจากนี้ ออกแบบไพรเมอร์อื่น ๆ สอง AF (รองพื้นรู้สึก)และ AR (antisense ไพร), มาจากลำดับของ 300 – 319 และ 836 – 855 ในแฟ้ม Pstผมภูมิภาคในทั้งสามแตกต่างกัน RSIV แยก (3 รูป) แม้ว่าที่สองของการไพรเมอร์ NF และ CR จะผูกพันเฉพาะกับแม่แบบดีเอ็นเอของนัม RSIV เท่านั้นและ CH-1 ตามลำดับ การอื่น ๆ สองไพรเมอร์ AF และ AR จะผูกกับดีเอ็นเอแม่แบบของทั้งหมดสามชนิด RSIVs ระหว่าง PCR เว็บไซต์รวมของไพรเมอร์ใน PCRแสดงในรูปที่ 4ในการทดสอบ PCR กับชุดรองพื้น AF/AR, amplicons ขนาดที่คาดไว้ (556, 832144 bp ตามลำดับ) ได้ในขณะที่ได้รับจากดีเอ็นเอของทั้งสามประเภท RSIVsด้วย NF/AR ตั้งเดียวนัม RSIV แสดงให้เห็นว่าการ amplicon และ AF. / CR สีรองพื้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.3 การเลือกปฏิบัติของ RSIVs ที่แตกต่างกันโดย multiplex PCR
ดังแสดงในรูป 3, Pst ฉันข้อ จำกัด ส่วนของ RSIV CH-1 มี 92.9% เบื่อหน่าย
ลำดับที่คล้ายคลึงกันกับ RSIV Namhae (หรือลำดับการอ้างอิงของ RSIV Ehime-1).
อย่างไรก็ตามเราพบว่าทั้งสองภูมิภาคตัวแปรอย่างมากกับการลบสามอย่างต่อเนื่อง
นิวคลีโอใน RSIV Sachun และ CH-1 ที่ตำแหน่ง 36-38 และ 432-434 ตามลำดับ สอง
ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบโดยใช้ลำดับของสองภูมิภาคตัวแปร 24-41 (ความรู้สึกไพรเมอร์
อิท) และ 425-446 (แอนตี้ไพรเมอร์ซีอาร์) ในการ จำกัด ชิ้นส่วน Pst ฉัน RSIV Namhae
และ CH-1 ตามลำดับ นอกจากนี้อีกสองไพรเมอร์ได้รับการออกแบบ AF (ความรู้สึกไพรเมอร์)
และ AR (แอนตี้ไพรเมอร์) ที่ได้มาจากลำดับของ 300-319 และ 836-855 ในแปซิฟิกของ
ฉันภูมิภาคอนุรักษ์ในทั้งสามสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน RSIV (รูปที่. 3) แม้ว่าทั้งสองของ
ไพรเมอร์อิทและซีอาจะผูกพันเฉพาะเฉพาะกับแม่ดีเอ็นเอของ RSIV Namhae
และ CH-1 ตามลำดับอีกสองไพรเมอร์, AF และ AR จะผูกกับแม่แบบดีเอ็นเอ
ของทั้งสามประเภทที่แตกต่างกันของ RSIVs ในช่วง PCR เว็บไซต์ที่มีผลผูกพันของไพรเมอร์ในวิธี PCR
จะแสดงในรูปที่ 4.
ในการทดสอบ PCR กับชุดไพรเมอร์ AF / AR, amplicons ของขนาดที่คาด (556, 832,
และ 144 bp ตามลำดับ) ที่ได้รับจากดีเอ็นเอของทั้งสามประเภท RSIVs ในขณะที่
มีอิท / AR ตั้งค่าได้เพียง RSIV Namhae แสดงความ amplicon และด้วยไพรเมอร์ AF./CR