The acquisition of embryogenic cell

The acquisition of embryogenic cell suspension (ECS) cultures has been one of the main objectives to maximize clonal propagation of the coffee plant. However, the majority of somatic embryogenesis induction requirements are genotype-dependent. Therefore, molecular markers linked to the embryogenic transition events may be useful. The BABY BOOM (BBM) gene can be considered as one of those markers, as it is related to the embryogenic process and to cell proliferation. BBM homologous sequences were obtained from Expressed Sequence Tags (ESTs) in a databank generated by the Brazilian Coffee Genome Project. We selected EST-contigs that showed similarities with BBM sequence from different species. Two EST-contigs (C2 and C9) were expressed in silico in cellular suspension libraries and embryogenic calli of coffee. Contig C9, defined as BBM-like (CaBBM), presented similarity with BBM genes and showed 2-fold change in expression in ECS relative to embryogenic calli (EC). Contig C2, on the other hand, was related to the ERF-like family. It showed basal expression in non-embryogenic calli (NEC) and approximately 66- and 311-fold less in ECS and EC compared with CaBBM in the same samples, respectively. These data suggest that CaBBM is likely to be a BBM ortholog in Coffea arabica, which has potential for use as a molecular marker to further increase the methodological efficiency of in vitro culture of coffee.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ซื้อของเยื่อเซลล์ (ECS) แขวนแล้วหนึ่งในจุดประสงค์หลักเพื่อเพิ่มการแพร่กระจายของพืชกาแฟ clonal อย่างไรก็ตาม ส่วนใหญ่ของความเหนี่ยวนำการเกิดเอ็มบริโอ somatic จะขึ้นอยู่กับลักษณะทางพันธุกรรม ดังนั้น เครื่องหมายโมเลกุลที่เชื่อมโยงกับเหตุการณ์เปลี่ยนแปลงเยื่ออาจเป็นประโยชน์ ยีนเด็กบูม (BBM) ถือได้ว่าเป็นหนึ่งในบรรดาเครื่องหมาย ตามที่มันเกี่ยวข้อง กับกระบวนการเยื่อ และขยายเซลล์ ลำดับ homologous BBM ได้รับมาจากแสดงลำดับแท็ก (ESTs) ใน databank ที่สร้างขึ้น โดยโครงการจีโนมกาแฟบราซิล เราเลือก EST contigs ที่แสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกับ BBM ลำดับจากสายพันธุ์ต่าง ๆ สอง EST-contigs (C2 และ C9) ถูกแสดงใน silico ระงับมือถือไลบรารีและ calli เยื่อกาแฟ Contig C9 กำหนดเป็นเหมือน BBM (CaBBM), แสดงความคล้ายคลึงกันกับยีน BBM และแสดงให้เห็นการเปลี่ยนแปลง 2-fold ในนิพจน์ ECS สัมพันธ์กับเยื่อ calli (EC) Contig C2 คง เกี่ยวครอบครัว ERF เหมือนกัน ก็พบว่าโรคนิพจน์ไม่ใช่เยื่อ calli (NEC) และประมาณ 66 - และ 311 - fold น้อย ECS และ EC เมื่อเทียบกับ CaBBM ในตัวอย่างเดียวกัน ตามลำดับ ข้อมูลเหล่านี้แนะนำว่า CaBBM จะ ortholog BBM ใน Coffea อาราบิก้า ที่มีศักยภาพสำหรับใช้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ methodological เพาะกาแฟเพิ่มเติม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เข้าซื้อกิจการของเซลล์แขวนลอย embryogenic (ECS) วัฒนธรรมที่ได้รับหนึ่งในวัตถุประสงค์หลักเพื่อเพิ่มการขยายพันธุ์ของพืช clonal กาแฟ แต่ส่วนใหญ่ของความต้องการการเหนี่ยวนำ embryogenesis ร่างกายมีจีโนไทป์ขึ้นอยู่กับ ดังนั้นเครื่องหมายโมเลกุลที่เชื่อมโยงกับเหตุการณ์การเปลี่ยนแปลง embryogenic อาจจะมีประโยชน์ เบบี้บูม (BBM) ยีนถือได้ว่าเป็นหนึ่งในตัวบ่งชี้เหล่านั้นในขณะที่มันเป็นเรื่องที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการ embryogenic และการแพร่กระจายไปยังโทรศัพท์มือ BBM ลำดับคล้ายคลึงกันที่ได้รับจากแท็กลำดับแสดง (ESTs) ในคลังข้อมูลที่สร้างขึ้นโดยโครงการกาแฟบราซิลจีโนม เราเลือก EST-contigs ที่แสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกันกับลำดับ BBM จากสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน สอง EST-contigs (C2 และ C9) ถูกนำมาแสดงใน silico ในห้องสมุดระงับโทรศัพท์มือถือและ embryogenic แคลลัสของกาแฟ contig C9 ที่กำหนดไว้ BBM เหม​​ือน (CaBBM) นำเสนอความคล้ายคลึงกันกับยีน BBM และแสดงให้เห็นการเปลี่ยนแปลง 2 เท่าในการแสดงออกในญาติ ECS จะ embryogenic แคลลัส (EC) contig C2 ในมืออื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับครอบครัว ERF เหมือน มันแสดงให้เห็นการแสดงออกในฐานที่ไม่ embryogenic แคลลัส (เอ็นอีซี) และประมาณ 66- และ 311 เท่าน้อยกว่าใน ECS และ EC เมื่อเทียบกับ CaBBM ในตัวอย่างเดียวกันตามลำดับ ข้อมูลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า CaBBM มีแนวโน้มที่จะเป็น ortholog BBM ในกาแฟอาราบิก้าที่มีศักยภาพสำหรับใช้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของวิธีการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อในวัฒนธรรมของกาแฟ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ เลี้ยงเซลล์แขวนลอย ( ECS ) วัฒนธรรมที่ได้รับหนึ่งในวัตถุประสงค์หลักเพื่อเพิ่มการขยายพันธุ์ของกาแฟพืช อย่างไรก็ตาม , ส่วนใหญ่ของการเกิดโซมาติกเอ็มบริโอกับความต้องการจะขึ้นอยู่กับ ดังนั้น เครื่องหมายโมเลกุลที่เชื่อมโยงกับเหตุการณ์การเปลี่ยนแปลงฯ อาจเป็นประโยชน์ บูมเด็ก ( BBM ) ยีนสามารถถือเป็นหนึ่งในเครื่องหมายนั้น มันเกี่ยวข้องกับกระบวนการเลี้ยงและเซลล์ proliferation . ลำดับฟังก์ชัน BBM ได้จากแสดงลำดับแท็ก ( ฐานข้อมูล ) ในระบบที่สร้างขึ้นโดยโครงการจีโนม กาแฟบราซิล เราเลือกสูงแสดงให้เห็นว่าคล้ายคลึงกับ BBM และลำดับจากสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน สอง และ สูง ( C2 และ C9 ) มีการแสดงออกในเซลล์แขวนลอยสำหรับห้องสมุดและแคลลัส เลี้ยงกาแฟ contig C9 นิยามเป็น BBM ( cabbm ) แสดงความเหมือนกับ BBM และแสดงถึงการเปลี่ยนแปลงในการแสดงออกของยีนในแคลลัส ECS ญาติฯ ( EC ) contig C2 , บนมืออื่น ๆที่เกี่ยวข้องกับ ERF เหมือนคนในครอบครัว มันมีพื้นฐานการแสดงออกไม่เลี้ยงแคลลัส ( NEC ) ประมาณ 66 - 311 พับน้อยลงใน ECS และ EC เมื่อเทียบกับ cabbm ในตัวอย่างเดียวกันตามลำดับ ข้อมูลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า cabbm มีแนวโน้มที่จะเป็น BBM ใน ortholog coffea อาราบิก้า ซึ่งมีศักยภาพในการใช้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการเพาะกาแฟ