The difficulty in accurate species

The difficulty in accurate species assignments was confounded when only one reference sequence was available; in addition to only a few sequences for closely related species for comparative inter-species purposes. It would be difficult to argue, in a legal context, with any degree of certainty that a sample be assigned to a species without the knowledge of the genetic variability of closely related taxa. Therefore, species level identification was only assigned to those samples when more than one published reference sequence was available for at least one of the two chosen genes for this study, or alternatively, when at least one published sequence was available for both 12S and Cytb genes. We chose a sequence similarity value of >98% for both genes as a requirement for assigning species identity, but acknowledge that more research needs to occur to generate gene specific cut-off values that are appropriate to the Psittaciformes. In cases where only one species reference sequence was available on GenBank, regardless of whether the sequence similarity was >98%, species level identification was not assigned, due primarily to the effects that nuclear copies of mtDNA (numts) might have. Additionally, if the only reference sequence available was from an unpublished source, species identification was not assigned, as we believe they were not deemed fit for this purpose. Genus and family level identification was allocated when search results showed close matches (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

The difficulty in accurate species assignments was confounded when only one reference sequence was available; in addition to only a few sequences for closely related species for comparative inter-species purposes. It would be difficult to argue, in a legal context, with any degree of certainty that a sample be assigned to a species without the knowledge of the genetic variability of closely related taxa. Therefore, species level identification was only assigned to those samples when more than one published reference sequence was available for at least one of the two chosen genes for this study, or alternatively, when at least one published sequence was available for both 12S and Cytb genes. We chose a sequence similarity value of >98% for both genes as a requirement for assigning species identity, but acknowledge that more research needs to occur to generate gene specific cut-off values that are appropriate to the Psittaciformes. In cases where only one species reference sequence was available on GenBank, regardless of whether the sequence similarity was >98%, species level identification was not assigned, due primarily to the effects that nuclear copies of mtDNA (numts) might have. Additionally, if the only reference sequence available was from an unpublished source, species identification was not assigned, as we believe they were not deemed fit for this purpose. Genus and family level identification was allocated when search results showed close matches (<98%) to more than one species, involving taxa that were classified within the same genus or family respectively. Our criteria, through necessity, were conservative to minimise the chance of incorrect species assignment. However, it may be likely that each genetic identification needs to be handled on a case-by-case basis and may ultimately become a judgement call based on experience, available evidence, and the quality of reference collections, which are largely the same criteria that a morphological taxonomist might use to identify species. One final complicating factor is the ever-changing nature of the taxonomic framework in which the genus, species and subspecies status of avian taxa can change in response to new data.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความยากลำบากในการกำหนดสายพันธุ์ที่ถูกต้องสับสนเมื่อเพียงหนึ่งลำดับการอ้างอิงที่มีอยู่; นอกเหนือไปจากเพียงไม่กี่ลำดับสำหรับสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดเพื่อการเปรียบเทียบระหว่างสายพันธุ์ มันจะเป็นเรื่องยากที่จะเถียงในบริบททางกฎหมายที่มีระดับของความมั่นใจว่ากลุ่มตัวอย่างที่ได้รับมอบหมายให้เป็นสายพันธุ์ที่ไม่มีความรู้ของความแปรปรวนทางพันธุกรรมของแท็กซ่าที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดใด ๆ ดังนั้นการระบุระดับสายพันธุ์ที่ได้รับมอบหมายเท่านั้นตัวอย่างเหล่านั้นเมื่อมากกว่าหนึ่งลำดับการอ้างอิงการตีพิมพ์ที่มีอยู่อย่างน้อยหนึ่งในสองยีนเลือกสำหรับการศึกษาครั้งนี้หรือหรือเมื่ออย่างน้อยหนึ่งที่ตีพิมพ์ลำดับที่สามารถใช้ได้สำหรับทั้ง 12S และยีน Cytb . เราเลือกค่าความคล้ายคลึงกันลำดับของ> 98% สำหรับยีนทั้งสองตามความต้องการสำหรับการกำหนดตัวตนของสายพันธุ์ แต่ยอมรับว่าการวิจัยมากขึ้นความต้องการที่จะเกิดขึ้นในการสร้างค่านิยมของยีนที่เฉพาะเจาะจงตัดที่เหมาะสมกับ Psittaciformes ในกรณีที่มีเพียงหนึ่งสายพันธุ์ที่มีอยู่ลำดับบนอ้างอิง GenBank โดยไม่คำนึงถึงความคล้ายคลึงกันไม่ว่าจะเป็นลำดับที่ถูก> 98% การระบุระดับสายพันธุ์ที่ไม่ได้กำหนดเนื่องจากการผลกระทบที่สำเนานิวเคลียร์ของ mtDNA (numts) อาจจะมี นอกจากนี้หากลำดับการอ้างอิงเท่านั้นใช้ได้มาจากแหล่งที่มาที่ไม่ได้เผยแพร่การระบุสายพันธุ์ที่ไม่ได้รับมอบหมายในขณะที่เราเชื่อว่าพวกเขาก็ถือว่าไม่เหมาะสำหรับวัตถุประสงค์นี้ ประเภทและบัตรประจำตัวระดับครอบครัวถูกจัดสรรเมื่อผลการค้นหาแสดงให้เห็นว่าการแข่งขันปิด (<98%) มากกว่าหนึ่งชนิดที่เกี่ยวข้องกับแท็กซ่าที่ได้รับการจัดภายในสกุลเดียวกันหรือครอบครัวตามลำดับ เกณฑ์ของเราผ่านความจำเป็นเป็นอนุรักษ์นิยมเพื่อลดโอกาสของการกำหนดสายพันธุ์ที่ไม่ถูกต้อง แต่ก็อาจจะเป็นไปได้ว่าการระบุทางพันธุกรรมแต่ละคนต้องได้รับการจัดการบนพื้นฐานกรณีโดยกรณีและในที่สุดอาจจะกลายเป็นสายการตัดสินขึ้นอยู่กับประสบการณ์หลักฐานพร้อมใช้งานและคุณภาพของคอลเลกชันอ้างอิงซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นเกณฑ์เดียวกันกับที่ อนุกรมวิธานสัณฐานอาจใช้เพื่อระบุชนิด ปัจจัยหนึ่งที่แทรกซ้อนสุดท้ายคือธรรมชาติที่เปลี่ยนแปลงตลอดเวลาของกรอบอนุกรมวิธานซึ่งในประเภทชนิดและจำพวกสถานะของแท็กซ่านกสามารถเปลี่ยนแปลงได้ในการตอบสนองต่อข้อมูลใหม่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความยากในงานได้ถูกต้องชนิดอายเมื่อเพียงหนึ่งอ้างอิงลำดับได้พร้อม นอกจากเพียงไม่กี่ลำดับสำหรับเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิดเพื่อเปรียบเทียบระหว่างสายพันธุ์ มันอาจจะยากที่จะโต้แย้งในบริบททางกฎหมายกับระดับของความมั่นใจว่า ตัวอย่างที่ถูกกำหนดให้กับชนิดที่ไม่มีความรู้ของความแปรปรวนทางพันธุกรรมและความใกล้ชิดกัน ดังนั้นชนิดจำแนกระดับแค่มอบหมายให้ตัวอย่างเมื่อมากกว่าหนึ่งที่ตีพิมพ์อ้างอิงลำดับคือใช้ได้อย่างน้อยหนึ่งในสองเลือกยีนเพื่อการศึกษานี้ หรืออีกวิธีหนึ่งคือเมื่ออย่างน้อยหนึ่งที่ตีพิมพ์ลำดับคือใช้ได้ทั้ง 12s และ cytb ยีน เราเลือกลำดับเหมือนกันค่า > 98% สำหรับยีนที่เป็นทั้งความต้องการเพื่อให้เผ่าพันธุ์ตน แต่ยอมรับว่างานวิจัยต้องเกิดขึ้นเพื่อสร้างยีนเฉพาะค่าจุดตัดที่เหมาะสมกับ psittaciformes .ในกรณีที่เพียงชนิดเดียวที่สามารถใช้ได้ในการอ้างอิงลำดับขนาด ไม่ว่าลำดับความเหมือนคือ > 98% ชนิดจำแนกระดับยังไม่ได้กำหนด เนื่องจากหลักผลที่นิวเคลียร์ฉบับแสดง ( numts ) อาจจะ นอกจากนี้ ถ้าเพียงแต่อ้างอิงลำดับของถูกจากแหล่งเผยแพร่ระบุชนิดไม่ได้ ได้รับมอบหมายเป็นเราเชื่อว่าพวกเขาไม่ถือว่าพอดีสำหรับวัตถุประสงค์นี้ สกุล และครอบครัว ระบุระดับเป็นผู้จัดสรร เมื่อผลการค้นหา พบ ปิดแมตช์ ( > 98% ) มากกว่าหนึ่งชนิด เกี่ยวข้องกับ และที่จัดภายในสกุลเดียวกันหรือครอบครัว ตามลำดับ ของเราผ่านเกณฑ์ความจำเป็น , อนุลักษณ์ เพื่อลดโอกาสที่ไม่ถูกต้องชนิดที่ได้รับมอบหมาย อย่างไรก็ตามมันอาจจะมีโอกาสที่แต่ละพันธุกรรมระบุต้องจัดการตามกรณี และในที่สุดอาจกลายเป็น ป. โทร ตามประสบการณ์ พร้อมหลักฐาน และคุณภาพของคอลเลกชันที่อ้างอิง ซึ่งจะไปเกณฑ์เดียวกันที่ taxonomist โดยอาจใช้เพื่อระบุชนิดสุดท้ายปัจจัยแทรกซ้อน คือ ธรรมชาติที่เปลี่ยนแปลงของกรอบการศึกษาที่สกุล ชนิดและชนิดย่อยของสัตว์ปีกและสามารถเปลี่ยนสถานะในการตอบสนองต่อข้อมูลใหม่