Very few regions in the DENV genome

Very few regions in the DENV genome are sufficiently conserved for a universal DENV RT-PCR system, and the variability of the entire genome is shown in S1 Figure in the Supporting Information. A candidate region with relatively high sequence conservation was identified in the 3′ UTR genomic positions 10632–10695 (numbering relative to DENV-1, GenBank acc. no. NC_001477) (S1 Figure). This region is large enough to accommodate a TaqMan system with a short MGB-modified probe.

The region 10654–10669 is exceptionally conserved; three of the 3,305 genomes studied were found to contain two mutations in this region (GenBank acc. no. JQ922554, FJ639735, and FJ639819), and only nine genomes contained a single mutation. One of the sequences with two mutations was collected in 1963 (JQ922554) and the indels in the 3′ UTR were not confirmed according to the authors for the remaining two sequences (FJ639735 and FJ639819). For this reason, and because the surrounding sequence could accommodate both forward and reverse primers in conserved regions when using only a few ambiguous nucleotides, we designed the DENV_P TaqMan probe to target the 10654–10669 region. DENV-4 differs from the other serotypes at positions 10670–10695. Consequently, the DENV_R4 primer was designed to specifically target DENV-4, whereas the DENV_R1–3 primer was designed to target DENV-1, -2, and -3. The primers and probe sequences and positions are shown in Fig. 1, in which deviations from the consensus sequence are indicated by vertical bars and percentages of the total dataset. S2 Figure in the Supporting Information shows the geographic and temporal distributions of the sequences of the four DENV serotypes and their deviations from the primer and probe sequences. The 3′ UTR of DENV has a complex secondary structure [43]. The secondary structure at the primer and probe binding site is shown in S3 Figure in the Supporting Information.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ภูมิภาคที่น้อยมากในจีโน DENV มีพอนิ่ง DENV RT-PCR ระบบสากล และความแปรปรวนของกลุ่มทั้งหมดจะแสดงในรูป S1 ในข้อมูลสนับสนุน พื้นที่ที่มีผู้สมัครลำดับที่ค่อนข้างสูงอนุรักษ์ที่ถูกระบุใน 3′ UTR ออกตำแหน่ง 10632 – 10695 (เลขสัมพันธ์ DENV 1, GenBank เลขบัญชี NC_001477) (รูป S1) ภูมิภาคนี้มีขนาดใหญ่พอที่จะรองรับระบบ TaqMan กับโพรบปรับ MGB สั้น10654 – 10669 ภูมิภาคที่มีอยู่เป็นพิเศษ สามของ genomes 3,305 ที่ศึกษาพบว่าประกอบด้วยการกลายพันธุ์ที่สองในภูมิภาคนี้ (GenBank เลขบัญชี JQ922554, FJ639735 และ FJ639819), และการกลายพันธุ์เดียวอยู่ genomes เก้าเท่านั้น ลำดับกับพันธุ์สองอย่างใดอย่างหนึ่งเก็บรวบรวมในปี 1963 (JQ922554) และ indels ใน 3′ UTR ไม่ได้รับการยืนยันตามที่ผู้เขียนลำดับสองที่เหลือ (FJ639735 และ FJ639819) ด้วยเหตุนี้ และเนื่องจากตามลำดับโดยรอบสามารถรองรับไพรเมอร์ทั้งข้างหน้า และย้อนกลับในภูมิภาคภัตเมื่อใช้เพียงไม่กี่ไม่ชัดเจนนิวคลีโอไทด์ เราออกรบ DENV_P TaqMan เป้าหมายภูมิภาค 10654 – 10669 DENV-4 แตกต่างจาก serotypes อื่น ๆ ที่ตำแหน่ง 10670 – 10695 จึง รองพื้น DENV_R4 ถูกออกแบบมาเพื่อกำหนดเป้าหมายเฉพาะ DENV-4 ในขณะที่ไพรเมอร์ DENV_R1 – 3 ถูกออกแบบมาเพื่อเป้าหมาย DENV-1, -2 และ -3 ไพรเมอร์ และโพรบลำดับ และตำแหน่งจะแสดงในรูปที่ 1 ในซึ่งแตกต่างจากมติลำดับจะแสดง ด้วยแถบแนวตั้งและเปอร์เซ็นต์ของชุดข้อมูลทั้งหมด รูป S2 ในข้อมูลสนับสนุนแสดงการกระจายทางภูมิศาสตร์ และกาลเวลาของลำดับของการ serotypes DENV สี่และของพวกเขาแตกต่างจากลำดับไพรเมอร์และโพรบ 3′ UTR DENV มีโครงสร้างซับซ้อนรอง [43] โครงสร้างรองที่รองพื้นและสอบสวนผูกไซต์จะแสดงในรูป S3 ในข้อมูลสนับสนุน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภูมิภาคน้อยมากในจีโนม DENV จะอนุรักษ์เพียงพอสำหรับระบบสากล DENV RT-PCR และความแปรปรวนของจีโนมทั้งหมดจะแสดงในรูปที่ S1 ในข้อมูลประกอบ ภูมิภาคผู้สมัครที่มีการอนุรักษ์ลำดับที่ค่อนข้างสูงที่ถูกระบุใน 3 ตำแหน่งจีโนม UTR 10,632-10,695 (เลขเทียบกับ DENV-1 GenBank ACC. ไม่มี. NC_001477) (S1 รูป) ภูมิภาคนี้มีขนาดใหญ่พอที่จะรองรับระบบ TaqMan ที่มีการสอบสวนสั้น MGB แก้ไข.

ภูมิภาค 10,654-10,669 เป็นป่าสงวนล้ำ; สาม 3,305 จีโนมการศึกษาพบว่ามีการกลายพันธุ์ที่สองในภูมิภาคนี้ (GenBank ACC. ไม่มี. JQ922554, FJ639735 และ FJ639819) และเพียงเก้าจีโนมที่มีการกลายพันธุ์เดียว หนึ่งในลำดับที่มีสองกลายพันธุ์ที่ถูกเก็บรวบรวมในปี 1963 (JQ922554) และ indels ใน 3 'UTR ที่ไม่ได้รับการยืนยันตามที่ผู้เขียนที่เหลืออีกสองลำดับ (FJ639735 และ FJ639819) ด้วยเหตุนี้และเนื่องจากลำดับโดยรอบสามารถรองรับทั้งเดินหน้าและถอยหลังไพรเมอร์ในภูมิภาคอนุรักษ์เมื่อใช้เพียงไม่กี่นิวคลีโอคลุมเครือที่เราออกแบบการสอบสวน DENV_P TaqMan ที่จะกำหนดเป้าหมายภูมิภาค 10,654-10,669 DENV-4 ที่แตกต่างจากสายพันธุ์อื่น ๆ ที่ตำแหน่ง 10,670-10,695 ดังนั้นไพรเมอร์ DENV_R4 ถูกออกแบบมาเพื่อกำหนดเป้าหมายเฉพาะ DENV-4 ในขณะที่ไพรเมอร์ DENV_R1-3 ถูกออกแบบมาเพื่อกำหนดเป้าหมาย DENV-1 -2 และ -3 ไพรเมอร์และลำดับการสอบสวนและตำแหน่งที่แสดงอยู่ในรูป 1 ซึ่งในการเบี่ยงเบนจากลำดับฉันทามติจะแสดงโดยแถบแนวตั้งและร้อยละของชุดข้อมูลทั้งหมด S2 รูปในข้อมูลประกอบการแสดงให้เห็นถึงการกระจายทางภูมิศาสตร์และเวลาของลำดับของสี่สายพันธุ์ DENV และการเบี่ยงเบนของพวกเขาจากไพรเมอร์และสอบสวนลำดับ 3 'UTR ของ DENV มีโครงสร้างทุติยภูมิที่ซับซ้อน [43] โครงสร้างรองที่ไพรเมอร์และการสอบสวนเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันจะแสดงในรูปที่ S3 ในข้อมูลประกอบ