3. Results3.1. Validation of the al

3. Results
3.1. Validation of the alkB-T-RFLP method
Eighty-three non-identical (putative) alkane monooxygenase
gene sequences from public databases fulfilled the selection criteria
and were included in the in silico analysis. The sequences originated
from 28 bacterial families representing various phyla thus potentially
covering a broad range of gene divergence. All sequences
covered the essential gene regions coding for the histidine boxes I
and IV, which were 100% conserved. Table 1 summarizes the results
for the nine best enzymes obtained by REPK including the enzymes
applied in other T-RFLP studies targeting the alkB gene [9e12].
None of the enzymes produced unequivocally distinct T-RFs
allowing a differentiation of all alkB sequences consistently with
the phylogenetic affiliation of their hosts. In silico restriction with
HpyCH4V [12] and RsaI resulted in the highest number of total T-RFs
(23 and 20, respectively) as first criterion for ranking restriction
enzymes [28]. AvaII [9] and ApeKI yielded 16 peaks and a very low
percentage (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1 การตรวจสอบวิธี alkB T RFLPMonooxygenase เอ้ 3 อัลเคน (putative) ไม่เหมือนกันเกณฑ์การเลือกตอบสนองลำดับยีนจากฐานข้อมูลสาธารณะและใน silico ในการวิเคราะห์ ลำดับที่มาจากครอบครัว 28 แบคทีเรียแทน phyla ต่าง ๆ จึงอาจครอบคลุมช่วงกว้างของยีน divergence ลำดับทั้งหมดครอบคลุมภูมิภาคยีนสำคัญที่กำหนดสำหรับกล่อง histidine ฉันและ IV ซึ่งมีอยู่ 100% ตารางที่ 1 สรุปผลสำหรับเอนไซม์สุดเก้ารับ โดย REPK รวมทั้งเอนไซม์ใช้ในการศึกษา T RFLP อื่น ๆ กำหนดเป้าหมายยีน alkB [9e12]ไม่มีเอนไซม์ที่ผลิต T-RFs unequivocally หมดช่วยสร้างความแตกต่างของลำดับ alkB ทั้งหมดอย่างสม่ำเสมอด้วยสังกัด phylogenetic โฮสต์ของพวกเขา ข้อจำกัดด้าน silico ด้วยHpyCH4V [12] และ RsaI ส่งผลให้จำนวน RFs T รวมสูงสุด(23 และ 20 ตามลำดับ) เป็นเงื่อนไขแรกในการจำกัดการจัดอันดับเอนไซม์ [28] AvaII [9] และ ApeKI เต็มยอด 16 และต่ำมากเปอร์เซ็นต์ (< 1%) ลำดับที่ไม่ต้องเป็นเงื่อนไขที่สองสำหรับการจัดอันดับ เอนไซม์อื่น ๆ ที่ใช้ในการศึกษาอดีตอันดับ intermediately ต่ำ (HinfI, HhaI, MspI/HpaII [10,11]) หรือต่ำมาก (Sau3I [9])ต่อไปทดสอบในเอนไซม์ HpyCH4V, RsaI, ApeKIมีแตกต่างแม่และเอนไซม์ความเข้มข้น ชุมชนค่าที่ได้มาจากดินสกัดดีเอ็นเอถูกจำลองด้วย50 หรือ 100 ng ดีเอ็นเอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการ
3.1 การตรวจสอบของ alkB-T-RFLP วิธี
แปดสิบสามที่ไม่เหมือนกัน (สมมุติ) เคน monooxygenase
ลำดับยีนจากฐานข้อมูลสาธารณะตามเกณฑ์การคัดเลือก
และได้รับการรวมอยู่ในการวิเคราะห์ใน silico ลำดับต้นกำเนิดมา
จาก 28 ครอบครัวแบคทีเรียที่เป็นตัวแทนของไฟลัมต่าง ๆ จึงอาจ
ครอบคลุมหลากหลายของความแตกต่างของยีน ลำดับทั้งหมด
ครอบคลุมภูมิภาคยีนที่สำคัญการเข้ารหัสสำหรับกล่องฮิสติดีนผม
และ IV ซึ่งเป็น 100% ป่าสงวน ตารางที่ 1 สรุปผล
สำหรับงวดเก้าเอนไซม์ที่ดีที่สุดที่ได้รับจาก REPK รวมทั้งเอนไซม์ที่
ใช้ในการศึกษาอื่น ๆ T-RFLP กำหนดเป้าหมายยีน alkB [9e12].
ไม่มีเอนไซม์ที่ผลิตที่แตกต่างกันอย่างแจ่มแจ้ง T-RFs
ช่วยให้ความแตกต่างของลำดับ alkB ทั้งหมดอย่างต่อเนื่องกับ
สังกัดสายวิวัฒนาการของครอบครัวของพวกเขา ในข้อ จำกัด silico กับ
HpyCH4V [12] และ RsaI ส่งผลให้มีจำนวนมากที่สุดจากทั้งหมด T-RFs
(23 และ 20 ตามลำดับ) เป็นเกณฑ์แรกสำหรับการจัดอันดับการ จำกัด
เอนไซม์ [28] AvaII [9] และ ApeKI ยอมแพ้ 16 และยอดที่ต่ำมาก
ร้อยละ (<1%) ลำดับที่ไม่ย่อยเป็นเกณฑ์ที่สอง
สำหรับการจัดอันดับ เอนไซม์อื่น ๆ ที่นำมาใช้ในอดีตการศึกษา
ที่ได้รับการจัดอันดับ intermediately ต่ำ (HinfI, HhaI, MspI / HpaII [10,11]) หรือ
ที่ต่ำมาก (Sau3I [9]).
เอนไซม์ HpyCH4V, RsaI, ApeKI ได้มีการทดสอบต่อไปในหลอดทดลอง
ที่แตกต่างกัน แม่แบบและความเข้มข้นของเอนไซม์ ชุมชน
โปรไฟล์ที่ได้จากการสกัดดีเอ็นเอดินทำซ้ำกับ
ทั้ง 50 หรือ 100 ศึกษาดีเอ็นเอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์
3.1 . ความถูกต้องของวิธีการ alkb-t-rflp
แปดสิบสามไม่เหมือนกัน ( กรดอะมิโน ) ของเหลว monooxygenase
ยีน ลำดับจากฐานข้อมูลสาธารณะตามหลักเกณฑ์การคัดเลือก
และถูกรวมอยู่ในการวิเคราะห์ซิลิโค . ผู้ที่มาจากครอบครัวซึ่งแบคทีเรีย
28 ประเภทต่าง ๆจึงอาจ
ครอบคลุมช่วงกว้างของยีน divergence ลำดับ
ทั้งหมดครอบคลุมที่สำคัญของภูมิภาครหัสสำหรับเมื่อฉัน
4 กล่องซึ่งเป็น 100% เพื่อ . ตารางที่ 1 สรุปผล
สำหรับเก้าที่ดีที่สุดได้โดย repk รวมทั้งเอนไซม์เอนไซม์ที่ใช้ในการศึกษา t-rflp
อื่น ๆเป้าหมาย alkb ยีน [ 9e12 ] .
ไม่มีเอนไซม์ที่ผลิตอย่างแจ่มแจ้งชัดเจน t-rfs
ช่วยให้ความแตกต่างของลำดับ alkb ทั้งหมดสอดคล้องกับ
ความร่วมมือต่างๆ ของเจ้าภาพ สำหรับข้อ จำกัด ด้วย
hpych4v [ 12 ] และ rsai ส่งผลให้จำนวนสูงสุดของทั้งหมด t-rfs
( 23 และ 20 ตามลำดับ ) เป็นเกณฑ์ครั้งแรกสำหรับการจัดอันดับจำกัด
เอนไซม์ [ 28 ] avaii [ 9 ] และ apeki จำนวน 16 ยอดเปอร์เซ็นต์ต่ำมาก ( < 1 %
) ไม่ใช่ย่อยลำดับที่
เกณฑ์ที่สองสำหรับการจัดอันดับเอนไซม์อื่น ๆ ที่ใช้ในการศึกษาอดีตถูกจัดอันดับต่ำ intermediately
( hinfi hhai , โดยใช้ , hpaii [ / 10,11 ] ) หรือ
น้อยมาก ( sau3i [ 9 ] )
rsai hpych4v , เอนไซม์ , apeki ได้ทดสอบในหลอดทดลอง
แตกต่างกับแม่แบบและเอนไซม์เข้มข้น ชุมชน
โปรไฟล์ที่ได้มาจากการสกัดดีเอ็นเอของดินด้วยเหมือนกัน )

50 หรือ 100 ของดีเอ็นเอ