Lysogenic life style of microbiota

Lysogenic life style of microbiota phages
It was previously suggested that human gut viromes are dominated
by temperate phages, capable of lysogenic life cycles (Breitbart
et al. 2003; Reyes et al. 2010; Minot et al. 2011). Our data indeed
show a significant subset of phages capable of a lysogenic lifestyle
in the human gut: In 244 (24.6%) of the phage contigs we identified,
an ORF with homology with an integrase or a recombinase
was detected, indicative of ability for integration into a bacterial
genome (Methods; Supplemental Data Set S4). To further identify
evidence for a lysogenic life cycle, we looked for cases in which the
assembled phage contigs also contained flanking sequences
showing identity with one of 350 sequenced human microbiome
genomes. For 135 phage contigs (13.6%), such evidence of prophage
integration into a bacterial genome was found in at least one
of the 124 individuals sampled (Fig. 1A; Supplemental Data Set S6).
Taxonomically, the hosts of these prophages belonged primarily to
the gut dominant phyla Bacteroidetes and Firmicutes, in congruence
with previous observations (Supplemental Data Set S6; Reyes et al.
2010). In all cases in which the bacterial host of the phage was
inferred both through a CRISPR array and through prophage integration,
inferences were in close agreement (Supplemental Data
Set S6).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สไตล์ชีวิต lysogenic microbiota phagesเขาเคยแนะนำ viromes ลำไส้มนุษย์ถูกครอบงำโดยแจ่ม phages สามารถวงจรชีวิต lysogenic (Breitbartร้อยเอ็ด al. 2003 Al. ร้อยเอ็ด reyes 2010 ชาติมิน็อท et al. 2011) ข้อมูลของเราแน่นอนแสดงความสามารถในการดำเนินชีวิตแบบ lysogenic ย่อยสำคัญของ phagesในลำไส้มนุษย์: ใน 244 (24.6%) ของ contigs phage ที่เราระบุมี ORF มี homology integrase มีหรือ recombinaseถูกตรวจพบ ส่อความรวมเป็นแบคทีเรียจีโนม (วิธี เพิ่มเติมชุดข้อมูล S4) ระบุเพิ่มเติมหลักฐานสำหรับวงจรชีวิตแบบ lysogenic เรามองในกรณีที่การcontigs phage ประกอบยังอยู่ลำดับ flankingแสดงตัวตนของ 350 microbiome มนุษย์ที่เรียงลำดับgenomes สำหรับ contigs 135 phage (13.6%), หลักฐานดังกล่าวของ prophageรวมเป็นกลุ่มแบคทีเรียพบน้อยหนึ่งของ 124 บุคคลตัวอย่าง (Fig. 1A เพิ่มเติมข้อมูลชุด S6)Taxonomically โฮสต์ของ prophages เหล่านี้เป็นสมาชิกหลักลำไส้ตัว phyla Bacteroidetes และ Firmicutes ในลงตัวมีข้อสังเกตก่อนหน้า (เพิ่มเติมชุดข้อมูล S6 Reyes et al2010) ในกรณีที่โฮสต์แบคทีเรียของ phage ถูกทั้งหมดสรุป ผ่านเรย์ CRISPR และ ผ่าน prophage รวมinferences อยู่ในข้อตกลงปิด (ข้อมูลเพิ่มเติมได้ S6)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิถีชีวิตของ lysogenic phages microbiota
มันบอกก่อนหน้านี้ว่า viromes ลำไส้ของมนุษย์จะถูกครอบงำ
โดย phages พอสมควรมีความสามารถในวงจรชีวิต lysogenic (Breitbart
, et al. 2003; เรเยส et al, 2010;.. ไมนอต et al, 2011) ข้อมูลของเราแน่นอน
แสดงย่อยที่สำคัญของฟาจความสามารถในการดำเนินชีวิต lysogenic
ในลำไส้ของมนุษย์ใน 244 (24.6%) ของ contigs ทำลายจุลินทรีย์ที่เราระบุ
ORF กับที่คล้ายคลึงกันกับ integrase หรือ recombinase
ถูกตรวจพบแสดงให้เห็นถึงความสามารถในการรวมกลุ่ม เป็นเชื้อแบคทีเรีย
จีโนม (วิธี; เพิ่มเติมข้อมูลชุด S4) เพื่อเพิ่มเติมระบุ
หลักฐานวงจรชีวิต lysogenic เรามองสำหรับกรณีที่
contigs ประกอบทำลายจุลินทรีย์ที่ยังมีลำดับขนาบ
แสดงตัวกับหนึ่งใน 350 ติดใจ microbiome มนุษย์
จีโนม สำหรับ 135 contigs ฟาจ (13.6%), หลักฐานดังกล่าว prophage
บูรณาการในจีโนมของเชื้อแบคทีเรียที่พบในอย่างน้อยหนึ่ง
ของ 124 บุคคลตัวอย่าง (รูปที่ 1A;. เพิ่มเติมข้อมูลชุด S6).
Taxonomically เจ้าภาพของ prophages เหล่านี้เป็นหลักในการ
ลำไส้ที่โดดเด่น Bacteroidetes phyla และ Firmicutes ในสอดคล้อง
กับข้อสังเกตก่อนหน้านี้ (เพิ่มเติมข้อมูลชุด S6; เรเยส et al.
2010) ในทุกกรณีที่โฮสต์ของแบคทีเรียทำลายจุลินทรีย์ที่ได้รับการ
สรุปทั้งสองผ่านอาร์เรย์ CRISPR และผ่านการรวม prophage,
ล้วน แต่อยู่ในข้อตกลงปิด (เพิ่มเติมข้อมูล
ชุด S6)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชีวิตสไตล์ไลโซจีนิกของไมโครไบโ ้าจ
มันเคยแนะนำว่า viromes ไส้มนุษย์ ครอบงำ
โดยหนาวจ ความสามารถของไลโซจีนิกชีวิตรอบ ( breitbart
et al . 2003 ; เรเยส et al . 2010 ; ไมนอต์ et al . 2011 ) ข้อมูลแน่นอน
ของเราแสดงย่อยสำคัญของฟาจสามารถของ
วิถีชีวิตไลโซจีนิกในกระเพาะอาหารของมนุษย์ : 244 ( 24.6 % ) ของฟา
สูงที่เราระบุไว้มี ORF กับตัวกับอินทีเกรส หรือ recombinase
ตรวจพบแสดงให้เห็นถึงความสามารถในการบูรณาการเข้าไปในจีโนมของแบคทีเรีย
( วิธี เพิ่มเติมข้อมูลชุด S4 )
หลักฐานระบุเพิ่มเติมวัฏจักรชีวิตไลโซจีนิก เราดูสำหรับกรณีที่
ฟาจประกอบสูงยังมีลำดับ
แสดงตัวตนหนึ่ง 350 ลำดับจีโนมไมโครไบโ
มนุษย์สำหรับ 135 ฟาสูง ( 13.6% ) หลักฐานเช่น prophage
รวมลงในจีโนมแบคทีเรียที่พบในอย่างน้อยหนึ่ง
ของ 124 บุคคลตัวอย่าง ( รูปที่ 1A ; เพิ่มเติมชุดข้อมูล s6 )
taxonomically , โฮสต์ของ prophages เหล่านี้เป็นหลัก

ดีเด่นประเภทและความสอดคล้องกัน
bacteroidetes Firmicutes ใน ด้วยการสังเกตก่อนหน้านี้ ( ข้อมูลเพิ่มเติม ชุด s6 ; เรเยส et al .
2010 )ในทุกกรณี ซึ่งโฮสต์เชื้อว่าเป็น
ได้ทั้งผ่าน crispr อาร์เรย์ และผ่านการรวม prophage
อ้างอิงอยู่ในข้อตกลง , ปิด ( ข้อมูลเพิ่มเติม
ชุด s6 )