AbstractSmall subunit ribosomal RNA

Abstract
Small subunit ribosomal RNA (ssu rRNA) coding regions from 30 diatoms, 3 oomycetes, and 6 pelagophytes were used to construct linearized trees, maximum-likelihood trees, and neighbor-joining trees inferred from both unweighted and weighted distances. Stochastic accumulation of sequence substitutions among the diatoms was assessed with relative rate tests. Pennate diatoms evolved relatively slowly but within the limits set by a stochastic model; centric diatoms exceeded those limits. A rate distribution test was devised to identify those taxa showing an aberrant distribution of base substitutions within the ssu rRNA coding region. First appearance dates of diatom taxa from the fossil record were regressed against their corresponding branch lengths to infer the average and earliest possible age for the origin of the diatoms, the pennate diatoms, and the centric diatom order Thalassiosirales. Our most lenient age estimate (based on the median-evolving diatom taxon in the maximum-likelihood tree or on the average branch length in a linearized tree) suggests that their average age is approximately 164-166 Ma, which is close to their earliest fossil record. Both calculations suggest that it is unlikely that diatoms existed prior to 238-266 Ma. Rate variation among the diatoms' ssu rRNA coding regions and uncertainties associated with the origin of extant taxa in the fossil record contribute significantly to the variation in age estimates obtained. Different evolutionary models and the exclusion of fast or slow evolving taxa did not significantly affect age estimates; however, the inclusion of aberrantly fast evolving taxa did. Our molecular clock calibrations indicate that the rRNA coding regions in the diatoms are evolving at approximately 1% per 18 to 26 Ma, which is the fastest substitution rate reported in any pro- or eukaryotic group of organisms to date.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อเล็กย่อย ribosomal อาร์เอ็นเอ (ssu rRNA) กำหนดขอบเขตจาก 30 diatoms, 3 oomycetes และ 6 pelagophytes ใช้ในการสร้างเป็นเส้นตรงต้นไม้ ต้นไม้สูงสุดโอกาส และเอเชียระยะทาง unweighted และถ่วงน้ำหนักต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าร่วม สะสมแบบเฟ้นสุ่มของลำดับระหว่าง diatoms ถูกประเมิน ด้วยการทดสอบอัตราสัมพัทธ์ Pennate diatoms พัฒนาค่อนข้างช้า แต่ภาย ในขีดจำกัดที่กำหนด โดยแบบสโทแคสติก เจ้าพระยา diatoms เกินขีดจำกัดเหล่านั้น การทดสอบอัตราการแจกจ่ายถูกคิดค้นเพื่อระบุ taxa ที่แสดงการกระจาย aberrant ของพื้นฐานในภูมิภาครหัส rRNA ssu วันลักษณะแรก taxa ไดอะตอมจากระเบียนฟอสได้มีปัญหากับความยาวสาขาที่เกี่ยวข้องรู้อายุเฉลี่ย และแรกสุดที่เป็นไปได้สำหรับมาของการ diatoms, pennate diatoms และสั่งไดอะตอมกลาง Thalassiosirales อายุของเรามากที่สุดผ่อนประเมิน (ตามวิวัฒนาการมัธยฐาน taxon ไดอะตอมในความเป็นไปได้สูงสุด หรือความยาวเฉลี่ยสาขาในทรี linearized) แนะนำว่า อายุเฉลี่ยของพวกเขาประมาณ 164-166 Ma ที่ซึ่งอยู่ใกล้กับคอร์ดฟอสแรกสุดของพวกเขา การคำนวณทั้งสองแนะนำว่า ไม่น่าว่า diatoms อยู่ก่อนมา 238-266 อัตราการเปลี่ยนแปลงระหว่าง diatoms' ssu rRNA ที่กำหนดขอบเขตและความไม่แน่นอนเกี่ยวข้องกับต้นกำเนิดของ taxa ยังระเบียนฟอสร่วมเปลี่ยนแปลงในประมาณอายุได้อย่างมีนัยสำคัญ แบบวิวัฒนาการที่แตกต่างและข้อยกเว้นของ taxa ที่พัฒนาอย่างรวดเร็ว หรือช้าได้อย่างมีนัยสำคัญมีผลต่อการประเมินอายุ อย่างไรก็ตาม รวม taxa ที่พัฒนาอย่างรวดเร็ว aberrantly ไม่ได้ ของเรานาฬิกาโมเลกุลเสริมระบุว่า รายงาน rRNA ที่มีการพัฒนาภูมิภาครหัสใน diatoms ประมาณ 1% ต่อมา 18-26 ซึ่งเป็นอัตราทดแทนเร็วที่สุดในกลุ่มใดก็ตาม หรือ eukaryotic ของสิ่งมีชีวิตวันที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อหน่วยย่อยขนาดเล็กโซมอลอาร์เอ็นเอ (ซุ rRNA) การเข้ารหัสภูมิภาคตั้งแต่วันที่ 30 ไดอะตอม 3 oomycetes และ 6 pelagophytes ถูกนำมาใช้ในการสร้างต้นไม้ linearized ต้นไม้โอกาสสูงสุดและต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าสรุปจากทั้งระยะทางและชั่งถ่วงน้ำหนัก
การสะสมของการแทน Stochastic ลำดับในกลุ่มไดอะตอมที่ถูกประเมินด้วยการทดสอบอัตราญาติ ไดอะตอม pennate การพัฒนาค่อนข้างช้า แต่อยู่ในขอบเขตที่กำหนดโดยรูปแบบการสุ่ม; ไดอะตอมเป็นศูนย์กลางเกินขีด จำกัด เหล่านั้น การทดสอบอัตราการกระจายเป็นวิธีการที่จะระบุแท็กซ่าผู้ที่แสดงให้เห็นการกระจายผิดปกติของการแทนฐานในภูมิภาค rRNA ซุเข้ารหัส วันที่ปรากฏตัวครั้งแรกของแท็กซ่าไดอะตอมจากซากดึกดำบรรพ์ถูกถดถอยยาวกับสาขาที่สอดคล้องกันเพื่อสรุปค่าเฉลี่ยและอายุเก่าแก่ที่สุดที่เป็นไปได้สำหรับที่มาของไดอะตอมที่ที่ไดอะตอม pennate และเป็นศูนย์กลางการสั่งซื้อไดอะตอม Thalassiosirales อายุผ่อนปรนมากที่สุดของเราประมาณการ (ตามแท็กซอนไดอะตอมเฉลี่ยต่อการพัฒนาในต้นไม้โอกาสสูงสุดหรือความยาวโดยเฉลี่ยในสาขาต้นไม้ linearized) แสดงให้เห็นว่าอายุเฉลี่ยของพวกเขาจะอยู่ที่ประมาณ 164-166 มะซึ่งอยู่ใกล้กับซากฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดของพวกเขา บันทึก การคำนวณแสดงให้เห็นว่าทั้งสองก็ไม่น่าที่ไดอะตอมอยู่ก่อนที่จะ 238-266 มะ อัตราการเปลี่ยนแปลงในกลุ่มไดอะตอม 'ภูมิภาค rRNA เข้ารหัสซุและความไม่แน่นอนที่เกี่ยวข้องกับที่มาของแท็กซ่าที่ยังหลงเหลืออยู่ในบันทึกฟอสซิลที่มีส่วนสำคัญต่อการเปลี่ยนแปลงประมาณการอายุที่ได้รับ รุ่นวิวัฒนาการที่แตกต่างกันและการยกเว้นแท็กซ่าพัฒนาเร็วหรือช้าไม่ได้ส่งผลกระทบต่อประมาณการอายุ; แต่การรวมของแท็กซ่า aberrantly พัฒนาอย่างรวดเร็วได้ การสอบเทียบนาฬิกาโมเลกุลของเราระบุว่าภูมิภาค rRNA ในการเข้ารหัสไดอะตอมที่มีการพัฒนาที่ประมาณ 1% ต่อ 18-26 มะซึ่งเป็นอัตราที่เร็วที่สุดในการทดแทนการรายงานในกลุ่มโปรหรือ eukaryotic ใด ๆ ของสิ่งมีชีวิตถึงวันที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
เล็ก subunit ไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอ ( rRNA ซื่อ ) รหัสภูมิภาคจาก 30 oomycetes ไดอะตอม , 3 และ 6 pelagophytes ถูกใช้เพื่อสร้างช่วงต้นไม้ความน่าจะเป็นสูงสุด และเพื่อนบ้านมาร่วมถ่วงน้ำหนักทั้งต้นไม้ทั้งน้ำหนักและระยะทาง การสุ่มลำดับการแทนของไดอะตอมคือการประเมินด้วยการทดสอบอัตราสัมพัทธ์ที่มีปีกไดอะตอมพัฒนาค่อนข้างช้า แต่ภายในขอบเขตที่กำหนดโดยแบบจำลองสโตแคสติก ; เซนทริคไดอะตอมเกินขีด จำกัด เหล่านั้น อัตราการสร้างและการทดสอบเพื่อระบุผู้ที่แสดงการกระจายปกติของการทดแทนฐานภายในซื่อ rRNA เขตนะครับลักษณะแรกจากช่องซ่าจากฟอสซิลก็กลับไปกับความยาวสาขาที่สอดคล้องกันของพวกเขา การอนุมาน และอายุเฉลี่ยที่เร็วที่สุดที่เป็นไปได้สำหรับที่มาของไดอะตอม , ที่มีปีกไดอะตอม และวิพากษ์ เพื่อ thalassiosirales ไดอะ .ประมาณอายุของเรา แต่ส่วนใหญ่ ( ตามค่ามัธยฐาน ( ไดอะตอมชนิดในต้นไม้หรือบนความน่าจะเป็นสูงสุดเฉลี่ยในช่วงความยาวกิ่งต้นไม้ ) ชี้ให้เห็นว่าอายุเฉลี่ยประมาณ 164-166 มาซึ่งอยู่ใกล้ที่สุดฟอสซิลของบันทึก การคำนวณทั้งว่ามันเป็นเรื่องยากที่ไดอะตอมอยู่ก่อนที่จะมา 238-266 .เปลี่ยนแปลงอัตราของไดอะตอม ' ซื่อ rRNA รหัสภูมิภาคและความไม่แน่นอนที่เกี่ยวข้องกับต้นกำเนิดของเท่าที่มีอยู่และในบันทึกฟอสซิลมีส่วนอย่างมากในการเปลี่ยนแปลงในอายุประมาณได้ รูปแบบวิวัฒนาการที่แตกต่างกันและไม่เร็วหรือช้าขึ้นและไม่มีผลต่อประมาณการอายุ อย่างไรก็ตาม การ aberrantly การพัฒนาอย่างรวดเร็วและทำ