Since in the experimentally infecte

Since in the experimentally infected mice, the ITS1-specific
primers were able to amplify the target region of trypanosomes
from the fecal samples, we have performed the same PCR on DNA
isolated from fecal samples of wild chimpanzees. Out of 13 freshly
collected feces, three were positive for trypanosome DNA (Fig. 2), as
confirmed by sequencing. DNA isolated from the same samples and
analyzed independently in another laboratory by the same method
lead to identical results.
Next, we have generated an alignment from all ITS1 sequences
(for detail see Table 2) amplified from the tissue samples of chimpanzees
(number of samples ¼ 12), sooty mangabeys (n ¼ 1) and
Western red colobus monkeys (n ¼ 4), and also from the feces of
chimpanzees (n ¼ 3) (Table 2). The datasetwas complemented with
relevant sequences available in GenBank, with Crithidia fasciculata
used as outgroup. With two exceptions (TA11 and TA12, see Fig. 2),
all newly obtained sequences fell into the T. brucei clade, as shown
by a neighbor joining dendrogram (Fig. 2). The T. brucei clade
contains sequences from all known subspecies and is characterized
by extremely short branches, which is not surprising given the
known minimal differences among individual subspecies. A total of
15 sequences obtained from the tissues of chimpanzees, Western
red colobus monkeys and a sooty mangabey fell into this clade, as
well as three sequences obtained from the feces of three chimpanzees,
providing strong evidence for the infections by the
T. brucei group parasites (Table 2; Fig. 2).
All our attempts to amplify the TgSGP gene specific for T. b.
gambiense (Capewell et al., 2013b) from the tissues and feces of
apes positive for Trypanosoma ITS1 PCR assay invariably failed,
although this gene can be easily amplified from feces and blood of
mice infected with this T. brucei subspecies (Supplementary data 1).
Out of 18 positive samples belonging to the T. brucei clade, two
samples, one from a spleen and second one from a lymph node of
two post-mortem dissected wildWestern chimpanzees originating
from Taï NP, C^ote d'Ivoire, fell outside of the T. brucei clade (Table 2;
Fig. 2). While TA 11 is almost identical with an unnamed Trypanosoma
sp. (Access. No. JN673403) from a wildebeest (Connochaetes)
captured in Serengeti NP, Tanzania, TA 12 from an adult female
chimpanzee from Taï NP is strongly affiliated with T. theileri (Fig. 2).
Due to the limited information residing in the obtained ITS1
region, multiple attempts to amplify (fragments of) the SSU rRNA
gene of the above-described pathogens were performed seeking to
establish more precisely their species status. Unfortunately, these
attempts almost invariably failed. However, in the case of the TA 12 tissue sample, a fragment of the SSU rRNA gene was successfully amplified which allowed us to assign the respective parasite with high confidence to T. theileri.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เนื่องจากในหนูติดเชื้อ experimentally เฉพาะ ITS1ไพรเมอร์สามารถขยายขอบเขตเป้าหมายของ trypanosomesจากตัวอย่าง fecal เราทำ PCR เดียวกันบนดีเอ็นเอแยกต่างหากจากตัวอย่าง fecal chimpanzees ป่า ออกจาก 13 สดเก็บอุจจาระ สามได้ค่าบวกสำหรับ DNA trypanosome กิน 2), เป็นยืนยันตามลำดับ ดีเอ็นเอแยกต่างหากจากตัวอย่างเดียวกัน และวิเคราะห์รายงานในห้องปฏิบัติการอื่น ด้วยวิธีเดียวกันนำไปสู่ผลลัพธ์ที่เหมือนกันถัดไป เราได้สร้างการจัดตำแหน่งจากทั้งหมด ITS1 ลำดับ(รายละเอียดดูตารางที่ 2) ขยายจากตัวอย่างเนื้อเยื่อของ chimpanzees(จำนวนตัวอย่าง¼ 12), mangabeys sooty (¼ 1 n) และตะวันแดง colobus ลิง (n ¼ 4), และยัง จากอุจจาระของchimpanzees (n ¼ 3) (ตารางที่ 2) Datasetwas ครบครันด้วยลำดับที่เกี่ยวข้องพร้อมใน GenBank, Crithidia fasciculataใช้เป็น outgroup มีข้อยกเว้นที่สอง (TA11 และ TA12 ดู Fig. 2),ทั้งหมดใหม่รับลำดับลดลงมือเป็น clade brucei ต. แสดงโดยเพื่อนบ้านที่เข้าร่วม dendrogram (Fig. 2) Clade brucei ต.ประกอบด้วยลำดับจากชนิดย่อยทั้งหมดที่รู้จัก และเป็นโดยสาขาที่สั้นมาก ซึ่งไม่น่าแปลกใจที่ให้การแตกต่างน้อยที่สุดรู้จักกันระหว่างชนิดย่อยแต่ละ ผลรวมของลำดับที่ 15 ที่ได้รับจากเนื้อเยื่อของ chimpanzees ตะวันตกสีแดง colobus ลิงและ sooty mangabey ตกเป็น clade นี้ เป็นดีเป็นลำดับที่สามได้จากอุจจาระของ chimpanzees สามให้หลักฐานที่แข็งแกร่งสำหรับการติดเชื้อโดยการต. brucei กลุ่มปรสิต (ตารางที่ 2 Fig. 2)ทั้งหมดของเราพยายามขยายเฉพาะยีน TgSGP ในต. bgambiense (Capewell et al., 2013b) จากเนื้อเยื่อและอุจจาระของค่าบวกสำหรับ Trypanosoma ITS1 PCR assay เกิดล้มเหลว ลิงถึงแม้ว่ายีนนี้สามารถได้ขยายจากอุจจาระและเลือดของหนูติดเชื้อชนิดย่อยนี้ brucei ต. (เสริมข้อมูล 1)จาก 18 ตัวอย่างบวกของ clade brucei ต. 2ตัวอย่าง จากม้าม และหนึ่งสองจากโหนน้ำเหลืองของchimpanzees wildWestern dissected พ้นลงสองเกิดจาก Taï NP, C ^ ote ประเทศวัวร์ ตกนอกต. brucei clade (ตารางที่ 2Fig. 2) ขณะที่ 11 ตาเกือบจะเหมือน Trypanosoma เป็นชื่อsp. (เข้าถึง 555 JN673403) จาก wildebeest (Connochaetes)จับในเซเรนเกติ NP แทนซาเนีย 12 ตาจากเพศหญิงเป็นผู้ใหญ่ลิงชิมแปนซีจาก Taï NP เป็นอย่างยิ่งขึ้นอยู่กับตำบล theileri (Fig. 2)เนื่องจากข้อมูลที่จำกัดใน ITS1 ได้รับภูมิภาค หลายความพยายามที่จะขยาย (ชิ้นส่วนของ) SSU rRNAยีนของโรคที่กล่าวข้างต้นได้ดำเนินการแสวงหาการสร้างได้แม่นยำมากชนิดสถานะ อับ เหล่านี้พยายามคงเส้นคงวาเกือบล้ม อย่างไรก็ตาม ในกรณีของตัวอย่างเนื้อเยื่อตา 12 ชิ้นส่วนของยีนใน SSU rRNA ถูกสำเร็จขยายซึ่งให้เรากำหนดปรสิตตามลำดับ ด้วยความมั่นใจสูงจะ theileri ต.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เนื่องจากในหนูที่ติดเชื้อทดลอง ITS1 เฉพาะ
ไพรเมอร์ก็สามารถที่จะขยายพื้นที่เป้าหมายของ trypanosomes
จากตัวอย่างอุจจาระที่เราได้ดำเนินการ PCR เดียวกันในดีเอ็นเอ
ที่แยกได้จากตัวอย่างอุจจาระของลิงชิมแปนซีป่า ออกจาก 13 สด
อุจจาระเก็บสามคนในเชิงบวกสำหรับดีเอ็นเอ trypanosome (รูปที่. 2) ในขณะที่
ได้รับการยืนยันโดยลำดับ ดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างที่เหมือนกันและ
การวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการอิสระอื่นโดยวิธีการเดียวกัน
นำไปสู่ผลลัพธ์ที่เหมือนกัน.
ต่อไปเราจะมีการสร้างการจัดเรียงลำดับจากทั่วทุก ITS1
(รายละเอียดดูตารางที่ 2) จากการขยายตัวอย่างเนื้อเยื่อของลิงชิมแปนซี
(จำนวนตัวอย่าง ¼ 12), ซูตตี้ mangabeys (n ¼ 1) และ
เวสเทิร์ลิงบัสสีแดง (n ¼ 4) และยังมาจากอุจจาระของ
ลิงชิมแปนซี (n ¼ 3) (ตารางที่ 2) datasetwas ครบครันด้วย
ลำดับที่เกี่ยวข้องที่มีอยู่ใน GenBank กับ fasciculata Crithidia
ใช้เป็น outgroup ยกเว้นสอง (TA11 TA12 และดูรูป. 2)
ทั้งหมดได้ลำดับที่เพิ่งตกลงไปใน T. brucei clade ดังที่แสดง
โดยเพื่อนบ้านเข้าร่วม dendrogram (รูปที่. 2) T. brucei clade
มีลำดับจากย่อยทั้งหมดที่รู้จักและโดดเด่น
โดยสาขาสั้นมากซึ่งไม่น่าแปลกใจที่ได้รับ
ความแตกต่างน้อยที่สุดที่รู้จักกันในหมู่ย่อยของแต่ละบุคคล รวมของ
15 ลำดับที่ได้จากเนื้อเยื่อของลิงชิมแปนซี, เวสเทิร์
ลิงบัสสีแดงและ mangabey เขม่าดำตกอยู่ใน clade นี้เช่น
เดียวกับสามลำดับที่ได้รับจากอุจจาระของสามลิงชิมแปนซีที่
มีหลักฐานที่แข็งแกร่งสำหรับการติดเชื้อโดย
ที brucei ปรสิตกลุ่ม (ตารางที่ 2. รูปที่ 2).
. ทุกความพยายามของเราที่จะขยายยีน TgSGP ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับ T. ข
gambiense (. Capewell, et al, 2013b) จากเนื้อเยื่อและอุจจาระของ
ลิงในเชิงบวกสำหรับการทดสอบ Trypanosoma ITS1 PCR ล้มเหลวอย่างสม่ำเสมอ ,
ถึงแม้ว่ายีนนี้สามารถขยายได้อย่างง่ายดายจากอุจจาระและเลือดของ
หนูที่ติดเชื้อนี้ย่อย T. brucei (ข้อมูลเพิ่มเติม 1).
จาก 18 ตัวอย่างที่เป็นบวก T. brucei clade สอง
ตัวอย่างหนึ่งจากม้ามและสอง จากต่อมน้ำเหลืองของ
สองชันสูตรศพชำแหละชิมแปนซี wildWestern มีต้นกำเนิดมา
จากไท NP, C ^ หมายเหตุตดิวัวร์ลดลงนอก T. brucei clade (ตารางที่ 2
. รูปที่ 2) ในขณะที่ TA 11 เกือบจะเหมือนกันกับ Trypanosoma ชื่อ
เอสพี (การเข้าถึง. ฉบับที่ JN673403) จากครืน (Connochaetes)
บันทึกใน Serengeti NP แทนซาเนีย TA 12 จากผู้ใหญ่เพศหญิง
ลิงชิมแปนซีจากไท NP ร่วมอย่างมากกับตัน theileri (รูปที่. 2).
เนื่องจากข้อมูลที่ จำกัด ที่อาศัยอยู่ใน ที่ได้รับ ITS1
ภูมิภาคพยายามหลายเพื่อขยาย (เศษ) rRNA ซุ
ยีนของเชื้อโรคดังอธิบายที่ถูกดำเนินการที่กำลังมองหาที่จะ
สร้างได้อย่างแม่นยำมากขึ้นสถานะของพวกเขาชนิด แต่น่าเสียดายที่เหล่านี้
พยายามที่ล้มเหลวเกือบเสมอ อย่างไรก็ตามในกรณีของ TA 12 ตัวอย่างเนื้อเยื่อส่วนของ rRNA ซุยีนถูกขยายประสบความสำเร็จที่ได้รับอนุญาตให้เราสามารถกำหนดปรสิตที่เกี่ยวข้องกับความเชื่อมั่นสูงในการต theileri

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เนื่องจากในหนูทดลองที่ติดเชื้อโดยเฉพาะ
, its1 โดยได้ขยายเป้าหมายเขตของ trypanosomes
จากตัวอย่างอุจจาระที่เราได้ทำการตรวจดีเอ็นเอที่แยกได้จากอุจจาระเหมือนกัน
ตัวอย่างป่าลิงซิมแปนซี จาก 13 สด
เก็บอุจจาระ สามคน เป็นทริปพาโนโซม DNA ( รูปที่ 2 ) ,
ยืนยันโดยลำดับ . ดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างเดียวกันและ
วิเคราะห์อิสระในห้องปฏิบัติการอีกโดยวิธีเดียวกัน นำไปสู่ผลลัพธ์ที่เหมือนกัน
.
ต่อไปที่เราได้สร้างขึ้นเป็นแนวจากทั้งหมด its1 ลำดับ
( รายละเอียดดูจากตาราง 2 ) ขยายจากตัวอย่างเนื้อเยื่อลิงชิมแปนซี
( จำนวนตัวอย่าง¼ 12 ) mangabeys สีเขม่า ( N ¼ 1 )
ตะวันตก colobus ลิงสีแดง ( n ¼ 4 ) , และจากอุจจาระของ
ลิงชิมแปนซี ( N ¼ 3 ) ( ตารางที่ 2 )ที่ครบครันด้วย
datasetwas ลำดับที่เกี่ยวข้องของบริเวณที่มี crithidia fasciculata
ใช้เป็นกลุ่ม กับสองข้อยกเว้น ( ta11 และ ta12 ดูรูปที่ 2 ) ,
ใหม่ทั้งหมดที่ได้ลำดับที่ตกอยู่ใน clade ต. brucei ดัง
โดยเพื่อนบ้านร่วมพันธุกรรม ( รูปที่ 2 ) ที่ ต. brucei clade
มีลำดับจากทั้งหมดที่รู้จักกันและชนิดย่อยมีลักษณะ
โดยสาขาแสนสั้นซึ่งไม่น่าแปลกใจที่ได้รับน้อยที่สุด
รู้จักความแตกต่างระหว่างชนิดย่อยของแต่ละบุคคล รวม
15 ลำดับที่ได้จากเนื้อเยื่อของ chimpanzees ลิง colobus ตะวันตก
สีแดงและสีเขม่า mangabey ตกอยู่ใน clade นี้ ตามที่
รวมทั้งสามลำดับสามที่ได้จากอุจจาระของลิงชิมแปนซี ได้ให้หลักฐานที่แข็งแกร่งสำหรับ

T . brucei เชื้อโดยกลุ่มปรสิต ( ตารางที่ 2 รูปที่ 2
; )ความพยายามของเราที่จะขยาย tgsgp ยีนเฉพาะวัณโรค
gambiense ( capewell et al . , 2013b ) จากเนื้อเยื่อและอุจจาระ
ลิงบวกสำหรับทริปาโนโซมา its1 PCR assay ทุกเมื่อเชื่อวันล้มเหลว
ถึงแม้ว่ายีนนี้สามารถขยายจากอุจจาระและเลือดของหนูที่ติดเชื้อนี้ T
brucei ชนิดย่อย ( ข้อมูลเพิ่มเติม )
ออก 18 บวกตัวอย่างเป็นของ clade ต. brucei 2
,ตัวอย่างหนึ่งจากม้ามและสองจากต่อมน้ำเหลืองของ
2 wildwestern ลิงชิมแปนซีที่ชันสูตรศพชำแหละ
จากตาไต NP C
ote d'ivoire อยู่ด้านนอกของ clade ต. brucei ( ตารางที่ 2 ;
รูปที่ 2 ) ในขณะที่ตา 11 เกือบจะเหมือนกันกับ sp . ทริปาโนโซมา
ไม่มีชื่อ ( การเข้าถึง ไม่ jn673403 ) จากมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ( connochaetes )
ถูกจับใน Serengeti NP , แทนซาเนีย , TA 12 จากผู้ใหญ่หญิง
ลิงชิมแปนซีจากตาไต NP ขอสังกัดด้วย theileri ( รูปที่ 2 ) .
เนื่องจากการ จำกัด ข้อมูลที่อาศัยอยู่ในเขตที่ได้รับ its1
พยายามหลายระดับ ( เศษ ) ซื่อ rRNA ยีนก่อโรค
ข้างต้นอธิบายได้หา
สร้างมากขึ้นแน่นอนชนิดของสถานะ ขออภัย เหล่านี้เกือบเสมอ
ความพยายามล้มเหลว อย่างไรก็ตามในกรณีของ TA 12 เนื้อเยื่อตัวอย่างชิ้นส่วนของ rRNA ยีนซื่อสำเร็จขยายซึ่งอนุญาตให้เราไปปรสิตที่เกี่ยวข้องกับความมั่นใจสูง ต. theileri .