16S rRNA, 23S rRNA and RAPD Fingerp

16S rRNA, 23S rRNA and RAPD Fingerprinting Analysis of Helicobacter Genomic DNA

Next, we investigated the 16S rRNA of these isolates in direct comparison with various Helicobacter species including H. pylori, H. acinonychis, H. felis, H. fennelliae, H. hepaticus, H. mustelae, H. salomonis, H. bilis, H. cinaedi, H. typhlonius, H. magdeburgensis, H. bizzozeroni, H. canis and H. aurati. For this purpose, we amplified a 1.2 kb DNA fragment of the 16S rRNA region which is highly conserved within the genus Helicobacter [53]. All Helicobacter species revealed the expected PCR product, while Campylobacter jejuni or other controls did not (Fig. 2A and data not shown). To confirm the specificity of these fragments, all PCR products were then digested with the restriction endonuclease HhaI or AluI, which yield specific band patterns for known Helicobacter species [54]. The RFLP pattern was similar between various Helicobacter isolates (Fig. 2B and Fig. S2A–B), and SB-1 was most similar to those of H. pylori and H. acinonychis, which suggests that our Bengal tiger isolates are closely related to these species. This conclusion is in good agreement with the RAPD fingerprinting profiles using various primers (Fig. 2C and Fig. S2C–D). The 16S rRNA genes from our individual isolates were then sequenced (GenBank accession number JN251811.1). They belong phylogenetically to a specific 16S rRNA gene cluster, which includes isolates of the species H. acinonychis and H. pylori (Fig. 3A). Sequencing of a 23S rRNA gene fragment yielded a dendrogram which was also in full agreement with that generated by the analysis of the 16S rRNA gene (Fig. S3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

16S rRNA, 23S rRNA และ RAPD วิเคราะห์ลายพิมพ์ดีเอ็นเอออก Helicobacterถัดไป เราตรวจสอบการ 16S rRNA ของเหล่านี้แยกในการเปรียบเทียบโดยตรงกับชนิด Helicobacter ต่าง ๆ รวมถึง H. pylori, H. acinonychis, H. ลายเมฆ H. fennelliae, H. hepaticus, H. mustelae, H. salomonis, H. bilis, H. cinaedi, H. typhlonius, H. magdeburgensis, H. bizzozeroni, H. กลุ่มดาวสุนัข และ H. aurati สำหรับวัตถุประสงค์นี้ เราขยาย 1.2 kb ส่วนดีเอ็นเอของ 16S rRNA ซึ่งสูงเป็นป่าสงวนอยู่ในสกุล Helicobacter [53] ทุกชนิด Helicobacter เปิดเผยผลิตภัณฑ์ PCR ที่คาดไว้ ในขณะที่ Campylobacter jejuni หรือตัวควบคุมอื่น ๆ ไม่ (รูป 2A และไม่แสดงข้อมูล) เพื่อยืนยันความจำเพาะของชิ้นส่วนเหล่านี้ ผลิตภัณฑ์ PCR ทั้งหมดถูกแล้วถูกย่อย ด้วย endonuclease จำกัด HhaI หรือ AluI ซึ่งทำให้วงเฉพาะรูปแบบสำหรับชนิด Helicobacter รู้จัก [54] รูปแบบ RFLP ก็คล้ายคลึงกันระหว่างต่าง ๆ Helicobacter แยก (รูป 2B และมะเดื่อ S2A–B), และ SB-1 ส่วนใหญ่คล้ายคลึงกับของ H. pylori และ H. acinonychis ซึ่งแสดงให้เห็นว่า เราแยกเสือเบงกอลอย่างใกล้ชิดเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์เหล่านี้ ข้อสรุปนี้อยู่ในข้อตกลงที่ดีกับ RAPD ที่ลายพิมพ์โปรไฟล์ใช้ไพรเมอร์ต่าง ๆ (รูปที่ 2C และมะเดื่อ S2C–D) การ 16S rRNA ที่ยีนของเราแต่ละแยกได้แล้วเรียงลำดับ (GenBank เลขทะเบียน JN251811.1) พวกเขาอยู่ phylogenetically เฉพาะ 16S rRNA ยีนคลัสเตอร์ ซึ่งรวมถึงแยกในสายพันธุ์ H. acinonychis และ H. pylori (รูปที่ 3A) การจัดลำดับของ 23S rRNA ยีนส่วนผล dendrogram ซึ่งในข้อตกลงที่สร้างขึ้น โดยการวิเคราะห์ยีน 16S rRNA (มะเดื่อ S3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

16S rRNA, 23S rRNA และ RAPD การวิเคราะห์ลายนิ้วมือของ Helicobacter DNA ของยีนต่อไปเราจะตรวจสอบ 16S rRNA ของเชื้อเหล่านี้ในการเปรียบเทียบโดยตรงกับสายพันธุ์ต่าง ๆ รวมทั้ง Helicobacter pylori เอชเอช acinonychis เอช Felis เอช fennelliae เอช hepaticus เอช mustelae เอช Salomonis เอช bilis เอช cinaedi เอช typhlonius เอช magdeburgensis เอช bizzozeroni เอชเอช canis และ aurati เพื่อจุดประสงค์นี้เราขยาย 1.2 KB ชิ้นดีเอ็นเอของภูมิภาค 16S rRNA ซึ่งเป็นป่าสงวนที่อยู่ในสกุล Helicobacter ม [53] ทุกสายพันธุ์ Helicobacter เปิดเผยผลิตภัณฑ์ PCR คาดว่าในขณะที่ Campylobacter jejuni หรือการควบคุมอื่น ๆ ไม่ได้ (รูป. 2A และไม่ได้แสดงข้อมูล) เพื่อยืนยันความจำเพาะของชิ้นส่วนเหล่านี้ผลิตภัณฑ์ PCR ทั้งหมดถูกย่อยแล้วด้วยข้อ จำกัด endonuclease HhaI หรือ AluI ซึ่งผลผลิตรูปแบบวงดนตรีที่เฉพาะเจาะจงสำหรับชนิดที่รู้จักกัน Helicobacter [54] รูปแบบ RFLP มีความคล้ายคลึงระหว่างสายพันธุ์ Helicobacter ต่างๆ (รูป. 2B และรูป. S2A-B) และ SB-1 เป็นส่วนใหญ่คล้ายกับของเอชเอช pylori และ acinonychis ซึ่งแสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์เบงกอลเสือของเรามีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับ สายพันธุ์เหล่านี้ ข้อสรุปนี้อยู่ในข้อตกลงที่ดีกับโปรไฟล์ลายนิ้วมือดีเอ็นเอโดยใช้ไพรเมอร์ต่างๆ (รูป. 2C และรูป. S2C-D) ยีน 16S rRNA จากสายพันธุ์ของเราแต่ละคนมีลำดับขั้นตอนแล้ว (GenBank หมายเลขภาคยานุวัติ JN251811.1) พวกเขาอยู่ phylogenetically กับคลัสเตอร์ยีน 16S rRNA เฉพาะซึ่งรวมถึงสายพันธุ์ของสายพันธุ์เอช acinonychis และ H. pylori (รูป. 3A) การเรียงลำดับของยีน 23S rRNA ชิ้นส่วนผล dendrogram ซึ่งก็ยังอยู่ในข้อตกลงที่เต็มไปด้วยที่สร้างโดยการวิเคราะห์ของยีน 16S rRNA ที่ (รูป. S3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

16S rRNA และ 23s rRNA , ลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยการวิเคราะห์ Helicobacterต่อไป เราจะทำการศึกษาแบคทีเรียไอโซเลทดังกล่าวใช้ในการเปรียบเทียบโดยตรงกับชนิดต่าง ๆรวมทั้ง Helicobacter เฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร เอช acinonychis เอช เฟลิส เอช fennelliae H hepaticus H mustelae H salomonis เอช และ เอช cinaedi H typhlonius H magdeburgensis H bizzozeroni เอช เอช เคนิส และ aurati . สำหรับวัตถุประสงค์นี้ เราขยาย 1.2 ดีเอ็นเอของ 16S rRNA และภูมิภาคซึ่งจะขอศึกษาภายในสกุลเฮ [ 53 ] ชนิดที่เกิดทั้งหมดเปิดเผยคาดว่า PCR ในขณะที่ใช้ผลิตภัณฑ์ รวมทั้งหรือตัวควบคุมอื่น ๆไม่ได้ ( รูปที่ 2A และข้อมูลไม่แสดง ) เพื่อยืนยันความจำเพาะของชิ้นส่วนเหล่านี้ผลิตภัณฑ์ PCR ทั้งหมดก็ย่อยกับเอนโดนิวคลีเอสจำกัด hhai หรือจะรูปแบบวงดนตรี ซึ่งผลผลิตที่เฉพาะเจาะจงสำหรับรู้จัก Helicobacter ชนิด [ 54 ] การรวมรูปแบบต่าง ๆที่คล้ายคลึงกันระหว่างเชื้อ Helicobacter ( รูปที่ 2B และมะเดื่อ s2a ( B ) และ sb-1 ใกล้เคียงที่สุดกับเฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร และ . acinonychis ซึ่งบ่งบอกว่าเสือโคร่งสายพันธุ์ของเราจะเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิดเหล่านี้ สรุปคือ มีความสอดคล้องกับรูปแบบโปรไฟล์โดยใช้ไพรเมอร์ต่าง ๆ ( รูปที่ 2 และมะเดื่อ s2c ( D ) ส่วนเบส 16S rRNA ยีนจากของเราแต่ละไอโซเลทแล้วลำดับ ( ขนาดเข้าเบอร์ jn251811.1 ) พวกเขาอยู่ phylogenetically ให้เฉพาะเบส 16S rRNA ยีนกลุ่มซึ่งรวมถึงเชื้อชนิด H . acinonychis และ เฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร ( รูปที่ 3 ) ลำดับของยีน ~ 23s rRNA จากพันธุกรรม ซึ่งก็เต็ม ข้อตกลงกับ ที่สร้างขึ้นโดยการวิเคราะห์ 16S rRNA ยีน ( ภาพที่ S3 )