หลังจากเกิดเหตุการณ์ก่อวินาศกรรม คำถามสำคัญที่ตามมาคือ การก่อการร้ายครั้งนี้ เป็นฝีมือของใคร ขณะนี้ ยังไม่ชัดเจน มีอยู่หลายทฤษฎี
ทฤษฎีแรก มุ่งเป้าไปที่กลุ่มก่อการร้ายมุสลิมหัวรุนแรงในอินเดียเอง โดยหลังจากเกิดเหตุการณ์ ก็ได้มีกลุ่มที่เรียกตัวเองว่า Deccan Mujahideen ออกมาแสดงความรับผิดชอบ แต่หลายคนก็สงสัยว่า อาจจะไม่ใช่ตัวการที่แท้จริง