Bacterial DNA extraction and sequen

Bacterial DNA extraction and sequencing
Whole genomic DNA was extracted from all samples using MO BIO Power Plant Pro
kit including phenol separation solution step (MO BIO Laboratories, Carlsbad, CA)
and amplified on the V4 region of the 16S rRNA (F515/R806 primer combination:
5
′
-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′
, 5′
-TACNVGGGTATCTAATCC-3′
) (Caporaso et al.,
2010). DNA amplifications were performed in triplicate and pooled prior to sequencing.
The reverse primer included a 12 bp Golay barcode for demultiplexing in downstream
analysis. PCR conditions followed Caporaso et al. (2010). Amplicons were purified using
gel electrophoresis and the MO BIO UltraClean GelSpin DNA extraction kit. Equal
amounts of purified amplicons from each sample were pooled and sent to the Dana
Farber Cancer Institute Molecular Biology Core Facility (http://www.dana-farber.org),
to be sequenced on the Illumina MiSeq platform using a paired-end 250 bp protocol.
All sequences have been deposited in the MG-RAST archive under accession numbers

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สกัดดีเอ็นเอจากแบคทีเรียและลำดับทั้งหมด genomic DNA ที่สกัดจากตัวอย่างทั้งหมดที่ใช้ตามโรงไฟฟ้าชีวภาพ MOชุดรวมทั้งวางแยกโซลูชันขั้น (ห้องปฏิบัติการชีวภาพ MO คาร์ลส CA)และขยายในแคว้น V4 16S rRNA (F515/R806 ผสมรองพื้น:5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′, 5′-TACNVGGGTATCTAATCC-3′) (Caporaso et al.,2010) ดำเนินการใน triplicate และทางถูกพูก่อนลำดับดีเอ็นเอ amplificationsรองพื้นกลับรวมบาร์โค้ด Golay bp 12 การ demultiplexing ในขั้นปลายน้ำวิเคราะห์ เงื่อนไข PCR ตาม Caporaso et al. (2010) Amplicons ที่บริสุทธิ์ที่ใช้เจ electrophoresis และชุดสกัดชีวภาพ MO UltraClean GelSpin ดีเอ็นเอ เท่ากับจำนวน amplicons บริสุทธิ์จากแต่ละตัวอย่างถูกทางถูกพู และส่งไปดาFarber มะเร็งสถาบันอณูชีววิทยาหลักสิ่งอำนวยความสะดวก (http://www.dana-farber.org),เมื่อต้องการจะเรียงลำดับบนแพลตฟอร์ม Illumina MiSeq ใช้โพรโทคอจับสิ้น 250 bpลำดับทั้งหมดได้รับฝากไว้ในเก็บถาวร RAST มิลลิกรัมภายใต้หมายเลขทะเบียน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การสกัดดีเอ็นเอแบคทีเรียและลำดับดีเอ็นเอทั้งหมดถูกสกัดจากตัวอย่างทั้งหมดที่ใช้ MO โรงงานไบโอพาวเวอร์โปรชุดรวมทั้งขั้นตอนการแก้ปัญหาการแยกฟีนอล(MO BIO ห้องปฏิบัติการ, Carlsbad, CA) และขยายในภูมิภาค V4 ของ 16S rRNA (F515 / R806 รวมกันไพรเมอร์ : 5 '-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3', 5 '-TACNVGGGTATCTAATCC-3'.) (Caporaso, et al, 2010) เครื่องขยายเสียงดีเอ็นเอได้ดำเนินการในเพิ่มขึ้นสามเท่าและสำรองก่อนที่จะมีการจัดลำดับ. ไพรเมอร์กลับรวม 12 bp Golay บาร์โค้ดสำหรับ Demultiplexing ปลายน้ำในการวิเคราะห์ เงื่อนไข PCR ตาม Caporaso et al, (2010) amplicons ถูกทำให้บริสุทธิ์โดยใช้ข่าวคราวและMO BIO ultraclean GelSpin ชุดสกัดดีเอ็นเอ เท่ากับปริมาณของ amplicons บริสุทธิ์จากแต่ละตัวอย่างถูกรวบรวมและส่งไปยัง Dana Farber Cancer Institute อณูชีววิทยาสิ่งอำนวยความสะดวกหลัก (http://www.dana-farber.org) จะได้รับการจัดลำดับบนแพลตฟอร์ม Illumina MiSeq ใช้คู่สิ้น 250 โปรโตคอล bp. ลำดับทั้งหมดได้รับการฝากไว้ในเก็บ MG-RAST ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสกัดดีเอ็นเอจากแบคทีเรียและการหาลำดับเบสจีโนม
ทั้งดีเอ็นเอจากตัวอย่างทั้งหมด ใช้โมไบโอโปรฟีนอล
ชุดรวมถึงโรงไฟฟ้าแยกขั้นตอนการแก้ปัญหา ( โมไบห้องปฏิบัติการ , Carlsbad , CA )
และขยายในภูมิภาค V4 ของ 16S rRNA ( f515 / r806 รองพื้นผสมผสาน :
5

-
gtgccagcmgccgcggtaa-3 MBC MBC , 5 ’’ tacnvgggtatctaatcc-3
-
) (
caporaso et al . , 2010 )ดีเอ็นเอ amplifications มีการปฏิบัติทั้งสามใบใช้ Pooled ก่อนลำดับ .
ย้อนกลับรองพื้นรวม 12 BP golay บาร์โค้ดสำหรับกลอนในการวิเคราะห์ตามน้ำ

เงื่อนไขเพิ่มตาม caporaso et al . ( 2010 ) amplicons เป็นบริสุทธิ์ใช้
วิธีเจลและโมไบโอ สะอาดปราศจากเชื้อโรค gelspin การสกัดดีเอ็นเอ kit เท่ากับ
amounts การจราจร amplicons from each sample สำหรับ pooled ( sent to the dana
farber institute cancer molecular , core ไม่ค่อย ( http : / / www.dana-farber . org ่
ที่นี่ sequenced on the illumina miseq platform paired end 250 bp protocol .
all sequences เวลา been deposited in the archive mg-rast รุ่นสามารถ accession