ต่อมา พ.ศ. 2320 พระเจ้ากรุงธนบุรี โปรดให้เจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกกับพระสุรสีห์ ยกทัพไปตีกรุงเวียงจันทน์ ตีเวียงจันทน์ได้จึงได้อัญเชิญพระแก้วมรกต กลับมายังกรุงธนบุรี แล้วได้รวมอาณาจักรล้านช้างเข้าด้วยกันและให้เป็นประเทศราชของไทย และได้กวาดต้อนผู้คนพลเมืองมาอยู่เมืองปากเหืองมากขึ้น แล้วโปรดเกล้าฯ ให้เมืองปากเหืองไปขึ้นกับเมืองพิชัย ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 3 เจ้าอนุวงศ์ เจ้าเมืองเวียงจันทน์ คิดกอบกู้เอกราชเพื่อแยกเป็นอิสระจากไทยโดยยกกำลังจากเวียงจันทน์มายึดเมืองนครราชสีมา แต่ในที่สุดเจ้าอนุวงค์ถูกจับขังจนสิ้นชีวิต กองทัพไทยที่ยกมาปราบเจ้าอนุวงศ์ที่นครราชสีมาได้ยกทัพไปกวาดต้อนผู้คนจากฝั่งซ้ายของลำน้ำโขงมายังเมืองปากเหืองมากขึ้น และโปรดเกล้าฯ ให้พระอนุพินาศ (กิ่ง ต้นสกุลเครือทองศรี) เป็นเจ้าเมืองปากเหืองคนแรก แล้วพระราชทานชื่อเมืองใหม่ว่า เมืองเชียงคาน ครั้งถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พวกจีนฮ่อได้ยกทัพมาตีเมืองเวียงจันทน์ เมืองหลวงพระบางและได้เข้าปล้นสะดมเมืองเชียงคานเดิมที่อยู่ทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขง ชาวเชียงคานเดิมจึงอพยพผู้คนไปอยู่เมืองเชียงคานใหม่ (เมืองปากเหือง) เป็นจำนวนมาก