Collection of term placental sample

Collection of term placental samples: Placenta tissue was collected at term at the
University of Arkansas for Medical Sciences following informed consent from
mothers. The protocol was approved by the Institutional Review Board at UAMS
(NCT01104454). Included in this study were non-smoking mothers without gestational
diabetes, pre-eclampsia or other complications who had either vaginal or
cesarean deliveries (Table 1).
Preparation, sequencing, and data analysis of RNA-seq libraries: Total RNA was
isolated from 20 placenta (pooled from 6 separate locations) using RNeasy columns
[5] including DNase digestion. cDNA libraries were prepared using NebNext reagents
as previously described [5]. Single-read 36-bp sequencing was performed using a
GAIIX (Illumina). RNA-seq data for other tissues (liver, skeletal muscle, adipose,
kidney, lung breast, and heart) were acquired in FASTQ format from the Illumina
BodyMap 2.0 project. Alignment to the human genome (hg19) was carried out using
Bowtie [6]. All data were analyzed in Avadis-NGS and SeqMonk software packages.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เก็บตัวอย่างรกระยะ: เนื้อเยื่อรกที่ถูกเก็บรวบรวมในระยะที่
มหาวิทยาลัยอาร์คันซอเพื่อวิทยาศาสตร์การแพทย์ต่อไปความยินยอมจากมารดา
โปรโตคอลได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการตรวจสอบสถาบันที่ uams
(nct01104454) รวมอยู่ในการศึกษาครั้งนี้มีคุณแม่สูบบุหรี่ขณะตั้งครรภ์โดยไม่ต้อง
โรคเบาหวานก่อน eclampsia หรืออื่น ๆ ที่มีภาวะแทรกซ้อนทั้งทางช่องคลอดหรือ
การส่งมอบการผ่าตัดคลอด (ตารางที่ 1) การวิเคราะห์
เตรียมลำดับและข้อมูลของห้องสมุด RNA-Seq. อาร์เอ็นเอรวมเป็น
ที่แยกได้จากรก 20 (pooled จาก 6 สถานที่แยกต่างหาก) โดยใช้คอลัมน์ rneasy
[5] รวมทั้งการย่อยอาหาร DNAse ห้องสมุด cDNA ที่เตรียมใช้น้ำยา nebnext
ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [5] เดียวอ่านลำดับ 36 bp ถูกดำเนินการโดยใช้
gaiix (Illumina)ข้อมูล RNA-Seq กับเนื้อเยื่ออื่น ๆ (ตับกล้ามเนื้อโครงร่าง, ไขมัน,
ไตเต้านมปอดและหัวใจ) ที่ได้มาในรูปแบบ fastq จาก Illumina
BodyMap 2.0 โครงการ การจัดตำแหน่งให้กับจีโนมมนุษย์ (hg19) ได้รับการดำเนินการโดยใช้ bowtie
[6] ข้อมูลทั้งหมดมาวิเคราะห์ใน avadis-NGS และซอฟแวร์ seqmonk

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชุดคำรกลอกตัวอย่าง: รวบรวมไว้ในระยะที่เนื้อเยื่อรก
มหาวิทยาลัยอาร์คันซอสำหรับวิทยาศาสตร์การแพทย์ดังต่อไปนี้ทราบยินยอมจาก
มารดา โพรโทคอลได้รับการอนุมัติ โดยคณะกรรมการตรวจสอบสถาบันที่ UAMS
(NCT01104454) รวมในการศึกษานี้ถูกมารดาสูบบุหรี่ไม่มีครรภ์
โรคเบาหวาน eclampsia ก่อน หรือภาวะแทรกซ้อนอื่น ๆ ที่มีทั้งช่องคลอด หรือ
cesarean ส่ง (ตารางที่ 1) .
เตรียม จัดลำดับ และข้อมูลวิเคราะห์ของไลบรารีอาร์เอ็นเอลำดับ: อาร์เอ็นเอทั้งหมด
แยกต่างหากจากรก 20 (ทางถูกพูจากตำแหน่งที่ตั้งแยก 6) โดยใช้คอลัมน์ RNeasy
[5] DNase ย่อยอาหารรวมทั้ง ห้องสมุด cDNA ถูกเตรียมใช้ NebNext reagents
อธิบายไว้ [5] ก่อนหน้านี้เป็น การ ลำดับ 36-bp แบบอ่านอย่างเดียวที่ทำได้โดยใช้การ
GAIIX (Illumina) ข้อมูลลำดับอาร์เอ็นเอในเนื้อเยื่ออื่น ๆ (adipose ตับ กล้ามเนื้ออีก
ไต ปอดเต้านม และหัวใจ) ได้รับมาในรูปแบบ FASTQ จาก Illumina
BodyMap 2.0 โครงการ ตำแหน่งมมนุษย์ (hg19) ถูกทำโดยใช้
Bowtie [6] ข้อมูลทั้งหมดถูกวิเคราะห์ใน Avadis NGS และแพคเกจซอฟต์แวร์ SeqMonk

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

คอลเลคชั่นของตัวอย่างรับประทานกลูตาเมตเองแม้คำว่าเนื้อเยื่อรกถูกเก็บรวบรวมในวาระที่
มหาวิทยาลัยของอาร์คันซอสำหรับวิทยาศาสตร์การแพทย์ต่อไปนี้ได้รับความยินยอมจากทราบจาก
ซึ่งจะช่วยคุณแม่. โปรโตคอลได้รับการรับรองโดยสถาบันตรวจสอบบอร์ดที่, UAMS , Arkansas Children ' s Hospital
( nct 01104454 ) คิดรวมอยู่ในการศึกษานี้เป็นแม่ไม่มีการสูบบุหรี่โดยไม่ gestational
โรคเบาหวาน Pre - eclampsia หรือโรคแทรกซ้อนอื่นที่มีทั้งฝึกบริหารกล้ามเนื้ออุ้งเชิงกราหรือ
คลอดโดยโนเกีย(ตารางที่ 1 )..
การเตรียมการ,การจัดลำดับและการวิเคราะห์ข้อมูลของ rna - ลำดับไลบรารี:รวมเป็น rna
ซึ่งจะช่วยแยกต่างหากจาก 20 รก(ทวีปจาก 6 แยกต่างหากที่ตั้ง)โดยใช้ rneasy คอลัมน์
[ 5 ]รวมถึง dnase จำแนก. cdna ไลบรารีได้เตรียมความพร้อมโดยใช้ nebnext reagents
ที่เคยระบุไว้[ 5 ]. การจัดลำดับ 36 - BP แบบ Single - อ่านได้ดำเนินการโดยใช้
gaiix ( illumina )ข้อมูล rna - ลำดับสำหรับเนื้อเยื่ออื่นๆ(ตับกล้ามเนื้อ skeletal ไขมัน
ไตอกปอดและหัวใจ)ได้มาจากในรูปแบบ fastq จาก 2.0 โครงการ
bodymap illumina ได้ การจัดแนวการยีนมนุษย์( HG 19 )เป็นการกระทำโดยใช้
ผ้าผูกคอชนิดหูหระต่าย[ 6 ] ข้อมูลทั้งหมดจะถูกนำมาวิเคราะห์ในแพ็คเกจซอฟต์แวร์ avadis - ngs และ seqmonk