require pragmatic and subjective ap

require pragmatic and subjective approaches which do not necessitate species to be monophyletic groups’’. Recently, it has also been reported that changes in gene flow caused by ecological factors may even lead to an incipient merging of two bacterial species,

Campylobacter jejuni and C. coli, reversing the process of speciation [36]. After 10,000 years of shared adaptation to a particular habitat the genome of C. coli is becoming ever more like that of C. jejuni and the two may eventually become indistinguishable.

Despite this pessimistic view of some scientists on a reliable classification of prokaryotes, it is quite clear that gene swapping is more pronounced between closely related organisms, and mainly comprises genes that are not suitable candidates for phylogenetic analysis [28,30]. There are also other indications that support the feasibility of a stable classification of bacteria. There are many discrete well-defined genotypic clusters that are congruent with known species delineated by polyphasic approaches [19,22]. Even in the face of substantial genomic fluidity it seems that the typical geno- and phenotypic characteristics of a taxon are still maintained and, as shown in many cases, are sufficient for a reliable classification and identification of bacteria [30].

The rather conserved and ubiquitous genes of the core genome are potential phylogenetic markers for the genotypic classification of less related prokaryotes. Thus, comparative sequence analysis of certain core genes, including rRNA genes, may be useful for retrieving the phylogenetic relationships of higher taxa. For the classification of lower taxa, such as the delineation of species, various character genes may be suitable as phylogenetic markers. In particular, genes that code for key phenotypic differences may play an important role in the improved classification of bacteria. Moreover, core and/or character genes coding for functional proteins detected in the proteome could




provide some information on the characteristic pheno-typic features [8] and they can be used for defining a taxon. However, it has to be stressed that different sets of genes and phenotypic traits are required for the classification of different taxa and lineages, and there may also be some bacteria which escape a reliable classification because they do not form coherent clusters.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ต้องใช้วิธีในทางปฏิบัติ และอัตนัยซึ่งผนวกพันธุ์เป็น กลุ่ม monophyletic'' เมื่อเร็ว ๆ นี้ มันยังได้รายงานว่า การเปลี่ยนแปลงในการไหลของยีนที่เกิดจากระบบนิเวศปัจจัยอาจได้นำไปสู่การผสานโดยของสองสายพันธุ์แบคทีเรียCampylobacter jejuni และ C. coli ย้อนกลับกระบวนการของสปี [36] หลังจาก 10,000 ปีการร่วมกันปรับตัวเพื่ออยู่อาศัยโดยเฉพาะจีโน C. coli เป็นมาอย่าง เช่นว่าของ C. jejuni และทั้งสองก็อาจจำแนกไม่แม้ มีมุมมองในเชิงลบของนักวิทยาศาสตร์บางคนจัดเป็นประเภทที่เชื่อถือได้ของ prokaryotes ได้ค่อนข้างชัดเจนว่า การแลกเปลี่ยนยีนเด่นชัดระหว่างสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดมากขึ้น และส่วนใหญ่ประกอบด้วยยีนที่ไม่มีผู้สมัครที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ทาง [28,30] มีตัวชี้วัดอื่น ๆ ที่สนับสนุนความเป็นไปได้ของการจัดประเภทเชื้อแบคทีเรียมีเสถียรภาพ มีหลายแบบแยกดีที่กำหนดจีโนไทป์ clusters ที่สอดคล้องกับสายพันธุ์ที่รู้จัก delineated โดยวิธี polyphasic [19,22] แม้ในใบหน้าไหลออกมาก เหมือนว่า ปกติกาย - และลักษณะฟีโนไทป์ของมันยังคงรักษา และ ดังที่แสดงในหลายกรณี มีเพียงพอสำหรับการเชื่อการจำแนกประเภทและแบคทีเรีย [30]ยีนของจีโนหลักค่อนข้างภัต และแพร่หลายเป็นเครื่องหมายทางศักยภาพการจัดจีโนไทป์ของ prokaryotes น้อยที่เกี่ยวข้อง ดังนั้น วิเคราะห์เปรียบเทียบลำดับของยีนหลักบาง ยีน rRNA รวมทั้งอาจเป็นประโยชน์สำหรับการดึงความสัมพันธ์ผลของสูง สำหรับการจัดประเภทของต่ำ เช่นอำนาจพันธุ์ ยีนอักขระต่าง ๆ อาจจะเหมาะสมเป็นเครื่องหมายทาง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ยีนที่รหัสสำหรับคีย์ฟีโนไทป์แตกต่างอาจเล่นบทบาทสำคัญในการปรับปรุงการจัดประเภทของแบคทีเรีย นอกจากนี้ ยีนหลักหรืออักขระรหัสสำหรับโปรตีนที่ตรวจพบใน proteome การทำงานสามารถ ให้ข้อมูลบางอย่างเกี่ยวกับคุณสมบัติลักษณะ pheno typic [8] และพวกเขาสามารถใช้สำหรับการกำหนดมันมี อย่างไรก็ตาม มันมีจะเน้นไปที่ ชุดยีนและลักษณะฟีโนไทป์ต่าง ๆ จำเป็นสำหรับการจัดประเภทเชื้อชาติและต่างวงศ์ และอาจมีแบคทีเรียบางอย่างที่หนีการจัดประเภทที่เชื่อถือได้เนื่องจากพวกเขาไม่ได้แบบคลัสเตอร์ที่เชื่อมโยงกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ต้องใช้วิธีการอย่างจริงจังและอัตนัยที่ไม่จำเป็นต้องมีสายพันธุ์ที่จะเป็นกลุ่มไฟย์เลติ '' เมื่อเร็ว ๆ นี้ก็ยังได้รับรายงานว่าการเปลี่ยนแปลงในการไหลของยีนที่เกิดจากปัจจัยทางนิเวศวิทยาอาจนำไปสู่การควบรวมเริ่มแรกของทั้งสองสายพันธุ์แบคทีเรีย

Campylobacter jejuni และ C coli ย้อนกลับกระบวนการของการ speciation ม [36] หลังจาก 10,000 ปีของการปรับใช้ร่วมกันเพื่อเป็นที่อยู่อาศัยโดยเฉพาะอย่างยิ่งจีโนมของ C. coli จะกลายเป็นมากกว่าที่เคยเช่นนั้นของ C. jejuni และทั้งสองก็อาจจะกลายเป็นแยกไม่ออก.

แม้จะมีมุมมองในแง่ร้ายนี้ของนักวิทยาศาสตร์บางอย่างเกี่ยวกับการจัดหมวดหมู่ที่เชื่อถือได้ของ prokaryotes มันเป็น ค่อนข้างชัดเจนว่ายีนแลกเปลี่ยนความเด่นชัดมากขึ้นระหว่างสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดและส่วนใหญ่ประกอบด้วยยีนที่ไม่ได้เป็นผู้ที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ phylogenetic [28,30] นอกจากนี้ยังมีตัวชี้วัดอื่น ๆ ที่สนับสนุนความเป็นไปได้ของการจัดหมวดหมู่ที่มีเสถียรภาพของเชื้อแบคทีเรีย มีหลายที่ดีที่กำหนดกลุ่มพันธุกรรมที่ไม่ต่อเนื่องที่มีความสอดคล้องกับสายพันธุ์ที่รู้จักกันเบี่ยงวิธี polyphasic [19,22] มี แม้จะอยู่ในหน้าของการไหลจีโนมที่สำคัญดูเหมือนว่าโดยทั่วไป geno- และฟีโนไทป์ลักษณะของแท็กซอนยังคงรักษาและดังแสดงในหลายกรณีมีเพียงพอสำหรับการจัดหมวดหมู่ที่น่าเชื่อถือและบัตรประจำตัวของเชื้อแบคทีเรีย [30].

อนุรักษ์และค่อนข้าง ยีนที่แพร่หลายของจีโนมหลักที่มีเครื่องหมายสายวิวัฒนาการที่มีศักยภาพสำหรับการจำแนกทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตเซลล์ที่เกี่ยวข้องน้อย ดังนั้นการวิเคราะห์ลำดับเปรียบเทียบของยีนหลักบางอย่างรวมถึงยีน rRNA, อาจจะเป็นประโยชน์สำหรับการดึงความสัมพันธ์ phylogenetic แท็กซ่าที่สูงขึ้น สำหรับการจัดหมวดหมู่ของแท็กซ่าที่ต่ำกว่าเช่นการวาดภาพของสายพันธุ์ยีนตัวละครต่าง ๆ อาจจะเหมาะเป็นเครื่องหมาย phylogenetic โดยเฉพาะอย่างยิ่งยีนที่แตกต่างสำหรับฟีโนไทป์ที่สำคัญอาจมีบทบาทสำคัญในการจัดหมวดหมู่ที่ดีขึ้นของเชื้อแบคทีเรีย นอกจากนี้หลักและ / หรือตัวอักษรรหัสพันธุกรรมโปรตีนทำงานตรวจพบในโปรตีนจะให้ข้อมูลบางอย่างเกี่ยวกับคุณสมบัติ pheno-Typic ลักษณะ [8] และพวกเขาสามารถนำมาใช้สำหรับการกำหนดแท็กซอน แต่ก็จะต้องมีการเน้นว่าชุดที่แตกต่างของยีนและลักษณะฟีโนไทป์ที่จำเป็นสำหรับการจัดหมวดหมู่ของแท็กซ่าแตกต่างกันและ lineages และอาจมีแบคทีเรียบางชนิดซึ่งหลบหนีการจัดหมวดหมู่ที่น่าเชื่อถือเพราะพวกเขาไม่ได้เป็นกลุ่มที่เชื่อมโยงกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ต้องใช้วิธีปฏิบัติและอัตนัยที่ไม่จำเป็นชนิดเป็น monophyletic กลุ่ม " " ล่าสุด มีรายงานว่า การเปลี่ยนแปลงการไหลของยีนเกิดจากปัจจัยทางนิเวศวิทยาอาจนำไปสู่การเริ่มแรกที่การผสานสองสายพันธุ์แบคทีเรียรวมทั้งใช้และ C . coli การย้อนกลับกระบวนการของสปีชีย์ [ 36 ] หลังจากการปรับใช้ 10000 ปีอาศัยเฉพาะในจีโนมของ C . coli เป็นมากกว่าที่เคยชอบของ C และใช้สองในที่สุดอาจกลายเป็นหลายกลุ่ม .แม้จะมองโลกในแง่ร้ายอย่างนี้มุมมองของนักวิทยาศาสตร์บางคนในการจำแนกที่เชื่อถือได้ของโพรคาริโ มันค่อนข้างชัดเจนว่า ยีนเปลี่ยนเป็นเด่นชัดมากขึ้นระหว่างสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด และส่วนใหญ่ประกอบด้วยยีนที่ไม่ได้ผู้สมัครที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ phylogenetic 28,30 ] นอกจากนี้ยังมีอื่น ๆ นั้นสนับสนุนความเป็นไปได้ของการเสถียรของแบคทีเรีย มีหลายแบบซึ่งผู้ป่วยกลุ่มที่สอดคล้องกับชนิดที่รู้จัก polyphasic delineated โดยวิธี [ 19,22 ] แม้ในหน้าของการสร้างรูปธรรมดูเหมือนว่าจีโน่ - ทั่วไปและลักษณะฟีโนไทป์ของหมวดหมู่ที่ยังคงรักษาและแสดงในหลายกรณี มีเพียงพอสำหรับการที่เชื่อถือได้และการจำแนกชนิดของแบคทีเรีย [ 30 ]ค่อนข้างแพร่หลายและอนุรักษ์ยีนของจีโนมซึ่งเป็นเครื่องหมายหลักที่มีศักยภาพเพื่อการศึกษาประเภทของโปรคาริโอทส์น้อยกว่าที่เกี่ยวข้อง ดังนั้น การวิเคราะห์ลำดับเบสของยีนเปรียบเทียบหลักแน่นอน รวมทั้ง rRNA ยีน อาจจะมีประโยชน์สำหรับการวิวัฒนาการของความสัมพันธ์ที่สูงและ . ในการจำแนกและลดลง เช่น การกำหนดชนิดของยีนที่ตัวละครต่างๆ ซึ่งอาจจะเหมาะเป็นเครื่องหมาย โดยเฉพาะยีนที่แตกต่างกันคุณสมบัติรหัสคีย์อาจมีบทบาทสำคัญในการเพิ่มหมวดหมู่ของแบคทีเรีย นอกจากนี้ หลักและ / หรือยีนอักขระรหัสสำหรับโปรตีนโปรตีนสามารถตรวจพบในการทำงานให้ข้อมูลบางอย่างในลักษณะ pheno typic คุณสมบัติ [ 8 ] และพวกเขาสามารถใช้สำหรับการกำหนดเป็นชนิด . อย่างไรก็ตาม มันต้องเน้นว่าชุดที่แตกต่างกันของยีนและลักษณะฟีโนไทป์ที่จําเป็นสําหรับการจัดหมวดหมู่ของความสูงที่แตกต่างกันและเผ่าพันธุ์ และอาจยังมีแบคทีเรียบางอย่างซึ่งหลบหนีการเชื่อถือได้ เพราะไม่ได้ติดต่อกันแบบคลัสเตอร์