Despite recent advances in commerci

Despite recent advances in commercially optimized identification systems, bacterial identification
remains a challenging task in many routine microbiological laboratories, especially in situations
where taxonomically novel isolates are involved. The 16S rRNA gene has been used extensively
for this task when coupled with a well-curated database, such as EzTaxon, containing sequences
of type strains of prokaryotic species with validly published names. Although the EzTaxon
database has been widely used for routine identification of prokaryotic isolates, sequences from
uncultured prokaryotes have not been considered. Here, the next generation database, named
EzTaxon-e, is formally introduced. This new database covers not only species within the formal
nomenclatural system but also phylotypes that may represent species in nature. In addition to an
identification function based on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) searches and pairwise
global sequence alignments, a new objective method of assessing the degree of completeness in
sequencing is proposed. All sequences that are held in the EzTaxon-e database have been
subjected to phylogenetic analysis and this has resulted in a complete hierarchical classification
system. It is concluded that the EzTaxon-e database provides a useful taxonomic backbone for the
identification of cultured and uncultured prokaryotes and offers a valuable means of
communication among microbiologists who routinely encounter taxonomically novel isolates. The
database and its analytical functions can be found at http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ล่าสุดแม้มีความก้าวหน้าของระบบเพิ่มประสิทธิภาพในเชิงพาณิชย์รหัส รหัสแบคทีเรียยังคงเป็นงานที่ท้าทายในหลายประจำทางจุลชีววิทยาห้องปฏิบัติการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสถานการณ์ที่แยก taxonomically นวนิยายเกี่ยวข้อง การ 16S rRNA ยีนมีการใช้อย่างกว้างขวางสำหรับงานนี้เมื่อควบคู่กับฐานข้อมูลห้องพัก curated เช่น EzTaxon ประกอบด้วยลำดับของสายพันธุ์ชนิดพันธุ์ prokaryotic validly ประกาศชื่อ แม้ว่าการ EzTaxonฐานข้อมูลได้ถูกใช้สำหรับรหัสประจำแยก prokaryotic ลำดับจากถือ uncultured prokaryotes ไม่ ที่นี่ ฐานข้อมูลรุ่นถัดไป ชื่อEzTaxon-e เป็นที่รู้จักกันอย่างเป็นกิจจะลักษณะ ฐานข้อมูลใหม่นี้ครอบคลุมไม่เฉพาะสปีชีส์ภายในอย่างเป็นทางการระบบ nomenclatural แต่ยัง phylotypes ที่อาจแสดงถึงพันธุ์ในธรรมชาติ นอกการรหัสฟังก์ชันตามค้นหาพื้นฐานท้องถิ่นตำแหน่งค้นหาเครื่องมือ (ระเบิด) และ pairwiseการจัดแนวสากลลำดับ วิธีการวัตถุประสงค์ใหม่ของการประเมินระดับของความสมบูรณ์ในมีเสนอลำดับ ลำดับทั้งหมดที่จะมีขึ้นในฐานข้อมูล EzTaxon-e ได้วิเคราะห์การ phylogenetic และนี้มีผลในการจัดประเภทตามลำดับชั้นที่สมบูรณ์ระบบ จะสรุปได้ว่า ฐานข้อมูล EzTaxon-e ให้แกนหลักอนุกรมวิธานที่มีประโยชน์สำหรับการรหัสของ prokaryotes อ่าง และ uncultured เสนอตัวค่ะหมายถึงติดต่อสื่อสารระหว่าง microbiologists ที่พบเป็นประจำแยก taxonomically นวนิยาย ที่ฐานข้อมูลและวิเคราะห์งานสามารถพบที่ http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แม้จะมีความก้าวหน้าล่าสุดในการเพิ่มประสิทธิภาพในเชิงพาณิชย์ระบบการระบุบัตรประจำตัวของเชื้อแบคทีเรียยังคงเป็นงานที่ท้าทายในห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาประจำจำนวนมากโดยเฉพาะอย่างยิ่งในสถานการณ์ที่ไอโซเลทนวนิยายtaxonomically มีส่วนร่วม ยีน 16S rRNA มีการใช้อย่างกว้างขวางสำหรับงานนี้เมื่อคู่กับฐานข้อมูลที่ดีcurated เช่น EzTaxon ที่มีลำดับของสายพันธุ์ชนิดของสายพันธุ์โปรคาริโอที่มีชื่อการตีพิมพ์อย่างถูกต้อง แม้ว่า EzTaxon ฐานข้อมูลที่ได้รับการใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับประชาชนประจำของเชื้อโปรคาริโอ, ลำดับจากprokaryotes ไม่มีมารยาทไม่ได้รับการพิจารณา นี่คือฐานข้อมูลรุ่นต่อไปชื่อEzTaxon อีจะแนะนำอย่างเป็นทางการ ฐานข้อมูลใหม่นี้ครอบคลุมไม่เพียง แต่สายพันธุ์ภายในอย่างเป็นทางการระบบnomenclatural แต่ยัง phylotypes ที่อาจจะเป็นสายพันธุ์ในธรรมชาติ นอกจากฟังก์ชั่นการระบุขึ้นอยู่กับการจัดท้องถิ่นพื้นฐานเครื่องมือค้นหา (ระเบิด) การค้นหาและจากจำนวนการจัดแนวลำดับทั่วโลกวิธีการใหม่วัตถุประสงค์ของการประเมินระดับของความสมบูรณ์ในลำดับเสนอ ลำดับทั้งหมดที่จะมีขึ้นในฐานข้อมูล EzTaxon อีได้รับภายใต้การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการและมีผลในการจัดหมวดหมู่ตามลำดับชั้นที่สมบูรณ์ของระบบ มันเป็นข้อสรุปว่าฐานข้อมูล EzTaxon อีให้เป็นแกนนำการจัดหมวดหมู่ที่มีประโยชน์สำหรับบัตรประจำตัวของprokaryotes เพาะเลี้ยงและไม่มีมารยาทและมีความหมายที่มีคุณค่าของการติดต่อสื่อสารระหว่างนักจุลชีววิทยาที่มักจะพบไอโซเลทนวนิยายtaxonomically ฐานข้อมูลและฟังก์ชั่นการวิเคราะห์สามารถพบได้ที่ http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แม้ความก้าวหน้าล่าสุดในการระบุที่ดีที่สุดในเชิงพาณิชย์ระบบแบคทีเรียรหัส
ยังคงเป็นงานที่ท้าทายในห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยารูทีนต่างๆ มากมาย โดยเฉพาะในสถานการณ์ที่ taxonomically
นวนิยายจากเกี่ยวข้องกับ ส่วนเบส 16S rRNA ยีนได้ถูกใช้อย่างกว้างขวาง
สําหรับงานนี้เมื่อคู่กับดี curated ฐานข้อมูล เช่น eztaxon ที่มีลำดับ
ชนิดของสายพันธุ์ของโพรคาริโอติกชนิดได้อย่างถูกต้องได้รับการตีพิมพ์ชื่อ แม้ว่า eztaxon
ฐานข้อมูลถูกใช้อย่างกว้างขวางสำหรับการตามปกติของโพรคาริโอติกสายพันธุ์ลำดับจาก
ไร้การศึกษาโปรคาริโอทส์ได้รับการพิจารณา ที่นี่ , ฐานข้อมูลรุ่นถัดไปที่ชื่อ
eztaxon-e , แนะนำตัวอย่างเป็นทางการ ฐานข้อมูลใหม่นี้ครอบคลุมไม่เพียง แต่ชนิดภายในอย่างเป็นทางการ
nomenclatural ระบบแต่ยัง phylotypes ที่อาจเป็นตัวแทนของชนิดในธรรมชาติ นอกจากการกำหนดฟังก์ชัน
ตามเครื่องมือค้นหาการปรับพื้นฐานท้องถิ่น ( ระเบิด ) และลำดับการค้นหาคู่
ทั่วโลก วิธีการวัตถุประสงค์ใหม่ของการประเมินระดับของความสมบูรณ์ใน
ระบบเสนอ ลำดับทั้งหมดที่จัดขึ้นในฐานข้อมูลได้ถูก
eztaxon-eภายใต้การวิเคราะห์ phylogenetic และนี้มีผลในระบบการจำแนก
ชุดสมบูรณ์ สรุปได้ว่า eztaxon-e ฐานข้อมูลให้ประโยชน์ทางกระดูกสันหลังสำหรับ
การเลี้ยงและไร้การศึกษาและข้อเสนอที่มีคุณค่าความหมายของโพรคาริโ
การสื่อสารระหว่าง microbiologists ที่ตรวจพบ taxonomically นวนิยายของเชื้อ
ฐานข้อมูลและการวิเคราะห์ของฟังก์ชั่นสามารถพบได้ที่ http : / / eztaxon-e.ezbiocloud . net /