For example, amino acids are genera

For example, amino acids are generally divided into four families: (1) acidic--aspartate and
glutamate; (2) basic--lysine, arginine, histidine; (3) non-polar--alanine, valine, leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, methionine, tryptophan; and (4) uncharged polar--glycine, asparagine,
glutamine, cysteine, serine, threonine, tyrosine. Phenylalanine, tryptophan, and tyrosine are
sometimes classified as aromatic amino acids. Examples of conservative variations include the substitution of one hydrophobic residue such as isoleucine, valine, leucine or methionine for
another hydrophobic residue, or the substitution of one polar residue for another polar residue, such as the substitution of arginine for lysine, glutamic acid for aspartic acid, or glutamine for asparagine, and the like; or a similar conservative replacement of an amino acid with a
structurally related amino acid that will not have a major effect on the biological activity.
Proteins having substantially the same amino acid sequence as the reference molecule but
possessing minor amino acid substitutions that do not substantially affect the immunogenicity of the protein are, therefore, within the definition of the reference โพลีเปปไทด์. All of the
โพลีเปปไทด์ produced by these modifications are included herein. The term "conservative
variation" also includes the use of a substituted amino acid in place of an unsubstituted parent amino acid provided that antibodies raised to the substituted โพลีเปปไทด์ also immunoreact with the unsubstituted โพลีเปปไทด์.
An "immunological response" to a composition or vaccine is the development in the host of a cellular and/or antibody-mediated immune response to a composition or vaccine of interest. Usually, an "immunological response" includes but is not limited to one or more of the following effects: the production of antibodies, B cells, helper T cells, and/or cytotoxic T cells, directed specifically to an antigen or antigens included in the composition or vaccine of interest.
Preferably, the host will display either a therapeutic or protective immunological response such that resistance to new infection will be enhanced and/or the clinical severity of the disease
reduced. Such protection will be demonstrated by either a reduction or lack of symptoms
normally displayed by an infected host, a quicker recovery time and/or a lowered viral titer in the infected host.
The numbers of possible viral รูปแปรผัน for a genome with N นิวคลีโอไทด์s in length are 4N possible รูปแปรผัน, because there are 4 different นิวคลีโอไทด์s. For example, there are 1018° different รูปแปรผัน for a genome that is only 300 นิวคลีโอไทด์s in length. (Martin A. Nowak and Robert
McCredie May Virus Dynamics ,Oxford University Press). The genome sequence of an RNA


virus population clusters around a consensus or average sequence, but each genome is different. A rare genome with a particular mutation may survive a selection event, and the mutation will then be found in all progeny genomes. The quasiสปีชีส์ theory predicts that viruses are not just a collection of random mutants, but an interactive group of รูปแปรผัน. (Vincent Racaniello 2009).
รูปแปรผัน include allelic รูปแปรผัน. The term "allelic รูปแปรผัน" refers to a โพลีนิวคลีโอไทด์ or a โพลีเปปไทด์ containing polymorphisms that lead to changes in the amino acid sequences of a
protein and that exist within a natural population (e.g., a virus สปีชีส์ or variety). Such natural allelic variations can typically result in 1- 5% variance in a โพลีนิวคลีโอไทด์ or a โพลีเปปไทด์.
Allelic รูปแปรผัน can be identified by sequencing the nucleic acid sequence of interest in a number of different สปีชีส์, which can be readily carried out by using hybridization probes to identify the same gene genetic locus in those สปีชีส์. Any and all such nucleic acid variations and
resulting amino acid polymorphisms or variations that are the result of natural allelic variation and that do not alter the functional activity of gene of interest, are intended to be within the scope of the การประดิษฐ์.
The term "identity" with respect to sequences can refer to, for example, the number of positions with identical นิวคลีโอไทด์s or amino acids divided by the number of นิวคลีโอไทด์s or
amino acids in the shorter of the two sequences โดยที่ alignment of the two sequences can be determined in accordance with the Wilbur and Lipman algorithm (Wilbur and Lipman). The
ความเหมือนกันของลำดับ or sequence similarity of two amino acid sequences, or the ความเหมือนกันของลำดับ between two นิวคลีโอไทด์ sequences can be determined using Vector NTI software package
(Invitrogen, 1600 Faraday Ave., Carlsbad, CA). When RNA sequences are said to be similar, or have a degree of ความเหมือนกันของลำดับ or homology with DNA sequences, thymidine (T) in the DNA sequence is considered equal to uracil (U) in the RNA sequence. Thus, RNA sequences are
within the scope of the การประดิษฐ์ and can be derived from DNA sequences, by thymidine (T) in the DNA sequence being considered equal to uracil (U) in RNA sequences.


IBV
One embodiment of the การประดิษฐ์ provides a process or วิธี of characterizing a สายพันธุ์ of ]B/ ซึ่งประกอบรวมด้วย the steps of: a) generating an IBV cDNA from the IBV สายพันธุ์ isolated from an animal; b) exposing the cDNA to a primer pair ซึ่งประกอบรวมด้วย a ฟอร์เวิร์ด primer and a รีเวิร์ส primer in a real-time โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) to yield an แอมพลิคอน, โดยที่ the primer pair is specific to the S1 gene of IBV genome; c) performing การวิวิโค้งวีวี (HRM) on a double-stranded product ซึ่งประกอบรวมด้วย the แอมพลิคอน immediately after the เรียลไทม์ PCR; and d) analyzing and comparing the HRM curve thereby characterizing the IBV สายพันธุ์.
The ฟอร์เวิร์ด and รีเวิร์ส primers may be selected by aligning the โพลีนิวคลีโอไทด์
sequences of the Si gene of known IBV สายพันธุ์ and comparing the conversed regions of the Si gene. In one aspect of the embodiment, the ฟอร์เวิร์ด primer has a โพลีนิวคลีโอไทด์ sequence as set forth in SEQ ID NO:29 and the รีเวิร์ส primer has a โพลีนิวคลีโอไทด์ sequence as set forth in SEQ ID NO:30.
S1 gene is known as the spiked (S) glycoprotein. The Si subunit carries serotype-specific sequences and antigenic เอพิโทป inducing virus neutralizing antibody. The different serotypes, subtypes or รูปแปรผัน of IBV, were thought to be generated by นิวคลีโอไทด์ point mutations,
insertions, deletions, or recombination of S1 genes, which were responsible for the outbreaks of IB in vaccinated chicken flocks (Zhou et al. J. Vet Med. B51, 147-152, 2004). นิวคลีโอไทด์
sequencing of the S1 glycoprotein is commonly used to determine serotype differences among IBV สายพันธุ์ (Kwon et al. Avian Dis. 1993).
The HRM curve analysis may be performed according to manufacturer's instructions.
For example, several manufacturers provide instruments for the use of high-resolution DNA melt analysis such as Applied Biosystems (ABI), Bio-Rad, Cepheid, Corbett, Eppendorf, Idaho
Technology, Roche and Stratagene. In addition, there are also several saturating dyes available in the market for carrying out the assay such as LCGreen® (Idaho Technology Inc.), Syto9®
(Invitrogen, Carlsbad, CA), EvaGreen® (Bioturn) and LightCycler® 480 ResoLight Dye (Roche, Indianapolis, IN) (Vossen RHAM et al. Human Mutation 30 (6), 2009).
The เรียลไทม์ PCR may be carried out using the following parameters: a) initial
denaturation at 95°C for 3 seconds, b) denaturation at 95°C for 1 minute, c) annealing at 55°C for
1 minute, d) extension at 72°C for 1 minute, and e) repeating steps b)-d) for 45 times, followed by melting curve analysis (95°C for 1 second, 65°C for 15 seconds and 95°C continuously) and cooling at 45°C for 30 seconds.
The วิธี of the การประดิษฐ์นี้ may be used to characterize and distinguish known IBV สายพันธุ์ The known IBV สายพันธุ์ include, but are not limited to, 793/B สายพันธุ์, Massachusetts สายพันธุ์, 07{-like สายพันธุ์, IBNC90 สายพันธุ์, D274 สายพันธุ์, Iowa สายพันธุ์, Arkansas สายพันธุ์, Holland 52
สายพันธุ์, Connecticut 46 สายพันธุ์, Beaudette US สายพันธุ์, California สายพันธุ์, Jilin สายพันธุ์, Holte สายพันธุ์, HK
สายพันธุ์, D41 สายพันธุ์, DE072 สายพันธุ์, Spain/92/35 สายพันธุ์, Egypt/F/03 สายพันธุ์ and other สายพันธุ์ that are found worldwide.
The การประดิษฐ์ also provides for the identification of a novel สายพันธุ์ of IBV โดยที่ the
IBV sequence does not align to any of the one or more IBV sequences with close homology. The วิธี ประกอบรวมด้วย the steps of: a) generating an IBV cDNA from the IBV สายพันธุ์ isolated from an animal; b) exposing the cDNA to a primer pair ซึ่งประกอบรวมด้วย a ฟอร์เวิร์ด primer and a รีเวิร์ส primer in a real-time โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) to yield an แอมพลิคอน, โดยที่ the primer pair is specific to the Si gene of IBV genome; c) performing วีวี (HRM) curve
analysis on a double-stranded product ซึ่งประกอบรวมด้วย the แอมพลิคอน immediately after the เร

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตัวอย่าง กรดอะมิโนโดยทั่วไปแบ่งออกเป็น 4 ครอบครัว: (1) กรด - aspartate และglutamate (2) พื้นฐาน - อาร์จินีน แอล-ไลซีน histidine (3) ไม่ใช่โพลาร์ - อะลานีน วาลีน leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, methionine ทริปโต เฟน และ (4) uncharged โพลาร์ - glycine, asparagine glutamine, cysteine แถ ทรีโอนีน tyrosine มี phenylalanine ทริปโตเฟน และ tyrosine บางครั้งจัดเป็นกรดอะมิโนที่หอม ตัวอย่างของรูปแบบหัวเก่ารวมถึงการแทนที่ของตกค้าง hydrophobic หนึ่งเช่น isoleucine วาลีน leucine หรือ methionine สำหรับ สารตกค้าง hydrophobic อื่น หรือการแทนที่ของตกค้างที่ขั้วหนึ่งในอีกขั้วตกค้าง เช่นการแทนที่ของอาร์จินีนแอล-ไลซีนสำหรับ กลูตาเมตสำหรับกรด aspartic หรือ glutamine การ asparagine เหมือน มีกรดอะมิโนกับแทนหัวเก่าที่คล้ายกันหรือการ กรดอะมิโนที่เกี่ยวข้อง structurally ที่จะมีผลสำคัญในกิจกรรมทางชีวภาพ โปรตีนที่มีมากตามลำดับกรดอะมิโนเป็นโมเลกุลอ้างอิง แต่ มีกรดอะมิโนย่อยทดแทนที่ไม่มากมีผลต่อ immunogenicity ของโปรตีน ได้ ดังนั้น ในคำนิยามของโพลีเปปไทด์อ้างอิง ทั้งหมดนี้ โพลีเปปไทด์ที่ผลิต โดยการปรับเปลี่ยนเหล่านี้ได้ซึ่ง คำว่า "อนุรักษนิยม เปลี่ยนแปลง"ยังมีการใช้กรดอะมิโนเทียบเท่าแทนกรดอะมิโนหลัก unsubstituted การที่แอนตี้ยกโพลีเปปไทด์เทียบเท่ายัง immunoreact กับ unsubstituted โพลีเปปไทด์มี "ภูมิคุ้มกันตอบสนองต่อ" องค์ประกอบหรือวัคซีนคือ การพัฒนาในโฮสต์ของการโทรศัพท์มือถือ / mediated แอนติบอดีภูมิคุ้มกันตอบสนองเป็นองค์ประกอบหรือวัคซีนที่น่าสนใจ โดยปกติ เป็น "ภูมิคุ้มกันตอบสนอง" รวมถึง แต่ไม่จำกัดอย่างน้อยหนึ่งลักษณะต่อไปนี้: การผลิตแอนตี้ บีเซลล์ เซลล์ผู้ช่วย T และ/หรือ cytotoxic T เซลล์ กำกับโดยเฉพาะการตรวจหาการ antigens รวมอยู่ในองค์ประกอบหรือวัคซีนน่าสนใจ สด ๆ โฮสต์จะแสดงทั้งการป้องกัน หรือรักษาโรคภูมิคุ้มกันตอบสนองดังกล่าวจะเป็นเพิ่มความต้านทานการติดเชื้อใหม่และ/หรือความรุนแรงทางคลินิกของโรค ลดลง ป้องกันดังกล่าวจะแสดงให้เห็นว่าการลดหรือไม่มีอาการ โดยปกติแล้ว โดยโฮสต์ติดเชื้อ งอกหรือ titer ไวรัสลดลงในโฮสต์ติดเชื้อหมายเลขรูปแปรผันเป็นไวรัสในกลุ่มกับ N นิวคลีโอไทด์s ความยาวเป็น 4N รูปแปรผันได้ เนื่องจากมี นิวคลีโอไทด์s แตกต่างกัน 4 ตัวอย่าง มี 1018° รูปแปรผันแตกต่างกันสำหรับกลุ่มนี้ นิวคลีโอไทด์s 300 ความยาว (มาร์ติน A. Nowak และโรเบิร์ต McCredie อาจไวรัส Dynamics มหาวิทยาลัยออกซฟอร์ดข่าว) ลำดับกลุ่มของอาร์เอ็นเอมีประชากรไวรัสกลุ่มมติหรือลำดับเฉลี่ย แต่ละกลุ่มจะแตกต่าง กลุ่มที่หายาก มีการกลายพันธุ์เฉพาะอาจอยู่รอดเหตุการณ์ตัวเลือก แล้วจะพบการกลายพันธุ์ใน genomes ลูกหลานทั้งหมด ทฤษฎี quasiสปีชีส์ ทำนายว่า ไวรัสไม่เพียงคอลเลกชันของสายพันธุ์สุ่ม กลุ่มการโต้ตอบของรูปแปรผัน (Vincent Racaniello 2009) รูปแปรผันรวม allelic รูปแปรผัน คำว่า "allelic รูปแปรผัน" ถึงเป็นโพลีนิวคลีโอไทด์หรือโพลีเปปไทด์ที่ประกอบด้วย polymorphisms ที่นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงในลำดับกรดอะมิโนของ การ โปรตีนและที่มีอยู่ในประชากรธรรมชาติ (เช่น สปีชีส์ไวรัสหรือหลากหลาย) รูป allelic ธรรมชาติดังกล่าวสามารถปกติผล 1-5% ผลต่างในการโพลีนิวคลีโอไทด์หรือโพลีเปปไทด์ สามารถระบุ allelic รูปแปรผัน โดยลำดับเบสลำดับกรดนิวคลีอิกของดอกเบี้ยจำนวนสปีชีส์แตกต่างกัน ซึ่งสามารถพร้อมทำโดยคลิปปากตะเข้ hybridization เพื่อระบุเดียวยีนพันธุโลกัสโพลในสปีชีส์นั้น ใด ๆ และทั้งหมดเช่นกรดนิวคลีอิกเปลี่ยนแปลง และ resulting amino acid polymorphisms or variations that are the result of natural allelic variation and that do not alter the functional activity of gene of interest, are intended to be within the scope of the การประดิษฐ์.The term "identity" with respect to sequences can refer to, for example, the number of positions with identical นิวคลีโอไทด์s or amino acids divided by the number of นิวคลีโอไทด์s or amino acids in the shorter of the two sequences โดยที่ alignment of the two sequences can be determined in accordance with the Wilbur and Lipman algorithm (Wilbur and Lipman). The ความเหมือนกันของลำดับ or sequence similarity of two amino acid sequences, or the ความเหมือนกันของลำดับ between two นิวคลีโอไทด์ sequences can be determined using Vector NTI software package (Invitrogen, 1600 Faraday Ave., Carlsbad, CA). When RNA sequences are said to be similar, or have a degree of ความเหมือนกันของลำดับ or homology with DNA sequences, thymidine (T) in the DNA sequence is considered equal to uracil (U) in the RNA sequence. Thus, RNA sequences are within the scope of the การประดิษฐ์ and can be derived from DNA sequences, by thymidine (T) in the DNA sequence being considered equal to uracil (U) in RNA sequences.IBVOne embodiment of the การประดิษฐ์ provides a process or วิธี of characterizing a สายพันธุ์ of ]B/ ซึ่งประกอบรวมด้วย the steps of: a) generating an IBV cDNA from the IBV สายพันธุ์ isolated from an animal; b) exposing the cDNA to a primer pair ซึ่งประกอบรวมด้วย a ฟอร์เวิร์ด primer and a รีเวิร์ส primer in a real-time โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) to yield an แอมพลิคอน, โดยที่ the primer pair is specific to the S1 gene of IBV genome; c) performing การวิวิโค้งวีวี (HRM) on a double-stranded product ซึ่งประกอบรวมด้วย the แอมพลิคอน immediately after the เรียลไทม์ PCR; and d) analyzing and comparing the HRM curve thereby characterizing the IBV สายพันธุ์. The ฟอร์เวิร์ด and รีเวิร์ส primers may be selected by aligning the โพลีนิวคลีโอไทด์ sequences of the Si gene of known IBV สายพันธุ์ and comparing the conversed regions of the Si gene. In one aspect of the embodiment, the ฟอร์เวิร์ด primer has a โพลีนิวคลีโอไทด์ sequence as set forth in SEQ ID NO:29 and the รีเวิร์ส primer has a โพลีนิวคลีโอไทด์ sequence as set forth in SEQ ID NO:30.S1 gene is known as the spiked (S) glycoprotein. The Si subunit carries serotype-specific sequences and antigenic เอพิโทป inducing virus neutralizing antibody. The different serotypes, subtypes or รูปแปรผัน of IBV, were thought to be generated by นิวคลีโอไทด์ point mutations,
insertions, deletions, or recombination of S1 genes, which were responsible for the outbreaks of IB in vaccinated chicken flocks (Zhou et al. J. Vet Med. B51, 147-152, 2004). นิวคลีโอไทด์
sequencing of the S1 glycoprotein is commonly used to determine serotype differences among IBV สายพันธุ์ (Kwon et al. Avian Dis. 1993).
The HRM curve analysis may be performed according to manufacturer's instructions.
For example, several manufacturers provide instruments for the use of high-resolution DNA melt analysis such as Applied Biosystems (ABI), Bio-Rad, Cepheid, Corbett, Eppendorf, Idaho
Technology, Roche and Stratagene. In addition, there are also several saturating dyes available in the market for carrying out the assay such as LCGreen® (Idaho Technology Inc.), Syto9®
(Invitrogen, Carlsbad, CA), EvaGreen® (Bioturn) and LightCycler® 480 ResoLight Dye (Roche, Indianapolis, IN) (Vossen RHAM et al. Human Mutation 30 (6), 2009).
The เรียลไทม์ PCR may be carried out using the following parameters: a) initial
denaturation at 95°C for 3 seconds, b) denaturation at 95°C for 1 minute, c) annealing at 55°C for
1 minute, d) extension at 72°C for 1 minute, and e) repeating steps b)-d) for 45 times, followed by melting curve analysis (95°C for 1 second, 65°C for 15 seconds and 95°C continuously) and cooling at 45°C for 30 seconds.
The วิธี of the การประดิษฐ์นี้ may be used to characterize and distinguish known IBV สายพันธุ์ The known IBV สายพันธุ์ include, but are not limited to, 793/B สายพันธุ์, Massachusetts สายพันธุ์, 07{-like สายพันธุ์, IBNC90 สายพันธุ์, D274 สายพันธุ์, Iowa สายพันธุ์, Arkansas สายพันธุ์, Holland 52
สายพันธุ์, Connecticut 46 สายพันธุ์, Beaudette US สายพันธุ์, California สายพันธุ์, Jilin สายพันธุ์, Holte สายพันธุ์, HK
สายพันธุ์, D41 สายพันธุ์, DE072 สายพันธุ์, Spain/92/35 สายพันธุ์, Egypt/F/03 สายพันธุ์ and other สายพันธุ์ that are found worldwide.
The การประดิษฐ์ also provides for the identification of a novel สายพันธุ์ of IBV โดยที่ the
IBV sequence does not align to any of the one or more IBV sequences with close homology. The วิธี ประกอบรวมด้วย the steps of: a) generating an IBV cDNA from the IBV สายพันธุ์ isolated from an animal; b) exposing the cDNA to a primer pair ซึ่งประกอบรวมด้วย a ฟอร์เวิร์ด primer and a รีเวิร์ส primer in a real-time โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) to yield an แอมพลิคอน, โดยที่ the primer pair is specific to the Si gene of IBV genome; c) performing วีวี (HRM) curve
analysis on a double-stranded product ซึ่งประกอบรวมด้วย the แอมพลิคอน immediately after the เร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตัวอย่างเช่นกรดอะมิโนทั่วไปจะแบ่งเป็นสี่ครอบครัว (1) เป็นกรด - aspartate และ
กลูตาเมต; (2) พื้นฐาน - ไลซีน, อาร์จินี, ฮิสทิดี; (3) ไม่มีขั้ว - อะลานีน, valine, leucine, isoleucine, โพรลีน, phenylalanine, methionine, โพรไบโอ; และ (4) ไม่มีประจุขั้วโลก - glycine, asparagine,
glutamine, cysteine, ซีรีน, ธ รีโอนี, ซายน์ phenylalanine, โพรไบโอและซายน์จะ
จัดบางครั้งก็เป็นกรดอะมิโนที่มีกลิ่นหอม ตัวอย่างของรูปแบบอนุรักษ์นิยมรวมถึงการทดแทนของหนึ่งในสารตกค้างไม่ชอบน้ำเช่นไอโซลิวซีน, valine leucine หรือ methionine สำหรับ
สารตกค้างไม่ชอบน้ำอื่นหรือทดแทนสารตกค้างขั้วหนึ่งสำหรับที่เหลืออีกขั้วเช่นแทนที่ของอาร์จินีสำหรับไลซีน, กรดกลูตามิกสำหรับ aspartic กรดหรือ glutamine สำหรับ asparagine และชอบ; หรือเปลี่ยนอนุรักษ์นิยมที่คล้ายกันของกรดอะมิโนที่มี
กรดอะมิโนที่เกี่ยวข้องกับการก่อสร้างที่จะไม่ได้มีผลสำคัญในกิจกรรมทางชีวภาพ.
โปรตีนที่มีนัยสำคัญลำดับกรดอะมิโนเช่นเดียวกับโมเลกุลอ้างอิง แต่
มีกรดอะมิโนแทนผู้เยาว์ที่ไม่ได้ส่งผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญ ภูมิคุ้มกันของโปรตีนจึงภายในความหมายของการอ้างอิงโพลีเปปไทด์ ทั้งหมดของ
โพลีเปปไทด์ที่ผลิตโดยการปรับเปลี่ยนเหล่านี้จะรวมไว้ในที่นี้ คำว่า "อนุรักษ์นิยม
รูปแบบ "นอกจากนี้ยังรวมถึงการใช้กรดอะมิโนแทนในสถานที่ของผู้ปกครองมอนกรดอะมิโนมีเงื่อนไขว่าแอนติบอดียกแทนโพลีเปปไทด์ยัง immunoreact กับมอนโพลีเปปไทด์.
" การตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน "ให้กับองค์ประกอบหรือวัคซีนคือการพัฒนาในพื้นที่ของโทรศัพท์มือถือและ / หรือแอนติบอดีพึ่งตอบสนองของภูมิคุ้มกันองค์ประกอบหรือวัคซีนที่น่าสนใจ โดยปกติแล้ว "การตอบสนองภูมิคุ้มกัน" รวมถึง แต่ไม่ จำกัด เพียงหนึ่งหรือมากกว่าของผลกระทบต่อไปนี้: การผลิตแอนติบอดีเซลล์ B, ผู้ช่วยทีเซลล์และ / หรือ cytotoxic T เซลล์กำกับเฉพาะเพื่อแอนติเจนหรือแอนติเจนที่รวมอยู่ใน องค์ประกอบหรือวัคซีนที่น่าสนใจ.
โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นเจ้าภาพจะแสดงทั้งการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันในการรักษาหรือป้องกันดังกล่าวว่าความต้านทานต่อการติดเชื้อใหม่จะเพิ่มขึ้นและ / หรือความรุนแรงทางคลินิกของโรค
ลดลง การป้องกันดังกล่าวจะแสดงให้เห็นโดยการลดลงหรือขาดอาการ
แสดงตามปกติโดยโฮสต์ที่ติดเชื้อเวลาการกู้คืนได้เร็วขึ้นและ / หรือ titer ไวรัสลดลงในโฮสต์ที่ติดเชื้อ.
จำนวนรูปไวรัสที่เป็นไปได้สำหรับแปรผันกับจีโนมไม่มีนิว คลีโอไทด์ในระยะเวลาที่เป็นไปได้มี 4N รูปแปรผันเพราะมีที่แตกต่างกัน 4 นิวคลีโอไทด์ของ ตัวอย่างเช่นมี 1,018 องศาที่แตกต่างกันสำหรับรูปแปรผันจีโนมที่มีเพียง 300 นิวคลีโอไทด์ในระยะเวลา (มาร์ตินเอโนวักและโรเบิร์ต
McCredie พฤษภาคม Dynamics ไวรัสมหาวิทยาลัย Oxford กด) ลำดับจีโนมของอาร์เอ็นเอไวรัสกลุ่มประชากรทั่วฉันทามติหรือลำดับค่าเฉลี่ย แต่จีโนมของแต่ละที่แตกต่างกัน จีโนมที่หายากโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับการกลายพันธุ์อาจอยู่รอดเหตุการณ์การเลือกและการกลายพันธุ์แล้วจะพบได้ในจีโนมของลูกหลานทั้งหมด เสมือนสปีชีส์ทฤษฎีคาดการณ์ว่าไวรัสไม่ได้เป็นเพียงคอลเลกชันของการกลายพันธุ์แบบสุ่ม แต่กลุ่มการโต้ตอบของรูปแปรผัน (วินเซนต์ Racaniello 2009). รูปแปรผันรวม allelic รูปแปรผัน คำว่า "allelic รูปแปรผัน" หมายถึงโพลีนิวคลีโอไทด์หรือโพลีเปปไทด์ที่มีความหลากหลายที่นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงในลำดับกรดอะมิโนโปรตีนและที่มีอยู่ภายในประชากรธรรมชาติ (เช่น ไวรัสสปีชีส์หรือหลากหลาย) รูปแบบดังกล่าว allelic ธรรมชาติมักจะสามารถส่งผลให้เกิดความแปรปรวน 1- 5% โพลีนิวคลีโอไทด์หรือโพลีเปปไทด์. allelic รูปแปรผันสามารถระบุได้โดยลำดับลำดับกรดนิวคลีอิกที่น่าสนใจในจำนวนของ ที่แตกต่างกันสปีชีส์ที่สามารถดำเนินการได้อย่างง่ายดายโดยใช้ยานสำรวจพันธุ์ที่จะระบุสถานที่ทางพันธุกรรมของยีนเดียวกันในบรรดาสปีชีส์ ใด ๆ และรูปแบบของกรดนิวคลีอิกดังกล่าวและส่งผลให้กรดอะมิโนหลากหลายหรือรูปแบบที่เป็นผลมาจากการเปลี่ยนแปลง allelic ธรรมชาติและที่ไม่เปลี่ยนแปลงกิจกรรมการทำงานของยีนที่น่าสนใจมีความตั้งใจที่จะอยู่ในขอบเขตของการประดิษฐ์. คำว่า " ตัวตน "ด้วยความเคารพลำดับสามารถดูตัวอย่างเช่นจำนวนของตำแหน่งที่มีเหมือนกันนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนหารด้วยจำนวนนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนในสั้นของทั้งสอง ลำดับโดยที่การจัดตำแหน่งของสองลำดับสามารถกำหนดให้สอดคล้องกับวิลเบอร์และขั้นตอนวิธีการลิปแมน (วิลเบอร์และลิปแมน) ความเหมือนกันของลำดับหรือลำดับความคล้ายคลึงกันของสองลำดับกรดอะมิโนหรือความเหมือนกันของลำดับระหว่างสองนิวคลีโอไทด์ลำดับสามารถกำหนดได้โดยใช้แพคเกจซอฟต์แวร์ NTI เวกเตอร์(Invitrogen, 1600 เดย์ Ave. , Carlsbad, CA ) เมื่อลำดับ RNA จะกล่าวว่าเป็นที่คล้ายกันหรือมีระดับของความเหมือนกันของลำดับหรือคล้ายคลึงกันกับลำดับดีเอ็นเอ thymidine (T) ในลำดับดีเอ็นเอถือว่าเป็นเท่ากับ uracil (U) ในลำดับอาร์เอ็นเอ ดังนั้นลำดับ RNA อยู่ภายในขอบเขตของการประดิษฐ์และจะได้รับจากดีเอ็นเอโดย thymidine (T) ในลำดับดีเอ็นเอได้รับการพิจารณาเท่ากับ uracil (U) ในลำดับ RNA. IBV หนึ่งศูนย์รวมของการประดิษฐ์ให้ กระบวนการหรือวิธีการพัฒนาการของสายพันธุ์] B / ซึ่งประกอบรวมด้วยขั้นตอนของก) การสร้าง cDNA หลอดลมอักเสบติดต่อจากหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ที่แยกได้จากสัตว์; ข) การเปิดเผยยีนที่จะคู่ไพรเมอร์ซึ่งประกอบรวมด้วยฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์และรีเวิร์สไพรเมอร์ในเรียลไทม์โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) เพื่อให้แอมพลิคอน, โดยที่คู่ไพรเมอร์เป็นเฉพาะกับยีน S1 ของจีโนมหลอดลมอักเสบติดต่อ; ค) การดำเนินการวิวิโค้งวีวี (HRM) เกี่ยวกับผลิตภัณฑ์เกลียวคู่ซึ่งประกอบรวมด้วยแอมพลิคอนทันทีหลังจากที่เรียลไทม์พีซีอาร์; และง) การวิเคราะห์และเปรียบเทียบการบริหารทรัพยากรมนุษย์จึงโค้งพัฒนาการหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์. ฟอร์เวิร์ดและรีเวิร์สไพรเมอร์อาจจะถูกเลือกโดยจัดโพลีนิวคลีโอไทด์ลำดับของยีนศรีที่รู้จักกันหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์และเปรียบเทียบ ภูมิภาคพูดคุยของยีนศรี ในแง่มุมหนึ่งของศูนย์รวมที่มีฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์โพลีนิวคลีโอไทด์ลำดับที่กำหนดไว้ใน SEQ ID NO: 29 และไพรเมอร์รีเวิร์สมีโพลีนิวคลีโอไทด์ลำดับเป็นชุด ไว้ใน SEQ ID NO. 30 ยีน S1 เป็นที่รู้จักกันถูกแทง (S) ไกลโคโปรตีน subunit ศรีดำเนินลำดับ serotype ที่เฉพาะเจาะจงและแอนติเจนเอพิโทปการกระตุ้นให้เกิดไวรัส neutralizing แอนติบอดี สายพันธุ์ที่แตกต่างกันชนิดย่อยหรือรูปแปรผันของหลอดลมอักเสบติดต่อ, มีความคิดที่ถูกสร้างขึ้นโดยนิวคลีโอไทด์กลายพันธุ์จุดแทรกลบหรือรวมตัวกันอีกของยีน S1 ซึ่งเป็นผู้รับผิดชอบในการแพร่ระบาดของ IB ในฝูงไก่ฉีดวัคซีน (โจว et al. เจ Vet Med. B51, 147-152, 2004) นิวคลีโอไทด์ลำดับของไกลโคโปรตีน S1 เป็นที่นิยมใช้ในการกำหนดความแตกต่าง serotype หมู่หลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ (เทควันโด et al. นก Dis. 1993). การวิเคราะห์เส้นโค้งการบริหารทรัพยากรมนุษย์อาจจะดำเนินการตามคำแนะนำของผู้ผลิต. ยกตัวอย่างเช่นผู้ผลิตหลาย ให้เครื่องมือสำหรับการใช้งานของดีเอ็นเอมีความละเอียดสูงละลายวิเคราะห์เช่น Applied Biosystems (ABI) Bio-Rad, Cepheid, Corbett, Eppendorf ไอดาโฮเทคโนโลยี Roche และ Stratagene นอกจากนี้ยังมีหลายสี saturating มีอยู่ในตลาดสำหรับการดำเนินการทดสอบเช่นLCGreen® (ไอดาโฮเทคโนโลยีอิงค์) Syto9® (Invitrogen, Carlsbad, CA) EvaGreen® (Bioturn) และLightCycler® 480 ResoLight ย้อม (Roche, อินเดียแนโพลิ) (. Vossen Rham et al, มนุษย์กลายพันธุ์ 30 (6) 2009). เรียลไทม์พีซีอาร์อาจจะดำเนินการโดยใช้พารามิเตอร์ต่อไปนี้:) เริ่มต้นdenaturation ที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 วินาที ข) denaturation ที่ 95 ° C เป็นเวลา 1 นาทีค) การอบที่ 55 องศาเซลเซียสเป็นเวลา1 นาทีง) ส่วนขยายที่ 72 ° C เป็นเวลา 1 นาทีและ e) ทำซ้ำขั้นตอนข) -d) 45 ครั้งตามด้วยการละลาย วิเคราะห์เส้นโค้ง (95 ° C เป็นเวลา 1 วินาที 65 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 15 วินาทีและ 95 ° C อย่างต่อเนื่อง) และการระบายความร้อนที่ 45 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที. วิธีของการประดิษฐ์นี้อาจจะใช้ในลักษณะและความแตกต่างที่รู้จักกันหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ ที่รู้จักกันหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์รวมถึง แต่ไม่ จำกัด เพียง 793 / B สายพันธุ์, แมสซาชูเซตสายพันธุ์ที่ 07 {เหมือนสายพันธุ์, IBNC90 สายพันธุ์, D274 สายพันธุ์ไอโอวาสายพันธุ์อาร์คันซอสายพันธุ์ฮอลแลนด์ 52 สายพันธุ์ ต 46 สายพันธุ์, Beaudette สหรัฐสายพันธุ์แคลิฟอร์เนียสายพันธุ์จี๋หลินสายพันธุ์, Holte สายพันธุ์, ฮ่องกงสายพันธุ์, D41 สายพันธุ์, DE072 สายพันธุ์, สเปน / 92/35 สายพันธุ์, อียิปต์ / F / 03 สายพันธุ์ และสายพันธุ์อื่น ๆ ที่พบทั่วโลก. การประดิษฐ์นอกจากนี้ยังมีการจำแนกสายพันธุ์นวนิยายของหลอดลมอักเสบติดต่อโดยที่ลำดับ IBV ไม่สอดคล้องใด ๆ ของหนึ่งหรือมากกว่าลำดับหลอดลมอักเสบติดต่อกับที่คล้ายคลึงกันอย่างใกล้ชิด วิธีประกอบรวมด้วยขั้นตอนของก) การสร้าง cDNA หลอดลมอักเสบติดต่อจากหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ที่แยกได้จากสัตว์; ข) การเปิดเผยยีนที่จะคู่ไพรเมอร์ซึ่งประกอบรวมด้วยฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์และรีเวิร์สไพรเมอร์ในเรียลไทม์โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) เพื่อให้แอมพลิคอน, โดยที่คู่ไพรเมอร์เป็นเฉพาะกับยีนศรีของจีโนมหลอดลมอักเสบติดต่อ; ค) การแสดงวีวี (HRM) เส้นโค้งการวิเคราะห์เกี่ยวกับผลิตภัณฑ์เกลียวคู่ซึ่งประกอบรวมด้วยแอมพลิคอนทันทีหลังจากที่เร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตัวอย่างเช่นกรดอะมิโนโดยทั่วไปจะแบ่งออกเป็นสี่ครอบครัว ( 1 ) เปรี้ยว -- aspartate และ
ผงชูรส ; ( 2 ) พื้นฐาน -- ไลซีน , อาร์จินินีน ( 3 ) ไม่มีขั้ว -- อะลานีนวาลีนลูซีน , isoleucine , โพรลีน , phenylalanine , เมทไธโอนีน , ทริปโตฟาน และ ( 4 ) ไม่มีประจุไฟฟ้าขั้ว -- Glycine แอสพาราจีน
, Glutamine , cysteine ซึ่งเป็นตัวถ่ายทอดวิชาซีน . ฟีนิลอะลานีน ทริปโตเฟนและไทโรซีนเป็น
บางครั้งจัดเป็นอะโรมาติกกรดอะมิโน ตัวอย่างของการเปลี่ยนแปลงอนุลักษณ์รวมถึงการหนึ่ง ) กากเช่น isoleucine , วาลีนลูซีน , เมทไธโอนีนสำหรับ
อื่น ) หรือกาก หรือการทดแทนกากอีกขั้วหนึ่งขั้ว ตกค้าง เช่น การใช้อาร์สำหรับไลซีน , กรดกลูตามิค สำหรับกรด หรือเป็นกรด สำหรับแอสพาราจีนและเหมือน หรือคล้ายกัน อนุลักษณ์การแทนที่ของกรดอะมิโนที่เกี่ยวข้องกับ
โครงสร้างกรดอะมิโนที่จะไม่มีผลสำคัญต่อฤทธิ์ทางชีวภาพ
โปรตีนมีมากเหมือนกัน ลำดับกรดอะมิโนโมเลกุลเป็นอ้างอิงแต่
ครอบครองผู้เยาว์กรดอะมิโนเปลี่ยนที่ไม่ได้อย่างมากส่งผลกระทบต่อสามารถของโปรตีน ดังนั้นภายในคำนิยามของการอ้างอิงโพลีเปปไทด์ . ทั้งหมดของ
โพลีเปปไทด์ผลิตโดยการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้จะรวมอยู่ในที่นี้ คำว่า " อนุลักษณ์
" นอกจากนี้ยังรวมถึงการใช้ของทดแทน กรดอะมิโนในสถานที่ของคูมารินที่ไม่มีหมู่แทนที่ผู้ปกครองกรดอะมิโนให้แอนติบอดีขึ้นเพื่อทดแทนโพลีเปปไทด์ยัง immunoreact ด้วย
โพลีเปปไทด์คูมารินที่ไม่มีหมู่แทนที่ ." การตอบสนอง " เป็นองค์ประกอบหรือวัคซีนคือการพัฒนาในพื้นที่ของโทรศัพท์มือถือและ / หรือแอนติบอดี ( ภูมิคุ้มกันต่อองค์ประกอบ หรือวัคซีนที่น่าสนใจ มักจะเป็น " การตอบสนอง " การรวมถึง แต่ไม่ จำกัด การหนึ่งหรือมากกว่าของผลดังต่อไปนี้ การผลิตแอนติบอดี B เซลล์ เซลล์ทีเฮลเปอร์และ / หรือความเป็นพิษต่อเซลล์ T ,กำกับการแสดงโดยเฉพาะแอนติเจนหรือโปรตีนรวมอยู่ในองค์ประกอบ หรือวัคซีนที่น่าสนใจ
กุญแจ , โฮสต์จะแสดงทั้งการรักษาหรือป้องกันการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน เช่น ความต้านทานต่อเชื้อใหม่จะถูกเพิ่มและ / หรือความรุนแรงทางคลินิกของโรค
ลดลง การป้องกันดังกล่าวจะแสดง โดยให้ลดลงหรือขาดอาการ
ปกติแสดงโดยเจ้าภาพติดเชื้อเร็วเวลาการกู้คืนและ / หรือลดระดับไวรัสในพื้นที่ที่ติดเชื้อ
ตัวเลขของรูปแปรผันไวรัสที่เป็นไปได้สำหรับจีโนมด้วยนิวคลีโอไทด์ S ความยาวเป็น 4N เป็นไปได้รูปแปรผันเพราะมี 4 นิวคลีโอไทด์ . ตัวอย่างเช่นมีองศาที่แตกต่างกันเลยรูปแปรผันสำหรับจีโนมที่เป็นเพียง 300 นิวคลีโอไทด์ในความยาว ( มาร์ติน เอ โนวัค และโรเบิร์ต
mccredie อาจเปลี่ยนแปลง , สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดไวรัส ) ลำดับจีโนมของไวรัส RNA


ประชากรกลุ่มรอบ ฉันทามติ หรือเฉลี่ยลำดับ แต่แต่ละโครโมโซมต่างกัน เป็นพันธุกรรมที่หายากที่มีการกลายพันธุ์เฉพาะอาจอยู่รอดเหตุการณ์ที่เลือกและการกลายพันธุ์แล้วจะพบในจีโนมลูกหลานทั้งหมด ทฤษฎีกึ่งสปีชีส์คาดการณ์ว่าไวรัสจะไม่เพียงแค่ชุดของการกลายพันธุ์แบบสุ่ม แต่เป็นแบบกลุ่มรูปแปรผัน . ( วินเซนต์ ราซาเนียลโล 2009 )
รูปแปรผันรวมถึงยาฆ่าแมลงรูปแปรผัน .คำว่า " ยาฆ่าแมลงรูปแปรผัน " หมายถึง การโพลีนิวคลีโอไทด์หรือโพลีเปปไทด์ที่มีความหลากหลายที่นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงในลำดับกรดอะมิโนของโปรตีนและกรด
อยู่ภายในประชากรธรรมชาติ ( เช่นไวรัสสปีชีส์หรือความหลากหลาย )เช่นการเปลี่ยนแปลง allelic ธรรมชาติโดยทั่วไปจะสามารถส่งผลในความ 1 - 5 % ในโพลีนิวคลีโอไทด์หรือโพลีเปปไทด์ .
allelic รูปแปรผันสามารถระบุลำดับการลำดับดีเอ็นเอของความสนใจในสปีชีส์จำนวนที่แตกต่างกัน ,ซึ่งสามารถพร้อมดำเนินการโดยใช้ hybridization probes เพื่อระบุยีนพันธุกรรมเดียวกันสถานที่ในสปีชีส์ . ใด ๆและทั้งหมดเช่นกรดนิวคลีอิกและการเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนล
ที่เกิดหรือรูปแบบต่าง ๆที่เป็นผลมาจากการเปลี่ยนแปลง allelic ธรรมชาติและที่ไม่ได้ปรับเปลี่ยนกิจกรรมการทำงานของยีนที่สนใจมีวัตถุประสงค์เพื่อให้อยู่ภายในขอบเขตของการประดิษฐ์ .
คำว่า " เอกลักษณ์ " ด้วยความเคารพลำดับสามารถอ้างถึง ตัวอย่างเช่น จำนวนของตำแหน่งที่เหมือนกันนิวคลีโอไทด์ S หรือกรดอะมิโนแบ่งตามหมายเลขของนิวคลีโอไทด์
S หรือกรดอะมิโนในสั้น สองลำดับโดยที่การเรียงตัวของลำดับสองจะถูกกําหนดให้สอดคล้องกับวิลเบอร์และขั้นตอนวิธี ลิปแมน ( วิลเบอร์และ Lipman )
ความเหมือนกันของลำดับหรือความเหมือนของลำดับสองลำดับกรดอะมิโนหรือความเหมือนกันของลำดับระหว่างสองนิวคลีโอไทด์ลำดับสามารถหาได้โดยใช้ Vector NTI แพคเกจซอฟต์แวร์
( Invitrogen , 1600 ฟาราเดย์ . Carlsbad , CA ) เมื่อลำดับ RNA จะกล่าวจะคล้ายคลึงกัน หรือมีความความเหมือนกันของลำดับหรือ homology กับดีเอ็นเอลำดับไทมิดีน ( T ) ในลำดับ DNA ถือว่าเท่ากับยูราซิล ( U ) ใน RNA ตามลำดับ ดังนั้น ลำดับ RNA เป็น
ภายในขอบเขตของการประดิษฐ์ และได้มาจากลำดับดีเอ็นเอโดยไทมิดีน ( T ) ในดีเอ็นเอลำดับการพิจารณาเท่ากับยูราซิล ( u ) .



IBV ลำดับหนึ่งศูนย์รวมของการประดิษฐ์มีกระบวนการหรือวิธีของลักษณะเป็นสายพันธุ์ ] B / ซึ่งประกอบรวมด้วยขั้นตอน : ) สร้าง IBV cDNA จาก IBV สายพันธุ์แยกจากสัตว์