3. Results3.1. Nucleotide sequences

3. Results
3.1. Nucleotide sequences
50 and 30 RACE produced nine cDNA clones that encoded
apparent laccase sequences (Table S3). These nine sequences have
been deposited in Genbank with accession numbers GQ421909
through GQ421917. Seven of the nine clones encoded highly similar,
full-length ORFs with only 22 variable nucleotide positions
(Fig. S1). All putative start codons were present at the first ATG
following the 50 RACE PCR primer sequence (Fig. S2, primer
sequence not shown). Additionally, the 50 end of the full-length
ORFs are translatable into identical signal peptides, which further
verifies that the complete 50 end of cDNA was captured by RACE
PCR. Based on sequence alignments, three highly similar ORFs
aligned well into one contig (Lac6, Lac7, and Lac19) and the
remaining four into another (Lac12, Lac14, Lac15, and Lac17). These
two contigs are referred to as contig 1 and contig 2, respectively, and
they are considered to represent two potential laccase isoforms.
Comparison of apparent 50 untranslated sequences of the seven
full-length clones agrees 100% with the ORF contig assemblies
(Fig. S2). Overall, the two contigs are 99.4% identical (Fig. S3).
Besides the seven full-length clones noted above, two truncated
clones (Lac13 and Lac20) were also obtained. Lac13 has a deletion of
362 nucleotides at its 50 end and its ORF begins 379 nucleotides
downstream of the consensus ATG start codon (not shown).
Another clone, Lac20, has a 2-nucleotide deletion at consensus
positions 339e340 that results in a frame shift (not shown).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1. นิวคลีโอไทด์ลำดับ50 และ 30 แข่งขันผลิต cDNA clones เก้าที่เข้ารหัสlaccase ชัดเจนลำดับ (ตาราง S3) ลำดับที่เก้าเหล่านี้มีรับฝากไว้ใน Genbank กับหมายเลขทะเบียน GQ421909ผ่าน GQ421917 เจ็ดของเก้าโคลนเข้ารหัสสูงคล้ายORFs แบบเต็มตัวกับตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ตัวแปรเฉพาะ 22(มะเดื่อ S1) ทั้งหมดเริ่ม putative codons ได้ ATG แรกหลังจากสีรองพื้นแข่งขัน PCR 50 ลำดับ (มะเดื่อ S2 รองพื้นลำดับไม่แสดง) นอกจากนี้ 50 สิ้นสุดความยาวเต็มORFs จะสามารถแปลเป็นเหมือนสัญญาณเปปไทด์ ซึ่งเพิ่มเติมตรวจสอบว่า สิ้นสุดสมบูรณ์ 50 cDNA ถูกจับภาพ โดยการแข่งขันPCR อิงจากจัดลำดับแนว ORFs สูงคล้ายสามสอดคล้องกันเป็นหนึ่ง contig (Lac6, Lac7 และ Lac19) และสี่เหลือเป็นอื่น (Lac12, Lac14, Lac15 และ Lac17) เหล่านี้contigs สองจะเรียกว่า contig 1 และ contig 2 ลำดับ และพวกเขาจะพิจารณาถึงสองศักยภาพ laccase isoformsเปรียบเทียบชัดเจน 50 ยังไม่ได้แปลลำดับของเจ็ด100% กับแอสเซมบลี contig ORF ตกลงโคลนแบบเต็มตัว(มะเดื่อ S2) โดยรวม contigs สองมี 99.4% เหมือนกัน (มะเดื่อ S3)นอกจากนี้ ความยาวเต็มเจ็ดโคลนไว้ข้างต้น สองตัดทอนนอกจากนี้ยังได้รับโคลน (Lac13 และ Lac20) Lac13 มีการลบของเริ่ม 362 นิวคลีโอไทด์ที่จุดสิ้นสุด 50 และ ORF ของนิวคลีโอไทด์ที่ 379ปลายน้ำฉันทามติ ATG เริ่มรหัสพันธุกรรม (ไม่แสดง)อีกโคลน Lac20 มีการลบ 2-นิวคลีโอไทด์ที่มติ339e340 ตำแหน่งที่มีผลการเปลี่ยนกรอบ (ไม่แสดง)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลอง
3.1 nucleotide ลำดับ
50 และ 30 RACE เก้าโคลนยีนที่เข้ารหัส
ลำดับแลคเคสที่เห็นได้ชัด (ตารางที่ S3) เหล่านี้เก้าลำดับได้
รับการฝากใน Genbank กับหมายเลขภาคยานุวัติ GQ421909
ผ่าน GQ421917 เจ็ดเก้าโคลนเข้ารหัสที่คล้ายกันสูง
ORFs ยาวเต็มรูปแบบที่มีเพียง 22 ตำแหน่งเบสตัวแปร
(รูป. S1) ทั้งหมด codons เริ่มต้นสมมุติถูกนำเสนอในตอนแรก ATG
ดังต่อไปนี้ 50 RACE PCR ลำดับไพรเมอร์ (รูป. S2, ไพรเมอร์
ลำดับไม่แสดง) นอกจากนี้ปลาย 50 ของความยาวเต็ม
ORFs เป็นเปปไทด์ที่แปลออกเป็นสัญญาณที่เหมือนกันซึ่งต่อไปจะ
ตรวจสอบว่าสมบูรณ์ปลาย 50 ของ cDNA ถูกจับโดย RACE
PCR ขึ้นอยู่กับการจัดแนวลำดับสาม ORFs ที่คล้ายกันสูง
สอดคล้องกันเป็นหนึ่ง contig (Lac6, Lac7 และ Lac19) และ
ที่เหลืออีกสี่เข้าไปอีก (Lac12, Lac14, Lac15 และ Lac17) เหล่านี้
สอง contigs จะเรียกว่า contig ที่ 1 และ 2 contig ตามลำดับและ
พวกเขาได้รับการพิจารณาให้เป็นตัวแทนของสองไอโซฟอร์มแลคเคสที่มีศักยภาพ.
การเปรียบเทียบที่ชัดเจน 50 ลำดับที่ไม่ได้แปลในเจ็ด
โคลนยาวเต็มรูปแบบ 100% เห็นด้วยกับ ORF ประกอบ contig
(รูปที่ S2) โดยรวมทั้งสอง contigs เป็น 99.4% เหมือนกัน (รูป. S3).
นอกจากเจ็ดโคลนยาวเต็มรูปแบบที่กล่าวข้างต้นทั้งสองที่ถูกตัดทอน
โคลน (Lac13 และ Lac20) ก็ยังได้ Lac13 มีการลบของ
362 นิวคลีโอในตอนท้าย 50 และ ORF มันเริ่มต้นที่ 379 นิวคลีโอ
ปลายน้ำของฉันทามติ ATG รหัสพันธุกรรมเริ่มต้น (ไม่แสดง).
โคลนอีก Lac20 มีการลบ 2 เบื่อหน่ายที่ฉันทามติ
ตำแหน่ง 339e340 ที่ให้ผลในการเปลี่ยนแปลงกรอบ (ไม่แสดง)