Parsimony analyses of static alignm

Parsimony analyses of static alignments were conducted
using PAUP* (Swofford, 2001) and NONA
(Goloboff, 1993) computer programs, and manipulations
of the data matrices and trees were performed with
MacClade (Maddison and Maddison, 2000) and
WinClada (Nixon, 2002). Unless otherwise stated, all
the static matrices were analyzed using a heuristic search
with 100 random additions, keeping a maximum of 10
trees per iteration and an overall maximum of 1000
trees. Branch support was assessed by means of Bremer
support and bootstrap proportions (Felsenstein, 1985).
In PAUP*, Bremer support was implemented through
the TreeRot program (Sorenson, 1999). Bootstrap proportions
were obtained from 100 replicates of a heuristic
search with 15 iterations of random addition of taxa
holding 20 trees per iteration. Analyses in a parametric
statistical framework were performed using Bayesian
inference as implemented in the computer program
MrBayes (Huelsenbeck and Ronquist, 2001). Bayesian
inference was favored over standard Maximum Likelihood
because it is less demanding computationally and
because the posterior probability of the trees provide a
natural and more intuitive measure of node support
(hereafter referred to as posterior probability value)
(Leache and Reeder, 2002; Lewis and Swofford, 2001). It
should be pointed out that posterior probability values
have recently been criticized as being excessively liberal
when using concatenated gene sequences, and has been
suggested that bootstrap probabilities are more suitable
for assessing the reliability of phylogenetic trees than
posterior probabilities (Suzuki et al., 2002). However,
other studies have reached opposite conclusions, also
based on simulations, that have led their authors to
claim that Bayesian support values represent much
better estimates of phylogenetic accuracy than do nonparametric
bootstrap support values (Wilcox et al.,
2002).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ได้ดำเนินการวิเคราะห์ parsimony คงจัดแนวใช้ PAUP * (Swofford, 2001) และ NONA(Goloboff, 1993) โปรแกรมคอมพิวเตอร์ และการควบคุมข้อมูล ตัวชี้วัดและต้นไม้ดำเนินการด้วยMacClade (Maddison และ Maddison, 2000) และWinClada (นิกสัน 2002) เว้นแต่ที่ระบุไว้ ทั้งหมดเมทริกซ์คงได้วิเคราะห์โดยใช้การค้นหาเชิงฮิวริสทิคการเพิ่มสุ่ม 100 ด้วยการรักษาสูงสุด 10ต้นไม้เกิดซ้ำและการทั้งหมดไม่เกิน 1000ต้นไม้ รับการประเมินสาขาสนับสนุน โดย bremer ที่อยู่สนับสนุน และบูตสัดส่วน (Felsenstein, 1985)ใน PAUP * สนับสนุน bremer ที่อยู่ถูกนำมาใช้ผ่านโปรแกรม TreeRot (Sorenson, 1999) สัดส่วนเริ่มต้นได้รับมาจาก 100 เหมือนของการแก้ปัญหาค้นหาซ้ำสุ่มเพิ่มแท็กซ่า 15จับต้นไม้ 20 ต่อซ้ำ การวิเคราะห์ในแบบพาราเมตริกกรอบงานสถิติดำเนินการโดยใช้ทฤษฎีการอ้างอิงนำมาใช้ในโปรแกรมคอมพิวเตอร์MrBayes (Huelsenbeck และ Ronquist, 2001) ทฤษฎีสรุปเป็นที่ชื่นชอบผ่านมาตรฐานสูงสุดโอกาสเนื่องจากเป็น computationally ต้อง และเนื่องจากมีความน่าเป็นหลังของต้นแบบวัดธรรมชาติ และง่ายขึ้นสนับสนุนโหน(เรียกว่าค่าความน่าเป็นหลังหลังความตาย)(Leache และ Reeder, 2002 ลูอิสและ Swofford, 2001) มันควรชี้ออกมาว่าค่าความน่าเป็นหลังเมื่อเร็ว ๆ นี้มีการวิพากษ์วิจารณ์เป็นเสรีนิยมมากเกินไปเมื่อใช้เชื่อมรวมลำดับยีน และได้รับแนะนำว่า น่าจะเริ่มต้นเหมาะสมสำหรับการประเมินความน่าเชื่อถือของต้นไม้ phylogenetic กว่าน่าจะหลัง (ซูซูกิ et al. 2002) อย่างไรก็ตามการศึกษาอื่น ๆ ถึงตรงข้ามกับบทสรุป ยังตามแบบจำลอง ที่มีผู้เขียนถึงอ้างว่า ทฤษฎีสนับสนุนค่าแสดงมากประเมินความแม่นยำ phylogenetic ดีกว่าทำ nonparametricสนับสนุนค่าบูต (วิลค็อกซ์ et al.,2002)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ความตระหนี่ของการจัดแนวแบบคงที่ได้ดำเนินการ
โดยใช้ PAUP * (Swofford, 2001) และ NONA
(Goloboff, 1993) โปรแกรมคอมพิวเตอร์และกิจวัตร
ของการฝึกอบรมข้อมูลและต้นไม้ถูกดำเนินการกับ
MacClade (Maddison และ Maddison, 2000) และ
WinClada (นิกสัน 2002 ) เว้นแต่จะระบุไว้ทั้งหมด
เมทริกซ์คงถูกนำมาวิเคราะห์โดยใช้การค้นหาแก้ปัญหา
ด้วย 100 เพิ่มเติมสุ่มเก็บได้สูงสุด 10
ต้นต่อการทำซ้ำและสูงสุดโดยรวม 1000
ต้นไม้ สนับสนุนสาขาได้รับการประเมินโดยวิธีการของเบร
การสนับสนุนและบูตสัดส่วน (Felsenstein, 1985).
ใน PAUP * สนับสนุนเบรได้ดำเนินการผ่าน
โปรแกรม TreeRot (โซเรน, 1999) สัดส่วนเงินทุน
ที่ได้รับจาก 100 ซ้ำของการแก้ปัญหา
การค้นหาที่มี 15 ซ้ำนอกจากสุ่มของแท็กซ่า
ถือ 20 ต้นต่อซ้ำ การวิเคราะห์ในพารา
กรอบสถิติได้ดำเนินการโดยใช้คชกรรม
อนุมานเป็นดำเนินการในโปรแกรมคอมพิวเตอร์
MrBayes (Huelsenbeck และ Ronquist, 2001) คชกรรม
อนุมานได้รับการสนับสนุนมากกว่าสูงสุดโอกาสมาตรฐาน
เพราะมันเป็นความต้องการน้อยคอมพิวเตอร์และ
เพราะความน่าจะเป็นหลังของต้นไม้ให้
วัดธรรมชาติและใช้งานง่ายมากขึ้นของการสนับสนุนโหนด
(ต่อไปนี้จะเรียกว่าคุ้มค่าหลังน่าจะเป็น)
(Leache และรีดเดอร์ปี 2002 ลูอิสและ Swofford, 2001) มัน
ควรจะชี้ให้เห็นว่าค่าหลังน่าจะ
เพิ่งได้รับการวิพากษ์วิจารณ์ว่าเป็นเสรีนิยมมากเกินไป
เมื่อใช้ลำดับยีนตัดแบ่งและได้รับการ
แนะนำว่าน่าจะบูตมีความเหมาะสมมาก
สำหรับการประเมินความน่าเชื่อถือของต้นไม้กว่า
ความน่าจะเป็นหลัง (ซูซูกิ et al., 2002 ) อย่างไรก็ตาม
การศึกษาอื่น ๆ ได้มาถึงข้อสรุปที่ตรงข้ามนอกจากนี้ยัง
ขึ้นอยู่กับการจำลองที่ได้นำเขียนของพวกเขาที่จะ
อ้างว่าค่าการสนับสนุนคชกรรมแทนมาก
ประมาณการที่ดีขึ้นของความถูกต้อง phylogenetic กว่าทำไม่อิงพารามิเตอร์
ค่าสนับสนุนการบูต (วิลคอกซ์ et al.,
2002)