the JSmol4 plugin, which is a new J

the JSmol4 plugin, which is a new JavaScript version of the popular Jmol5 visualization program that, unlike Jmol, works on a broad range of devices without the use of Java, such as the iPhone and iPad. Different starting structures are provided, as well as the possibility to search for other structures using common names or SMILES.6 The Chemical Identifier Resolver is used for searching and naming of structures.7 The editor interface is based on a point-and-click approach with a clear intuitive workflow, as seen in Figure 1. JSmol is used for all molecule modifications as well as structure minimization using the MMFF force field.8

In the Molecule Calculator page, the structure is reoptimized at the PM3 level of theory9 for a maximum of 50 steps, using the GAMESS program.10 After the minimization, the student is presented with the PM3 minimized structure and the different calculation types. The PM3 structure can then be used to compute the heat of formation and other thermodynamic properties, vibrational frequencies and normal modes at the PM3 level of theory, or the molecular orbitals and orbital energies using the RHF/STO-3G level of theory. PM3 reproduces experimental heats of formation with an average error of 7.8 kcal/mol.11 Thus, heats of formation of elements in their standard state can be significantly difference from zero. Vibrational frequencies computed with PM3 have errors of ca. 160 cm−1.12 These cal-culations are also performed with the GAMESS program. OpenBabel13 is used to manage input and coordinate files.

To ensure a fast turnaround, MolCalc allows calculations on (closed shell) molecules with only doubly occupied molecular orbitals and with less than 11 non-hydrogen atoms. Only elements

Published: July 29, 2013


© 2013 American Chemical Society and
1093
dx.doi.org/10.1021/ed400164n | J. Chem. Educ. 2013, 90, 1093−1095

Division of Chemical Education, Inc.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

JSmol4 ปลั๊กอิน ซึ่งเป็นจาวาสคริปต์รุ่นใหม่ของโปรแกรมแสดงภาพประกอบเพลง Jmol5 นิยมที่ ซึ่งแตกต่างจาก Jmol ที่ทำงานบนอุปกรณ์โดยใช้ Java, iPhone และ iPad ที่หลากหลาย โครงสร้างเริ่มต้น Different มี และความสามารถในการค้นหาโครงสร้างอื่น ๆ ที่ใช้ชื่อ หรือใช้สำหรับค้นหา และการตั้งชื่อของอินเทอร์เฟซของโปรแกรมแก้ไขจะใช้วิธีจุด และคลิกับลำดับล้างง่าย 1 รูปใน structures.7 SMILES.6 เดอะเคมีรหัสตัว JSmol จะใช้สำหรับทั้งหมดปรับเปลี่ยนโมเลกุลตลอดจนลดภาระโครงสร้างที่ใช้ field.8 แรง MMFFในโมเลกุลเครื่องคิดเลข โครงสร้างเป็น reoptimized ที่ theory9 สำหรับขั้นตอน 50 ใช้ GAMESS program.10 หลังจากที่การลดระดับ PM3 นักเรียนนำเสนอโครงสร้าง PM3 ย่อและชนิดการคำนวณ different แล้วสามารถใช้โครงสร้าง PM3 เพื่อคำนวณความร้อนที่ก่อตัว และอื่น ๆ คุณสมบัติทางอุณหพลศาสตร์ ความถี่ vibrational และโหมดปกติที่ระดับ PM3 ทฤษฎี หรือโมเลกุล orbitals และพลังงานของวงโคจรที่ใช้ทฤษฎีระดับ RHF/สโต - 3G Heats ทดลองของผู้แต่งกับมีข้อผิดพลาดเฉลี่ย 7.8 kcal/mol.11 ดังนี้คม PM3, heats ก่อตัวขององค์ประกอบในสถานะมาตรฐานได้อย่างมีนัยสำคัญ difference จากศูนย์ ความถี่ในการคำนวณ ด้วย PM3 vibrational มีข้อผิดพลาดของ ca 160 cm−1.12 culations cal เหล่านี้ยังดำเนินการกับโปรแกรม GAMESS OpenBabel13 ถูกใช้เพื่อจัดการแฟ้มป้อนข้อมูล และประสานงานเพื่อให้เป็นรวด MolCalc ได้คำนวณในโมเลกุล (ปิดเชลล์) orbitals โมเลกุลครอบครองสองเหตุการณ์เฉพาะ และอะตอมไฮโดรเจนไม่น้อยกว่า 11 องค์ประกอบเท่านั้นเผยแพร่: 29 กรกฎาคม 2013© 2013 อเมริกันสมาคมเคมี และ1093dx.doi.org/10.1021/ed400164n | J. Chem. Educ. 2013, 90, 1093−1095กองการศึกษาเคมี inc

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปลั๊กอิน JSmol4 ซึ่งเป็นรุ่นที่ใช้งาน JavaScript ใหม่ของโปรแกรมการสร้างภาพ Jmol5 นิยมที่แตกต่างจาก Jmol, ทำงานบนความหลากหลายของอุปกรณ์โดยไม่ต้องใช้ Java เช่น iPhone และ iPad Di ff โครงสร้างเริ่มต้น erent มีให้เช่นเดียวกับความเป็นไปได้ในการค้นหาโครงสร้างอื่น ๆ โดยใช้ชื่อสามัญหรือ SMILES.6 เคมี Identifier Resolver จะใช้สำหรับการค้นหาและการตั้งชื่อของ structures.7 อินเตอร์เฟซการแก้ไขจะขึ้นอยู่กับจุดและคลิกที่วิธีการ ที่มีขั้นตอนการทำงานที่ใช้งานง่ายชัดเจนเท่าที่เห็นในรูปที่ 1 JSmol ถูกนำมาใช้สำหรับการปรับเปลี่ยนโมเลกุลทั้งหมดรวมทั้งลดโครงสร้างโดยใช้แรง MMFF field.8 ในเครื่องคิดเลขหน้าโมเลกุลโครงสร้างเป็น reoptimized ในระดับ PM3 ของ theory9 สูงสุด 50 ขั้นตอนโดยใช้ program.10 GAMESS หลังจากลดนักเรียนจะนำเสนอกับโครงสร้างลด PM3 และดิ ff erent ประเภทการคำนวณ โครงสร้าง PM3 จากนั้นจะสามารถใช้ในการคำนวณความร้อนของการก่อตัวและคุณสมบัติทางอุณหพลศาสตร์อื่น ๆ ความถี่การสั่นและโหมดปกติที่ระดับ PM3 ของทฤษฎีหรือโมเลกุล orbitals และพลังงานโคจรใช้ RHF / ขืน-3G ระดับของทฤษฎี PM3 พันธุ์ร้อนการทดลองของการพัฒนาที่มีข้อผิดพลาดเฉลี่ย 7.8 กิโลแคลอรี / mol.11 ดังนั้นหน่วยการก่อตัวขององค์ประกอบในมาตรฐานของพวกเขาสามารถจะมีความหมายดิ ff การตั้งจากศูนย์ ความถี่การสั่นคำนวณกับ PM3 มีข้อผิดพลาดของรัฐแคลิฟอร์เนีย 160 เซนติเมตร-1.12 เหล่านี้ culations-cal จะดำเนินการยังมีโปรแกรม GAMESS OpenBabel13 ใช้ในการจัดการการป้อนข้อมูลและประสานไฟล์. เพื่อให้แน่ใจว่าการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็ว, MolCalc ช่วยให้การคำนวณ (ปิดเปลือก) โมเลกุลที่มีครอบครองเพียงทวีคูณ orbitals โมเลกุลและมีน้อยกว่า 11 อะตอมไฮโดรเจนไม่ องค์ประกอบเฉพาะเผยแพร่: 29 กรกฎาคม 2013 © 2013 สมาคมเคมีอเมริกันและ1093 dx.doi.org/10.1021/ed400164n | เจ Chem Educ 2013, 90, 1093-1095 กองการศึกษาทางเคมี, Inc

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

jsmol4 ปลั๊กอิน ซึ่งเป็นรุ่น JavaScript ใหม่ที่นิยม jmol5 แสดงโปรแกรมที่ไม่เหมือน jmol ทำงานในช่วงกว้างของอุปกรณ์โดยไม่ต้องใช้ จาวา เช่น iPhone และ iPad ดิ ff erent เริ่มต้นโครงสร้างไว้ รวมทั้งความเป็นไปได้ในการค้นหาโครงสร้างอื่น ๆ การใช้ชื่อสามัญ หรือรอยยิ้ม6 สารเคมีระบุตัวใช้ในการค้นหาและการตั้งชื่อของโครงสร้าง 7 แก้ไขอินเตอร์เฟซบนพื้นฐานของจุดและคลิกที่ใช้เวิร์กโฟลว์ที่ใช้งานง่าย ชัดเจน ดังที่เห็นในรูปที่ 1 jsmol ใช้สำหรับการปรับเปลี่ยนโครงสร้างโมเลกุลทั้งหมดรวมทั้งการใช้ mmff บังคับเขต 8

ในโมเลกุลเครื่องคิดเลขหน้าโครงสร้างเป็น reoptimized ที่ pm3 ระดับ theory9 สำหรับไม่เกิน 50 ก้าว ใช้ program.10 gamess หลังจากการ นักเรียนได้เสนอกับ pm3 ลดโครงสร้าง และ ดิ ffการคำนวณ erent ประเภท โครงสร้าง pm3 แล้วสามารถใช้คำนวณค่าความร้อนของการก่อตัวและคุณสมบัติอื่น ๆความถี่ของการสั่นสะเทือนและโหมดปกติในระดับ pm3 ทฤษฎีออร์บิทัลเชิงโมเลกุล และโคจรพลัง หรือใช้ rhf / sto-3g ระดับของทฤษฎี pm3 reproduces ทดลองร้อนเกิดมีความคลาดเคลื่อนเฉลี่ย 7.8 กิโลแคลอรี่ / mol.11 ดังนั้น ความร้อนของการก่อตัวขององค์ประกอบในสถานะมาตรฐานของพวกเขาสามารถมาก ดิ ff erence จากศูนย์ความถี่ของการสั่นสะเทือนที่คำนวณด้วย pm3 มีข้อผิดพลาดของประมาณ 160 cm − 1.12 culations แคลเหล่านี้ยังดำเนินการกับโปรแกรม gamess . openbabel13 ถูกใช้เพื่อจัดการข้อมูลและประสานไฟล์

เพื่อให้แน่ใจว่าตอบสนองอย่างรวดเร็ว molcalc ช่วยให้การคํานวณ ( เชลล์ปิด ) โมเลกุลที่มีเพียงทวีคูณครอบครองออร์บิทัลเชิงโมเลกุลและน้อยกว่า 11 ไม่มีไฮโดรเจนอะตอม

หัวข้อองค์ประกอบเท่านั้น29 กรกฎาคม 2013


สงวนลิขสิทธิ์ 2013 อเมริกันสมาคมเคมีและ

dx.doi.org/10.1021/ed400164n 939 | เจ. เคมี กระบวนการ . 2013 , 90 , 907 −แล้ว

ส่วนการศึกษา




เคมี , Inc