Total RNA was isolatedfrom the cell

Total RNA was isolated
from the cells by using a RiboPure Bacteria Kit (Ambion, Kaufungen,
Germany). The quality of the RNA was analyzed with an Agilent Technologies
2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Waldbronn, Germany).
Total RNA (1,000 ng) was used for Cy3 labeling with a Message AmpII
Bacteria Kit according to the recommendation of the supplier (Ambion,
Kaufungen, Germany). The in vitro transcription with aminoallyl-labeled
UTP (aaUTP) generated Cy3-coupled antisense RNA (aRNA). The aRNA
quality was assessed by verifying intact 16S and 23S rRNAs with an Agilent
Technologies 2100 Bioanalyzer and by quantifying the A260/A280 and
A260/A230 ratios using the microarray function on the NanoDrop spectrophotometer.
A total of 600 ng of the fluorescently labeled aRNA was
hybridized to a custom microarray for A. borkumensis (8-plex, 15,000
oligonucleotides; Agilent Technologies, Waldbronn, Germany) for 17 h at
68°C and scanned afterwards with an Agilent DNA Microarray Scanner.
The expression values (raw data) were calculated with the software package
Feature Extraction, version 10.5.1.1 (Agilent Technologies, Waldbronn,
Germany), using default values for the extraction protocol
GE1_107_Sep07

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อาร์เอ็นเอทั้งหมดถูกแยก
จากเซลล์โดยการใช้ชุด RiboPure แบคทีเรีย (Ambion, Kaufungen,
เยอรมนี) คุณภาพของอาร์เอ็นเอจะถูกวิเคราะห์ ด้วยเทคโนโลยีการ Agilent
Bioanalyzer 2100 (Agilent เทคโนโลยี Waldbronn เยอรมนี) .
อาร์เอ็นเอรวม (1000 ng) ใช้สำหรับ Cy3 ติดฉลากกับ AmpII ข้อความ
ชุดแบคทีเรียตามคำแนะนำของผู้ผลิต (Ambion,
Kaufungen เยอรมนี) Transcription ในกับป้าย aminoallyl
UTP (aaUTP) สร้างควบคู่ Cy3 antisense อาร์เอ็นเอ (aRNA) ARNA
คุณภาพถูกประเมิน โดยการตรวจสอบเหมือนเดิม 16S และ 23S rRNAs กับ Agilent
Bioanalyzer เทคโนโลยี 2100 และ quantifying A260/A280 และ
อัตรา A260/A230 ใช้ฟังก์ชัน microarray บน NanoDrop เครื่องทดสอบกรดด่าง
จำนวน 600 ng aRNA fluorescently ป้ายถูก
ผสมพันธุ์กับ microarray ที่กำหนดเองสำหรับ A. borkumensis (8-เพลกซ์ 15, 000
oligonucleotides เทคโนโลยี Agilent, Waldbronn เยอรมนี) สำหรับ h 17 ที่
68 ° C และสแกนหลังจากนั้นมีการ Agilent DNA Microarray สแกนเนอร์
มีคำนวณค่าของนิพจน์ (ข้อมูลดิบ) กับแพคเกจซอฟต์แวร์
สกัดคุณลักษณะ รุ่น 10.5.1.1 (Agilent เทคโนโลยี Waldbronn,
เยอรมนี), ใช้ค่าเริ่มต้นสำหรับโพรโทคอลสกัด
GE1_107_Sep07

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อาร์เอ็นเอรวมที่แยกได้
จากเซลล์โดยใช้ชุด RiboPure แบคทีเรีย (Ambion, Kaufungen,
เยอรมนี) คุณภาพของอาร์เอ็นเอที่ได้รับการวิเคราะห์ด้วย Agilent Technologies
2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Waldbronn, เยอรมนี)
รวมอาร์เอ็นเอ (1,000 ng) ถูกนำมาใช้สำหรับการติดฉลาก Cy3 ด้วยข้อความ AmpII
แบคทีเรียชุดตามคำแนะนำของผู้ผลิต (Ambion,
Kaufungen , เยอรมนี) ถอดความในหลอดทดลองที่มีการติดฉลาก aminoallyl
UTP (aaUTP) สร้าง Cy3 คู่ antisense RNA (Árna) Arna
ที่มีคุณภาพได้รับการประเมินโดยการตรวจสอบเหมือนเดิมและ 16S 23S rRNAs ด้วย Agilent
เทคโนโลยี 2100 Bioanalyzer และเชิงปริมาณและ A260/A280
A260/A230 อัตราส่วนการใช้ฟังก์ชั่น microarray บน Spectrophotometer NanoDrop
รวม 600 ng ของป้าย fluorescently Árnaถูก
ไฮบริดที่จะ microarray ที่กำหนดเองสำหรับเอ borkumensis (8 เพล็กซ์, 15,000
oligonucleotides; Agilent Technologies, Waldbronn, เยอรมนี) เป็นเวลา 17 ชั่วโมงที่
68 องศาเซลเซียสและสแกนหลังจากนั้นด้วย Agilent ดีเอ็นเอ Microarray สแกนเนอร์
ค่าการแสดงออก (ข้อมูลดิบ) มีการคำนวณ กับแพคเกจซอฟต์แวร์
การสกัดคุณสมบัติรุ่น 10.5.1.1 (Agilent Technologies, Waldbronn,
เยอรมนี) โดยใช้ค่าเริ่มต้นสำหรับโปรโตคอลการสกัด
GE1_107_Sep07

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อาร์เอ็นเอทั้งหมดแยก
จากเซลล์โดยการใช้ชุด ribopure แบคทีเรีย ( ambion เคาฟุงเงิน
, , เยอรมัน ) คุณภาพของอาร์เอ็นเอวิเคราะห์ด้วย Agilent เทคโนโลยี
2100 bioanalyzer ( Agilent Technologies , waldbronn , เยอรมนี ) .
อาร์เอ็นเอทั้งหมด ( 1000 กรัม ) ใช้ cy3 ฉลากที่มีข้อความ ampii
แบคทีเรียชุดตามคำแนะนำของผู้ผลิต ( ambion
เคาฟุงเงิน , เยอรมนี )ในการถอดความกับ aminoallyl ป้าย
UTP ( aautp ) สร้างขึ้น cy3 คู่ antisense RNA ( arna ) คุณภาพ arna
ถูกประเมินโดยการตรวจสอบเต็มเหมือนเดิมและ 23s rrnas ด้วยเทคโนโลยี Agilent
2100 bioanalyzer และปริมาณและอัตราส่วน a280 a260 /
a260 / a230 โดยใช้ฟังก์ชั่น microarray ใน nanodrop Spectrophotometer .
รวม 600 กรัมของ fluorescently ป้าย arna คือ
ดีเอ็นเอ microarray ให้เอง . borkumensis ( 8-plex 15000
โอลิโกนิวคลีโอไทด์ ; Agilent Technologies , waldbronn , เยอรมนี ) 17 68 ° C และ H ที่
สแกนภายหลังกับเลนต์ ดีเอ็นเอ microarray สแกนเนอร์ .
การแสดงออกค่านิยม ( ข้อมูลดิบ ) คำนวณด้วยโปรแกรมสำเร็จรูป
คุณลักษณะการสกัด , รุ่น 10.5.1.1 ( Agilent เทคโนโลยี waldbronn
, เยอรมนี )ใช้ค่าเริ่มต้นสำหรับขั้นตอนการสกัด ge1_107_sep07