We measured gene expression tissue

We measured gene expression tissue specificity using a dataset of publicly available Sanger sequences for H. annuus developed by the Compositae Genome Project . Briefly, these libraries were constructed using eleven different tissues from two genotypes (callus, roots, disk and ray flowers, pre-fertilized flowers, developing kernel, chemically treated seedlings, environmentally stressed roots, environmentally stressed shoots, germinating seeds, environmentally stressed flowers, and hulls, see for details). These libraries were Sanger sequenced to generate a total of 44,000 barcoded reads. We demultiplexed and compared all reads (blastx, e-value < 1e-10) against our reference transcriptome of 16,312 genes. We defined expression specificity (range 0–11) as the total number of libraries (11) minus the number of libraries where a gene scored at least one hit as in .

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราวัดโดยใช้ชุดข้อมูลของลำดับ Sanger เผยสำหรับพัฒนาโครงการจีโนม Compositae annuus H. specificity เนื้อเยื่อของนิพจน์ยีน สั้น ๆ ไลบรารีเหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เนื้อเยื่อแตกต่างกัน 11 จากการศึกษาจีโนไทป์สอง (แคลลัส ราก ดิสก์ และเรย์ ปฏิสนธิก่อนดอกไม้ พัฒนาเคอร์เนล กล้าไม้สารเคมีบำบัด รากเครียดต่อสิ่งแวดล้อม ถ่ายภาพเครียดต่อสิ่งแวดล้อม เมล็ด germinating ดอกไม้เครียดต่อสิ่งแวดล้อม และ hulls ดูรายละเอียด) ไลบรารีเหล่านี้ถูก Sanger เรียงลำดับเพื่อสร้างจำนวนผู้อ่าน barcoded 44000 เรา demultiplexed และเปรียบเทียบจำนวนผู้อ่านทั้งหมด (blastx อีค่า < 1e-10) กับ transcriptome ของเราอ้างอิงของยีน 16,312 เราสามารถกำหนดนิพจน์ specificity (ช่วง 0 – 11) เป็นไลบรารี (11) ลบด้วยจำนวนของไลบรารีที่มียีนคะแนนตีน้อยหนึ่งในจำนวน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราวัดความจำเพาะเนื้อเยื่อการแสดงออกของยีนโดยใช้ชุดข้อมูลของลำดับที่เปิดเผยต่อสาธารณชนแซงเจอร์สำหรับเอช annuus พัฒนาโดยโครงการ Compositae จีโนม สั้น ๆ ห้องสมุดเหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้สิบเอ็ดเนื้อเยื่อที่แตกต่างกันจากสองยีน (แคลลัส, รากดิสก์และดอกไม้ ray, ดอกไม้ก่อนเพาะเมล็ดการพัฒนาต้นกล้าการรักษาทางเคมีรากเน้นสิ่งแวดล้อมหน่อเน้นสิ่งแวดล้อมเมล็ดงอกดอกเน้นสิ่งแวดล้อม และลำตัวให้ดูสำหรับรายละเอียด) ห้องสมุดเหล่านี้เป็นแซงเจอร์ติดใจในการสร้างทั้งหมด 44,000 barcoded อ่าน เรา demultiplexed และเมื่อเทียบกับทุกอ่าน (blastx E-value <1e-10) กับยีนอ้างอิงของเรา 16,312 ยีน เรากำหนดจำเพาะแสดงออก (ช่วง 0-11) เป็นจำนวนรวมของห้องสมุด (11) ลบด้วยจำนวนของห้องสมุดที่ยีนคะแนนอย่างน้อยหนึ่งตีเช่นเดียวกับใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราวัดความจำเพาะเนื้อเยื่อ การแสดงออกของยีนโดยใช้ข้อมูลที่มีอยู่ทั่วไป ลำดับแซงเจอร์ H . annuus พัฒนาโดย Compositae จีโนมโครงการ สั้น , ห้องสมุดเหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เนื้อเยื่อที่แตกต่างกันสองชนิด ( สิบเอ็ดจากแคลลัส , ราก , ดิสก์และเรย์ ดอกไม้ ก่อนเพาะดอกไม้ การพัฒนาเคอร์เนล เคมีปฏิบัติ ต้นกล้าสิ่งแวดล้อมเน้นรากสิ่งแวดล้อมเน้นยิงจากเมล็ด ต่อสิ่งแวดล้อม เน้นดอกไม้ และเพื่อดูรายละเอียด ) ห้องสมุดเหล่านี้เป็นลำดับแซงเจอร์สร้างรวม 44000 บรรณานุกรมคนอ่าน เรา demultiplexed เทียบทั้งหมด อ่าน blastx ประโยชน์ , < 1e-10 ) กับการอ้างอิงของเราทราน ริปโตมของ 16312 ยีนเรากำหนดแสดงความจำเพาะ ( ช่วง 0 – 11 ) เป็นจำนวนรวมของห้องสมุด ( 11 ) ลบด้วยจำนวนห้องสมุดที่ยีนได้คะแนนอย่างน้อยหนึ่งตีเป็นใน