3.1. Identification of cDNA of GTH

3.1. Identification of cDNA of GTH subunits

The GTHα cDNA contained 354 nucleotides, including an open reading frame (ORF) that was predicted to encode a protein of 117 amino acids. The FSHβ cDNA consisted of 360 nucleotides, including an ORF that was predicted to encode a protein of 119 amino acids. The LHβ cDNA contained 420 nucleotides, including an ORF that was predicted to encode a protein of 139 amino acids. The three GTH subunits contained cysteine residues and a highly conserved N-linked glycosylation site (Fig. 1).55555555555555555555555555555
Fig. 1.
Comparison of the amino acid sequences of GTHα (A), FSHβ (B), and LHβ (C). The sequences are from the GenBank/EMBL/DDBJ sequence databases. GenBank accession numbers of the sequences are: (A) GTHα—cinnamon clownfish (ccGTHα, EU908056), red seabream (rsGTHα, AB028211), Bangel eel (beGTHα, AF502394), striped bass (sbGTHα, L35071), and black porgy (bpGTHα, EF605275); (B) FSHβ—cinnamon clownfish (ccFSHβ, FJ868867), red seabream (rsFSHβ, AB028212), blotched snakeheadfish (bsFSHβ, AY447038), black porgy (bpFSHβ, AY921613), and bastard halibut (bhFSHβ, AB042422); and (C) LHβ—cinnamon clownfish (ccLHβ, FJ868868), black porgy (bpLHβ, EF605276), yellowfin seabream (ysLHβ, L11722), longtooth grouper (lgLHβ, EF583920), and striped bass (sbLHβ, L35096). These sequences are optimally aligned to match identical residues, indicated by the shaded box. The two potential N-linked glycosylation sites are boxed, and cysteine residues of the N- and C-terminal cysteine-rich regions are indicated by asterisk.666666666666666666
Fig. 2.
Phylogenetic tree based on an amino acid alignment for GTH subunits in teleost fish. Bootstrap values (%) are indicated for 1000 replicates. The number associated with each internal branch is the local bootstrap probability. GenBank accession numbers of the sequences are: (A) GTHα—cinnamon clownfish (EU908056), black porgy (EF605275), red seabream (AB028211), European sea bass (AF269157), striped bass (L35071), swamp eel (AF502395), longtooth grouper (EF583918), Hong Kong grouper (AY207430), rockfish (AY609078), pejerrey (DQ382280), Nile tilapia (AY294017), bastard halibut (AF268692), and Atlantic halibut (AJ417770), human (NM_000735); (B) FSHβ—cinnamon clownfish (FJ868867), black porgy (AY921613), red seabream (AB028212), striped bass (L35070), European sea bass (AF543314), blotched snakehead (AY447038), three-spot gourami (AF157630), convict grouper (AB111457), orange-spotted grouper (AY186242), bastard halibut (AB042422), Atlantic halibut (AJ417768), and human (NM_000510); and (C) LHβ—cinnamon clownfish (FJ868868), black porgy (EF605276), yellowfin seabream (L11722), red seabream (AB028213), Atlantic croaker (EF433429), striped bass (L35096), European sea bass (AF543315), orange-spotted grouper (AF507939), longtooth grouper (EF583920), Nile tilapia (AY294016), Mozambique tilapia (AY541609), three-spot gourami (AF157631), blotched snakehead (AY447037), and human (NM_000894).////////////////////////////////
Phylogenetic analysis indicated the expected relationship among the GTH subunits. Therefore, we named these genes based on our proposed nomenclature and phylogenetic analysis. The cinnamon clownfish GTH subunits were most closely related to halibut (GTHα), red seabream (FSHβ), and yellowfin seabream (LHβ) (Fig. 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.1. รหัสของ cDNA ของ GTH กำหนดGTHα cDNA อยู่นิวคลีโอไทด์ 354 รวมกรอบเปิดอ่าน (ORF) ที่ถูกคาดว่า จะเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโนที่ 117 FSHβ cDNA ประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์ 360 รวม ORF ที่ถูกคาดว่า จะเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโนที่ 119 LHβ cDNA อยู่นิวคลีโอไทด์ 420 รวม ORF ที่ถูกคาดว่า จะเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโนที่ 139 กำหนด GTH สามอยู่ตกค้างเคียงและไซต์ glycosylation ลิงค์ N นำสูง (รูปที่ 1) .55555555555555555555555555555รูปที่ 1 การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโน GTHα (A), FSHβ (B), และ LHβ (C) ลำดับที่ได้จากฐานข้อมูลลำดับของ GenBank/EMBL/DDBJ GenBank เลขทะเบียนลำดับที่: GTHα (A) — ลายปลาการ์ตูนที่อบเชย (ccGTHα, EU908056), สีแดง seabream (rsGTHα, AB028211), ปลาไหล Bangel (beGTHα, AF502394), เบส (sbGTHα, L35071), และดำ porgy (bpGTHα, EF605275); (ข) FSHβ-ปลาการ์ตูนที่อบเชย (ccFSHβ, FJ868867), สีแดง seabream (rsFSHβ, AB028212), ด่าง snakeheadfish (bsFSHβ, AY447038), สีดำ porgy (bpFSHβ, AY921613), และฮาลิบัต bastard (bhFSHβ, AB042422); และ (C) LHβ — การ์ตูนอบเชย (ccLHβ, FJ868868), สีดำ porgy (bpLHβ, EF605276), seabream ทูน่า (ysLHβ, L11722), longtooth ปลาเก๋า (lgLHβ, EF583920), และเบสลาย (sbLHβ, L35096) ลำดับเหล่านี้จะถูกจัดตำแหน่งเหมาะสมที่สุดที่ตกค้างเหมือนกัน แสดง ด้วยกล่องสีเทา สองเว็บไซต์เชื่อมโยง N glycosylation อาจมีกล่อง และตกค้างเคียงของ N และ C นัลหลากหลายไส้ที่ระบุ โดย asterisk.666666666666666666รูป 2 ต้นไม้ phylogenetic ที่อิงการจัดตำแหน่งกรดอะมิโนสำหรับ GTH กำหนดในปลา teleost ค่าเริ่มต้น (%) มีระบุสำหรับเหมือนกับ 1000 หมายเลขที่เกี่ยวข้องกับแต่ละสาขาภายในเป็นความน่าเป็นเริ่มต้นในท้องถิ่น GenBank เลขทะเบียนลำดับที่: GTHα (A) — seabream porgy (EF605275), สีแดงอบเชยการ์ตูน (EU908056), สีดำ (AB028211) ปลากะพงยุโรป (AF269157), ลายเบส (L35071), บึงปลาไหล (AF502395), longtooth ปลาเก๋า (EF583918), Hong Kong ปลาเก๋า (AY207430), บ้านริมผา (AY609078), pejerrey (DQ382280), แม่น้ำไนล์นิล (AY294017), ฮาลิบัต bastard (AF268692), และฮาลิบัตแอตแลนติก (AJ417770), บุคคล (NM_000735); (ข) FSHβ-seabream porgy (AY921613), สีแดงอบเชยการ์ตูน (FJ868867), สีดำ (AB028212), ลายเบส (L35070), ปลากะพงยุโรป (AF543314), ด่าง (AY447038) วงศ์ปลาช่อน ปลากระดี่สามจุด (AF157630), นักโทษปลาเก๋า (AB111457), ด่างส้มปลาเก๋า (AY186242), ฮาลิบัต bastard (AB042422), ฮาลิบัตแอตแลนติก (AJ417768), และมนุษย์ (NM_000510); และ (C) LHβ — porgy อบเชยการ์ตูน (FJ868868), สีดำ (EF605276), seabream ทูน่า (L11722), สีแดง seabream (AB028213), croaker แอตแลนติก (EF433429), ลายเบส (L35096), กะพงยุโรป (AF543315), ด่างส้มปลาเก๋า (AF507939), longtooth ปลาเก๋า (EF583920), ไนล์นิล (AY294016), โมซัมบิกนิล (AY541609), ปลากระดี่สามจุด (AF157631), ด่างหาง (AY447037), และมนุษย์ (NM_000894).///Phylogenetic วิเคราะห์ระบุความสัมพันธ์ที่คาดระหว่างกำหนด GTH ดังนั้น เราชื่อยีนเหล่านี้เราตั้งชื่อที่เสนอและวิเคราะห์ phylogenetic กำหนด GTH อบเชยการ์ตูนสุดเกี่ยวข้องกับฮาลิบัต (GTHα), สีแดง seabream (FSHβ), และ seabream ทูน่า (LHβ) (รูป 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.1 บัตรประจำตัวของยีนของ GTH หน่วยย่อยGTHαยีนที่มีอยู่ 354 นิวคลีโอรวมทั้งกรอบเปิดอ่าน (ORF) ที่ถูกคาดการณ์ว่าจะเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโน 117 FSHβ cDNA ประกอบด้วย 360 นิวคลีโอรวมทั้ง ORF ที่ได้รับการคาดการณ์การเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโน 119 LHβยีนที่มีอยู่ 420 นิวคลีโอรวมทั้ง ORF ที่ได้รับการคาดการณ์การเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโน 139 หน่วยย่อยสาม GTH มี cysteine ​​ตกค้างและป่าสงวน N-เชื่อมโยงเว็บไซต์ glycosylation (รูปที่ 1). .55555555555555555555555555555 รูป 1. การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนGTHα (A), FSHβ (B) และLHβ (C) ลำดับจากฐานข้อมูลลำดับ GenBank / EMBL / DDBJ GenBank หมายเลขภาคยานุวัติของลำดับมีดังนี้: (A) GTHαอบเชยปลาการ์ตูน (ccGTHα, EU908056) Seabream สีแดง (rsGTHα, AB028211) Bangel ปลาไหล (beGTHα, AF502394) ปลากะพง (sbGTHα, L35071) และพอร์จี้สีดำ (bpGTHα , EF605275); (B) FSHβอบเชยปลาการ์ตูน (ccFSHβ, FJ868867) Seabream สีแดง (rsFSHβ, AB028212) snakeheadfish ด่าง (bsFSHβ, AY447038), พอร์จี้สีดำ (bpFSHβ, AY921613) และไอ้ซีก (bhFSHβ, AB042422); และ (ค) LHβอบเชยปลาการ์ตูน (ccLHβ, FJ868868), พอร์จี้สีดำ (bpLHβ, EF605276) เหลือง Seabream (ysLHβ, L11722) Longtooth ปลากะรัง (lgLHβ, EF583920) และปลากะพง (sbLHβ, L35096) ลำดับเหล่านี้มีความสอดคล้องอย่างดีที่สุดเพื่อให้ตรงกับสารตกค้างเหมือนที่ระบุโดยช่องสีเทา ทั้งสองมีศักยภาพ N-เชื่อมโยงเว็บไซต์ glycosylation มีการบรรจุกล่องและ cysteine ​​ตกค้างของ N- และ C ขั้วภูมิภาค cysteine ​​ที่อุดมไปด้วยจะมีการแสดง asterisk.666666666666666666 รูป 2. ต้นไม้สายวิวัฒนาการขึ้นอยู่กับการจัดตำแหน่งกรดอะมิโนสำหรับหน่วยย่อย GTH ในปลา teleost ค่าเงินทุน (%) จะมีการแสดง 1000 ซ้ำ หมายเลขที่เกี่ยวข้องกับแต่ละสาขาภายในน่าจะเป็นบูตท้องถิ่น หมายเลข GenBank ภาคยานุวัติของลำดับมีดังนี้: (A) GTHαอบเชยปลาการ์ตูน (EU908056), พอร์จี้สีดำ (EF605275) Seabream สีแดง (AB028211) ปลากะพงยุโรป (AF269157) ปลากะพง (L35071) หนองปลาไหล (AF502395) Longtooth ปลากะรัง (EF583918) ฮ่องกงปลาเก๋า (AY207430) กระแด่ว (AY609078) pejerrey (DQ382280), ปลานิล (AY294017) ไอ้ซีก (AF268692) และซีกแอตแลนติก (AJ417770) มนุษย์ (NM_000735); (B) FSHβอบเชยปลาการ์ตูน (FJ868867), พอร์จี้สีดำ (AY921613) Seabream สีแดง (AB028212) ปลากะพง (L35070) ปลากะพงยุโรป (AF543314) ช่อนด่าง (AY447038) สามจุดปลาสลิด (AF157630) นักโทษปลากะรัง (AB111457), สีส้มด่างปลากะรัง (AY186242) ไอ้ซีก (AB042422), แอตแลนติกซีก (AJ417768) และมนุษย์ (NM_000510); และ (ค) LHβอบเชยปลาการ์ตูน (FJ868868), พอร์จี้สีดำ (EF605276) Seabream เหลือง (L11722) Seabream สีแดง (AB028213), แอตแลนติก croaker (EF433429) ปลากะพง (L35096) ปลากะพงยุโรป (AF543315), สีส้ม ปลากะรัง -spotted (AF507939) Longtooth ปลากะรัง (EF583920), ปลานิล (AY294016) โมซัมบิกปลานิล (AY541609) สามจุดปลาสลิด (AF157631) ด่างช่อน (AY447037) และมนุษย์ (NM_000894) .///// /////////////////////////// phylogenetic วิเคราะห์ชี้ให้เห็นความสัมพันธ์ที่คาดว่าในหมู่หน่วยย่อยของ GTH ดังนั้นเราจึงตั้งชื่อยีนเหล่านี้ขึ้นอยู่กับการตั้งชื่อเสนอของเราและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ หน่วยย่อย GTH อบเชยปลาการ์ตูนถูกที่สุดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับซีก (GTHα) Seabream สีแดง (FSHβ) และเหลือง Seabream (LHβ) (รูป. 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.1 . การจำแนกสายพันธุ์ของ GTH ย่อยทาง GTH αยีนที่มีอยู่ 354 นิวคลีโอไทด์รวมถึง open reading frame ( ORF ) ที่คาดการณ์ว่าจะเข้ารหัสโปรตีนของ 117 กรดอะมิโน บีตา 2 วิธีจำนวน 360 นิวคลีโอไทด์รวมถึง ORF ที่คาดการณ์เพื่อเข้ารหัสโปรตีน 119 กรดอะมิโน LH ยีนบีตาที่มีอยู่ 420 นิวคลีโอไทด์รวมถึง ORF ที่คาดการณ์เพื่อเข้ารหัสโปรตีนของพวกกรดอะมิโน หน่วยย่อยที่ประกอบด้วยกรดอะมิโนสาม GTH ตกค้างและที่มีการอนุรักษ์ n-linked glycosylation เว็บไซต์ 55555555555555555555555555555 ( รูปที่ 1 )รูปที่ 1การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนกรดของ GTH α ( ) , FSH , LH และบีตา ( B ) บีตา ( C ) ลำดับจากขนาด / สัตว / ddbj ฐานข้อมูลลำดับ . การพบตัวเลขของลำดับคือ ( ก ) GTH แอลฟาธนาคารแห่งชาติ ( ccgth α eu908056 , ) , seabream สีแดง ( rsgth α ab028211 , ) , bangel ปลาไหล ( begth α af502394 , ) , ปลากะพง ( α sbgth , porgy l35071 ) และสีดำ ( bpgth α ef605275 , ( B ) 2 ) บีตา - ธนาคารแห่งชาติ ( ccfsh บีตา fj868867 , ) , seabream สีแดง ( rsfsh บีตา ab028212 , ) , blotched snakeheadfish ( bsfsh บีตา ay447038 , ) , porgy สีดำ ( bpfsh บีตา ay921613 , ) และไอ้ปลาชนิดหนึ่ง ( bhfsh บีตา ab042422 , ) ; และ ( c ) LH บีตา - ธนาคารแห่งชาติ ( cclh บีตา fj868868 , ) porgy สีดำ ( bplh บีตา ef605276 , ) , เหลือง seabream ( yslh บีตา l11722 , ) , longtooth ปลาเก๋า ( lglh บีตา ef583920 , ) และเบสลาย ( sblh บีตา l35096 , ) ลำดับเหล่านี้ได้อย่างเหมาะสมสอดคล้องกับราคาของที่เหมือนกัน โดยระบุกล่องสีเทา สองศักยภาพ n-linked glycosylation เว็บไซต์ชนิดบรรจุกล่อง และซิสเตอีนตกค้างของ N - ซึ่งอุดมไปด้วยกรดอะมิโนจะถูกระบุโดย asterisk.666666666666666666 ภูมิภาครูปที่ 2phylogenetic ต้นไม้ตามแนวกรดอะมิโนสำหรับ GTH ย่อยใน teleost ปลา เท่ากับค่า ( % ) จะพบ 1000 ซ้ํา ตัวเลขที่เกี่ยวข้องกับแต่ละสาขามีความน่าจะเป็นเท่ากับภายในท้องถิ่น การพบตัวเลขของลำดับคือ ( ก ) GTH แอลฟาธนาคารแห่งชาติ ( eu908056 ) porgy สีดำ ( ef605275 ) seabream สีแดง ( ab028211 ) , ปลากะพงยุโรป ( af269157 ) , ปลากะพง ( l35071 ) หนองปลาไหล ( af502395 ) longtooth ปลาเก๋า , ปลาเก๋า ef583918 ) ฮ่องกง ( ay207430 ) กานติ ( ay609078 ) pejerrey ( dq382280 ) , ปลานิล ( ay294017 ) ไอ้ปลาชนิดหนึ่ง ( af268692 ) และปลาชนิดหนึ่งแอตแลนติก ( aj417770 ) , มนุษย์ ( nm_000735 ) ; ( b ) 2 บีตา - ธนาคารแห่งชาติ ( fj868867 ) porgy สีดำ ( ay921613 ) seabream สีแดง ( ab028212 ) , ปลากะพง ( l35070 ) เบสทะเลยุโรป ( af543314 ) blotched ช่อน ( ay447038 ) ความตกลงเชงเกน ( af157630 ) ปลาเก๋านักโทษ ( ab111457 ) , ส้มปลาเก๋า ( ay186242 ) ไอ้ปลาชนิดหนึ่ง ( ab042422 ) , ปลาชนิดหนึ่งแอตแลนติก ( aj417768 ) และมนุษย์ ( nm_000510 ) ; และ ( c ) LH บีตา - ธนาคารแห่งชาติ ( fj868868 ) porgy สีดำ ( ef605276 ) , เหลือง seabream ( l11722 ) seabream สีแดง ( ab028213 ) , croaker แอตแลนติก ( ef433429 ) , ปลากะพง ( l35096 ) , ปลากะพงยุโรป ( af543315 ) , ส้ม ( af507939 ) longtooth ปลาเก๋า ปลากะรัง ( ef583920 ) , ปลานิล ( ay294016 ) , โมซัมบิก ปลานิล ( ay541609 ) ความตกลงเชงเกน ( af157631 ) blotched ช่อน ( ay447037 ) และมนุษย์ ( //////////////////////////////// nm_000894 )การวิเคราะห์ phylogenetic พบคาดว่าความสัมพันธ์ของ GTH ย่อย . ดังนั้น เราชื่อยีนส์เหล่านี้ตามเสนอระบบการตั้งชื่อและการวิเคราะห์ phylogenetic . อบเชยปลาการ์ตูน GTH ย่อยส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับปลาทะเล ( GTH α ) , แดง ( 2 seabream บีตา ( LH ) และเหลือง seabream บีตา ) ( รูปที่ 2 )