Oomycete species occupy many differ

Oomycete species occupy many different environments and many ecological niches. The genera Phytophthora and Pythium for example, contain many plant pathogens which cause enormous damage to a wide range of plant species. Proper identification to the species level is a critical first step in any investigation of oomycetes, whether it is research driven or compelled by the need for rapid and accurate diagnostics during a pathogen outbreak. The use of DNA for oomycete species identification is well established, but DNA barcoding with cytochrome c oxidase subunit I (COI) is a relatively new approach that has yet to be assessed over a significant sample of oomycete genera. In this study we have sequenced COI, from 1205 isolates representing 23 genera. A comparison to internal transcribed spacer (ITS) sequences from the same isolates showed that COI identification is a practical option; complementary because it uses the mitochondrial genome instead of nuclear DNA. In some cases COI was more discriminative than ITS at the species level. This is in contrast to the large ribosomal subunit, which showed poor species resolution when sequenced from a subset of the isolates used in this study. The results described in this paper indicate that COI sequencing and the dataset generated are a valuable addition to the currently available oomycete taxonomy resources, and that both COI, the default DNA barcode supported by GenBank, and ITS, the de facto barcode accepted by the oomycete and mycology community, are acceptable and complementary DNA barcodes to be used for identification of oomycetes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พันธุ์ Oomycete ครอบครองสภาพแวดล้อมแตกต่างกันมากและตรงไหนระบบนิเวศมาก สกุลไฟและปริมาณเชื้อตัวอย่าง ประกอบด้วยโรคพืชมากซึ่งทำให้เกิดความเสียหายใหญ่หลวงความหลากหลายของพืชชนิด นั้น รหัสที่เหมาะสมกับระดับสายพันธุ์เป็นขั้นตอนแรกที่สำคัญในการตรวจสอบใด ๆ oomycetes ไม่ว่าจะเป็นวิจัยขับเคลื่อน หรือบังคับ โดยต้องการวินิจฉัยที่รวดเร็ว และถูกต้องในระหว่างการศึกษาระบาด ใช้ของดีเอ็นเอสำหรับการระบุชนิด oomycete ถูกกำหนดขึ้นดี แต่ซอฟต์แวร์ดีเอ็นเอกับ cytochrome c oxidase ย่อยฉัน (COI) เป็นวิธีการใหม่ที่ยังไม่ได้ประเมินผ่านตัวอย่างสำคัญของสกุล oomycete ในการศึกษานี้เรามี COI ตามลำดับ จาก 1205 แยก 23 สกุลแทน การเปรียบเทียบเพื่อเป็นตัวเว้นวรรคทับภายในลำดับ (ของ) จากแยกเดียวกันพบว่าระบุ COI ตัวจริง เพิ่มเติมเนื่องจากใช้จีโนม mitochondrial DNA นิวเคลียร์แทน ในบางกรณี COI ได้ discriminative ยิ่งกว่าของในระดับสปีชีส์ อยู่ตรงข้ามที่ใหญ่ ribosomal ย่อย ซึ่งแสดงให้เห็นความละเอียดพันธุ์ดีเมื่อเรียงลำดับจากชุดย่อยของการแยกใช้ในการศึกษานี้ ผลที่อธิบายไว้ในเอกสารนี้ระบุว่า COI ลำดับและชุดข้อมูลที่สร้างขึ้นนี้มีคุณค่ากับทรัพยากรระบบ oomycete อยู่ และที่ COI บาร์โค้ดดีเอ็นเอเริ่มต้นที่ได้รับการสนับสนุน โดย GenBank และของ บาร์โค้ดเดิมที่ยอมรับของชุมชน oomycete และ mycology บาร์โค้ดดีเอ็นเอเป็นที่ยอมรับ และเสริมที่จะใช้สำหรับการระบุ oomycetes

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชนิด Oomycete ครอบครองสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันจำนวนมากและหลายนิเวศ จำพวกเชื้อรา Phytophthora และ Pythium ตัวอย่างเช่นมีเชื้อสาเหตุโรคพืชหลายอย่างที่ทำให้เกิดความเสียหายอย่างใหญ่หลวงที่หลากหลายของพันธุ์พืช บัตรประจำตัวที่เหมาะสมในระดับสายพันธุ์ที่สำคัญเป็นขั้นตอนแรกในการสอบสวนของ oomycetes ใด ๆ ไม่ว่าจะเป็นแรงผลักดันการวิจัยหรือบังคับโดยความจำเป็นในการวินิจฉัยอย่างรวดเร็วและถูกต้องในช่วงการระบาดของโรคติดเชื้อที่ การใช้ดีเอ็นเอในการจำแนกสายพันธุ์ oomycete จะดีขึ้น แต่ดีเอ็นเอบาร์โค้ดกับ cytochrome oxidase subunit คผม (COI) เป็นวิธีการที่ค่อนข้างใหม่ที่ยังไม่ได้รับการประเมินมากกว่าตัวอย่างที่สำคัญของจำพวก oomycete ในการศึกษานี้เราได้ติดใจ COI จาก 1205 แยกเป็นตัวแทนของ 23 จำพวก เมื่อเปรียบเทียบกับ spacer คัดลอกภายใน A (ITS) ลำดับจากสายพันธุ์เดียวกันแสดงให้เห็นว่าการระบุ COI เป็นตัวเลือกปฏิบัติ; เสริมเพราะใช้จีโนมยลแทนนิวเคลียร์ดีเอ็นเอ ในบางกรณี COI ได้มากขึ้นกว่าจำแนกในระดับสปีชีส์ นี้เป็นในทางตรงกันข้ามกับ subunit โซมอลขนาดใหญ่ซึ่งแสดงให้เห็นความละเอียดของสายพันธุ์ที่ดีเมื่อติดใจจากการย่อยของเชื้อที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ ผลที่อธิบายไว้ในบทความนี้แสดงให้เห็นว่าลำดับ COI และชุดที่สร้างขึ้นเป็นนอกจากมีคุณค่าให้กับทรัพยากรอนุกรมวิธาน oomycete มีอยู่ในปัจจุบันและที่ทั้ง COI บาร์โค้ดดีเอ็นเอเริ่มต้นได้รับการสนับสนุนจาก GenBank และ ITS, บาร์โค้ดพฤตินัยรับการยอมรับจาก oomycete และชุมชนของเชื้อราที่มีบาร์โค้ดดีเอ็นเอที่ยอมรับและเสริมที่จะใช้สำหรับบัตรประจำตัวของ oomycetes

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โอไมซีตชนิดครอบครองสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันมากและ niches นิเวศมาก สกุล และเชื้อรา Phytophthora ตัวอย่างเช่นมีหลายโรงงานเชื้อโรคซึ่งก่อให้เกิดความเสียหายอย่างใหญ่หลวงในช่วงกว้างของสายพันธุ์พืช รหัสที่เหมาะสมกับชนิดของระดับที่เป็นขั้นตอนแรกที่สำคัญในการ oomycetes ใด ๆ ,ไม่ว่าจะเป็นการวิจัยขับเคลื่อนหรือบังคับโดยต้องรวดเร็วและถูกต้องในการวินิจฉัยเชื้อโรคระบาด การใช้ดีเอ็นเอสำหรับโอไมซีตชนิดระบุดีขึ้น แต่ดีเอ็นเอ barcoding กับอุปกรณ์ข้อมูลออกซึ่งฉัน ( ผม ) เป็นแนวคิดที่ค่อนข้างใหม่ที่ยังไม่ได้ประเมิน มากกว่าตัวอย่างที่สำคัญของโอไมซีตสกุล ในการศึกษานี้ได้ทำการ ลำปาง ,จากพอลิไอโซเลทแทน 23 สกุล การเปรียบเทียบภายในและ spacer ( ITS ) ลำดับจากสายพันธุ์พบว่าตัวเดียวกันคงเป็นทางเลือกที่เป็นประโยชน์ ; ประกอบ เพราะใช้จีโนมยลแทนนิวเคลียร์ ดีเอ็นเอ ในบางกรณีผมก็แยกมากกว่าในชนิดระดับ นี้เป็นในทางตรงกันข้ามกับ subunit ribosomal ขนาดใหญ่ซึ่งมีความละเอียดเมื่อยากจนชนิดนี้จากบางส่วนของสายพันธุ์ที่ใช้ในการทดลอง ผลลัพธ์ที่ได้อธิบายไว้ในบทความนี้ระบุว่า ลำปางและลำดับข้อมูลที่สร้างขึ้นจะเพิ่มคุณค่าของทรัพยากรที่มีอยู่ในปัจจุบันโอไมซีต และทั้งผม , เริ่มต้นดีเอ็นเอบาร์โค้ดได้รับการสนับสนุน โดยขนาดและของพฤตินัยและบาร์โค้ดยอมรับโดยโอไมซีตกิณวิทยาชุมชน เป็นที่ยอมรับและประกอบดีเอ็นเอบาร์โค้ดเพื่อใช้ในการจำแนกชนิดของ oomycetes .