Reflecting the above considerations

Reflecting the above considerations, we have taken a two-stage approach to further development of the hematopoietic cells in the Cell Ontology. In the first stage, which is now complete, we revised current terms and added new terms so that all hematopoietic cell type terms now have textual definitions that contain all the necessary details to define the cells logically. These terms have been directly incorporated into the existing ontology. Fig. 2A shows a typical OBO term stanza for one of these new terms, “induced T-regulatory cell.”

We have also separated the hematopoietic terms from the complex hierarchy of the original CL as much as possible, so that the section of the ontology containing these terms represents a true is_a hierarchy. Fig. 1B shows the simplified hierarchy for the cell type “macrophage.” In restructuring the ontology for the hematopoietic cells, we have eliminated the multiple inheritance via the artifactual high-level terms such as “cell by histology.” “cell by nuclear number,” or “cell by function.” Instead, information about cellular qualities is captured in the textual definitions where it is relevant, and is being used to build logical definitions for the cell types in the second stage of the work, as described below.

The version of the CL incorporating the changes in the hematopoietic terms accomplished in this first stage of revision has been given the working name “CL1.5”. (Note this does not refer to the CVS revision number within the cell.obo file itself, but rather the data-version tag.) Within CL1.5 there are many concrete improvements to CL content in the area of hematopoietic cells. We have created many new terms for individual cell types, including over 40 terms for T-lineage cells, over 40 terms for B-lineage cells, several natural killer cell terms, over 30 terms for monocytes and macrophages, and over 30 terms for dendritic cells. Other new terms have been introduced for various hematopoietic progenitor cell types. As discussed above, most of these new terms have been defined by structural criteria (protein expression) sometimes in conjunction with functional or anatomical relationships. An exception to this general rule is that most of the new macrophage terms are defined based on their anatomical location with protein expression criteria added where supported by the literature. All these new and revised terms are present in the publicly available version of the CL (www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=cell). We have provided references within the ontology to published articles or textbooks that were used in developing the individual definitions for the majority of hematopoietic terms. For the rest, the term references are to the curators who developed the definitions based on their expert knowledge. All terms in the CL that were revised or developed during the NIAID workshop and its follow-up work have also been given the reference ID GO_REF:0000031, which refers to a brief description of the workshop in a list of references maintained at the GO Consortium web site (www.geneontology.org).

The ontology structure has been improved in important areas such as T cell and B cell development. Lineage relationships via the develops_from relation are now provided for many additional cell types. In general the hematopoietic terms are presented as species neutral, but species-specific information is incorporated in some definitions where necessary and comments have been added to provide clarity to data annotators, especially in cases where certain cell types have no close homologue in another species.

The second stage of development will be the extension of the hematopoietic term definitions into full cross-products as discussed above. The revised definitions provided in the first step will enable this extension in a fairly efficient manner depending upon the availability of the necessary terms in external ontologies. The initial step in this direction was taken by Masci and colleagues, who developed an ontology for dendritic cell types DC–CL, which is based on cross-product principles and is the foundation of the revised dendritic cell terms in CL1.5 [10]. DC–CL terms for types of dendritic cells are based on structural criteria (surface protein expression) with a few cell types also defined by relationships to functions or dispositions. DC–CL utilizes an expanded range of relation types based on those in the OBO Relation Type Ontology (www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=relationship) in order to be more expressive about the cellular location and degree of protein expression (e.g. has_plasma_membrane_part, has_high_membrane_amount). We intend to use these relations together with the definitions provided by Masci et al. to provide logical definitions for the hematopoietic terms.

Recently, the Gene Ontology Consortium obtained an ARRA Competitive Revision grant to allow the cross-product/logical definition approach to be extended to the whole of the CL to create version “CL2.0.” As a first step we are developing the hematopoietic terms of CL1.5 into an external mini-ontology, “Hemo-CL,” based on these cross-products. A provisional version of Hemo-CL is available at obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/anatomy/cell_type/hemo_CL.obo. Fig. 2B shows the OBO term stanza for term “induced T-regulatory cell” as it is represented in Hemo-CL. This is illustrated graphically in Fig. 2C. We are working with the curators of the Protein Ontology to ensure that the 600+ protein terms needed for Hemo-CL are found in the Protein Ontology. Completion of the Hemo-CL subontology is expected in 2010.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สะท้อนให้เห็นถึงการพิจารณาข้างต้น เราได้มาเป็นสองแนวทางการพัฒนาของเซลล์กำเนิดของเม็ดเลือดในภววิทยาเซลล์ ในระยะแรก ซึ่งขณะนี้เสร็จสมบูรณ์แล้ว เราแก้ไขเงื่อนไขปัจจุบัน และเพิ่มเงื่อนไขใหม่เพื่อให้ทุกเซลล์กำเนิดของเม็ดเลือดชนิดเงื่อนไขตอนนี้มีข้อกำหนดข้อความที่ประกอบด้วยรายละเอียดที่จำเป็นทั้งหมดเพื่อกำหนดเซลล์ทางตรรกะ รวมข้อตกลงเหล่านี้เป็นภววิทยาที่มีอยู่โดยตรง Fig. 2A แสดงสแตนซ่าระยะ OBO ทั่วไปหนึ่งข้อตกลงใหม่ "ทำให้เกิดเซลล์ T กำกับดูแล"เราได้แบ่งเงื่อนไขการกำเนิดของเม็ดเลือดจากลำดับชั้นซับซ้อนของ CL เดิมมากที่สุด เพื่อให้ส่วนของภววิทยาที่ประกอบด้วยคำเหล่านี้แสดงถึงลำดับชั้น is_a จริง Fig. 1B แสดงลำดับชั้นอย่างง่ายสำหรับชนิดเซลล์ "macrophage" ในการปรับโครงสร้างภววิทยาสำหรับเซลล์กำเนิดของเม็ดเลือด เรามีตัดออกหลายที่สืบทอดผ่านเงื่อนไขสูง artifactual เช่น "เซลล์โดยมิญชวิทยา" "เซลล์ตามนิวเคลียร์" หรือ "เซลล์ โดยฟังก์ชัน" แทน ข้อมูลเกี่ยวกับโทรศัพท์มือถือคุณภาพถูกจับในข้อกำหนดข้อความที่ไม่เกี่ยวข้อง และถูกใช้ในการสร้างข้อกำหนดตรรกะสำหรับชนิดของเซลล์ในระยะที่สองของงาน เป็นช่องรุ่น CL เพจเปลี่ยนแปลงในเงื่อนไขการกำเนิดของเม็ดเลือดที่ทำได้ในระยะแรกของการปรับปรุงมีการกำหนดชื่องาน "CL1.5" (หมายเหตุนี้ไม่ได้อ้างถึงหมายเลขแก้ไข CVS ภายในแฟ้ม cell.obo เอง แต่เป็นป้ายรุ่นข้อมูล) ภายใน CL1.5 มีปรับปรุงคอนกรีตหลายเนื้อหา CL ในพื้นที่ของเซลล์กำเนิดของเม็ดเลือด เราได้สร้างเงื่อนไขใหม่มากสำหรับเซลล์แต่ละชนิด ลินเนจ T เซลล์ 40 กว่าเงื่อนไข เงื่อนไข 40 กว่าลินเนจ B เซลล์ เซลล์นักฆ่าธรรมชาติหลายเงื่อนไข เงื่อนไข 30 monocytes และบังเอิญ และเงื่อนไข 30 สำหรับเซลล์ dendritic เงื่อนไขอื่น ๆ ใหม่ได้ถูกแนะนำสำหรับชนิดเซลล์ progenitor กำเนิดของเม็ดเลือดต่าง ๆ ดังที่กล่าวไว้ข้างต้น ส่วนใหญ่ของเงื่อนไขเหล่านี้ใหม่ได้กำหนดตามเกณฑ์โครงสร้าง (โปรตีนนิพจน์) บางครั้งร่วมกับฟังก์ชัน หรือกายวิภาคความสัมพันธ์ ข้อยกเว้นกฎนี้ทั่วไปเป็นที่สุดของ macrophage ใหม่กำหนดตามตำแหน่งนักกายวิภาค ด้วยโปรตีนนิพจน์เงื่อนไขเพิ่มที่สนับสนุนวรรณคดี ทั้งหมดใหม่ และปรับปรุงข้อตกลงเหล่านี้มีอยู่ในรุ่น CL เผย (www.obofoundry.org/ cgi-ช่อง/detail.cgi ? id =เซลล์) เราได้ให้การอ้างอิงภายในภววิทยาเผยแพร่บทความหรือตำราที่ใช้ในการพัฒนาแต่ละข้อกำหนดสำหรับส่วนใหญ่ของกำเนิดของเม็ดเลือด สำหรับส่วนเหลือ อ้างอิงระยะการ curators ที่พัฒนาข้อกำหนดขึ้นอยู่กับความรู้ผู้เชี่ยวชาญ CL คำทั้งหมดที่ปรับปรุง หรือพัฒนาในเชิง NIAID และงานติดตามผลยังได้ให้การอ้างอิง ID GO_REF:0000031 ซึ่งหมายถึงคำอธิบายโดยย่อของการประชุมเชิงปฏิบัติการในรายการอ้างอิงที่เก็บเว็บไซต์ของสมาคมไป (www.geneontology.org)โครงสร้างของภววิทยาได้ถูกปรับปรุงในพื้นที่สำคัญเช่นพัฒนาทีเซลล์และบีเซลล์ ขณะนี้มีคนเชื้อสายความสัมพันธ์ผ่านความสัมพันธ์ทาง develops_from สำหรับหลายชนิดเซลล์เพิ่มเติม โดยทั่วไป แสดงเงื่อนไขการกำเนิดของเม็ดเลือดเป็นชนิดที่เป็นกลาง แต่ species-specific ข้อมูลเป็นส่วนประกอบในข้อกำหนดบางอย่างจำเป็น และมีการเพิ่มข้อคิดเห็นให้ความชัดเจนข้อมูล annotators โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีที่เซลล์บางชนิดมีไม่ homologue ปิดในสายพันธุ์อื่นขั้นตอนสองของการพัฒนาจะเป็นส่วนขยายของคำนิยามคำว่ากำเนิดของเม็ดเลือดเป็นขนผลิตภัณฑ์กล่าวถึงข้างต้น ปรับปรุงข้อกำหนดในขั้นตอนแรกจะเปิดใช้งานส่วนขยายนี้ในลักษณะค่อนข้างมีประสิทธิภาพขึ้นอยู่กับความพร้อมของเงื่อนไขจำเป็นในการ ontologies ภายนอก ขั้นตอนแรกในทิศทางนี้ถูกถ่าย โดย Masci และเพื่อนร่วมงาน ผู้พัฒนาเป็นภววิทยาเซลล์ dendritic ชนิด DC – CL ซึ่งตามหลักการคูณไขว้ และเป็นรากฐานของเซลล์ dendritic แก้ไขใน CL1.5 [10] เงื่อนไข DC – CL ชนิดเซลล์ dendritic อยู่กับโครงสร้างเงื่อนไข (โปรตีนผิวนิพจน์) มีเซลล์บางชนิดยัง ถูกกำหนด โดยความสัมพันธ์ฟังก์ชันหรือสุขุม DC – CL ใช้ช่วงที่ขยายของชนิดของความสัมพันธ์ตามใน OBO ความสัมพันธ์ชนิดภววิทยา (www.obofoundry.org/ cgi-ช่อง/detail.cgi ? รหัส =ความสัมพันธ์) เพื่อให้สนิทมากยิ่งขึ้นเกี่ยวกับโทรศัพท์มือถือที่ตั้งและระดับของโปรตีนนิพจน์ (เช่น has_plasma_membrane_part, has_high_membrane_amount) เราต้องการใช้เหล่านี้สัมพันธ์กับข้อกำหนดที่ระบุโดย Masci et al. ให้คำนิยามตรรกะสำหรับเงื่อนไขกำเนิดของเม็ดเลือดล่าสุด Consortium ภววิทยายีนได้รับเงินช่วยเหลือการปรับปรุงแข่งขันจองล่วงหน้าให้วิธีนิยามขนผลิตภัณฑ์/ตรรกะเพื่อขยายให้เต็มของ CL สร้างรุ่น "CL2.0" เป็นขั้นตอนแรกเรามีการพัฒนา CL1.5 เงื่อนไขกำเนิดของเม็ดเลือดเป็นภววิทยามินิที่ภายนอก "Hemo-CL ตามขนผลิตภัณฑ์เหล่านี้ รุ่น Hemo CL สำรองได้ที่ obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/anatomy/cell_type/hemo_CL.obo Fig. 2B แสดงบทร้อยกรองคำ OBO สำหรับคำว่า "เกิดจากเซลล์ T กำกับดูแล" เนื่องใน Hemo-CL นี้จะแสดงภาพใน Fig. 2C. เรากำลังทำงานกับ curators ของภววิทยาโปรตีนเพื่อให้แน่ใจว่า เงื่อนไข 600 + โปรตีนจำเป็นสำหรับ Hemo-CL พบในภววิทยาโปรตีน ความสมบูรณ์ของ subontology Hemo CL คาดว่าในปี 2553

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สะท้อนให้เห็นถึงการพิจารณาข้างต้น เราได้ถ่ายสองแนวทางการพัฒนาต่อไปของเซลล์ ในเซลล์เม็ดโลหิตอภิปรัชญา . ในขั้นตอนแรก ซึ่งตอนนี้เสร็จสมบูรณ์ เราแก้ไขเงื่อนไขและเพิ่มเงื่อนไขใหม่เพื่อให้ทุกเซลล์เม็ดโลหิตชนิดเงื่อนไขขณะนี้มีคำนิยามเดิมที่มีทั้งหมดที่จำเป็นรายละเอียดเพื่อกำหนดเซลล์อย่างมีเหตุผลเงื่อนไขเหล่านี้ได้โดยตรง รวมอยู่ในอภิปรัชญาที่มีอยู่ รูปที่ 2A แสดงให้เห็นโดยทั่วไปในระยะหนึ่งของโอโบ ฉันท์ เงื่อนไขใหม่เหล่านี้ " t - บังคับเหนี่ยวนำเซลล์ "

เรายังแยกเม็ดโลหิตจากเงื่อนไขซับซ้อนลำดับชั้นของเดิม CL มากที่สุด ดังนั้นในส่วนของอภิปรัชญาที่มีเงื่อนไขเหล่านี้แสดงลำดับชั้น is_a จริง ภาพประกอบ1B แสดงแบบลำดับชั้นสำหรับประเภท " เซลล์แมคโครฟาจ " ในการปรับโครงสร้างอภิปรัชญาในเซลล์เม็ดโลหิต เราได้กำจัดมรดกหลายทาง artifactual ระดับสูงเงื่อนไขเช่น " โดยเนื้อเยื่อ เซลล์ " เซลล์โดยนิวเคลียร์หมายเลข " หรือ " เซลล์ ฟังก์ชัน แทนข้อมูลเกี่ยวกับคุณภาพโทรศัพท์มือถือถูกจับใน ข้อความที่เป็นคำนิยามที่เกี่ยวข้องและถูกใช้ในการสร้างความหมายเชิงตรรกะสำหรับเซลล์ในขั้นตอนที่สองของงาน ตามที่อธิบายไว้ด้านล่าง .

รุ่นของ CL ที่ผสมผสานการเปลี่ยนแปลงในเงื่อนไขได้ในวิธีนี้ขั้นตอนแรกของการแก้ไขได้รับชื่อ " ทำงาน cl1.5 " ( หมายเหตุนี้ไม่ได้อ้างถึง CVS แก้ไขหมายเลขภายใน cell.obo ไฟล์เองแต่ข้อมูลรุ่นแท็ก ) ภายใน cl1.5 มีการปรับปรุงคอนกรีตหลาย CL เนื้อหาในพื้นที่สร้างเม็ดเลือด เซลล์ เราได้สร้างเงื่อนไขใหม่ เซลล์แต่ละชนิด รวมกว่า 40 รูป เพื่อ t-lineage เซลล์มากกว่า 40 คำสำหรับ b-lineage เซลล์ ในแง่ของเซลล์นักฆ่าตามธรรมชาติหลายกว่า 30 และเงื่อนไขสำหรับโมโนไซทแมคโครฟาจ และมากกว่า 30 เงื่อนไขสำหรับเซลล์ .เงื่อนไขใหม่อื่น ๆที่ได้รับการแนะนำสำหรับบรรพบุรุษเซลล์เม็ดโลหิตชนิดต่าง ๆ ตามที่กล่าวไว้ข้างต้น มากที่สุดของข้อตกลงใหม่เหล่านี้ได้ถูกกำหนดโดยเกณฑ์โครงสร้าง ( การแสดงออกของโปรตีน ) ในบางครั้งร่วมกับความสัมพันธ์การทำงาน หรือปัญหาด้านโครงสร้างข้อยกเว้นกฎทั่วไปนี้คือว่าส่วนใหญ่ของเงื่อนไขที่แมโครเฟจใหม่ถูกกำหนดขึ้นอยู่กับตำแหน่งทางกายวิภาคของพวกเขากับเกณฑ์ การแสดงออกของโปรตีนเพิ่มที่ได้รับการสนับสนุน โดยวรรณกรรม ข้อตกลงใหม่และปรับปรุงทั้งหมดเหล่านี้มีอยู่ในรุ่นที่มีอยู่ทั่วไปของ CL ( www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi ? ID = เซลล์ )เราได้มีการอ้างอิงในอภิปรัชญาเพื่อเผยแพร่บทความ หรือหนังสือที่ใช้ในการพัฒนาของแต่ละส่วนของเงื่อนไขเม็ดโลหิต . ส่วนที่เหลือระยะเวลาการอ้างอิงเป็นภัณฑารักษ์ที่พัฒนาบนพื้นฐานของความรู้ความเชี่ยวชาญของพวกเขาเงื่อนไขทั้งหมดใน CL ที่แก้ไขหรือพัฒนาในระหว่างการประชุมแห่งชาติและการติดตามผลการทำงานยังได้รับการอ้างอิงรหัส go_ref : , 000 31 ซึ่งหมายถึงคำอธิบายสั้น ๆของการประชุมเชิงปฏิบัติการในรายการเอกสารอ้างอิงไว้ที่เว็บไซต์สมาคมไป ( www.geneontology . org )

มีโครงสร้างอภิปรัชญาการปรับปรุงในพื้นที่ที่สำคัญเช่น T เซลล์และการพัฒนาของเซลล์ความสัมพันธ์เชื้อสายผ่านทาง develops_from ความสัมพันธ์ตอนนี้ให้เซลล์หลายเพิ่มเติม ทั่วไปเงื่อนไขเม็ดโลหิตจะแสดงเป็นชนิดที่เป็นกลาง แต่ข้อมูลเฉพาะ - ขยายพันธุ์อยู่ในคำนิยามที่จำเป็นและความคิดเห็นที่ได้รับการเพิ่มเพื่อให้ชัดเจนเพื่อ annotators ข้อมูลโดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีที่เซลล์บางชนิดไม่มีปิดผิวอีกชนิด

ขั้นตอนที่สองของการพัฒนาจะเป็นส่วนขยายของนิยามคำวิธีเข้าเต็มข้ามผลิตภัณฑ์ตามที่กล่าวข้างต้นแก้ไขคำนิยามที่ให้ไว้ในขั้นตอนแรกจะใช้นามสกุลนี้ค่อนข้างมีประสิทธิภาพขึ้นอยู่กับความพร้อมของเงื่อนไขที่จำเป็นในนโทโลจีภายนอก ขั้นตอนแรกในทิศทางนี้ ถ่ายโดย มอก. และเพื่อนร่วมงาน ผู้ที่พัฒนาเป็นภววิทยาสำหรับเซลล์เดนไดรติกชนิด DC - คลอไรด์ซึ่งตั้งอยู่บนหลักการของผลิตภัณฑ์ไม้กางเขน และเป็นรากฐานของการแก้ไขเซลล์เดนไดรติกเงื่อนไขใน cl1.5 [ 10 ] DC – CL ข้อตกลงสำหรับชนิดของเซลล์จะขึ้นอยู่กับเกณฑ์โครงสร้าง ( การแสดงออกของโปรตีนผิว ) ชนิดเซลล์ไม่กี่ยังกำหนดโดยความสัมพันธ์ฟังก์ชันหรือความ .DC - CL ใช้ขยายช่วงของรูปแบบความสัมพันธ์ตามในโอโบความสัมพันธ์ประเภทภววิทยา ( www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi ? ID = ความสัมพันธ์ ) เพื่อที่จะแสดงออกมากขึ้นเกี่ยวกับสถานที่ระดับเซลล์และระดับการแสดงออกของโปรตีน ( เช่น has_plasma_membrane_part has_high_membrane_amount , ) เราตั้งใจที่จะใช้ความสัมพันธ์เหล่านี้ พร้อมกับนิยามโดย มอก. et al .ให้ความหมายเชิงตรรกะในแง่วิธี

เมื่อไม่นานมานี้ ยีนอภิปรัชญาสมาคมได้รับการแก้ไขให้ arra แข่งขันเพื่อให้ผลิตภัณฑ์ข้าม / ตรรกะวิธีการนิยามที่จะขยายทั้งหมดของ CL เพื่อสร้าง cl2.0 รุ่น " " เป็นขั้นตอนแรก เราจะพัฒนาด้านเม็ดโลหิตของ cl1.5 เป็นอภิปรัชญา มินิ ภายนอก " เลือดคลอไรด์" บนพื้นฐานของผลิตภัณฑ์ข้ามเหล่านี้ ได้รับรุ่นของเลือด Cl มี obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/anatomy/cell_type/hemo_cl.obo . รูปที่ 2B แสดงคําฉันท์ obo ในระยะ " t - บังคับเหนี่ยวนำเซลล์ " มันเป็นตัวแทนใน hemo-cl. นี้จะแสดงกราฟในรูปที่ 2 .เรากำลังทำงานกับภัณฑารักษ์ของโปรตีนอภิปรัชญาเพื่อให้แน่ใจว่าเงื่อนไขที่จำเป็นสำหรับเลือด CL 600 โปรตีนที่พบในโปรตีนอภิปรัชญา . ความสมบูรณ์ของเลือด Cl subontology คาดว่าในปี 2010